# TARGET T0545 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0545.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 139.171 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.072 0.057 0.085 0.073 0.080 0.109 0.102 0.123 0.103 0.083 2 I 0.040 0.059 0.059 0.144 0.152 0.134 0.154 0.102 0.075 0.048 0.033 3 K 0.074 0.114 0.163 0.191 0.176 0.116 0.089 0.041 0.023 0.009 0.005 4 R 0.030 0.047 0.049 0.133 0.165 0.164 0.196 0.112 0.062 0.030 0.012 5 G 0.247 0.151 0.055 0.150 0.129 0.093 0.082 0.039 0.027 0.017 0.010 6 F 0.006 0.008 0.005 0.019 0.027 0.041 0.113 0.157 0.220 0.217 0.185 7 P 0.239 0.163 0.067 0.171 0.121 0.092 0.076 0.031 0.021 0.012 0.008 8 A 0.037 0.037 0.019 0.063 0.078 0.102 0.187 0.151 0.145 0.104 0.077 9 V 0.031 0.047 0.021 0.078 0.093 0.104 0.155 0.127 0.126 0.117 0.102 10 L 0.008 0.016 0.010 0.049 0.061 0.079 0.126 0.130 0.152 0.153 0.217 11 D 0.164 0.175 0.116 0.200 0.147 0.085 0.061 0.024 0.015 0.007 0.006 12 E 0.488 0.160 0.088 0.160 0.055 0.028 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 13 N 0.329 0.248 0.076 0.198 0.088 0.035 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 14 T 0.001 0.002 0.001 0.006 0.011 0.021 0.083 0.145 0.270 0.242 0.219 15 E 0.010 0.093 0.114 0.334 0.249 0.134 0.053 0.009 0.003 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.058 0.145 0.250 0.284 0.248 17 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.037 0.141 0.233 0.230 0.182 0.154 18 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.043 0.107 0.234 0.284 0.318 19 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.056 0.124 0.253 0.287 0.257 20 G 0.001 0.002 0.003 0.013 0.020 0.039 0.129 0.201 0.241 0.210 0.142 21 S 0.006 0.015 0.010 0.045 0.056 0.069 0.163 0.198 0.201 0.155 0.083 22 L 0.006 0.009 0.006 0.038 0.064 0.092 0.182 0.207 0.203 0.125 0.068 23 P 0.017 0.055 0.021 0.085 0.124 0.135 0.181 0.151 0.114 0.076 0.040 24 S 0.025 0.062 0.013 0.084 0.107 0.112 0.156 0.143 0.143 0.099 0.055 25 D 0.464 0.157 0.049 0.141 0.081 0.052 0.029 0.011 0.008 0.004 0.003 26 E 0.277 0.164 0.062 0.186 0.113 0.076 0.066 0.026 0.018 0.008 0.004 27 S 0.066 0.044 0.024 0.069 0.056 0.085 0.165 0.160 0.156 0.100 0.075 28 I 0.014 0.011 0.022 0.051 0.065 0.116 0.217 0.158 0.153 0.118 0.076 29 R 0.023 0.044 0.221 0.174 0.141 0.135 0.148 0.058 0.034 0.014 0.006 30 K 0.010 0.028 0.142 0.268 0.200 0.151 0.107 0.050 0.027 0.014 0.004 31 Q 0.034 0.038 0.046 0.093 0.107 0.127 0.189 0.141 0.117 0.075 0.033 32 Q 0.005 0.026 0.062 0.128 0.132 0.159 0.196 0.131 0.091 0.048 0.020 33 Y 0.002 0.008 0.022 0.038 0.067 0.100 0.213 0.201 0.171 0.120 0.058 34 Y 0.009 0.026 0.030 0.100 0.131 0.130 0.211 0.155 0.114 0.062 0.032 35 G 0.019 0.015 0.009 0.024 0.027 0.035 0.103 0.148 0.236 0.217 0.166 36 N 0.052 0.055 0.022 0.122 0.147 0.146 0.160 0.114 0.098 0.052 0.031 37 P 0.116 0.086 0.031 0.113 0.119 0.149 0.195 0.102 0.057 0.026 0.007 38 G 0.235 0.136 