# TARGET T0554 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0554.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 295 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.992 2 P 0.122 0.013 0.001 0.005 0.024 0.011 0.824 3 V 0.547 0.068 0.002 0.005 0.030 0.008 0.340 4 E 0.775 0.028 0.002 0.006 0.011 0.004 0.174 5 L 0.667 0.028 0.004 0.006 0.022 0.006 0.267 6 R 0.292 0.021 0.008 0.004 0.127 0.025 0.522 7 A 0.086 0.012 0.012 0.003 0.283 0.063 0.540 8 N 0.022 0.015 0.010 0.002 0.231 0.123 0.596 9 W 0.004 0.022 0.005 0.002 0.373 0.040 0.554 10 S 0.002 0.006 0.001 0.006 0.261 0.006 0.718 11 E 0.001 0.001 0.025 0.914 0.021 0.029 0.011 12 E 0.001 0.001 0.017 0.948 0.007 0.021 0.006 13 D 0.001 0.001 0.010 0.968 0.003 0.012 0.006 14 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 16 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 18 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 22 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.012 0.001 25 V 0.001 0.001 0.002 0.971 0.003 0.019 0.004 26 L 0.002 0.001 0.006 0.867 0.008 0.108 0.008 27 G 0.004 0.001 0.007 0.526 0.058 0.356 0.047 28 N 0.008 0.004 0.011 0.256 0.165 0.315 0.241 29 D 0.023 0.014 0.025 0.158 0.233 0.162 0.385 30 Y 0.079 0.031 0.048 0.173 0.174 0.118 0.378 31 V 0.086 0.019 0.067 0.179 0.118 0.101 0.430 32 M 0.075 0.018 0.095 0.237 0.119 0.112 0.344 33 A 0.055 0.008 0.119 0.336 0.107 0.111 0.263 34 S 0.039 0.006 0.129 0.393 0.098 0.166 0.168 35 E 0.048 0.008 0.101 0.367 0.118 0.171 0.186 36 R 0.054 0.019 0.077 0.315 0.114 0.144 0.276 37 L 0.050 0.014 0.044 0.424 0.092 0.077 0.299 38 V 0.032 0.009 0.042 0.646 0.060 0.058 0.154 39 S 0.015 0.006 0.040 0.759 0.039 0.050 0.092 40 A 0.008 0.002 0.050 0.836 0.021 0.038 0.045 41 E 0.004 0.001 0.058 0.874 0.010 0.027 0.025 42 S 0.005 0.001 0.047 0.888 0.009 0.036 0.015 43 L 0.004 0.001 0.043 0.872 0.011 0.052 0.016 44 L 0.007 0.006 0.033 0.815 0.037 0.067 0.035 45 R 0.007 0.004 0.025 0.666 0.024 0.225 0.050 46 N 0.005 0.001 0.011 0.217 0.069 0.662 0.035 47 G 0.016 0.001 0.006 0.085 0.221 0.563 0.109 48 K 0.104 0.011 0.005 0.031 0.187 0.073 0.589 49 I 0.531 0.061 0.003 0.033 0.053 0.007 0.312 50 T 0.454 0.045 0.001 0.029 0.015 0.002 0.454 51 V 0.010 0.001 0.017 0.942 0.006 0.008 0.017 52 R 0.002 0.001 0.003 0.980 0.004 0.007 0.004 53 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.001 54 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 55 V 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.008 0.001 56 R 0.002 0.001 0.009 0.978 0.003 0.007 0.002 57 A 0.001 0.001 0.017 0.965 0.003 0.010 0.002 58 V 0.003 0.002 0.054 0.876 0.003 0.057 0.005 59 A 0.007 0.013 0.041 0.516 0.020 0.378 0.024 60 K 0.004 0.005 0.013 0.330 0.069 0.478 0.101 61 S 0.002 0.002 0.005 0.332 0.132 0.043 0.483 62 E 0.001 0.001 0.015 0.948 0.008 0.014 0.013 63 L 0.001 0.001 0.027 0.936 0.008 0.020 0.008 64 Y 0.002 0.001 0.029 0.932 0.008 0.020 0.009 65 K 0.005 0.001 0.021 0.923 0.008 0.032 0.011 66 E 0.013 0.001 0.027 0.850 0.010 0.085 0.015 67 K 0.009 0.001 0.044 0.720 0.015 0.188 0.022 68 F 0.030 0.011 0.050 0.544 0.066 0.207 0.091 69 L 0.054 0.017 0.070 0.309 0.132 0.166 0.251 70 Y 0.044 0.008 0.072 0.252 