# TARGET T0550 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0550.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.002 0.008 0.475 0.072 0.434 2 K 0.009 0.004 0.006 0.750 0.030 0.201 3 N 0.005 0.001 0.003 0.941 0.009 0.041 4 I 0.004 0.001 0.002 0.976 0.003 0.014 5 Y 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 6 I 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 7 Y 0.002 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 8 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 9 S 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 10 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 11 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 12 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 13 V 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 14 I 0.001 0.001 0.007 0.989 0.003 0.001 15 V 0.001 0.001 0.009 0.977 0.009 0.004 16 L 0.002 0.001 0.013 0.940 0.028 0.016 17 G 0.007 0.009 0.016 0.812 0.085 0.071 18 T 0.013 0.019 0.031 0.511 0.340 0.085 19 A 0.014 0.010 0.041 0.233 0.597 0.105 20 C 0.020 0.011 0.027 0.109 0.668 0.165 21 N 0.012 0.006 0.014 0.070 0.684 0.214 22 N 0.010 0.004 0.046 0.429 0.381 0.131 23 E 0.019 0.010 0.054 0.535 0.308 0.074 24 W 0.038 0.017 0.056 0.448 0.316 0.125 25 E 0.059 0.008 0.046 0.520 0.236 0.132 26 D 0.082 0.007 0.056 0.609 0.173 0.072 27 E 0.168 0.009 0.061 0.531 0.164 0.068 28 Q 0.206 0.009 0.053 0.430 0.177 0.125 29 Y 0.348 0.017 0.037 0.283 0.130 0.185 30 E 0.386 0.005 0.039 0.263 0.130 0.178 31 Q 0.518 0.004 0.017 0.202 0.086 0.173 32 Y 0.745 0.006 0.005 0.091 0.037 0.116 33 V 0.802 0.006 0.002 0.067 0.027 0.096 34 S 0.768 0.004 0.004 0.063 0.035 0.126 35 F 0.747 0.007 0.007 0.041 0.058 0.139 36 K 0.647 0.009 0.009 0.030 0.101 0.204 37 A 0.441 0.010 0.013 0.025 0.208 0.303 38 P 0.361 0.025 0.015 0.016 0.310 0.273 39 I 0.240 0.021 0.023 0.017 0.400 0.299 40 A 0.209 0.021 0.029 0.015 0.533 0.192 41 S 0.150 0.013 0.040 0.017 0.629 0.151 42 G 0.159 0.008 0.023 0.009 0.571 0.230 43 S 0.363 0.015 0.020 0.005 0.424 0.173 44 D 0.498 0.011 0.011 0.004 0.256 0.222 45 G 0.696 0.008 0.005 0.002 0.118 0.170 46 V 0.800 0.008 0.003 0.001 0.072 0.116 47 T 0.855 0.005 0.002 0.001 0.043 0.094 48 T 0.906 0.005 0.001 0.001 0.027 0.060 49 I 0.919 0.001 0.001 0.001 0.025 0.053 50 Y 0.936 0.003 0.001 0.001 0.017 0.042 51 V 0.951 0.003 0.001 0.001 0.015 0.029 52 R 0.951 0.003 0.002 0.001 0.017 0.028 53 Y 