# TARGET T0545 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0545.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 248.286 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.006 0.005 0.014 0.099 0.832 2 I 0.211 0.032 0.012 0.053 0.099 0.594 3 K 0.213 0.042 0.017 0.044 0.134 0.549 4 R 0.182 0.032 0.023 0.064 0.203 0.497 5 G 0.106 0.016 0.011 0.016 0.236 0.615 6 F 0.106 0.015 0.008 0.008 0.172 0.691 7 P 0.185 0.026 0.029 0.017 0.213 0.530 8 A 0.274 0.027 0.063 0.017 0.246 0.373 9 V 0.429 0.044 0.060 0.013 0.187 0.266 10 L 0.404 0.105 0.020 0.008 0.147 0.316 11 D 0.101 0.019 0.008 0.002 0.855 0.016 12 E 0.006 0.001 0.032 0.002 0.953 0.007 13 N 0.003 0.001 0.016 0.001 0.970 0.009 14 T 0.162 0.015 0.006 0.001 0.804 0.013 15 E 0.768 0.005 0.001 0.001 0.049 0.178 16 I 0.993 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 17 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 L 0.966 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 20 G 0.629 0.004 0.005 0.001 0.107 0.254 21 S 0.207 0.013 0.008 0.003 0.297 0.472 22 L 0.037 0.019 0.007 0.004 0.371 0.562 23 P 0.019 0.016 0.005 0.013 0.381 0.566 24 S 0.009 0.008 0.024 0.177 0.412 0.370 25 D 0.006 0.004 0.049 0.695 0.172 0.074 26 E 0.010 0.006 0.065 0.748 0.135 0.036 27 S 0.026 0.009 0.067 0.661 0.172 0.064 28 I 0.026 0.007 0.078 0.699 0.133 0.057 29 R 0.037 0.005 0.057 0.726 0.116 0.059 30 K 0.046 0.004 0.042 0.689 0.118 0.100 31 Q 0.114 0.009 0.031 0.447 0.147 0.253 32 Q 0.272 0.032 0.039 0.234 0.171 0.252 33 Y 0.417 0.045 0.039 0.099 0.178 0.223 34 Y 0.261 0.037 0.033 0.064 0.311 0.293 35 G 0.087 0.047 0.020 0.033 0.391 0.423 36 N 0.018 0.036 0.011 0.017 0.761 0.156 37 P 0.004 0.012 0.059 0.076 0.776 0.073 38 G 0.003 0.007 0.079 0.061 0.781 0.070 39 N 0.006 0.020 0.050 0.158 0.666 0.100 40 D 0.004 0.012 0.025 0.719 0.087 0.154 41 F 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.003 42 W 0.002 0.001 0.003 0.984 0.005 0.005 43 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 44 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 45 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 46 G 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 47 H 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 48 A 0.001 0.001 0.005 0.983 0.009 0.002 49 I 0.001 0.001 0.010 0.857 0.064 0.068 50 G 0.001 0.001 0.009 0.076 0.283 0.631 51 E 0.003 0.010 0.015 0.034 0.386 0.551 52 N 0.008 0.012 0.013 0.018 0.269 0.679 53 L 0.001 0.001 0.670 0.108 0.170 0.049 54 Q 0.004 0.001 0.689 0.123 0.153 0.031 55 D 0.010 0.003 0.604 0.187 0.158 0.039 56 M 0.018 0.017 0.083 0.268 0.232 0.381 57 A 0.012 0.016 0.011 0.246 0.139 0.576 58 Y 0.001 0.001 0.013 0.911 0.033 0.041 59 E 0.001 0.001 0.010 0.973 0.011 0.005 60 K 0.001 0.001 0.025 0.952 0.017 0.005 61 K 0.002 0.001 0.028 0.934 0.019 0.015 62 L 0.002 0.001 0.010 0.970 0.008 0.010 63 K 0.002 0.001 0.012 0.963 0.011 0.011 64 T 0.002 0.001 0.014 0.948 0.020 0.016 65 L 0.003 0.002 0.029 0.891 0.060 0.014 66 K 0.003 0.002 0.036 0.853 0.090 0.017 67 H 0.002 0.001 0.026 0.861 0.085 0.025 68 N 0.004 0.002 0.023 0.543 0.206 0.221 69 R 0.021 0.004 0.018 0.206 0.176 0.575 70 I 0.242 0.013 0.023 0.222 0.160 0.340 71 G 0.611 0.009 0.018 0.245 0.048 0.069 72 L 0.566 0.005 0.013 0.363 0.021 0.032 73 W 0.398 0.002 0.019 0.510 0.027 0.044 74 D 0.214 0.002 0.039 0.627 0.069 0.050 75 V 0.112 0.003 0.045 0.742 0.058 0.040 76 F 0.046 0.004 0.054 0.768 0.060 0.068 77 K 