# TARGET T0545 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0545.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 382 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.007 0.003 0.009 0.106 0.783 2 I 0.325 0.047 0.003 0.013 0.102 0.509 3 K 0.416 0.030 0.003 0.011 0.101 0.439 4 R 0.459 0.028 0.005 0.006 0.161 0.340 5 G 0.226 0.017 0.004 0.003 0.194 0.556 6 F 0.079 0.014 0.006 0.002 0.181 0.718 7 P 0.042 0.015 0.007 0.001 0.134 0.802 8 A 0.134 0.019 0.016 0.002 0.158 0.671 9 V 0.238 0.038 0.017 0.002 0.160 0.545 10 L 0.261 0.194 0.005 0.002 0.120 0.420 11 D 0.092 0.041 0.004 0.003 0.797 0.063 12 E 0.019 0.005 0.015 0.008 0.923 0.031 13 N 0.018 0.002 0.005 0.001 0.943 0.032 14 T 0.214 0.007 0.002 0.001 0.720 0.056 15 E 0.785 0.008 0.001 0.001 0.025 0.181 16 I 0.982 0.009 0.001 0.001 0.001 0.008 17 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 18 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 19 L 0.902 0.002 0.001 0.001 0.018 0.076 20 G 0.582 0.003 0.002 0.003 0.093 0.317 21 S 0.218 0.011 0.003 0.005 0.194 0.569 22 L 0.075 0.033 0.003 0.007 0.183 0.700 23 P 0.029 0.009 0.009 0.047 0.265 0.641 24 S 0.008 0.004 0.009 0.047 0.150 0.783 25 D 0.005 0.002 0.030 0.805 0.081 0.077 26 E 0.004 0.002 0.030 0.874 0.067 0.023 27 S 0.007 0.003 0.043 0.871 0.065 0.011 28 I 0.009 0.001 0.046 0.867 0.070 0.008 29 R 0.005 0.001 0.034 0.911 0.040 0.009 30 K 0.005 0.002 0.029 0.896 0.044 0.023 31 Q 0.018 0.002 0.012 0.261 0.199 0.508 32 Q 0.113 0.021 0.015 0.088 0.193 0.570 33 Y 0.242 0.081 0.018 0.056 0.206 0.397 34 Y 0.137 0.047 0.019 0.063 0.319 0.415 35 G 0.082 0.043 0.017 0.030 0.395 0.433 36 N 0.016 0.033 0.016 0.017 0.745 0.174 37 P 0.006 0.004 0.039 0.059 0.715 0.176 38 G 0.002 0.004 0.045 0.084 0.639 0.225 39 N 0.002 0.005 0.057 0.507 0.337 0.092 40 D 0.001 0.002 0.012 0.900 0.056 0.028 41 F 0.001 0.002 0.007 0.971 0.014 0.007 42 W 0.001 0.001 0.003 0.990 0.006 0.002 43 R 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.004 44 L 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 45 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.005 0.001 46 G 0.001 0.001 0.010 0.979 0.010 0.001 47 H 0.001 0.001 0.011 0.945 0.034 0.010 48 A 0.001 0.001 0.011 0.828 0.098 0.062 49 I 0.002 0.016 0.015 0.584 0.181 0.202 50 G 0.010 0.014 0.021 0.099 0.352 0.504 51 E 0.031 0.013 0.022 0.064 0.346 0.523 52 N 0.013 0.008 0.041 0.040 0.326 0.571 53 L 0.005 0.006 0.353 0.082 0.391 0.163 54 Q 0.004 0.002 0.407 0.087 0.363 0.137 55 D 0.005 0.005 0.361 0.144 0.333 0.153 56 M 0.007 0.011 0.060 0.135 0.373 0.414 57 A 0.004 0.005 0.017 0.108 0.182 0.683 58 Y 0.001 0.001 0.042 0.835 0.064 0.056 59 E 0.001 0.001 0.032 0.877 0.063 0.026 60 K 0.001 0.001 0.021 0.909 0.040 0.029 61 K 0.001 0.001 0.004 0.975 0.010 0.010 62 L 0.001 0.001 0.003 0.977 0.015 0.005 63 K 0.001 0.001 0.002 0.977 0.016 0.005 64 T 0.001 0.001 0.003 0.974 0.018 0.004 65 L 0.001 0.001 0.008 0.968 0.021 0.003 66 K 0.001 0.001 0.015 0.953 0.025 0.006 67 H 0.001 0.001 0.018 0.918 0.041 0.021 68 N 0.003 0.001 0.009 0.830 0.046 0.113 69 R 0.003 0.001 0.001 0.028 0.055 0.913 70 I 0.051 0.003 0.001 0.033 0.073 0.839 71 G 0.430 0.018 0.004 0.054 0.073 0.421 72 L 0.632 0.019 0.012 0.132 0.049 0.157 73 W 0.531 0.003 0.035 0.275 0.055 0.101 74 D 0.400 0.005 0.058 0.349 0.092 0.096 75 V 0.327 0.008 0.051 0.461 0.087 0.065 76 F 0.311 0.005 0.066 0.426 0.120 0.072 77 K 0.248 0.007 0.062 0.515 0.100 0.068 78 A 0.216 0.008 