0.939 0.012 0.001 0.001 0.020 0.026 54 K 0.691 0.010 0.003 0.001 0.284 0.012 55 D 0.152 0.003 0.008 0.002 0.815 0.021 56 N 0.026 0.001 0.005 0.001 0.960 0.008 57 G 0.089 0.004 0.008 0.001 0.877 0.022 58 K 0.697 0.011 0.001 0.001 0.110 0.180 59 V 0.939 0.013 0.001 0.001 0.017 0.031 60 T 0.931 0.002 0.001 0.001 0.009 0.058 61 Y 0.968 0.003 0.001 0.001 0.005 0.024 62 Q 0.948 0.002 0.001 0.001 0.008 0.041 63 L 0.940 0.002 0.001 0.001 0.010 0.048 64 P 0.901 0.001 0.001 0.001 0.017 0.079 65 I 0.948 0.002 0.001 0.001 0.013 0.035 66 I 0.946 0.006 0.001 0.001 0.016 0.030 67 V 0.900 0.010 0.002 0.002 0.037 0.050 68 S 0.662 0.004 0.005 0.005 0.134 0.190 69 G 0.435 0.009 0.009 0.008 0.251 0.289 70 S 0.456 0.038 0.010 0.008 0.266 0.221 71 T 0.386 0.041 0.018 0.009 0.298 0.248 72 V 0.230 0.033 0.058 0.012 0.440 0.227 73 N 0.088 0.020 0.072 0.014 0.543 0.264 74 S 0.064 0.014 0.068 0.013 0.721 0.119 75 Q 0.057 0.013 0.084 0.027 0.675 0.144 76 D 0.180 0.006 0.011 0.007 0.458 0.338 77 R 0.671 0.009 0.002 0.003 0.144 0.170 78 D 0.873 0.008 0.001 0.002 0.025 0.092 79 I 0.968 0.003 0.001 0.001 0.006 0.020 80 H 0.972 0.002 0.001 0.001 0.007 0.017 81 I 0.961 0.002 0.002 0.001 0.010 0.025 82 A 0.920 0.004 0.003 0.001 0.028 0.044 83 V 0.713 0.020 0.002 0.001 0.056 0.207 84 D 0.172 0.013 0.001 0.006 0.177 0.632 85 K 0.003 0.001 0.119 0.661 0.172 0.044 86 D 0.001 0.001 0.087 0.823 0.083 0.006 87 T 0.001 0.001 0.060 0.909 0.028 0.002 88 L 0.001 0.001 0.005 0.984 0.006 0.004 89 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.002 90 T 0.002 0.001 0.002 0.989 0.005 0.001 91 L 0.004 0.001 0.002 0.976 0.013 0.004 92 N 0.003 0.001 0.003 0.959 0.021 0.013 93 I 0.006 0.001 0.007 0.941 0.026 0.019 94 E 0.005 0.001 0.007 0.909 0.042 0.035 95 R 0.014 0.003 0.008 0.846 0.057 0.072 96 F 0.023 0.006 0.019 0.431 0.165 0.355 97 S 0.016 0.011 0.042 0.439 0.280 0.213 98 L 0.013 0.005 0.054 0.393 0.329 0.207 99 Y 0.012 0.006 0.026 0.190 0.461 0.304 100 R 0.021 0.005 0.189 0.245 0.448 0.092 101 P 0.034 0.003 0.192 0.204 0.404 0.164 102 E 0.092 0.016 0.287 0.127 0.362 0.116 103 L 0.201 0.010 0.066 0.064 0.352 0.307 104 W 0.309 0.004 0.027 0.027 0.140 0.493 105 Y 0.767 0.015 0.025 0.019 0.052 0.122 106 T 0.859 0.009 0.012 0.016 0.031 0.072 107 E 0.748 0.012 0.012 0.016 0.048 0.165 108 M 0.272 0.017 0.005 0.008 0.135 0.563 109 E 0.087 0.011 0.023 0.007 0.470 0.402 110 E 0.057 0.007 0.199 0.025 0.573 0.139 