# TARGET T0555 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0555.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.6782 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.178 0.125 0.118 0.151 0.136 0.117 0.069 0.047 0.029 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 2 P 0.308 0.158 0.163 0.121 0.086 0.060 0.047 0.024 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.264 0.162 0.144 0.131 0.107 0.075 0.049 0.029 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 4 S 0.164 0.108 0.102 0.136 0.145 0.115 0.089 0.062 0.035 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 5 Y 0.105 0.083 0.094 0.141 0.174 0.125 0.111 0.078 0.043 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 6 F 0.136 0.088 0.097 0.124 0.147 0.118 0.095 0.078 0.056 0.032 0.017 0.008 0.003 0.002 7 N 0.328 0.172 0.127 0.117 0.091 0.062 0.045 0.026 0.014 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 8 A 0.288 0.162 0.117 0.134 0.114 0.075 0.055 0.025 0.014 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 9 A 0.244 0.148 0.120 0.140 0.133 0.093 0.061 0.032 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 10 A 0.518 0.173 0.107 0.072 0.049 0.035 0.026 0.007 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.379 0.179 0.133 0.104 0.078 0.060 0.036 0.013 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 12 R 0.252 0.165 0.144 0.135 0.120 0.082 0.051 0.021 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.198 0.142 0.141 0.145 0.131 0.103 0.062 0.035 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 14 K 0.210 0.145 0.114 0.131 0.136 0.108 0.065 0.035 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 15 Y 0.088 0.060 0.076 0.110 0.140 0.146 0.106 0.101 0.070 0.047 0.025 0.020 0.008 0.002 16 A 0.205 0.141 0.128 0.130 0.123 0.096 0.071 0.043 0.030 0.018 0.011 0.003 0.001 0.001 17 M 0.085 0.062 0.079 0.113 0.139 0.142 0.107 0.097 0.075 0.047 0.027 0.018 0.007 0.003 18 K 0.181 0.131 0.127 0.137 0.139 0.094 0.079 0.047 0.033 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 19 P 0.241 0.135 0.125 0.143 0.121 0.094 0.056 0.038 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 20 G 0.239 0.153 0.132 0.135 0.142 0.076 0.062 0.027 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 21 L 0.209 0.141 0.128 0.155 0.145 0.095 0.059 0.035 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 22 S 0.568 0.166 0.105 0.060 0.043 0.025 0.020 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.488 0.206 0.125 0.068 0.046 0.034 0.020 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.311 0.188 0.127 0.145 0.119 0.058 0.032 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.461 0.229 0.121 0.067 0.043 0.045 0.021 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.126 0.094 0.114 0.189 0.193 0.163 0.075 0.023 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 27 N 0.330 0.199 0.217 0.101 0.065 0.049 0.022 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.183 0.165 0.152 0.175 0.142 0.094 0.047 0.025 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.032 0.035 0.041 0.088 0.128 0.179 0.204 0.165 0.076 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 30 I 0.024 0.027 0.035 0.088 0.148 0.191 0.197 0.163 0.071 0.027 0.017 0.007 0.004 0.002 31 K 0.154 0.223 0.192 0.183 0.107 0.076 0.032 0.016 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 32 A 0.095 0.118 0.125 0.201 0.195 0.121 0.076 0.038 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 33 A 0.015 0.023 0.033 0.071 0.123 0.202 0.227 0.181 0.072 0.028 0.017 0.005 0.004 0.001 34 Y 0.023 0.035 0.048 0.097 0.162 0.202 0.199 0.145 0.049 0.022 0.010 0.003 0.003 0.001 35 R 0.128 0.167 0.123 0.196 0.152 0.111 0.063 0.034 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 36 Q 0.062 0.061 0.096 0.175 0.209 0.161 0.115 0.064 0.029 