0.055 0.168 0.126 0.088 0.088 0.047 0.030 0.019 0.008 39 N 0.029 0.028 0.020 0.060 0.062 0.080 0.144 0.144 0.174 0.152 0.107 40 D 0.021 0.060 0.051 0.130 0.140 0.161 0.197 0.109 0.070 0.040 0.021 41 F 0.003 0.006 0.006 0.015 0.021 0.037 0.130 0.189 0.239 0.213 0.140 42 W 0.014 0.015 0.024 0.047 0.056 0.079 0.167 0.169 0.184 0.148 0.098 43 R 0.007 0.023 0.047 0.170 0.177 0.142 0.160 0.110 0.082 0.050 0.032 44 L 0.003 0.004 0.028 0.016 0.014 0.018 0.065 0.122 0.226 0.270 0.235 45 V 0.001 0.002 0.018 0.023 0.022 0.026 0.089 0.134 0.221 0.242 0.222 46 G 0.001 0.004 0.034 0.043 0.063 0.121 0.253 0.177 0.166 0.094 0.044 47 H 0.005 0.014 0.067 0.076 0.100 0.171 0.277 0.135 0.089 0.047 0.020 48 A 0.003 0.005 0.011 0.012 0.013 0.022 0.083 0.141 0.238 0.268 0.203 49 I 0.011 0.021 0.015 0.043 0.054 0.087 0.173 0.161 0.174 0.150 0.111 50 G 0.067 0.091 0.086 0.145 0.145 0.126 0.140 0.087 0.065 0.034 0.016 51 E 0.180 0.155 0.112 0.166 0.130 0.097 0.082 0.039 0.022 0.011 0.005 52 N 0.282 0.180 0.094 0.157 0.093 0.060 0.058 0.031 0.023 0.014 0.008 53 L 0.052 0.032 0.019 0.048 0.063 0.091 0.169 0.146 0.166 0.131 0.083 54 Q 0.337 0.208 0.106 0.131 0.076 0.049 0.044 0.021 0.015 0.008 0.004 55 D 0.276 0.141 0.088 0.133 0.091 0.076 0.089 0.045 0.033 0.019 0.009 56 M 0.168 0.058 0.038 0.076 0.076 0.090 0.150 0.117 0.101 0.082 0.044 57 A 0.258 0.299 0.104 0.121 0.069 0.049 0.042 0.022 0.018 0.012 0.007 58 Y 0.043 0.069 0.060 0.104 0.113 0.140 0.177 0.114 0.097 0.058 0.025 59 E 0.370 0.108 0.120 0.136 0.087 0.061 0.060 0.027 0.019 0.009 0.004 60 K 0.199 0.126 0.297 0.201 0.097 0.042 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 61 K 0.009 0.020 0.038 0.059 0.065 0.129 0.246 0.175 0.141 0.081 0.038 62 L 0.004 0.006 0.036 0.069 0.114 0.206 0.248 0.149 0.097 0.052 0.021 63 K 0.033 0.055 0.748 0.100 0.037 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 64 T 0.011 0.043 0.166 0.239 0.185 0.169 0.125 0.037 0.016 0.006 0.003 65 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.039 0.081 0.199 0.304 0.360 66 K 0.029 0.070 0.187 0.275 0.210 0.139 0.067 0.014 0.006 0.002 0.001 67 H 0.071 0.081 0.534 0.159 0.078 0.037 0.022 0.008 0.005 0.003 0.002 68 N 0.016 0.033 0.025 0.117 0.152 0.194 0.274 0.112 0.048 0.022 0.007 69 R 0.021 0.074 0.039 0.161 0.195 0.232 0.174 0.055 0.030 0.012 0.006 70 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.034 0.090 0.203 0.277 0.380 71 G 0.002 0.006 0.006 0.036 0.065 0.123 0.298 0.202 0.137 0.077 0.047 72 L 0.001 0.003 0.002 0.006 0.007 0.012 0.061 0.125 0.250 0.279 0.255 73 W 0.002 0.002 0.002 0.013 0.021 0.049 0.117 0.143 0.206 0.214 0.232 74 D 0.003 0.011 0.014 0.064 0.091 0.112 0.187 0.197 0.165 0.102 0.054 75 V 0.002 0.005 0.008 0.024 0.024 0.026 0.091 0.165 0.232 0.243 0.179 76 F 0.001 0.002 0.006 0.022 0.033 0.054 0.127 0.164 0.219 0.194 0.178 77 K 0.010 0.025 0.064 0.147 0.200 0.203 0.189 0.083 0.051 0.021 0.008 78 A 0.021 