111 D 0.092 0.005 0.219 0.014 0.569 0.100 112 K 0.308 0.014 0.106 0.009 0.435 0.127 113 Y 0.714 0.034 0.013 0.005 0.103 0.131 114 E 0.741 0.058 0.008 0.005 0.083 0.105 115 F 0.579 0.026 0.021 0.006 0.201 0.167 116 P 0.181 0.007 0.023 0.005 0.690 0.094 117 E 0.048 0.001 0.044 0.010 0.836 0.061 118 T 0.143 0.006 0.029 0.011 0.712 0.099 119 V 0.593 0.026 0.014 0.011 0.269 0.087 120 H 0.799 0.030 0.002 0.004 0.049 0.116 121 I 0.647 0.044 0.003 0.005 0.132 0.169 122 P 0.225 0.018 0.004 0.004 0.703 0.046 123 A 0.108 0.005 0.005 0.003 0.844 0.035 124 G 0.090 0.002 0.004 0.001 0.869 0.034 125 S 0.496 0.025 0.003 0.001 0.437 0.039 126 C 0.766 0.018 0.001 0.001 0.076 0.139 127 V 0.807 0.009 0.004 0.002 0.078 0.101 128 E 0.769 0.006 0.004 0.002 0.101 0.119 129 L 0.829 0.015 0.004 0.001 0.071 0.080 130 L 0.773 0.009 0.003 0.001 0.083 0.131 131 N 0.691 0.004 0.003 0.001 0.069 0.232 132 I 0.796 0.007 0.002 0.001 0.032 0.162 133 D 0.849 0.014 0.002 0.001 0.027 0.107 134 F 0.844 0.029 0.002 0.001 0.026 0.097 135 N 0.596 0.019 0.010 0.002 0.241 0.133 136 L 0.066 0.006 0.233 0.008 0.634 0.054 137 Q 0.021 0.002 0.203 0.006 0.729 0.039 138 D 0.047 0.021 0.184 0.005 0.686 0.056 139 I 0.105 0.117 0.021 0.005 0.371 0.381 140 D 0.078 0.084 0.016 0.004 0.677 0.141 141 M 0.039 0.009 0.069 0.013 0.807 0.062 142 L 0.054 0.009 0.043 0.008 0.838 0.048 143 E 0.167 0.023 0.044 0.004 0.694 0.068 144 K 0.461 0.006 0.008 0.003 0.192 0.331 145 W 0.824 0.011 0.002 0.001 0.043 0.119 146 V 0.861 0.017 0.001 0.001 0.022 0.099 147 L 0.857 0.005 0.001 0.001 0.017 0.120 148 P 0.840 0.002 0.001 0.001 0.024 0.131 149 L 0.914 0.001 0.001 0.001 0.014 0.069 150 T 0.953 0.002 0.001 0.001 0.010 0.034 151 I 0.928 0.004 0.001 0.001 0.014 0.052 152 V 0.756 0.010 0.003 0.002 0.055 0.173 153 D 0.374 0.032 0.013 0.006 0.228 0.347 154 D 0.117 0.007 0.028 0.011 0.567 0.270 155 G 0.036 0.008 0.034 0.010 0.675 0.236 156 S 0.054 0.019 0.041 0.010 0.663 0.213 157 Y 0.145 0.011 0.045 0.016 0.472 0.309 158 A 0.374 0.020 0.041 0.022 0.219 0.324 159 Y 0.610 0.028 0.028 0.015 0.145 0.174 160 Q 0.698 0.019 0.015 0.010 0.130 0.128 161 S 0.586 0.021 0.010 0.010 0.165 0.208 162 H 0.318 0.021 0.012 0.011 0.446 0.191 163 P 0.073 0.005 0.079 0.049 0.662 0.131 164 R 0.071 0.009 0.093 0.049 0.666 0.111 165 K 0.094 0.012 0.091 0.054 0.642 0.107 166 N 0.229 0.022 0.039 0.041 0.357 0.312 167 Y 0.490 0.018 0.041 0.051 0.215 0.186 168 A 0.726 