# TARGET T0545 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0545.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 382 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 I 0.165 0.022 0.003 0.010 0.007 0.009 0.784 3 K 0.274 0.062 0.010 0.012 0.093 0.024 0.526 4 R 0.220 0.006 0.008 0.007 0.063 0.032 0.665 5 G 0.179 0.013 0.006 0.003 0.183 0.032 0.585 6 F 0.211 0.047 0.005 0.005 0.143 0.012 0.577 7 P 0.220 0.015 0.008 0.002 0.035 0.012 0.707 8 A 0.109 0.004 0.011 0.003 0.037 0.019 0.817 9 V 0.290 0.083 0.034 0.012 0.079 0.079 0.422 10 L 0.105 0.193 0.014 0.014 0.132 0.030 0.512 11 D 0.026 0.008 0.018 0.003 0.093 0.038 0.814 12 E 0.002 0.002 0.029 0.002 0.099 0.855 0.011 13 N 0.005 0.002 0.022 0.001 0.034 0.919 0.017 14 T 0.145 0.003 0.001 0.001 0.083 0.007 0.760 15 E 0.729 0.002 0.001 0.001 0.151 0.002 0.115 16 I 0.989 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 17 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 18 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 19 L 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 20 G 0.545 0.002 0.001 0.001 0.074 0.002 0.376 21 S 0.166 0.008 0.001 0.002 0.150 0.009 0.664 22 L 0.041 0.018 0.007 0.013 0.331 0.035 0.556 23 P 0.019 0.008 0.017 0.038 0.342 0.097 0.478 24 S 0.012 0.013 0.011 0.075 0.170 0.029 0.690 25 D 0.003 0.003 0.067 0.800 0.029 0.062 0.038 26 E 0.003 0.002 0.050 0.747 0.048 0.101 0.049 27 S 0.005 0.004 0.050 0.741 0.033 0.122 0.046 28 I 0.004 0.003 0.073 0.749 0.044 0.066 0.060 29 R 0.008 0.003 0.104 0.701 0.028 0.106 0.050 30 K 0.008 0.004 0.109 0.412 0.041 0.384 0.042 31 Q 0.021 0.007 0.077 0.241 0.131 0.374 0.149 32 Q 0.085 0.029 0.096 0.163 0.126 0.117 0.383 33 Y 0.110 0.058 0.091 0.126 0.203 0.115 0.297 34 Y 0.063 0.025 0.069 0.122 0.168 0.216 0.337 35 G 0.022 0.020 0.050 0.108 0.205 0.221 0.374 36 N 0.007 0.007 0.040 0.028 0.190 0.097 0.631 37 P 0.001 0.001 0.148 0.027 0.077 0.663 0.083 38 G 0.001 0.001 0.160 0.029 0.123 0.626 0.060 39 N 0.004 0.015 0.171 0.059 0.232 0.097 0.421 40 D 0.015 0.105 0.063 0.141 0.103 0.083 0.490 41 F 0.004 0.005 0.059 0.777 0.023 0.072 0.060 42 W 0.002 0.001 0.014 0.922 0.019 0.013 0.029 43 R 0.001 0.001 0.004 0.981 0.003 0.004 0.006 44 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 0.003 45 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.005 0.002 46 G 0.001 0.001 0.009 0.962 0.001 0.025 0.002 47 H 0.001 0.001 0.012 0.929 0.002 0.055 0.002 48 A 0.001 0.002 0.023 0.794 0.010 0.160 0.010 49 I 0.001 0.009 0.015 0.318 0.058 0.547 0.052 50 G 0.003 0.007 0.019 0.064 0.186 0.187 0.534 51 E 0.011 