This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATRO P A 3 3 NATAA Q A 4 4 NATAA S A 5 5 NATAA Y A 6 6 NATAA F A 7 7 NATAA N A 8 8 NATAA A A 9 9 NATAA A A 10 10 NATAA A A 11 11 NATAA K A 12 12 NATAA R A 13 13 NATAA Q A 14 14 NATAA K A 15 15 NATAA Y A 16 16 NATAA A A 17 17 NATAA M A 18 18 NATAA K A 19 19 NATRO P A 20 20 NATAA G A 21 21 NATAA L A 22 22 NATAA S A 23 23 NATAA A A 24 24 NATAA L A 25 25 NATAA E A 26 26 NATAA K A 27 27 NATAA N A 28 28 NATAA A A 29 29 NATAA V A 30 30 NATAA I A 31 31 NATAA K A 32 32 NATAA A A 33 33 NATAA A A 34 34 NATAA Y A 35 35 NATAA R A 36 36 NATAA Q A 37 37 NATAA I A 38 38 NATAA F A 39 39 NATAA E A 40 40 NATAA R A 41 41 NATAA D A 42 42 NATAA I A 43 43 NATAA T A 44 44 NATAA K A 45 45 NATAA A A 46 46 NATAA Y A 47 47 NATAA S A 48 48 NATAA Q A 49 49 NATAA S A 50 50 NATAA I A 51 51 NATAA S A 52 52 NATAA Y A 53 53 NATAA L A 54 54 NATAA E A 55 55 NATAA S A 56 56 NATAA Q A 57 57 NATAA V A 58 58 NATAA R A 59 59 NATAA N A 60 60 NATAA G A 61 61 NATAA D A 62 62 NATAA I A 63 63 NATAA S A 64 64 NATAA M A 65 65 NATAA K A 66 66 NATAA E A 67 67 NATAA F A 68 68 NATAA V A 69 69 NATAA R A 70 70 NATAA R A 71 71 NATAA L A 72 72 NATAA A A 73 73 NATAA K A 74 74 NATAA S A 75 75 NATRO P A 76 76 NATAA L A 77 77 NATAA Y A 78 78 NATAA R A 79 79 NATAA K A 80 80 NATAA Q A 81 81 NATAA F A 82 82 NATAA F A 83 83 NATAA E A 84 84 NATRO P A 85 85 NATAA F A 86 86 NATAA I A 87 87 NATAA N A 88 88 NATAA S A 89 89 NATAA R A 90 90 NATAA A A 91 91 NATAA L A 92 92 NATAA E A 93 93 NATAA L A 94 94 NATAA A A 95 95 NATAA F A 96 96 NATAA R A 97 97 NATAA H A 98 98 NATAA I A 99 99 NATAA L A 100 100 NATAA G A 101 101 NATAA R A 102 102 NATAA G A 103 103 NATRO P A 104 104 NATAA S A 105 105 NATAA S A 106 106 NATAA R A 107 107 NATAA E A 108 108 NATAA E A 109 109 NATAA V A 110 110 NATAA Q A 111 111 NATAA K A 112 112 NATAA Y A 113 113 NATAA F A 114 114 NATAA S A 115 115 NATAA I A 116 116 NATAA V A 117 117 NATAA S A 118 118 NATAA S A 119 119 NATAA G A 120 120 NATAA G A 121 121 NATAA L A 122 122 NATRO P A 123 123 NATAA A A 124 124 NATAA L A 125 125 NATAA V A 126 126 NATAA D A 127 127 NATAA A A 128 128 NATAA L A 129 129 NATAA V A 130 130 NATAA D A 131 131 NATAA S A 132 132 NATAA Q A 133 133 NATAA E A 134 134 NATAA Y A 135 135 NATAA A A 136 136 NATAA D A 137 137 NATAA Y A 138 138 NATAA F A 139 139 NATAA G A 140 140 NATAA E A 141 141 NATAA E A 142 142 NATAA T A 143 143 NATAA V A 144 144 NATRO P A 145 145 NATAA Y A 146 146 NATAA L A 147 147 NATAA R A 148 148 NATAA G