0.009 0.030 0.022 0.104 0.110 169 K 0.891 0.005 0.012 0.009 0.035 0.048 170 A 0.934 0.002 0.006 0.007 0.019 0.033 171 L 0.964 0.002 0.002 0.004 0.009 0.018 172 L 0.957 0.002 0.002 0.004 0.012 0.025 173 K 0.930 0.002 0.001 0.005 0.020 0.042 174 V 0.897 0.005 0.001 0.005 0.030 0.062 175 V 0.826 0.007 0.001 0.006 0.056 0.104 176 P 0.706 0.009 0.005 0.017 0.100 0.164 177 F 0.579 0.014 0.017 0.027 0.172 0.192 178 N 0.440 0.019 0.032 0.025 0.269 0.216 179 N 0.263 0.011 0.046 0.022 0.369 0.289 180 Y 0.240 0.034 0.041 0.026 0.310 0.348 181 S 0.346 0.021 0.022 0.022 0.234 0.354 182 G 0.393 0.011 0.021 0.022 0.218 0.334 183 S 0.497 0.023 0.016 0.021 0.209 0.234 184 Y 0.504 0.031 0.022 0.019 0.218 0.206 185 T 0.443 0.013 0.020 0.021 0.275 0.229 186 A 0.406 0.007 0.040 0.025 0.331 0.189 187 S 0.430 0.015 0.044 0.033 0.283 0.196 188 S 0.578 0.015 0.030 0.017 0.208 0.152 189 M 0.726 0.009 0.012 0.012 0.112 0.128 190 K 0.823 0.005 0.006 0.008 0.063 0.096 191 V 0.902 0.006 0.003 0.008 0.029 0.053 192 Y 0.905 0.004 0.003 0.009 0.030 0.049 193 T 0.889 0.006 0.003 0.010 0.035 0.056 194 Y 0.746 0.014 0.007 0.014 0.109 0.111 195 I 0.405 0.020 0.018 0.022 0.353 0.183 196 N 0.143 0.013 0.028 0.023 0.608 0.185 197 G 0.074 0.018 0.038 0.018 0.671 0.180 198 K 0.061 0.020 0.037 0.016 0.631 0.236 199 P 0.094 0.031 0.042 0.016 0.526 0.292 200 D 0.150 0.033 0.037 0.016 0.420 0.343 201 T 0.164 0.028 0.025 0.013 0.361 0.408 202 N 0.286 0.028 0.016 0.009 0.289 0.372 203 A 0.348 0.017 0.016 0.012 0.217 0.390 204 R 0.548 0.022 0.015 0.010 0.146 0.259 205 T 0.693 0.012 0.013 0.008 0.119 0.155 206 T 0.753 0.005 0.009 0.008 0.103 0.121 207 D 0.760 0.005 0.006 0.007 0.092 0.129 208 K 0.852 0.006 0.003 0.005 0.059 0.074 209 R 0.861 0.004 0.003 0.004 0.051 0.077 210 T 0.877 0.004 0.003 0.003 0.045 0.067 211 G 0.858 0.005 0.004 0.004 0.052 0.077 212 Y 0.884 0.006 0.002 0.003 0.040 0.065 213 V 0.908 0.004 0.002 0.002 0.033 0.051 214 V 0.850 0.011 0.002 0.002 0.055 0.079 215 D 0.649 0.018 0.004 0.004 0.234 0.091 216 N 0.205 0.002 0.031 0.021 0.690 0.051 217 N 0.196 0.002 0.035 0.023 0.696 0.049 218 S 0.708 0.010 0.010 0.013 0.223 0.035 219 I 0.936 0.003 0.001 0.006 0.021 0.033 220 F 0.973 0.003 0.001 0.003 0.006 0.015 221 F 0.963 0.003 0.001 0.004 0.011 0.017 222 Y 0.913 0.002 0.002 0.009 0.036 0.038 223 A 0.774 0.003 0.006 0.018 0.098 0.102 224 G 0.700 0.006 0.004 0.015 0.127 0.148 225 L 0.765 0.015 