0.030 0.004 0.065 0.778 0.070 0.052 78 A 0.022 0.004 0.057 0.718 0.107 0.092 79 G 0.028 0.008 0.085 0.371 0.237 0.271 80 S 0.025 0.019 0.071 0.221 0.334 0.330 81 R 0.019 0.011 0.106 0.199 0.463 0.202 82 E 0.013 0.006 0.111 0.173 0.497 0.199 83 G 0.012 0.006 0.055 0.049 0.557 0.321 84 S 0.016 0.017 0.050 0.038 0.450 0.430 85 Q 0.020 0.030 0.034 0.039 0.312 0.565 86 D 0.013 0.019 0.064 0.044 0.416 0.442 87 S 0.008 0.005 0.310 0.150 0.340 0.187 88 K 0.020 0.009 0.279 0.173 0.302 0.216 89 I 0.030 0.025 0.174 0.280 0.275 0.216 90 G 0.040 0.017 0.045 0.232 0.208 0.458 91 D 0.024 0.006 0.103 0.433 0.205 0.229 92 E 0.042 0.015 0.103 0.412 0.239 0.189 93 E 0.070 0.017 0.123 0.316 0.241 0.232 94 I 0.048 0.016 0.137 0.356 0.201 0.243 95 N 0.028 0.013 0.095 0.326 0.252 0.287 96 D 0.012 0.010 0.122 0.572 0.109 0.174 97 F 0.002 0.001 0.044 0.908 0.024 0.020 98 S 0.001 0.001 0.039 0.928 0.020 0.011 99 G 0.001 0.001 0.038 0.936 0.016 0.009 100 L 0.001 0.002 0.052 0.920 0.018 0.007 101 K 0.001 0.001 0.074 0.875 0.038 0.012 102 E 0.002 0.002 0.054 0.842 0.066 0.034 103 M 0.004 0.006 0.031 0.754 0.089 0.116 104 V 0.007 0.012 0.024 0.104 0.708 0.147 105 P 0.002 0.001 0.070 0.069 0.776 0.082 106 K 0.007 0.001 0.079 0.024 0.762 0.127 107 L 0.326 0.029 0.060 0.103 0.404 0.078 108 R 0.725 0.008 0.004 0.083 0.061 0.119 109 L 0.951 0.002 0.002 0.026 0.010 0.009 110 I 0.973 0.001 0.001 0.019 0.004 0.003 111 C 0.951 0.001 0.001 0.031 0.010 0.006 112 F 0.803 0.003 0.004 0.077 0.103 0.009 113 N 0.399 0.006 0.007 0.111 0.370 0.108 114 G 0.040 0.004 0.007 0.085 0.553 0.311 115 R 0.122 0.039 0.030 0.100 0.558 0.153 116 K 0.402 0.051 0.044 0.131 0.163 0.209 117 A 0.222 0.012 0.278 0.297 0.137 0.055 118 G 0.212 0.003 0.305 0.299 0.110 0.071 119 E 0.188 0.005 0.203 0.415 0.122 0.067 120 Y 0.188 0.017 0.056 0.376 0.157 0.206 121 E 0.102 0.013 0.055 0.318 0.219 0.293 122 P 0.061 0.011 0.167 0.329 0.259 0.172 123 L 0.067 0.015 0.190 0.288 0.285 0.156 124 L 0.093 0.041 0.161 0.213 0.342 0.150 125 R 0.067 0.018 0.080 0.165 0.339 0.331 126 G 0.043 0.012 0.044 0.057 0.484 0.361 127 M 0.030 0.006 0.024 0.024 0.535 0.380 128 G 0.048 0.005 0.006 0.002 0.290 0.649 129 Y 0.319 0.021 0.004 0.001 0.176 0.479 130 E 0.535 0.016 0.002 0.001 0.076 0.371 131 T 0.824 0.022 0.002 0.001 0.023 0.129 132 K 0.790 0.013 0.002 0.001 0.031 0.163 133 V 0.570 0.032 0.003 0.001 0.039 0.355 134 L 0.215 0.026 0.003 0.001 0.108 0.647 135 P 0.082 0.018 0.004 0.002 0.223 0.671 136 S 0.030 0.028 0.006 0.004 0.409 0.521 137 S 0.017 0.059 0.008 0.019 0.542 0.356 138 S 0.011 0.022 0.021 0.068 0.597 0.281 139 G 0.006 0.012 0.079 0.352 0.421 0.129 140 A 0.009 0.014 0.149 0.451 0.282 0.094 141 N 0.011 0.019 0.153 0.461 0.245 0.111 142 R 0.018 0.017 0.131 0.476 0.222 0.135 143 R 0.012 0.011 0.110 0.466 0.245 0.156 144 F 0.008 0.006 0.091 0.465 0.260 0.171 145 S 0.005 0.005 0.089 0.467 0.283 0.150 146 K 0.002 0.001 0.106 0.733 0.118 0.040 147 N 0.002 0.001 0.097 0.721 0.113 0.066 148 R 0.002 0.002 0.055 0.818 0.061 0.061 149 E 0.004 0.003 0.015 0.822 0.058 0.098 150 S 0.002 0.001 0.011 0.924 0.030 0.032 151 E 0.002 0.001 0.011 0.960 0.016 0.010 152 W 0.003 0.001 0.010 0.967 0.013 0.007 153 E 0.002 0.001 0.014 0.965 0.012 0.006 154 A 0.003 0.001 0.016 0.959 0.013 0.009 155 V 0.006 0.001 0.019 0.902 0.029 0.042 156 F 0.008 0.002 0.017 0.796 0.044 0.134 157 R 0.008 0.004 0.008 0.578 0.058 0.344 158 H 0.006 0.003 0.002 0.071 0.055 0.864