# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.6782 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.637 0.168 0.123 0.054 0.016 0.003 0.001 2 P 0.766 0.150 0.063 0.017 0.003 0.001 0.001 3 Q 0.768 0.154 0.063 0.013 0.003 0.001 0.001 4 S 0.486 0.253 0.162 0.067 0.026 0.006 0.001 5 Y 0.259 0.252 0.208 0.170 0.088 0.023 0.001 6 F 0.298 0.200 0.195 0.192 0.092 0.022 0.001 7 N 0.583 0.247 0.114 0.042 0.012 0.003 0.001 8 A 0.497 0.264 0.146 0.062 0.025 0.005 0.001 9 A 0.392 0.255 0.182 0.120 0.043 0.008 0.001 10 A 0.628 0.261 0.073 0.030 0.006 0.001 0.001 11 K 0.413 0.273 0.162 0.101 0.044 0.007 0.001 12 R 0.447 0.294 0.153 0.081 0.020 0.005 0.001 13 Q 0.316 0.296 0.191 0.129 0.056 0.012 0.001 14 K 0.244 0.289 0.223 0.162 0.064 0.017 0.001 15 Y 0.098 0.126 0.175 0.297 0.226 0.074 0.004 16 A 0.326 0.310 0.228 0.096 0.029 0.009 0.001 17 M 0.150 0.157 0.174 0.238 0.200 0.075 0.006 18 K 0.288 0.261 0.224 0.145 0.060 0.021 0.002 19 P 0.422 0.285 0.162 0.086 0.033 0.010 0.001 20 G 0.402 0.280 0.182 0.092 0.034 0.009 0.001 21 L 0.237 0.207 0.225 0.200 0.108 0.022 0.001 22 S 0.526 0.320 0.106 0.039 0.008 0.001 0.001 23 A 0.717 0.208 0.055 0.015 0.004 0.001 0.001 24 L 0.424 0.378 0.103 0.075 0.017 0.002 0.001 25 E 0.404 0.305 0.180 0.080 0.027 0.005 0.001 26 K 0.165 0.274 0.238 0.230 0.080 0.013 0.001 27 N 0.262 0.346 0.199 0.147 0.038 0.007 0.001 28 A 0.053 0.157 0.305 0.259 0.188 0.038 0.002 29 V 0.016 0.034 0.076 0.154 0.270 0.397 0.055 30 I 0.013 0.051 0.111 0.225 0.301 0.240 0.059 31 K 0.058 0.220 0.267 0.242 0.121 0.068 0.025 32 A 0.017 0.073 0.153 0.232 0.279 0.187 0.059 33 A 0.006 0.021 0.046 0.104 0.242 0.389 0.193 34 Y 0.004 0.014 0.032 0.084 0.227 0.432 0.208 35 R 0.010 0.046 0.120 0.198 0.265 0.265 0.097 36 Q 0.011 0.052 0.101 0.182 0.257 0.310 0.087 37 I 0.012 0.026 0.064 0.145 0.300 0.338 0.115 38 F 0.013 0.024 0.046 0.141 0.322 0.366 0.088 39 E 0.129 0.226 0.316 0.208 0.083 0.033 0.005 40 R 0.308 0.288 0.215 0.118 0.046 0.021 0.003 41 D 0.346 0.296 0.206 0.089 0.041 0.019 0.003 42 I 0.153 0.171 0.163 0.239 0.185 0.081 0.008 43 T 0.303 0.258 0.187 0.149 0.076 0.024 0.002 44 K 0.445 0.274 0.147 0.089 0.033 0.011 0.001 45 A 0.404 0.238 0.169 0.108 0.059 0.019 0.002 46 Y 0.275 0.200 0.175 0.194 0.109 0.042 0.005 47 S 0.581 0.224 0.114 0.054 0.018 0.007 0.001 48 Q 0.457 0.245 0.146 0.089 0.045 0.016 0.002 49 S 0.204 