0.005 0.011 0.085 0.119 226 I 0.741 0.024 0.005 0.014 0.070 0.145 227 N 0.514 0.030 0.012 0.038 0.206 0.199 228 E 0.104 0.006 0.061 0.196 0.467 0.165 229 D 0.031 0.004 0.055 0.254 0.495 0.162 230 M 0.043 0.008 0.067 0.355 0.416 0.111 231 D 0.067 0.012 0.044 0.452 0.274 0.150 232 K 0.133 0.019 0.050 0.364 0.283 0.151 233 D 0.147 0.009 0.084 0.317 0.314 0.129 234 M 0.180 0.009 0.070 0.197 0.351 0.194 235 R 0.201 0.015 0.068 0.159 0.331 0.226 236 K 0.228 0.011 0.030 0.070 0.315 0.346 237 K 0.397 0.005 0.016 0.032 0.215 0.334 238 Y 0.770 0.006 0.004 0.017 0.066 0.137 239 K 0.860 0.004 0.002 0.012 0.038 0.085 240 I 0.919 0.003 0.001 0.007 0.018 0.053 241 N 0.932 0.003 0.001 0.004 0.019 0.042 242 V 0.889 0.008 0.001 0.003 0.030 0.069 243 H 0.708 0.011 0.003 0.003 0.142 0.131 244 F 0.290 0.014 0.014 0.005 0.445 0.233 245 K 0.084 0.009 0.026 0.005 0.674 0.202 246 E 0.071 0.014 0.069 0.008 0.718 0.120 247 D 0.125 0.013 0.061 0.011 0.579 0.211 248 G 0.254 0.014 0.039 0.009 0.401 0.284 249 T 0.593 0.017 0.010 0.005 0.144 0.231 250 L 0.793 0.013 0.004 0.003 0.055 0.132 251 D 0.879 0.006 0.002 0.003 0.030 0.080 252 M 0.906 0.006 0.002 0.003 0.025 0.058 253 K 0.884 0.003 0.002 0.003 0.033 0.074 254 Q 0.824 0.007 0.003 0.004 0.053 0.108 255 D 0.651 0.022 0.004 0.005 0.107 0.211 256 D 0.341 0.026 0.012 0.010 0.359 0.252 257 P 0.101 0.014 0.042 0.025 0.580 0.237 258 S 0.048 0.010 0.069 0.025 0.719 0.130 259 N 0.038 0.008 0.095 0.038 0.694 0.127 260 E 0.106 0.018 0.062 0.037 0.477 0.299 261 M 0.295 0.039 0.051 0.037 0.304 0.273 262 E 0.424 0.015 0.029 0.024 0.182 0.325 263 F 0.664 0.024 0.024 0.022 0.107 0.159 264 E 0.674 0.021 0.020 0.022 0.113 0.151 265 L 0.613 0.015 0.023 0.026 0.158 0.165 266 I 0.323 0.009 0.030 0.026 0.386 0.226 267 G 0.205 0.014 0.027 0.020 0.436 0.297 268 T 0.183 0.020 0.022 0.012 0.532 0.232 269 P 0.173 0.011 0.022 0.014 0.464 0.317 270 T 0.399 0.013 0.012 0.008 0.259 0.309 271 Y 0.671 0.013 0.006 0.007 0.126 0.177 272 S 0.720 0.013 0.004 0.007 0.069 0.187 273 S 0.796 0.010 0.005 0.008 0.052 0.129 274 T 0.768 0.009 0.012 0.009 0.062 0.140 275 S 0.757 0.011 0.012 0.008 0.066 0.147 276 V 0.722 0.023 0.011 0.008 0.109 0.127 277 M 0.526 0.048 0.010 0.009 0.187 0.221 278 D 0.114 0.025 0.005 0.005 0.767 0.082 279 A 0.028 0.006 0.024 0.012 0.886 0.044 280 T 0.022 0.011 0.015 0.007 0.880 0.065 281 R 0.041 0.015 0.027 0.005 0.830 0.082 282 P 0.160 0.017 0.043 0.010 