0.018 0.033 0.046 0.299 0.051 0.542 52 N 0.014 0.015 0.071 0.058 0.172 0.099 0.572 53 L 0.006 0.008 0.234 0.102 0.141 0.153 0.356 54 Q 0.007 0.007 0.224 0.119 0.138 0.226 0.279 55 D 0.008 0.007 0.180 0.109 0.137 0.285 0.274 56 M 0.008 0.014 0.074 0.105 0.233 0.169 0.396 57 A 0.004 0.016 0.021 0.094 0.162 0.042 0.661 58 Y 0.002 0.002 0.033 0.713 0.060 0.037 0.154 59 E 0.001 0.001 0.022 0.927 0.007 0.029 0.013 60 K 0.001 0.001 0.027 0.930 0.006 0.025 0.011 61 K 0.001 0.001 0.011 0.964 0.003 0.013 0.007 62 L 0.001 0.001 0.005 0.977 0.002 0.010 0.004 63 K 0.002 0.001 0.006 0.965 0.002 0.020 0.004 64 T 0.001 0.001 0.006 0.953 0.004 0.027 0.008 65 L 0.003 0.001 0.015 0.944 0.006 0.023 0.009 66 K 0.002 0.001 0.052 0.892 0.005 0.045 0.005 67 H 0.002 0.001 0.046 0.800 0.008 0.140 0.004 68 N 0.001 0.001 0.027 0.404 0.026 0.533 0.008 69 R 0.007 0.003 0.006 0.073 0.085 0.767 0.059 70 I 0.079 0.008 0.004 0.064 0.111 0.060 0.674 71 G 0.475 0.052 0.008 0.145 0.042 0.025 0.253 72 L 0.555 0.007 0.015 0.262 0.024 0.027 0.109 73 W 0.423 0.004 0.022 0.433 0.034 0.020 0.065 74 D 0.316 0.003 0.026 0.546 0.026 0.018 0.065 75 V 0.121 0.006 0.038 0.705 0.022 0.053 0.056 76 F 0.053 0.004 0.028 0.806 0.020 0.040 0.049 77 K 0.053 0.004 0.033 0.777 0.028 0.065 0.041 78 A 0.034 0.005 0.021 0.786 0.032 0.086 0.037 79 G 0.031 0.013 0.033 0.734 0.034 0.074 0.080 80 S 0.021 0.013 0.034 0.693 0.060 0.085 0.093 81 R 0.019 0.005 0.032 0.633 0.087 0.139 0.084 82 E 0.009 0.003 0.033 0.398 0.095 0.356 0.105 83 G 0.007 0.008 0.042 0.215 0.172 0.356 0.199 84 S 0.009 0.008 0.097 0.184 0.145 0.136 0.421 85 Q 0.008 0.004 0.184 0.232 0.125 0.248 0.199 86 D 0.007 0.006 0.292 0.189 0.088 0.201 0.216 87 S 0.010 0.011 0.234 0.175 0.149 0.251 0.170 88 K 0.022 0.009 0.195 0.193 0.090 0.284 0.208 89 I 0.026 0.019 0.185 0.179 0.110 0.143 0.338 90 G 0.050 0.029 0.127 0.217 0.118 0.129 0.329 91 D 0.075 0.017 0.095 0.166 0.130 0.162 0.355 92 E 0.068 0.018 0.048 0.107 0.197 0.061 0.501 93 E 0.069 0.020 0.032 0.081 0.088 0.036 0.673 94 I 0.037 0.013 0.123 0.259 0.096 0.148 0.325 95 N 0.030 0.011 0.086 0.244 0.165 0.135 0.329 96 D 0.024 0.015 0.055 0.339 0.139 0.064 0.365 97 F 0.008 0.004 0.032 0.838 0.026 0.032 0.061 98 S 0.012 0.002 0.028 0.863 0.019 0.032 0.044 99 G 0.009 0.001 0.029 0.906 0.014 0.020 0.022 100 L 0.006 0.001 0.018 0.932 0.011 0.014 0.018 101 K 0.004 0.002 0.021 0.934 0.006 0.025 0.009 102 E 0.005 0.001 0.016 0.860 0.014 0.093 0.011 103 M 0.005 0.001 0.015 0.678 0.026 0.247 0.028 104 V 0.017 0.005 0.009 0.112 0.274 0.130 0.452 105 P 0.033 0.011 0.007 0.015 0.269 0.072 