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 37 I 0.037 0.035 0.058 0.089 0.137 0.187 0.175 0.143 0.069 0.029 0.024 0.008 0.006 0.002 38 F 0.073 0.061 0.062 0.097 0.160 0.170 0.159 0.109 0.055 0.026 0.015 0.006 0.005 0.002 39 E 0.195 0.190 0.164 0.168 0.114 0.081 0.045 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 40 R 0.201 0.113 0.159 0.171 0.140 0.107 0.052 0.029 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 41 D 0.313 0.153 0.150 0.124 0.101 0.075 0.047 0.016 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 42 I 0.137 0.093 0.087 0.136 0.189 0.151 0.102 0.060 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 43 T 0.244 0.151 0.113 0.127 0.140 0.086 0.066 0.035 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 44 K 0.382 0.162 0.152 0.109 0.079 0.049 0.029 0.017 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 45 A 0.399 0.174 0.118 0.106 0.086 0.050 0.036 0.014 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.189 0.122 0.119 0.158 0.166 0.113 0.063 0.036 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 47 S 0.537 0.173 0.105 0.068 0.048 0.030 0.022 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.578 0.180 0.088 0.058 0.036 0.030 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 S 0.326 0.161 0.110 0.117 0.107 0.086 0.054 0.017 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 50 I 0.122 0.083 0.091 0.146 0.187 0.161 0.096 0.058 0.029 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 51 S 0.317 0.137 0.123 0.117 0.109 0.083 0.049 0.027 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 52 Y 0.248 0.133 0.139 0.130 0.127 0.083 0.056 0.036 0.023 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 53 L 0.066 0.041 0.052 0.093 0.148 0.156 0.146 0.122 0.078 0.046 0.029 0.013 0.006 0.003 54 E 0.068 0.069 0.095 0.147 0.165 0.146 0.113 0.091 0.053 0.028 0.014 0.006 0.003 0.001 55 S 0.266 0.148 0.115 0.128 0.114 0.091 0.060 0.035 0.021 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 56 Q 0.105 0.125 0.151 0.171 0.162 0.133 0.065 0.042 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 57 V 0.083 0.049 0.058 0.101 0.158 0.162 0.140 0.131 0.054 0.028 0.022 0.007 0.005 0.002 58 R 0.165 0.175 0.187 0.193 0.125 0.084 0.035 0.019 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 59 N 0.321 0.158 0.177 0.134 0.093 0.055 0.033 0.014 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 60 G 0.333 0.144 0.215 0.114 0.077 0.058 0.032 0.010 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 61 D 0.318 0.193 0.191 0.113 0.075 0.065 0.026 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.236 0.135 0.072 0.121 0.135 0.112 0.098 0.058 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 63 S 0.116 0.127 0.141 0.182 0.170 0.112 0.071 0.049 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 64 M 0.035 0.020 0.028 0.063 0.109 0.153 0.191 0.193 0.114 0.048 0.031 0.007 0.005 0.002 65 K 0.086 0.118 0.137 0.214 0.187 0.122 0.068 0.036 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 66 E 0.312 0.265 0.189 0.107 0.058 0.040 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 F 0.045 0.055 0.056 0.119 0.159 0.190 0.168 0.128 0.048 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 68 V 0.015 0.021 0.031 0.075 0.128 0.205 0.236 0.180 0.067 0.021 0.012 0.003 0.003 0.001 69 R 0.132 0.187 0.177 0.215 0.132 0.089 0.038 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.205 0.200 0.174 0.182 0.120 0.077 0.024 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.060 0.061 0.092 0.167 0.187 0.187 0.118 0.081 0.027 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 72 A 0.098 0.074 0.076 0.113 0.185 0.171 0.145 0.094 0.026 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 73 K 0.189 0.180 0.171 0.177 0.125 0.088 0.040 0.017 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.204 0.106 0.134 0.185 