0.192 0.217 0.181 0.130 0.065 0.010 50 I 0.107 0.113 0.150 0.214 0.211 0.174 0.032 51 S 0.212 0.258 0.216 0.172 0.090 0.043 0.009 52 Y 0.119 0.201 0.243 0.201 0.145 0.075 0.015 53 L 0.039 0.048 0.077 0.144 0.268 0.338 0.085 54 E 0.047 0.067 0.138 0.225 0.264 0.216 0.043 55 S 0.120 0.267 0.245 0.196 0.111 0.055 0.007 56 Q 0.078 0.241 0.304 0.234 0.109 0.032 0.003 57 V 0.049 0.043 0.076 0.218 0.401 0.197 0.015 58 R 0.193 0.299 0.254 0.190 0.053 0.010 0.001 59 N 0.640 0.241 0.089 0.023 0.005 0.001 0.001 60 G 0.571 0.257 0.121 0.038 0.011 0.002 0.001 61 D 0.485 0.319 0.143 0.041 0.009 0.003 0.001 62 I 0.062 0.161 0.220 0.307 0.204 0.045 0.001 63 S 0.079 0.212 0.348 0.218 0.108 0.033 0.002 64 M 0.009 0.021 0.042 0.125 0.334 0.417 0.052 65 K 0.036 0.178 0.300 0.313 0.132 0.037 0.004 66 E 0.032 0.190 0.301 0.273 0.142 0.052 0.009 67 F 0.009 0.022 0.057 0.166 0.349 0.332 0.065 68 V 0.006 0.017 0.039 0.135 0.343 0.370 0.090 69 R 0.042 0.209 0.315 0.268 0.119 0.041 0.006 70 R 0.064 0.234 0.284 0.234 0.129 0.048 0.006 71 L 0.033 0.068 0.101 0.222 0.280 0.265 0.030 72 A 0.069 0.138 0.180 0.244 0.231 0.124 0.015 73 K 0.202 0.290 0.237 0.166 0.077 0.026 0.003 74 S 0.215 0.237 0.221 0.200 0.095 0.030 0.003 75 P 0.554 0.309 0.095 0.032 0.007 0.003 0.001 76 L 0.148 0.244 0.286 0.181 0.112 0.027 0.002 77 Y 0.044 0.063 0.122 0.261 0.332 0.164 0.013 78 R 0.065 0.150 0.239 0.291 0.181 0.067 0.007 79 K 0.251 0.347 0.235 0.115 0.038 0.013 0.002 80 Q 0.112 0.217 0.257 0.223 0.135 0.049 0.007 81 F 0.054 0.064 0.088 0.178 0.280 0.268 0.068 82 F 0.081 0.128 0.151 0.243 0.222 0.141 0.034 83 E 0.248 0.250 0.200 0.153 0.084 0.050 0.014 84 P 0.203 0.206 0.193 0.160 0.122 0.086 0.030 85 F 0.114 0.127 0.128 0.166 0.185 0.194 0.085 86 I 0.091 0.132 0.133 0.174 0.193 0.184 0.093 87 N 0.077 0.102 0.113 0.158 0.174 0.224 0.152 88 S 0.053 0.074 0.110 0.177 0.229 0.230 0.127 89 R 0.040 0.075 0.116 0.187 0.236 0.214 0.132 90 A 0.014 0.016 0.026 0.048 0.119 0.358 0.419 91 L 0.007 0.008 0.012 0.032 0.093 0.387 0.461 92 E 0.020 0.060 0.106 0.198 0.210 0.226 0.178 93 L 0.018 0.048 0.083 0.150 0.220 0.289 0.193 94 A 0.012 0.027 0.039 0.085 0.173 0.353 0.310 95 F 0.015 0.032 0.051 0.126 0.217 0.338 0.222 96 R 0.056 0.142 0.201 0.232 0.178 0.130 0.061 97 H 0.048 0.102 0.159 0.229 0.216 0.171 0.075 98 I 0.039 0.040 0.049 0.097 0.204 0.351 0.219 99 L 0.063 0.088 0.095 0.170 