This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA M A 3 3 NATAA D A 4 4 NATAA Y A 5 5 NATAA G A 6 6 NATAA I A 7 7 NATAA D A 8 8 NATAA I A 9 9 NATAA W A 10 10 NATAA G A 11 11 NATAA N A 12 12 NATAA E A 13 13 NATAA N A 14 14 NATAA F A 15 15 NATAA I A 16 16 NATAA I A 17 17 NATAA K A 18 18 NATAA N A 19 19 NATAA G A 20 20 NATAA K A 21 21 NATAA V A 22 22 NATRO C A 23 23 NATAA I A 24 24 NATAA N A 25 25 NATAA Y A 26 26 NATAA E A 27 27 NATAA K A 28 28 NATAA K A 29 29 NATRO P A 30 30 NATAA A A 31 31 NATAA I A 32 32 NATAA I A 33 33 NATAA D A 34 34 NATAA I A 35 35 NATAA V A 36 36 NATAA K A 37 37 NATAA E A 38 38 NATAA L A 39 39 NATAA R A 40 40 NATAA D A 41 41 NATAA D A 42 42 NATAA G A 43 43 NATAA Y A 44 44 NATAA K A 45 45 NATAA G A 46 46 NATRO P A 47 47 NATAA L A 48 48 NATAA L A 49 49 NATAA L A 50 50 NATAA R A 51 51 NATAA F A 52 52 NATRO P A 53 53 NATAA H A 54 54 NATAA L A 55 55 NATAA I A 56 56 NATAA Q A 57 57 NATAA K A 58 58 NATAA Q A 59 59 NATAA I A 60 60 NATAA E A 61 61 NATAA N A 62 62 NATAA I A 63 63 NATAA Y A 64 64 NATAA G A 65 65 NATAA N A 66 66 NATAA F A 67 67 NATAA N A 68 68 NATAA K A 69 69 NATAA A A 70 70 NATAA R A 71 71 NATAA K A 72 72 NATAA E A 73 73 NATAA F A 74 74 NATAA G A 75 75 NATAA Y A 76 76 NATAA K A 77 77 NATAA G A 78 78 NATAA G A 79 79 NATAA F A 80 80 NATAA N A 81 81 NATAA A A 82 82 NATAA V A 83 83 NATAA Y A 84 84 NATRO P A 85 85 NATAA L A 86 86 NATAA K A 87 87 NATAA V A 88 88 NATAA N A 89 89 NATAA Q A 90 90 NATAA Y A 91 91 NATRO P A 92 92 NATAA G A 93 93 NATAA F A 94 94 NATAA V A 95 95 NATAA K A 96 96 NATAA N A 97 97 NATAA L A 98 98 NATAA V A 99 99 NATAA K A 100 100 NATAA L A 101 101 NATAA G A 102 102 NATAA K A 103 103 NATAA D A 104 104 NATAA Y A 105 105 NATAA N A 106 106 NATAA Y A 107 107 NATAA G A 108 108 NATAA L A 109 109 NATAA E A 110 110 NATAA A A 111 111 NATAA G A 112 112 NATAA S A 113 113 NATAA K A 114 114 NATAA A A 115 115 NATAA E A 116 116 NATAA L A 117 117 NATAA L A 118 118 NATAA L A 119 119 NATAA A A 120 120 NATAA M A 121 121 NATAA A A 122 122 NATAA Y A 123 123 NATAA N A 124 124 NATAA N A 125 125 NATAA E A 126 126 NATAA G A 127 127 NATAA A A 128 128 NATRO P A 129 129 NATAA I A 130 130 NATAA T A 131 131 NATAA V A 132 132 NATAA N A 133 133 NATAA G A 134 134 NATAA F A 135 135 NATAA K A 136 136 NATAA D A 137 137 NATAA R A 138 138 NATAA E A 139 139 NATAA L A 140 140 NATAA I A 141 141 NATAA N A 142 142 NATAA I A 143 143 NATAA G A 144 144 NATAA F A 145 145 NATAA I A 146 146 NATAA A A 147 147 NATAA A A 148 148 NATAA E A 149 149 NATAA M A 150 150 NATAA G A 151 151 NATAA H A 152 152 NATAA N A 153 153 NATAA I A 154 154 NATAA T A 155 155 NATAA L A 156 156 NATAA T A 157 157 NATAA I A 158 158 NATAA E A 159 159 NATAA G A 160 160 NATAA L A 161 