0.170 0.110 0.052 0.020 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 75 P 0.463 0.170 0.215 0.072 0.035 0.029 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.222 0.139 0.147 0.158 0.163 0.089 0.047 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.128 0.086 0.055 0.125 0.171 0.149 0.146 0.087 0.035 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 78 R 0.168 0.138 0.161 0.183 0.146 0.107 0.049 0.024 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 79 K 0.572 0.168 0.123 0.057 0.032 0.026 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.224 0.147 0.172 0.155 0.132 0.092 0.041 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 81 F 0.109 0.064 0.074 0.118 0.151 0.154 0.134 0.109 0.045 0.021 0.013 0.005 0.003 0.001 82 F 0.150 0.090 0.077 0.133 0.162 0.135 0.109 0.075 0.036 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 83 E 0.365 0.168 0.155 0.112 0.074 0.054 0.030 0.019 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 84 P 0.200 0.102 0.113 0.137 0.159 0.116 0.078 0.044 0.025 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 85 F 0.131 0.095 0.115 0.130 0.149 0.135 0.101 0.070 0.036 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 86 I 0.184 0.095 0.090 0.115 0.146 0.115 0.108 0.074 0.036 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 87 N 0.160 0.110 0.102 0.142 0.147 0.126 0.085 0.061 0.037 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 88 S 0.119 0.059 0.079 0.107 0.139 0.138 0.136 0.099 0.053 0.034 0.022 0.010 0.005 0.002 89 R 0.175 0.118 0.126 0.144 0.149 0.107 0.079 0.049 0.027 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 90 A 0.117 0.061 0.070 0.084 0.106 0.124 0.141 0.125 0.078 0.048 0.024 0.013 0.007 0.002 91 L 0.053 0.034 0.034 0.064 0.108 0.157 0.195 0.155 0.087 0.050 0.036 0.014 0.008 0.004 92 E 0.130 0.119 0.128 0.158 0.133 0.124 0.086 0.059 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 93 L 0.180 0.122 0.113 0.139 0.153 0.104 0.086 0.051 0.024 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 94 A 0.069 0.057 0.072 0.124 0.150 0.178 0.136 0.109 0.056 0.026 0.013 0.006 0.004 0.002 95 F 0.054 0.041 0.054 0.096 0.149 0.179 0.179 0.134 0.056 0.030 0.016 0.006 0.004 0.002 96 R 0.218 0.166 0.157 0.152 0.122 0.087 0.049 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 97 H 0.167 0.105 0.136 0.156 0.171 0.114 0.071 0.039 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 98 I 0.091 0.047 0.061 0.087 0.128 0.152 0.153 0.125 0.068 0.039 0.029 0.011 0.007 0.002 99 L 0.108 0.065 0.080 0.100 0.150 0.143 0.135 0.097 0.054 0.033 0.019 0.009 0.005 0.002 100 G 0.261 0.137 0.112 0.125 0.111 0.087 0.065 0.047 0.027 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 101 R 0.199 0.097 0.121 0.148 0.148 0.106 0.075 0.050 0.026 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 102 G 0.213 0.105 0.125 0.135 0.151 0.108 0.075 0.041 0.026 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 103 P 0.257 0.113 0.105 0.126 0.150 0.100 0.071 0.041 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 104 S 0.424 0.159 0.114 0.102 0.086 0.048 0.036 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 105 S 0.409 0.155 0.141 0.098 0.080 0.048 0.037 0.014 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 106 R 0.501 0.156 0.120 0.082 0.059 0.037 0.027 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.660 0.148 0.075 0.046 0.030 0.019 0.014 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.193 0.119 0.095 0.147 0.168 0.131 0.073 0.040 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 109 V 0.107 0.082 0.090 0.156 0.202 0.150 0.092 0.057 0.037 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 110 Q 0.365 0.182 0.145 0.102 0.074 0.060 0.034 0.014 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 111 K 0.305 0.186 0.148 0.122 0.091 0.073 0.035 0.016 