0.224 0.251 0.110 100 G 0.131 0.170 0.187 0.201 0.163 0.109 0.040 101 R 0.135 0.147 0.172 0.210 0.169 0.132 0.035 102 G 0.149 0.175 0.205 0.203 0.152 0.099 0.016 103 P 0.195 0.163 0.174 0.180 0.170 0.105 0.013 104 S 0.309 0.257 0.204 0.142 0.061 0.023 0.003 105 S 0.511 0.296 0.109 0.053 0.021 0.008 0.001 106 R 0.281 0.252 0.171 0.191 0.080 0.024 0.002 107 E 0.444 0.264 0.184 0.074 0.023 0.010 0.001 108 E 0.065 0.108 0.190 0.286 0.244 0.100 0.008 109 V 0.081 0.136 0.189 0.236 0.223 0.119 0.015 110 Q 0.118 0.222 0.225 0.247 0.127 0.053 0.008 111 K 0.257 0.293 0.239 0.126 0.054 0.025 0.005 112 Y 0.053 0.089 0.132 0.212 0.257 0.210 0.047 113 F 0.043 0.073 0.123 0.228 0.268 0.219 0.046 114 S 0.119 0.263 0.287 0.183 0.091 0.048 0.009 115 I 0.077 0.118 0.184 0.259 0.212 0.130 0.020 116 V 0.069 0.087 0.122 0.197 0.287 0.202 0.036 117 S 0.136 0.190 0.224 0.228 0.152 0.063 0.008 118 S 0.505 0.265 0.142 0.063 0.018 0.005 0.001 119 G 0.427 0.309 0.153 0.072 0.027 0.011 0.001 120 G 0.145 0.196 0.214 0.186 0.162 0.088 0.010 121 L 0.074 0.137 0.182 0.267 0.209 0.113 0.018 122 P 0.217 0.325 0.235 0.151 0.049 0.019 0.004 123 A 0.046 0.119 0.186 0.252 0.263 0.119 0.016 124 L 0.021 0.044 0.097 0.178 0.280 0.288 0.092 125 V 0.009 0.018 0.041 0.098 0.239 0.394 0.201 126 D 0.033 0.125 0.213 0.267 0.199 0.120 0.044 127 A 0.022 0.083 0.116 0.206 0.262 0.236 0.075 128 L 0.020 0.030 0.048 0.096 0.189 0.387 0.230 129 V 0.019 0.035 0.052 0.114 0.200 0.376 0.204 130 D 0.060 0.142 0.165 0.246 0.193 0.136 0.058 131 S 0.056 0.094 0.137 0.223 0.246 0.191 0.053 132 Q 0.239 0.300 0.221 0.129 0.056 0.042 0.013 133 E 0.057 0.106 0.180 0.246 0.262 0.130 0.020 134 Y 0.068 0.083 0.110 0.205 0.271 0.222 0.039 135 A 0.102 0.169 0.226 0.265 0.162 0.068 0.009 136 D 0.345 0.341 0.197 0.082 0.024 0.010 0.002 137 Y 0.093 0.146 0.214 0.254 0.190 0.093 0.009 138 F 0.076 0.089 0.140 0.238 0.247 0.184 0.026 139 G 0.214 0.268 0.212 0.171 0.094 0.036 0.005 140 E 0.434 0.290 0.137 0.092 0.033 0.012 0.002 141 E 0.336 0.261 0.216 0.108 0.052 0.023 0.004 142 T 0.154 0.160 0.186 0.217 0.163 0.099 0.021 143 V 0.114 0.120 0.151 0.231 0.222 0.143 0.020 144 P 0.199 0.230 0.210 0.158 0.121 0.071 0.011 145 Y 0.197 0.163 0.180 0.213 0.148 0.085 0.014 146 L 0.280 0.204 0.187 0.158 0.117 0.047 0.008 147 R 0.420 0.238 0.145 0.121 0.049 0.023 0.003 148 G 0.700 0.164 0.088 0.031 0.013 0.004 0.001