0.208 0.243 0.174 71 G 0.017 0.006 0.043 0.183 0.211 0.372 0.169 72 N 0.013 0.007 0.019 0.109 0.334 0.147 0.371 73 F 0.015 0.007 0.011 0.122 0.311 0.105 0.430 74 Q 0.015 0.004 0.016 0.392 0.130 0.179 0.264 75 T 0.024 0.004 0.008 0.761 0.044 0.030 0.129 76 R 0.020 0.003 0.004 0.893 0.016 0.007 0.056 77 V 0.023 0.004 0.004 0.934 0.004 0.006 0.024 78 I 0.009 0.001 0.004 0.973 0.002 0.006 0.005 79 E 0.006 0.001 0.001 0.983 0.002 0.003 0.004 80 L 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.002 0.002 81 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 82 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 83 K 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.012 0.001 84 H 0.001 0.001 0.008 0.964 0.002 0.025 0.001 85 L 0.001 0.001 0.010 0.951 0.002 0.034 0.002 86 L 0.002 0.005 0.008 0.717 0.050 0.195 0.022 87 G 0.003 0.004 0.009 0.099 0.166 0.461 0.257 88 R 0.007 0.010 0.007 0.021 0.507 0.060 0.388 89 A 0.017 0.016 0.021 0.015 0.196 0.060 0.674 90 P 0.014 0.034 0.040 0.018 0.200 0.129 0.564 91 Y 0.006 0.017 0.012 0.012 0.212 0.061 0.679 92 D 0.002 0.003 0.001 0.017 0.107 0.006 0.864 93 E 0.001 0.001 0.007 0.981 0.003 0.006 0.002 94 S 0.001 0.001 0.008 0.982 0.003 0.005 0.002 95 E 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.007 0.001 96 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 98 F 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.014 0.002 99 H 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 100 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 101 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 103 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 104 E 0.001 0.001 0.003 0.966 0.001 0.027 0.002 105 N 0.001 0.001 0.004 0.895 0.004 0.092 0.005 106 E 0.001 0.001 0.004 0.581 0.014 0.390 0.010 107 G 0.002 0.003 0.005 0.309 0.058 0.516 0.108 108 F 0.015 0.005 0.004 0.345 0.033 0.028 0.569 109 D 0.048 0.002 0.006 0.708 0.107 0.018 0.112 110 A 0.100 0.006 0.006 0.845 0.012 0.012 0.019 111 D 0.099 0.002 0.004 0.875 0.003 0.010 0.007 112 I 0.116 0.001 0.003 0.862 0.003 0.009 0.006 113 D 0.078 0.001 0.010 0.876 0.010 0.014 0.011 114 S 0.066 0.001 0.024 0.835 0.015 0.052 0.007 115 Y 0.049 0.002 0.021 0.806 0.022 0.080 0.022 116 I 0.065 0.031 0.025 0.581 0.068 0.158 0.072 117 D 0.034 0.017 0.006 0.271 0.202 0.068 0.401 118 S 0.006 0.002 0.011 0.648 0.067 0.042 0.224 119 P 0.001 0.001 0.023 0.957 0.003 0.015 0.001 120 E 0.001 0.001 0.021 0.961 0.002 0.014 0.001 121 Y 0.001 0.001 0.027 0.959 0.002 0.010 0.002 122 T 0.001 0.001 0.027 0.937 0.005 0.025 0.004 123 N 0.003 0.001 0.043 0.847 0.007 0.092 0.007 124 S 0.003 0.002 0.051 0.728 0.030 0.167 0.020 125 F 0.007 0.005 0.033 0.362 0.072 0.461 0.061 126 G 0.010 0.005 0.041 0.054 0.151 0.409 0.330 127 D 0.018 0.006 0.075 0.035 0.282 0.316 0.269 128 W 0.062 0.009 0.092 0.027 0.202 0.228 0.379 129 V 0.215 0.047 0.038 0.029 0.130 0.034 0.507 130 V 0.279 0.036 0.014 0.017 0.075 0.014 0.565 131 P 0.286 0.018 0.019 0.019 0.073 0.025 0.560 132 Y 0.265 0.036 0.036 0.035 0.098 0.047 0.482 133 Y 0.185 0.038 0.033 0.041 0.110 0.063 0.530 134 R 0.084 0.013 0.015 0.023 0.048 0.074 0.742 135 G 0.007 0.003 0.005 0.009 0.017 0.016 0.944