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 112 Y 0.046 0.048 0.065 0.121 0.178 0.181 0.141 0.106 0.056 0.028 0.015 0.008 0.005 0.002 113 F 0.048 0.045 0.057 0.107 0.159 0.162 0.153 0.122 0.069 0.037 0.023 0.011 0.005 0.002 114 S 0.226 0.154 0.144 0.134 0.112 0.093 0.054 0.035 0.026 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 115 I 0.109 0.071 0.087 0.126 0.159 0.136 0.109 0.085 0.049 0.030 0.019 0.011 0.005 0.002 116 V 0.080 0.067 0.083 0.132 0.177 0.158 0.122 0.090 0.046 0.022 0.013 0.006 0.003 0.002 117 S 0.153 0.116 0.123 0.163 0.160 0.119 0.075 0.046 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 118 S 0.467 0.172 0.121 0.085 0.061 0.041 0.027 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 119 G 0.403 0.174 0.161 0.095 0.064 0.052 0.026 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.230 0.142 0.126 0.145 0.125 0.095 0.074 0.032 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 121 L 0.104 0.078 0.075 0.148 0.175 0.164 0.113 0.074 0.039 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 122 P 0.171 0.149 0.188 0.160 0.126 0.085 0.049 0.033 0.023 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 123 A 0.140 0.101 0.100 0.131 0.154 0.107 0.096 0.066 0.046 0.029 0.017 0.009 0.004 0.001 124 L 0.040 0.051 0.064 0.110 0.143 0.149 0.149 0.131 0.071 0.044 0.027 0.012 0.006 0.003 125 V 0.026 0.017 0.024 0.039 0.069 0.108 0.151 0.178 0.123 0.090 0.092 0.041 0.030 0.011 126 D 0.081 0.098 0.093 0.138 0.132 0.135 0.107 0.087 0.060 0.035 0.014 0.011 0.005 0.003 127 A 0.075 0.049 0.066 0.099 0.133 0.132 0.144 0.106 0.071 0.052 0.034 0.022 0.009 0.005 128 L 0.039 0.032 0.039 0.071 0.109 0.154 0.155 0.149 0.098 0.058 0.049 0.025 0.016 0.006 129 V 0.069 0.053 0.061 0.088 0.148 0.148 0.150 0.123 0.067 0.042 0.027 0.013 0.008 0.004 130 D 0.104 0.117 0.106 0.155 0.173 0.129 0.095 0.057 0.038 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 131 S 0.115 0.075 0.104 0.136 0.173 0.151 0.102 0.066 0.041 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 132 Q 0.367 0.152 0.160 0.100 0.080 0.061 0.038 0.017 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 133 E 0.188 0.110 0.115 0.146 0.162 0.116 0.070 0.050 0.023 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 134 Y 0.128 0.087 0.071 0.135 0.169 0.136 0.120 0.078 0.043 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 135 A 0.207 0.133 0.153 0.150 0.128 0.096 0.059 0.035 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 136 D 0.509 0.180 0.121 0.067 0.045 0.038 0.018 0.008 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 137 Y 0.134 0.095 0.105 0.152 0.173 0.144 0.084 0.056 0.029 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 138 F 0.123 0.076 0.083 0.130 0.170 0.143 0.110 0.082 0.041 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 139 G 0.260 0.142 0.138 0.130 0.110 0.084 0.057 0.033 0.025 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 140 E 0.340 0.136 0.149 0.112 0.089 0.062 0.045 0.027 0.019 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 141 E 0.322 0.153 0.145 0.118 0.093 0.071 0.045 0.022 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 142 T 0.134 0.074 0.083 0.117 0.147 0.145 0.105 0.080 0.051 0.033 0.015 0.009 0.004 0.002 143 V 0.152 0.082 0.081 0.113 0.148 0.118 0.109 0.086 0.048 0.031 0.019 0.008 0.003 0.002 144 P 0.186 0.090 0.097 0.109 0.118 0.102 0.086 0.074 0.054 0.039 0.026 0.013 0.005 0.003 145 Y 0.158 0.086 0.091 0.111 0.125 0.111 0.090 0.080 0.057 0.040 0.026 0.015 0.006 0.003 146 L 0.193 0.099 0.108 0.117 0.131 0.099 0.087 0.062 0.043 0.031 0.018 0.008 0.003 0.002 147 R 0.180 0.106 0.114 0.130 0.139 0.104 0.080 0.064 0.037 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 148 G 0.326 0.143 0.112 0.113 0.101 0.070 0.055 0.031 0.021 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001