# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.6179 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.330 0.266 0.028 0.147 0.013 0.021 0.032 0.027 0.031 0.039 2 P 0.064 0.384 0.154 0.027 0.166 0.019 0.035 0.059 0.042 0.024 0.026 3 Q 0.088 0.116 0.047 0.021 0.133 0.031 0.062 0.175 0.175 0.106 0.047 4 S 0.090 0.179 0.050 0.011 0.223 0.018 0.050 0.147 0.097 0.095 0.040 5 Y 0.190 0.125 0.039 0.009 0.246 0.013 0.028 0.113 0.054 0.110 0.073 6 F 0.100 0.214 0.073 0.030 0.213 0.034 0.035 0.121 0.058 0.069 0.052 7 N 0.101 0.155 0.096 0.046 0.158 0.034 0.039 0.168 0.074 0.079 0.050 8 A 0.070 0.095 0.039 0.015 0.111 0.021 0.042 0.274 0.171 0.122 0.039 9 A 0.066 0.131 0.050 0.017 0.124 0.022 0.045 0.280 0.139 0.091 0.034 10 A 0.081 0.092 0.043 0.023 0.098 0.029 0.055 0.249 0.131 0.147 0.053 11 K 0.076 0.191 0.083 0.029 0.161 0.030 0.060 0.156 0.079 0.095 0.040 12 R 0.155 0.131 0.053 0.026 0.176 0.028 0.040 0.130 0.082 0.114 0.066 13 Q 0.091 0.249 0.058 0.017 0.273 0.024 0.047 0.109 0.064 0.040 0.028 14 K 0.284 0.086 0.020 0.009 0.304 0.014 0.027 0.079 0.049 0.072 0.056 15 Y 0.148 0.218 0.034 0.011 0.379 0.019 0.028 0.055 0.039 0.031 0.040 16 A 0.204 0.129 0.042 0.010 0.370 0.012 0.030 0.049 0.029 0.054 0.072 17 M 0.138 0.259 0.106 0.023 0.239 0.013 0.024 0.035 0.029 0.064 0.070 18 K 0.038 0.306 0.388 0.049 0.111 0.012 0.014 0.024 0.020 0.013 0.025 19 P 0.023 0.178 0.072 0.035 0.057 0.053 0.240 0.177 0.108 0.040 0.017 20 G 0.053 0.062 0.078 0.034 0.055 0.017 0.026 0.063 0.069 0.428 0.115 21 L 0.043 0.258 0.092 0.022 0.132 0.024 0.047 0.120 0.101 0.126 0.033 22 S 0.066 0.367 0.161 0.014 0.180 0.008 0.009 0.091 0.034 0.042 0.028 23 A 0.014 0.022 0.005 0.002 0.022 0.003 0.006 0.561 0.315 0.041 0.009 24 L 0.002 0.008 0.004 0.001 0.004 0.003 0.007 0.842 0.119 0.010 0.001 25 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.918 0.056 0.013 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.045 0.002 0.001 27 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.014 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 30 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.012 0.001 0.001 34 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.032 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.954 0.036 0.001 0.001 36 Q 0.006 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.033 0.913 0.032 0.003 0.001 37 I 0.032 0.006 0.002 0.003 0.010 0.001 0.089 0.795 0.037 0.019 0.005 38 F 0.013 0.072 0.037 0.015 0.034 0.022 0.066 0.546 0.109 0.067 0.020 39 E 0.020 0.062 0.023 0.017 0.031 0.020 0.042 0.499 0.158 0.097 0.030 40 R 0.015 0.082 0.036 0.011 0.040 0.018 0.039 0.432 0.209 0.096 0.023 41 D 0.050 0.118 0.036 0.006 0.097 0.009 0.050 0.399 0.115 0.090 0.029 42 I 0.078 0.091 0.024 0.007 0.095 0.008 0.024 0.387 0.116 0.128 0.041 43 T 0.064 0.156 0.040 0.013 0.153 0.015 0.025 0.386 0.084 0.037 0.026 44 K 0.042 0.059 0.027 0.009 0.067 0.015 0.035 0.557 0.134 0.036 0.018 45 A 0.028 0.033 0.018 0.007 0.035 0.010 0.073 0.583 0.119 0.080 0.015 46 Y 0.028 0.072 0.032 0.013 0.045 0.020 0.045 0.419 0.141 0.158 0.027 47 S 0.052 0.090 0.031 0.016 0.074 0.018 0.031 0.408 0.146 0.093 0.041 48 Q 0.018 0.068 0.030 0.010 0.039 0.023 0.052 0.465 0.186 0.090 0.019 49 S 0.068 0.090 0.033 0.006 0.103 0.009 0.029 0.395 0.092 0.142 0.033 50 I 0.042 0.075 0.014 0.004 0.072 0.006 0.012 0.575 0.129 0.052 0.018 51 S 0.016 0.050 0.015 0.005 0.029 0.009 0.022 0.749 0.079 0.019 0.008 52 Y 0.015 0.018 0.006 0.002 0.017 0.002 0.009 0.853 0.054 0.019 0.005 53 L 0.004 0.007 0.003 0.001 0.005 0.002 0.004 