# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.6782 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.254 0.436 0.008 0.093 0.019 0.009 0.001 0.141 0.012 0.001 2 P 0.213 0.011 0.677 0.018 0.005 0.023 0.003 0.001 0.003 0.007 0.039 3 Q 0.328 0.123 0.224 0.152 0.047 0.030 0.039 0.031 0.018 0.006 0.002 4 S 0.319 0.191 0.221 0.118 0.075 0.021 0.020 0.013 0.014 0.007 0.002 5 Y 0.187 0.310 0.213 0.136 0.064 0.042 0.016 0.003 0.023 0.002 0.002 6 F 0.172 0.375 0.241 0.075 0.066 0.027 0.009 0.002 0.030 0.002 0.002 7 N 0.268 0.190 0.297 0.079 0.040 0.057 0.024 0.006 0.030 0.006 0.004 8 A 0.535 0.108 0.153 0.110 0.030 0.018 0.020 0.005 0.015 0.004 0.002 9 A 0.502 0.129 0.203 0.096 0.020 0.014 0.018 0.003 0.012 0.002 0.001 10 A 0.414 0.133 0.181 0.160 0.029 0.021 0.037 0.006 0.014 0.003 0.002 11 K 0.240 0.228 0.306 0.107 0.045 0.023 0.023 0.004 0.020 0.003 0.001 12 R 0.284 0.174 0.309 0.107 0.029 0.043 0.027 0.007 0.014 0.003 0.003 13 Q 0.177 0.337 0.285 0.058 0.085 0.023 0.008 0.002 0.023 0.002 0.001 14 K 0.318 0.254 0.280 0.065 0.021 0.037 0.008 0.001 0.012 0.001 0.003 15 Y 0.137 0.474 0.159 0.097 0.082 0.017 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 16 A 0.176 0.347 0.273 0.052 0.047 0.040 0.025 0.002 0.032 0.002 0.004 17 M 0.090 0.358 0.321 0.115 0.034 0.042 0.015 0.001 0.021 0.001 0.002 18 K 0.016 0.305 0.404 0.003 0.040 0.025 0.005 0.001 0.197 0.005 0.001 19 P 0.100 0.004 0.806 0.020 0.003 0.019 0.002 0.001 0.001 0.004 0.041 20 G 0.091 0.027 0.127 0.056 0.059 0.034 0.079 0.436 0.010 0.079 0.002 21 L 0.262 0.135 0.377 0.154 0.027 0.020 0.005 0.002 0.013 0.003 0.002 22 S 0.190 0.133 0.393 0.084 0.046 0.084 0.013 0.004 0.042 0.010 0.002 23 A 0.890 0.008 0.058 0.032 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.922 0.009 0.016 0.048 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.883 0.007 0.016 0.078 0.006 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 26 K 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 N 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Q 0.983 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.931 0.015 0.020 0.018 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 38 F 0.655 0.023 0.041 0.252 0.008 0.010 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 39 E 0.658 0.014 0.040 0.225 0.011 0.011 0.024 0.005 0.004 0.007 0.001 40 R 0.586 0.021 0.031 0.245 0.017 0.007 0.069 0.017 0.005 0.002 0.001 41 D 0.544 0.042 0.100 0.203 0.017 0.019 0.052 0.012 0.007 0.003 0.001 42 I 0.550 0.112 0.134 0.148 0.013 0.021 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 43 T 0.556 0.180 0.163 0.043 0.009 0.030 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 44 K 0.724 0.086 0.115 0.034 0.011 0.016 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 45 A 0.802 0.050 0.058 0.049 0.016 0.011 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 46 Y 0.508 0.059 0.072 0.310 0.017 0.012 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 47 S 0.523 0.066 0.111 0.113 0.039 0.023 0.069 0.026 0.016 0.012 0.001 48 Q 0.567 0.065 0.096 0.215 0.014 0.011 0.024 0.002 0.005 0.001 0.001 49 S 0.415 0.157 0.170 0.132 0.038 0.035 0.031 0.007 0.013 0.002 0.001 50 I 0.523 0.170 0.178 0.077 0.009 0.024 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 51 S 0.684 0.102 0.125 0.044 0.012 0.016 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 52 Y 0.633 0.115 0.105 0.062 0.027 0.037 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 53 L 0.853 0.039 0.049 0.039 0.005 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 54 E 0.898 0.036 0.027 0.027 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 55 S 0.814 0.043 0.023 0.066 0.034 0.004 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 56 Q 0.730 0.045 0.064 0.123 0.009 0.017 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 57 V 0.506 0.178 0.125 0.123 0.012 0.015 0.013 0.001 0.025 0.001 0.001 58 R 0.622 0.104 0.092 0.096 0.020 0.013 0.025 0.003 0.016 0.007 0.002 59 N 0.059 0.027 0.068 0.588 0.016 0.016 0.198 0.013 0.010 0.003 0.002 60 G 0.013 0.002 0.011 0.008 0.044 0.002 0.092 0.675 0.001 0.152 0.001 61 D 0.105 0.123 0.301 0.255 0.023 0.056 0.121 0.008 0.005 0.001 0.001 62 I 0.080 0.491 0.311 0.033 0.032 0.040 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 63 S 0.123 0.166 0.472 0.033 0.029 0.154 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 64 M 0.885 0.031 0.039 0.013 0.003 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 K 0.989 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.994 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 F 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.951 0.002 0.005 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.868 0.008 0.021 0.064 0.004 0.005 0.024 0.003 0.002 0.001 0.001 73 K 0.591 0.013 0.034 0.334 0.007 0.008 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 74 S 0.244 0.055 0.340 0.031 0.016 0.037 0.017 0.002 0.252 0.004 0.001 75 P 0.977 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.936 0.006 0.005 0.048 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.910 