0.042 0.443 0.152 0.139 79 G 0.221 0.013 0.020 0.295 0.181 0.269 80 S 0.136 0.039 0.012 0.140 0.299 0.374 81 R 0.065 0.014 0.021 0.113 0.428 0.359 82 E 0.028 0.010 0.021 0.079 0.489 0.373 83 G 0.017 0.013 0.027 0.044 0.559 0.341 84 S 0.018 0.017 0.121 0.106 0.548 0.190 85 Q 0.025 0.016 0.174 0.094 0.506 0.184 86 D 0.030 0.015 0.217 0.090 0.508 0.140 87 S 0.062 0.017 0.112 0.091 0.465 0.252 88 K 0.125 0.014 0.066 0.112 0.330 0.352 89 I 0.246 0.029 0.060 0.138 0.265 0.262 90 G 0.309 0.025 0.048 0.133 0.237 0.248 91 D 0.302 0.022 0.033 0.127 0.216 0.299 92 E 0.215 0.013 0.024 0.103 0.208 0.438 93 E 0.166 0.016 0.018 0.098 0.206 0.496 94 I 0.111 0.015 0.024 0.141 0.194 0.515 95 N 0.057 0.012 0.020 0.168 0.200 0.544 96 D 0.030 0.013 0.038 0.371 0.176 0.373 97 F 0.005 0.002 0.040 0.813 0.069 0.071 98 S 0.002 0.001 0.029 0.882 0.056 0.030 99 G 0.004 0.001 0.037 0.871 0.068 0.019 100 L 0.004 0.001 0.028 0.889 0.057 0.020 101 K 0.003 0.001 0.059 0.839 0.078 0.020 102 E 0.006 0.002 0.080 0.724 0.139 0.050 103 M 0.006 0.001 0.076 0.608 0.217 0.091 104 V 0.012 0.004 0.039 0.246 0.416 0.284 105 P 0.007 0.002 0.034 0.030 0.420 0.507 106 K 0.038 0.003 0.035 0.012 0.374 0.538 107 L 0.320 0.002 0.032 0.018 0.327 0.302 108 R 0.796 0.004 0.011 0.005 0.073 0.112 109 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 110 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 111 C 0.986 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 112 F 0.942 0.002 0.001 0.006 0.013 0.037 113 N 0.459 0.008 0.003 0.066 0.227 0.237 114 G 0.008 0.001 0.013 0.693 0.212 0.073 115 R 0.002 0.001 0.009 0.940 0.040 0.010 116 K 0.001 0.001 0.005 0.983 0.009 0.002 117 A 0.004 0.001 0.003 0.983 0.004 0.004 118 G 0.014 0.001 0.004 0.973 0.004 0.004 119 E 0.024 0.001 0.013 0.949 0.010 0.004 120 Y 0.015 0.001 0.020 0.942 0.016 0.006 121 E 0.008 0.001 0.016 0.940 0.022 0.013 122 P 0.008 0.001 0.053 0.890 0.032 0.016 123 L 0.006 0.001 0.049 0.865 0.054 0.025 124 L 0.006 0.001 0.049 0.781 0.090 0.074 125 R 0.011 0.008 0.049 0.362 0.271 0.298 126 G 0.024 0.008 0.083 0.152 0.466 0.267 127 M 0.025 0.004 0.063 0.084 0.497 0.327 128 G 0.034 0.008 0.041 0.020 0.436 0.460 129 Y 0.139 0.018 0.049 0.020 0.335 0.440 130 E 0.255 0.011 0.040 0.015 0.197 0.483 131 T 0.441 0.025 0.046 0.018 0.119 0.351 132 K 0.513 0.021 0.017 0.016 0.080 0.353 133 V 0.424 0.022 0.011 0.014 0.075 0.455 134 L 0.265 0.026 0.008 0.015 0.122 0.564 135 P 0.153 0.021 0.016 0.014 0.220 0.575 136 S 0.045 0.031 0.012 0.015 0.243 0.655 137 S 0.024 0.020 0.008 0.018 0.258 0.671 138 S 0.011 0.022 0.003 0.012 0.178 0.773 139 G 0.008 0.007 0.038 0.603 0.193 0.152 140 A 0.004 0.002 0.068 0.737 0.163 0.026 141 N 0.006 0.004 0.102 0.737 0.136 0.015 142 R 0.009 0.004 0.100 0.746 0.119 0.022 143 R 0.014 0.006 0.046 0.629 0.205 0.100 144 F 0.015 0.014 0.031 0.473 0.252 0.215 145 S 0.008 0.009 0.010 0.196 0.242 0.535 146 K 0.003 0.005 0.045 0.540 0.237 0.169 147 N 0.001 0.001 0.130 0.724 0.120 0.024 148 R 0.001 0.001 0.157 0.677 0.135 0.028 149 E 0.004 0.002 0.091 0.726 0.122 0.054 150 S 0.006 0.001 0.016 0.816 0.069 0.091 151 E 0.009 0.001 0.017 0.840 0.067 0.066 152 W 0.009 0.002 0.022 0.881 0.049 0.036 153 E 0.016 0.003 0.034 0.860 0.054 0.033 154 A 0.016 0.001 0.047 0.845 0.054 0.038 155 V 0.013 0.001 0.050 0.810 0.053 0.073 156 F 0.023 0.010 0.022 0.633 0.060 0.252 157 R 0.014 0.010 0.010 0.253 0.054 0.659 158 H 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.985