0.865 0.092 0.015 0.002 54 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.905 0.075 0.006 0.001 55 S 0.002 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.008 0.915 0.050 0.006 0.001 56 Q 0.008 0.004 0.001 0.001 0.014 0.002 0.022 0.876 0.047 0.022 0.002 57 V 0.043 0.011 0.011 0.004 0.021 0.004 0.058 0.762 0.055 0.022 0.009 58 R 0.012 0.015 0.014 0.019 0.018 0.054 0.092 0.648 0.073 0.043 0.011 59 N 0.013 0.542 0.171 0.081 0.035 0.035 0.039 0.044 0.024 0.011 0.006 60 G 0.007 0.013 0.027 0.075 0.004 0.049 0.038 0.028 0.025 0.523 0.211 61 D 0.143 0.262 0.039 0.004 0.259 0.003 0.013 0.026 0.015 0.115 0.122 62 I 0.096 0.372 0.007 0.001 0.471 0.004 0.005 0.013 0.004 0.005 0.023 63 S 0.110 0.396 0.043 0.001 0.416 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.023 64 M 0.051 0.017 0.002 0.001 0.055 0.001 0.001 0.649 0.197 0.014 0.010 65 K 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.004 0.930 0.050 0.002 0.001 66 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.955 0.027 0.003 0.001 67 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.008 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.083 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.967 0.020 0.001 0.001 70 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.922 0.038 0.011 0.001 71 L 0.005 0.005 0.002 0.001 0.005 0.003 0.026 0.719 0.194 0.035 0.006 72 A 0.006 0.022 0.007 0.002 0.014 0.006 0.040 0.713 0.140 0.041 0.008 73 K 0.006 0.060 0.062 0.007 0.010 0.017 0.066 0.144 0.077 0.540 0.010 74 S 0.068 0.467 0.125 0.003 0.253 0.001 0.003 0.052 0.008 0.008 0.012 75 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.596 0.387 0.006 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.875 0.108 0.006 0.001 77 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.868 0.078 0.041 0.001 78 R 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.006 0.016 0.791 0.146 0.025 0.002 79 K 0.006 0.011 0.005 0.003 0.011 0.006 0.068 0.727 0.130 0.031 0.003 80 Q 0.033 0.043 0.024 0.007 0.045 0.008 0.106 0.545 0.093 0.086 0.010 81 F 0.139 0.060 0.022 0.008 0.103 0.010 0.048 0.286 0.116 0.159 0.049 82 F 0.078 0.155 0.057 0.031 0.112 0.031 0.063 0.182 0.128 0.117 0.045 83 E 0.055 0.251 0.193 0.038 0.165 0.017 0.032 0.116 0.067 0.036 0.030 84 P 0.045 0.102 0.035 0.007 0.096 0.017 0.099 0.321 0.196 0.058 0.023 85 F 0.098 0.090 0.035 0.010 0.125 0.016 0.055 0.206 0.116 0.180 0.069 86 I 0.046 0.228 0.069 0.023 0.122 0.029 0.052 0.243 0.091 0.066 0.030 87 N 0.075 0.058 0.030 0.012 0.088 0.015 0.020 0.411 0.116 0.120 0.054 88 S 0.014 0.035 0.006 0.002 0.036 0.004 0.007 0.697 0.169 0.023 0.007 89 R 0.005 0.009 0.003 0.001 0.010 0.002 0.007 0.895 0.057 0.008 0.003 90 A 0.009 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.939 0.029 0.005 0.003 91 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.933 0.034 0.001 0.001 92 E 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.975 0.010 0.001 0.001 93 L 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.963 0.018 0.002 0.001 94 A 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.948 0.023 0.002 0.001 95 F 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.898 0.071 0.008 0.002 96 R 0.004 0.008 0.002 0.001 0.014 0.003 0.019 0.817 0.123 0.007 0.002 97 H 0.024 0.017 0.008 0.003 0.030 0.003 0.081 0.696 0.099 0.033 0.008 98 I 0.071 0.029 0.018 0.012 0.054 0.014 0.113 0.465 0.101 0.093 0.031 99 L 0.020 0.378 0.148 0.051 0.078 0.050 0.073 0.084 0.048 0.044 0.024 100 G 0.058 0.036 0.029 0.053 0.046 0.026 0.028 0.083 0.077 0.402 0.163 101 R 0.065 0.248 