0.060 0.044 0.158 0.166 0.168 0.189 0.099 0.057 0.026 0.011 79 G 0.009 0.006 0.004 0.014 0.018 0.028 0.086 0.140 0.221 0.266 0.207 80 S 0.140 0.219 0.075 0.241 0.149 0.079 0.060 0.020 0.009 0.004 0.002 81 R 0.047 0.051 0.035 0.106 0.125 0.135 0.178 0.129 0.100 0.064 0.029 82 E 0.368 0.244 0.066 0.141 0.074 0.044 0.030 0.014 0.009 0.006 0.003 83 G 0.329 0.131 0.047 0.122 0.096 0.080 0.087 0.043 0.034 0.021 0.011 84 S 0.163 0.078 0.024 0.052 0.056 0.071 0.118 0.112 0.136 0.114 0.076 85 Q 0.200 0.269 0.113 0.209 0.104 0.050 0.030 0.011 0.007 0.004 0.002 86 D 0.104 0.073 0.045 0.109 0.100 0.092 0.130 0.105 0.100 0.079 0.063 87 S 0.173 0.117 0.083 0.156 0.145 0.112 0.098 0.049 0.035 0.021 0.011 88 K 0.205 0.174 0.152 0.227 0.112 0.058 0.040 0.016 0.009 0.005 0.002 89 I 0.043 0.039 0.042 0.066 0.082 0.107 0.180 0.132 0.129 0.105 0.077 90 G 0.184 0.201 0.125 0.159 0.113 0.075 0.064 0.032 0.024 0.014 0.009 91 D 0.308 0.164 0.073 0.145 0.097 0.069 0.069 0.032 0.022 0.014 0.008 92 E 0.251 0.149 0.092 0.152 0.120 0.087 0.069 0.032 0.023 0.015 0.010 93 E 0.169 0.185 0.085 0.169 0.119 0.087 0.082 0.041 0.032 0.020 0.011 94 I 0.089 0.043 0.029 0.073 0.073 0.088 0.146 0.129 0.139 0.110 0.080 95 N 0.145 0.101 0.085 0.119 0.111 0.109 0.121 0.078 0.066 0.042 0.023 96 D 0.040 0.150 0.097 0.183 0.129 0.117 0.112 0.067 0.053 0.034 0.018 97 F 0.019 0.017 0.016 0.041 0.056 0.088 0.149 0.142 0.182 0.161 0.129 98 S 0.242 0.084 0.101 0.135 0.100 0.088 0.101 0.053 0.050 0.029 0.016 99 G 0.059 0.094 0.121 0.235 0.150 0.117 0.110 0.052 0.035 0.017 0.010 100 L 0.012 0.009 0.024 0.026 0.025 0.046 0.109 0.141 0.213 0.214 0.180 101 K 0.013 0.013 0.045 0.102 0.138 0.173 0.230 0.126 0.087 0.048 0.024 102 E 0.025 0.053 0.460 0.194 0.114 0.067 0.046 0.019 0.013 0.006 0.003 103 M 0.018 0.036 0.054 0.141 0.146 0.196 0.207 0.095 0.057 0.033 0.015 104 V 0.042 0.079 0.053 0.127 0.109 0.121 0.170 0.125 0.090 0.052 0.033 105 P 0.097 0.079 0.080 0.107 0.099 0.121 0.161 0.091 0.074 0.050 0.041 106 K 0.157 0.211 0.126 0.269 0.141 0.059 0.030 0.005 0.002 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.030 0.081 0.233 0.306 0.338 108 R 0.007 0.047 0.072 0.274 0.261 0.182 0.105 0.032 0.014 0.005 0.003 109 L 0.001 0.005 0.010 0.033 0.066 0.158 0.285 0.212 0.134 0.070 0.029 110 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.015 0.069 0.169 0.233 0.272 0.224 111 C 0.001 0.002 0.003 0.010 0.014 0.024 0.109 0.175 0.244 0.237 0.181 112 F 0.001 0.004 0.013 0.020 0.023 0.031 0.088 0.136 0.247 0.243 0.195 113 N 0.007 0.044 0.030 0.107 0.096 0.109 0.193 0.150 0.140 0.085 0.038 114 G 0.023 0.029 0.018 0.071 0.097 0.115 0.201 0.173 0.144 0.089 0.041 115 R 0.218 0.163 0.093 0.208 0.147 0.082 0.053 0.020 0.010 0.004 0.002 116 K 0.066 0.145 0.068 0.205 0.185 0.134 0.108 0.046 0.026 0.011 0.005 117 A 0.011 0.008 0.006 0.015 0.017 0.031 0.086 0.134 0.232 0.253 0.208 118 G 0.044 0.042 0.035 0.128 0.149 0.168 