0.592 106 K 0.103 0.016 0.009 0.007 0.168 0.054 0.644 107 L 0.208 0.010 0.049 0.037 0.095 0.030 0.571 108 R 0.476 0.003 0.032 0.042 0.222 0.015 0.211 109 L 0.869 0.007 0.016 0.040 0.022 0.005 0.040 110 I 0.923 0.005 0.006 0.031 0.004 0.006 0.024 111 C 0.926 0.004 0.003 0.023 0.006 0.014 0.023 112 F 0.830 0.004 0.003 0.019 0.031 0.034 0.078 113 N 0.236 0.005 0.002 0.020 0.364 0.071 0.303 114 G 0.058 0.004 0.003 0.091 0.437 0.068 0.338 115 R 0.003 0.002 0.032 0.855 0.047 0.043 0.019 116 K 0.002 0.001 0.023 0.943 0.007 0.018 0.005 117 A 0.002 0.001 0.017 0.966 0.002 0.010 0.003 118 G 0.002 0.001 0.005 0.983 0.002 0.006 0.002 119 E 0.005 0.001 0.007 0.974 0.002 0.009 0.003 120 Y 0.003 0.001 0.011 0.962 0.004 0.015 0.004 121 E 0.004 0.001 0.012 0.947 0.005 0.025 0.005 122 P 0.007 0.001 0.026 0.885 0.008 0.063 0.011 123 L 0.007 0.001 0.022 0.819 0.018 0.114 0.019 124 L 0.010 0.004 0.033 0.701 0.049 0.134 0.069 125 R 0.019 0.016 0.042 0.359 0.148 0.137 0.279 126 G 0.022 0.008 0.082 0.123 0.134 0.196 0.436 127 M 0.021 0.006 0.102 0.083 0.193 0.423 0.172 128 G 0.038 0.007 0.083 0.033 0.157 0.429 0.253 129 Y 0.118 0.015 0.039 0.023 0.169 0.054 0.582 130 E 0.308 0.023 0.024 0.014 0.098 0.044 0.490 131 T 0.461 0.025 0.028 0.012 0.075 0.034 0.365 132 K 0.560 0.027 0.013 0.008 0.068 0.016 0.308 133 V 0.498 0.066 0.007 0.004 0.068 0.012 0.345 134 L 0.317 0.052 0.004 0.003 0.128 0.013 0.483 135 P 0.089 0.022 0.006 0.002 0.129 0.049 0.703 136 S 0.039 0.024 0.011 0.003 0.349 0.175 0.399 137 S 0.018 0.030 0.010 0.006 0.543 0.102 0.290 138 S 0.016 0.019 0.016 0.027 0.427 0.051 0.444 139 G 0.014 0.014 0.135 0.291 0.174 0.158 0.213 140 A 0.018 0.016 0.182 0.445 0.072 0.158 0.110 141 N 0.030 0.012 0.239 0.446 0.046 0.147 0.081 142 R 0.047 0.015 0.191 0.488 0.041 0.138 0.080 143 R 0.091 0.022 0.111 0.435 0.069 0.170 0.102 144 F 0.107 0.022 0.073 0.302 0.159 0.147 0.189 145 S 0.060 0.023 0.031 0.207 0.159 0.113 0.407 146 K 0.010 0.006 0.077 0.569 0.071 0.084 0.183 147 N 0.001 0.001 0.165 0.703 0.021 0.086 0.023 148 R 0.002 0.001 0.165 0.690 0.020 0.104 0.018 149 E 0.003 0.002 0.082 0.815 0.016 0.042 0.040 150 S 0.010 0.006 0.024 0.868 0.017 0.033 0.042 151 E 0.020 0.002 0.022 0.836 0.017 0.063 0.040 152 W 0.020 0.002 0.033 0.818 0.029 0.055 0.044 153 E 0.035 0.006 0.044 0.793 0.027 0.050 0.044 154 A 0.056 0.002 0.056 0.709 0.033 0.106 0.040 155 V 0.053 0.004 0.067 0.596 0.040 0.173 0.067 156 F 0.049 0.013 0.037 0.383 0.181 0.135 0.202 157 R 0.063 0.013 0.024 0.230 0.032 0.142 0.498 158 H 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.003 0.982