0.119 0.029 0.177 0.017 0.050 0.087 0.083 0.096 0.030 102 G 0.067 0.283 0.273 0.032 0.170 0.013 0.022 0.036 0.026 0.029 0.049 103 P 0.108 0.182 0.070 0.015 0.151 0.017 0.062 0.132 0.105 0.080 0.078 104 S 0.023 0.176 0.156 0.057 0.069 0.092 0.107 0.107 0.066 0.116 0.031 105 S 0.070 0.353 0.276 0.023 0.113 0.006 0.007 0.048 0.018 0.062 0.025 106 R 0.007 0.015 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 0.539 0.363 0.046 0.008 107 E 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.864 0.112 0.004 0.001 108 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.924 0.048 0.012 0.001 109 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.916 0.063 0.013 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.058 0.001 0.001 111 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.953 0.027 0.003 0.001 112 Y 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.947 0.026 0.012 0.001 113 F 0.006 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.899 0.068 0.006 0.002 114 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.947 0.036 0.001 0.001 115 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.944 0.027 0.005 0.001 116 V 0.008 0.009 0.004 0.001 0.017 0.003 0.028 0.801 0.101 0.023 0.006 117 S 0.005 0.006 0.005 0.003 0.007 0.012 0.034 0.771 0.100 0.049 0.006 118 S 0.006 0.278 0.121 0.031 0.027 0.046 0.124 0.257 0.065 0.036 0.008 119 G 0.015 0.203 0.264 0.117 0.027 0.025 0.031 0.048 0.030 0.159 0.080 120 G 0.051 0.039 0.098 0.052 0.020 0.014 0.009 0.048 0.041 0.445 0.182 121 L 0.035 0.353 0.167 0.017 0.100 0.013 0.028 0.165 0.076 0.027 0.020 122 P 0.027 0.047 0.023 0.011 0.032 0.022 0.034 0.571 0.142 0.062 0.028 123 A 0.018 0.173 0.020 0.003 0.081 0.005 0.011 0.577 0.093 0.013 0.007 124 L 0.047 0.021 0.004 0.001 0.042 0.001 0.009 0.803 0.049 0.016 0.006 125 V 0.026 0.018 0.006 0.003 0.041 0.005 0.006 0.777 0.094 0.016 0.007 126 D 0.008 0.005 0.002 0.004 0.011 0.005 0.029 0.839 0.085 0.007 0.003 127 A 0.013 0.014 0.004 0.003 0.021 0.003 0.059 0.760 0.096 0.024 0.003 128 L 0.069 0.017 0.005 0.003 0.049 0.004 0.055 0.545 0.128 0.098 0.027 129 V 0.030 0.125 0.060 0.009 0.088 0.030 0.074 0.370 0.099 0.064 0.051 130 D 0.055 0.218 0.098 0.006 0.071 0.011 0.024 0.100 0.040 0.332 0.046 131 S 0.049 0.188 0.017 0.001 0.166 0.002 0.005 0.391 0.133 0.036 0.012 132 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.688 0.299 0.006 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.042 0.003 0.001 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.865 0.097 0.032 0.001 135 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.903 0.084 0.002 0.001 136 D 0.001 0.004 0.003 0.001 0.004 0.003 0.026 0.836 0.093 0.028 0.001 137 Y 0.021 0.008 0.008 0.005 0.011 0.003 0.204 0.668 0.028 0.041 0.004 138 F 0.046 0.451 0.132 0.037 0.084 0.017 0.022 0.080 0.033 0.065 0.032 139 G 0.049 0.046 0.064 0.130 0.032 0.052 0.035 0.175 0.111 0.191 0.114 140 E 0.047 0.080 0.052 0.023 0.078 0.044 0.070 0.308 0.180 0.093 0.025 141 E 0.067 0.117 0.050 0.021 0.116 0.045 0.140 0.187 0.103 0.118 0.036 142 T 0.195 0.117 0.047 0.020 0.208 0.018 0.029 0.086 0.058 0.142 0.081 143 V 0.075 0.363 0.153 0.015 0.269 0.010 0.012 0.042 0.019 0.012 0.029 144 P 0.154 0.237 0.093 0.011 0.275 0.011 0.020 0.082 0.041 0.025 0.051 145 Y 0.164 0.181 0.050 0.010 0.267 0.013 0.048 0.117 0.058 0.047 0.044 146 L 0.184 0.127 0.057 0.021 0.216 0.030 0.057 0.117 0.059 0.069 0.063 147 R 0.063 0.149 0.086 0.086 0.103 0.082 0.093 0.115 0.072 0.107 0.044 148 G 0.061 0.095 0.115 0.161 0.084 0.054 0.032 0.081 0.069 0.180 0.069