0.206 0.103 0.074 0.037 0.014 119 E 0.122 0.135 0.301 0.216 0.096 0.053 0.037 0.018 0.012 0.006 0.004 120 Y 0.013 0.021 0.028 0.060 0.076 0.129 0.217 0.156 0.141 0.100 0.059 121 E 0.026 0.022 0.022 0.051 0.055 0.085 0.176 0.175 0.181 0.133 0.074 122 P 0.169 0.149 0.191 0.180 0.122 0.079 0.056 0.025 0.017 0.008 0.003 123 L 0.079 0.093 0.148 0.182 0.147 0.114 0.107 0.056 0.042 0.022 0.010 124 L 0.051 0.048 0.042 0.084 0.087 0.107 0.171 0.139 0.131 0.089 0.050 125 R 0.075 0.098 0.073 0.162 0.141 0.135 0.143 0.081 0.052 0.027 0.013 126 G 0.304 0.177 0.148 0.137 0.089 0.057 0.041 0.022 0.015 0.007 0.003 127 M 0.126 0.087 0.053 0.102 0.098 0.107 0.148 0.108 0.083 0.057 0.032 128 G 0.391 0.264 0.076 0.130 0.066 0.032 0.021 0.009 0.006 0.003 0.002 129 Y 0.050 0.049 0.029 0.066 0.080 0.103 0.153 0.140 0.149 0.108 0.072 130 E 0.324 0.267 0.097 0.155 0.080 0.037 0.022 0.008 0.005 0.002 0.002 131 T 0.105 0.066 0.040 0.092 0.102 0.111 0.159 0.113 0.099 0.065 0.047 132 K 0.158 0.143 0.070 0.189 0.152 0.109 0.089 0.042 0.025 0.014 0.009 133 V 0.135 0.129 0.061 0.140 0.141 0.109 0.108 0.067 0.052 0.034 0.024 134 L 0.046 0.043 0.019 0.059 0.072 0.089 0.158 0.146 0.140 0.130 0.098 135 P 0.152 0.104 0.045 0.122 0.126 0.108 0.120 0.076 0.063 0.050 0.035 136 S 0.130 0.077 0.038 0.077 0.070 0.076 0.120 0.106 0.115 0.106 0.084 137 S 0.122 0.098 0.054 0.120 0.103 0.095 0.107 0.085 0.085 0.074 0.057 138 S 0.123 0.091 0.042 0.083 0.072 0.079 0.112 0.097 0.120 0.102 0.078 139 G 0.162 0.100 0.065 0.123 0.099 0.099 0.112 0.075 0.074 0.055 0.035 140 A 0.117 0.050 0.054 0.078 0.069 0.085 0.139 0.103 0.119 0.100 0.086 141 N 0.052 0.050 0.066 0.123 0.100 0.107 0.141 0.106 0.108 0.082 0.063 142 R 0.058 0.044 0.105 0.107 0.095 0.111 0.160 0.114 0.101 0.067 0.038 143 R 0.064 0.057 0.169 0.156 0.121 0.109 0.128 0.072 0.060 0.040 0.024 144 F 0.009 0.016 0.037 0.042 0.060 0.085 0.160 0.152 0.182 0.157 0.099 145 S 0.107 0.235 0.151 0.165 0.104 0.074 0.066 0.036 0.031 0.021 0.010 146 K 0.271 0.126 0.111 0.136 0.110 0.095 0.080 0.032 0.023 0.012 0.005 147 N 0.566 0.136 0.067 0.076 0.046 0.033 0.033 0.017 0.014 0.008 0.004 148 R 0.141 0.135 0.120 0.193 0.122 0.097 0.087 0.044 0.033 0.017 0.009 149 E 0.139 0.126 0.114 0.118 0.089 0.095 0.127 0.078 0.061 0.035 0.019 150 S 0.126 0.069 0.176 0.136 0.107 0.120 0.129 0.061 0.043 0.022 0.010 151 E 0.136 0.106 0.311 0.208 0.108 0.064 0.041 0.013 0.008 0.004 0.002 152 W 0.019 0.024 0.115 0.093 0.083 0.115 0.203 0.129 0.112 0.070 0.037 153 E 0.019 0.019 0.105 0.108 0.107 0.128 0.191 0.134 0.102 0.061 0.025 154 A 0.015 0.040 0.329 0.188 0.146 0.112 0.087 0.041 0.025 0.013 0.005 155 V 0.017 0.067 0.302 0.201 0.172 0.121 0.077 0.025 0.013 0.005 0.002 156 F 0.010 0.011 0.035 0.025 0.027 0.041 0.127 0.146 0.207 0.213 0.159 157 R 0.086 0.141 0.155 0.205 0.169 0.102 0.084 0.030 0.017 0.007 0.003 158 H 0.245 0.189 0.137 0.146 0.096 0.062 0.054 0.030 0.023 0.013 0.007