0.391 0.378 283 Y 0.448 0.044 0.075 0.011 0.245 0.176 284 L 0.697 0.018 0.049 0.006 0.144 0.085 285 E 0.835 0.011 0.012 0.003 0.075 0.063 286 R 0.810 0.002 0.008 0.004 0.083 0.092 287 R 0.885 0.002 0.004 0.006 0.049 0.054 288 Y 0.933 0.002 0.002 0.005 0.022 0.037 289 V 0.955 0.002 0.001 0.004 0.016 0.023 290 Q 0.949 0.004 0.001 0.003 0.017 0.027 291 I 0.865 0.005 0.001 0.004 0.046 0.080 292 M 0.703 0.008 0.005 0.007 0.137 0.140 293 F 0.441 0.008 0.021 0.014 0.244 0.273 294 E 0.456 0.013 0.017 0.011 0.194 0.309 295 Y 0.564 0.026 0.012 0.009 0.148 0.241 296 D 0.492 0.018 0.008 0.009 0.141 0.332 297 F 0.546 0.026 0.021 0.015 0.193 0.198 298 Q 0.289 0.009 0.028 0.025 0.362 0.287 299 D 0.333 0.007 0.028 0.018 0.317 0.297 300 F 0.506 0.036 0.016 0.018 0.184 0.241 301 T 0.535 0.031 0.010 0.017 0.141 0.266 302 Y 0.551 0.065 0.014 0.015 0.142 0.212 303 G 0.201 0.056 0.019 0.015 0.547 0.162 304 G 0.073 0.013 0.030 0.013 0.760 0.112 305 S 0.025 0.006 0.022 0.005 0.847 0.095 306 G 0.068 0.022 0.010 0.002 0.779 0.118 307 T 0.193 0.035 0.007 0.001 0.391 0.373 308 E 0.292 0.048 0.008 0.001 0.249 0.401 309 V 0.410 0.034 0.012 0.001 0.185 0.357 310 I 0.517 0.034 0.005 0.001 0.098 0.345 311 P 0.560 0.007 0.003 0.001 0.070 0.360 312 I 0.734 0.010 0.003 0.001 0.056 0.197 313 K 0.853 0.005 0.001 0.001 0.034 0.106 314 Y 0.918 0.002 0.001 0.001 0.019 0.060 315 R 0.947 0.003 0.001 0.001 0.014 0.035 316 V 0.940 0.004 0.001 0.001 0.011 0.045 317 A 0.864 0.001 0.001 0.001 0.028 0.106 318 G 0.818 0.003 0.001 0.001 0.041 0.137 319 S 0.886 0.010 0.001 0.001 0.032 0.071 320 M 0.894 0.004 0.001 0.001 0.021 0.080 321 T 0.914 0.004 0.001 0.002 0.017 0.061 322 L 0.887 0.005 0.006 0.005 0.022 0.075 323 L 0.899 0.007 0.007 0.007 0.030 0.050 324 R 0.778 0.008 0.014 0.013 0.088 0.100 325 N 0.586 0.013 0.012 0.015 0.224 0.150 326 I 0.284 0.026 0.022 0.030 0.418 0.218 327 N 0.203 0.010 0.018 0.034 0.491 0.243 328 T 0.199 0.038 0.035 0.051 0.453 0.225 329 Q 0.166 0.043 0.020 0.055 0.262 0.454 330 I 0.074 0.096 0.008 0.044 0.195 0.583 331 P 0.010 0.009 0.004 0.022 0.089 0.866 332 D 0.015 0.029 0.115 0.108 0.353 0.379 333 E 0.010 0.008 0.343 0.183 0.327 0.129 334 D 0.008 0.005 0.483 0.168 0.282 0.054 335 Q 0.033 0.013 0.235 0.187 0.417 0.116 336 Q 0.057 0.038 0.080 0.215 0.328 0.283 337 I 0.041 0.033 0.034 0.172 0.247 0.473 338 E 0.020 0.012 0.017 0.128 0.198 0.625 339 W 0.002 0.004 0.005 0.026 0.051 0.913