161 NATAA N A 162 162 NATAA E A 163 163 NATAA L A 164 164 NATAA E A 165 165 NATAA A A 166 166 NATAA I A 167 167 NATAA I A 168 168 NATAA D A 169 169 NATAA I A 170 170 NATAA A A 171 171 NATAA K A 172 172 NATAA E A 173 173 NATAA R A 174 174 NATAA F A 175 175 NATAA K A 176 176 NATRO P A 177 177 NATAA K A 178 178 NATRO P A 179 179 NATAA N A 180 180 NATAA I A 181 181 NATAA G A 182 182 NATAA L A 183 183 NATAA R A 184 184 NATAA V A 185 185 NATAA R A 186 186 NATAA L A 187 187 NATAA H A 188 188 NATAA S A 189 189 NATAA A A 190 190 NATAA G A 191 191 NATAA V A 192 192 NATAA G A 193 193 NATAA I A 194 194 NATAA W A 195 195 NATAA A A 196 196 NATAA K A 197 197 NATAA S A 198 198 NATAA G A 199 199 NATAA G A 200 200 NATAA I A 201 201 NATAA N A 202 202 NATAA S A 203 203 NATAA K A 204 204 NATAA F A 205 205 NATAA G A 206 206 NATAA L A 207 207 NATAA T A 208 208 NATAA S A 209 209 NATAA T A 210 210 NATAA E A 211 211 NATAA L A 212 212 NATAA I A 213 213 NATAA E A 214 214 NATAA A A 215 215 NATAA V A 216 216 NATAA N A 217 217 NATAA L A 218 218 NATAA L A 219 219 NATAA K A 220 220 NATAA E A 221 221 NATAA N A 222 222 NATAA K A 223 223 NATAA L A 224 224 NATAA L A 225 225 NATAA E A 226 226 NATAA Q A 227 227 NATAA F A 228 228 NATAA T A 229 229 NATAA M A 230 230 NATAA I A 231 231 NATAA H A 232 232 NATAA F A 233 233 NATAA H A 234 234 NATAA L A 235 235 NATAA G A 236 236 NATAA S A 237 237 NATAA Q A 238 238 NATAA I A 239 239 NATAA T A 240 240 NATAA E A 241 241 NATAA I A 242 242 NATAA H A 243 243 NATRO P A 244 244 NATAA L A 245 245 NATAA K A 246 246 NATAA K A 247 247 NATAA A A 248 248 NATAA L A 249 249 NATAA N A 250 250 NATAA E A 251 251 NATAA A A 252 252 NATAA G A 253 253 NATAA N A 254 254 NATAA I A 255 255 NATAA Y A 256 256 NATAA T A 257 257 NATAA E A 258 258 NATAA L A 259 259 NATAA R A 260 260 NATAA K A 261 261 NATAA M A 262 262 NATAA G A 263 263 NATAA A A 264 264 NATAA K A 265 265 NATAA N A 266 266 NATAA L A 267 267 NATAA K A 268 268 NATAA A A 269 269 NATAA I A 270 270 NATAA N A 271 271 NATAA L A 272 272 NATAA G A 273 273 NATAA G A 274 274 NATAA G A 275 275 NATAA L A 276 276 NATAA A A 277 277 NATAA V A 278 278 NATAA E A 279 279 NATAA Y A 280 280 NATAA S A 281 281 NATAA Q A 282 282 NATAA F A 283 283 NATAA K A 284 284 NATAA N A 285 285 NATAA E A 286 286 NATAA K A 287 287 NATAA S A 288 288 NATAA R A 289 289 NATAA N A 290 290 NATAA Y A 291 291 NATAA T A 292 292 NATAA L A 293 293 NATAA R A 294 294 NATAA E A 295 295 NATAA Y A 296 296 NATAA A A 297 297 NATAA N A 298 298 NATAA D A 299 299 NATAA V A 300 300 NATAA V A 301 301 NATAA F A 302 302 NATAA I A 303 303 NATAA L A 304 304 NATAA K A 305 305 NATAA N A 306 306 NATAA I A 307 307 NATAA A A 308 308 NATAA E A 309 309 NATAA Q A 310 310 NATAA K A 311 311 