0.010 0.011 0.060 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 78 R 0.947 0.015 0.016 0.013 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 79 K 0.938 0.017 0.010 0.024 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.784 0.039 0.036 0.118 0.007 0.004 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 81 F 0.432 0.101 0.136 0.252 0.016 0.021 0.027 0.002 0.013 0.001 0.001 82 F 0.291 0.194 0.185 0.214 0.025 0.040 0.027 0.003 0.019 0.001 0.001 83 E 0.076 0.291 0.394 0.012 0.030 0.044 0.015 0.001 0.134 0.002 0.001 84 P 0.586 0.009 0.326 0.025 0.006 0.022 0.002 0.001 0.002 0.005 0.016 85 F 0.244 0.121 0.160 0.309 0.037 0.050 0.037 0.010 0.029 0.002 0.001 86 I 0.476 0.107 0.223 0.090 0.046 0.015 0.013 0.003 0.020 0.007 0.001 87 N 0.329 0.051 0.188 0.208 0.060 0.061 0.059 0.011 0.015 0.016 0.002 88 S 0.784 0.025 0.065 0.079 0.017 0.011 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 89 R 0.920 0.024 0.020 0.024 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.912 0.044 0.020 0.009 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 L 0.974 0.020 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.991 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.989 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 F 0.968 0.002 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 R 0.985 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 H 0.928 0.013 0.008 0.038 0.005 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 98 I 0.837 0.025 0.062 0.055 0.002 0.010 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 99 L 0.355 0.045 0.071 0.481 0.005 0.008 0.022 0.001 0.011 0.001 0.001 100 G 0.104 0.018 0.054 0.089 0.087 0.019 0.214 0.235 0.008 0.168 0.003 101 R 0.143 0.162 0.334 0.184 0.072 0.024 0.031 0.013 0.023 0.009 0.005 102 G 0.023 0.062 0.566 0.012 0.082 0.064 0.020 0.012 0.076 0.078 0.004 103 P 0.442 0.008 0.442 0.045 0.008 0.015 0.003 0.001 0.002 0.008 0.026 104 S 0.399 0.059 0.153 0.270 0.051 0.017 0.015 0.016 0.010 0.009 0.001 105 S 0.296 0.065 0.289 0.154 0.054 0.064 0.020 0.004 0.046 0.008 0.001 106 R 0.965 0.002 0.017 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.984 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.985 0.004 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 Y 0.974 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 F 0.985 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 S 0.989 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 115 I 0.975 0.010 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 V 0.882 0.030 0.032 0.041 0.002 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 117 S 0.805 0.027 0.055 0.075 0.008 0.011 0.007 0.001 0.007 0.003 0.001 118 S 0.681 0.022 0.025 0.235 0.004 0.004 0.020 0.001 0.007 0.001 0.001 119 G 0.166 0.009 0.046 0.249 0.024 0.004 0.369 0.095 0.005 0.032 0.001 120 G 0.017 0.001 0.014 0.015 0.037 0.003 0.060 0.649 0.001 0.202 0.001 121 L 0.233 0.167 0.496 0.023 0.017 0.023 0.004 0.001 0.033 0.003 0.001 122 P 0.881 0.003 0.088 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 123 A 0.890 0.033 0.028 0.022 0.015 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 124 L 0.944 0.024 0.011 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 V 0.963 0.019 0.008 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 126 D 0.951 0.016 0.012 0.012 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 127 A 0.926 0.017 0.008 0.031 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 128 L 0.703 0.016 0.015 0.245 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 129 V 0.497 0.181 0.062 0.167 0.040 0.008 0.020 0.001 0.026 0.001 0.001 130 D 0.101 0.045 0.278 0.222 0.048 0.168 0.084 0.006 0.031 0.016 0.001 131 S 0.744 0.012 0.104 0.097 0.006 0.017 0.005 0.002 0.009 0.003 0.001 132 Q 0.977 0.002 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.969 0.005 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 Y 0.947 0.005 0.005 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 A 0.969 0.010 0.012 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 136 D 0.935 0.007 0.006 0.040 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Y 0.760 0.016 0.028 0.179 0.003 0.005 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 138 F 0.226 0.038 0.075 0.556 0.009 0.009 0.067 0.002 0.018 0.001 0.001 139 G 0.076 0.007 0.046 0.024 0.077 0.009 0.145 0.269 0.005 0.341 0.001 140 E 0.468 0.084 0.262 0.145 0.008 0.016 0.005 0.002 0.007 0.001 0.002 141 E 0.340 0.088 0.139 0.335 0.024 0.032 0.024 0.005 0.010 0.001 0.002 142 T 0.160 0.413 0.187 0.101 0.038 0.026 0.047 0.003 0.024 0.001 0.001 143 V 0.018 0.559 0.243 0.001 0.024 0.017 0.003 0.001 0.134 0.001 0.001 144 P 0.078 0.002 0.816 0.005 0.002 0.041 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 145 Y 0.190 0.293 0.242 0.113 0.067 0.031 0.009 0.009 0.044 0.002 0.001 146 L 0.198 0.401 0.248 0.060 0.015 0.033 0.012 0.001 0.029 0.001 0.002 147 R 0.136 0.292 0.241 0.139 0.088 0.022 0.037 0.006 0.028 0.008 0.002 148 G 0.063 0.044 0.161 0.046 0.200 0.028 0.064 0.184 0.013 0.192 0.005