NATAA K A 312 312 NATAA D A 313 313 NATAA L A 314 314 NATAA E A 315 315 NATRO P A 316 316 NATAA D A 317 317 NATAA I A 318 318 NATAA F A 319 319 NATAA I A 320 320 NATAA E A 321 321 NATAA S A 322 322 NATAA G A 323 323 NATAA R A 324 324 NATAA F A 325 325 NATAA V A 326 326 NATAA A A 327 327 NATAA A A 328 328 NATAA N A 329 329 NATAA H A 330 330 NATAA A A 331 331 NATAA V A 332 332 NATAA L A 333 333 NATAA I A 334 334 NATAA A A 335 335 NATRO P A 336 336 NATAA V A 337 337 NATAA L A 338 338 NATAA E A 339 339 NATAA L A 340 340 NATAA F A 341 341 NATAA S A 342 342 NATAA Q A 343 343 NATAA E A 344 344 NATAA Y A 345 345 NATAA A A 346 346 NATAA E A 347 347 NATAA N A 348 348 NATAA K A 349 349 NATAA L A 350 350 NATAA I A 351 351 NATAA L A 352 352 NATAA K A 353 353 NATAA K A 354 354 NATAA Q A 355 355 NATAA N A 356 356 NATRO P A 357 357 NATAA K A 358 358 NATAA L A 359 359 NATAA I A 360 360 NATAA D A 361 361 NATAA E A 362 362 NATAA L A 363 363 NATAA Y A 364 364 NATAA D A 365 365 NATAA L A 366 366 NATAA Y A 367 367 NATAA K A 368 368 NATAA S A 369 369 NATAA I A 370 370 NATAA K A 371 371 NATRO P A 372 372 NATAA S A 373 373 NATAA N A 374 374 NATAA A A 375 375 NATAA L A 376 376 NATAA E A 377 377 NATAA Y A 378 378 NATAA L A 379 379 NATAA H A 380 380 NATAA D A 381 381 NATAA S A 382 382 NATAA I A 383 383 NATAA D A 384 384 NATAA H A 385 385 NATAA L A 386 386 NATAA E A 387 387 NATAA S A 388 388 NATAA I A 389 389 NATAA L A 390 390 NATAA T A 391 391 NATAA L A 392 392 NATAA F A 393 393 NATAA D A 394 394 NATAA L A 395 395 NATAA G A 396 396 NATAA Y A 397 397 NATAA V A 398 398 NATAA D A 399 399 NATAA L A 400 400 NATAA Q A 401 401 NATAA D A 402 402 NATAA R A 403 403 NATAA S A 404 404 NATAA N A 405 405 NATAA A A 406 406 NATAA E A 407 407 NATAA I A 408 408 NATAA L A 409 409 NATAA T A 410 410 NATAA H A 411 411 NATAA L A 412 412 NATAA I A 413 413 NATAA T A 414 414 NATAA K A 415 415 NATAA K A 416 416 NATAA A A 417 417 NATAA I A 418 418 NATAA L A 419 419 NATAA L A 420 420 NATAA L A 421 421 NATAA G A 422 422 NATAA D A 423 423 NATAA K A 424 424 NATAA Q A 425 425 NATAA N A 426 426 NATRO P A 427 427 NATAA A A 428 428 NATAA D A 429 429 NATAA L A 430 430 NATAA L A 431 431 NATAA A A 432 432 NATAA I A 433 433 NATAA Q A 434 434 NATAA D A 435 435 NATAA E A 436 436 NATAA V A 437 437 NATAA Q A 438 438 NATAA E A 439 439 NATAA R A 440 440 NATAA Y A 441 441 NATAA L A 442 442 NATAA V A 443 443 NATAA N A 444 444 NATAA F A 445 445 NATAA S A 446 446 NATAA L A 447 447 NATAA F A 448 448 NATAA Q A 449 449 NATAA S A 450 450 NATAA M A 451 451 NATRO P A 452 452 NATAA D A 453 453 NATAA F A 454 454 NATAA W A 455 455 NATAA G A 456 456 NATAA L A 457 457 NATAA E A 458 458 NATAA Q A 459 459 NATAA N A 460 460 NATAA F A 461 461 NATRO P A 462 462 NATAA I A 463 463 NATAA M A 464 464 NATRO P A 465 465 NATAA L A 466 466 NATAA D A 467 467 NATAA R A 468 468 NATAA L A 469 469 NATAA D A 470 470 NATAA E A 471 471 NATAA E A 472 472 NATRO P A 473 473 NATAA T A 474 474 NATAA R A 475 475 NATAA S A 476 476 NATAA A A 477 477 NATAA S A 478 478 NATAA I A 479 479 NATAA W A 480 480 NATAA D A 481 481 NATAA I A 482 482 NATAA T A 483 483 NATRO C A 484 484 NATAA D A 485 485 NATAA S A 486 486 NATAA D A 487 487 NATAA G A 488 488 NATAA E A 489 489 NATAA I A 490 490 NATAA S A 491 491 NATAA Y A 492 492 NATAA S A 493 493 NATAA K A 494 494 NATAA D A 495 495 NATAA K A 496 496 NATRO P A 497 497 NATAA L A 498 498 NATAA F A 499 499 NATAA L A 500 500 NATAA H A 501 501 NATAA D A 502 502 NATAA V A 503 503 NATAA D A 504 504 NATAA V A 505 505 NATAA E A 506 506 NATAA K A 507 507 NATAA E A 508 508 NATAA N A 509 509 NATAA Y A 510 510 NATAA F A 511 511 NATAA L A 512 512 NATAA G A 513 513 NATAA F A 514 514 NATAA F A 515 515 NATAA L A 516 516 NATAA V A 517 517 NATAA G A 518 518 NATAA A A 519 519 NATAA Y A 520 520 NATAA Q A 521 521 NATAA E A 522 522 NATAA V A 523 523 NATAA L A 524 524 NATAA G A 525 525 NATAA M A 526 526 NATAA K A 527 527 NATAA H A 528 528 NATAA N A 529 529 NATAA L A 530 530 NATAA F A 531 531 NATAA T A 532 532 NATAA H A 533 533 NATRO P A 534 534 NATAA T A 535 535 NATAA E A 536 536 NATAA A A 537 537 NATAA I A 538 538 NATAA I A 539 539 NATAA S A 540 540 NATAA I A 541 541 NATAA N A 542 542 NATAA E A 543 543 NATAA K A 544 544 NATAA G A 545 545 NATAA Y A 546 546 NATAA E A 547 547 NATAA V A 548 548 NATAA E A 549 549 NATAA G A 550 550 NATAA I A 551 551 NATAA I A 552 552 NATAA E A 553 553 NATAA A A 554 554 NATAA Q A 555 555 NATAA S A 556 556 NATAA I A 557 557 NATAA L A 558 558 NATAA D A 559 559 NATAA T A 560 560 NATAA L A 561 561 NATAA E A 562 562 NATAA D A 563 563 NATAA L A 564 564 NATAA D A 565 565 NATAA Y A 566 566 NATAA D A 567 567 NATAA I A 568 568 NATAA H A 569 569 NATAA A A 570 570 NATAA I A 571 571 NATAA M A 572 572 NATAA D A 573 573 NATAA I A 574 574 NATAA L A 575 575 NATAA N A 576 576 NATAA E A 577 577 NATAA R A 578 578 NATAA I A 579 579 NATAA S A 580 580 NATAA N A 581 581 NATAA S A 582 582 NATAA K A 583 583 NATAA L A 584 584 NATAA V A 585 585 NATAA N A 586 586 NATAA D A 587 587 NATAA K A 588 588 NATAA Q A 589 589 NATAA K A 590 590 NATAA K A 591 591 NATAA H A 592 592 NATAA I A 593 593 NATAA L A 594 594 NATAA G A 595 595 NATAA E A 596 596 NATAA L A 597 597 NATAA Y A 598 598 NATAA L A 599 599 NATAA F A 600 600 NATAA L A 601 601 NATAA N A 602 602 NATAA D A 603 603 NATAA N A 604 604 NATAA G A 605 605 NATAA Y A 606 606 NATAA L A 607 607 NATAA K A 608 608 NATAA S A 609 609 NATAA I A 610 610 NATAA G A 611 611 NATAA V