# TARGET T0545 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0545.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 248.286 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.029 0.636 0.005 0.014 0.047 0.003 0.001 0.017 0.054 0.030 0.017 0.139 2 I 0.007 0.050 0.615 0.006 0.018 0.048 0.004 0.002 0.019 0.074 0.027 0.086 0.043 3 K 0.006 0.022 0.583 0.012 0.028 0.039 0.003 0.002 0.023 0.105 0.047 0.027 0.102 4 R 0.003 0.019 0.434 0.009 0.042 0.035 0.003 0.001 0.021 0.137 0.196 0.063 0.037 5 G 0.002 0.023 0.442 0.011 0.026 0.015 0.002 0.001 0.012 0.146 0.277 0.008 0.035 6 F 0.001 0.021 0.685 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 0.014 0.196 0.021 0.030 0.015 7 P 0.001 0.018 0.673 0.003 0.030 0.023 0.001 0.001 0.021 0.113 0.065 0.012 0.040 8 A 0.002 0.057 0.454 0.010 0.067 0.040 0.002 0.005 0.053 0.164 0.093 0.018 0.035 9 V 0.006 0.048 0.432 0.006 0.076 0.052 0.005 0.019 0.048 0.119 0.101 0.043 0.047 10 L 0.002 0.087 0.601 0.008 0.019 0.037 0.002 0.007 0.033 0.120 0.039 0.015 0.031 11 D 0.001 0.002 0.894 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.084 0.004 0.002 0.001 12 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.043 0.919 0.001 0.001 13 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 14 T 0.001 0.002 0.924 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 0.038 0.003 0.001 0.005 15 E 0.004 0.001 0.275 0.024 0.003 0.001 0.019 0.019 0.196 0.436 0.002 0.014 0.006 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.773 0.204 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.959 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.916 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.048 0.727 0.191 0.001 0.001 0.002 0.002 20 G 0.004 0.002 0.221 0.004 0.001 0.001 0.015 0.179 0.511 0.040 0.006 0.008 0.008 21 S 0.002 0.006 0.492 0.018 0.005 0.001 0.003 0.009 0.162 0.246 0.026 0.004 0.026 22 L 0.001 0.016 0.529 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.039 0.350 0.033 0.013 0.005 23 P 0.001 0.018 0.503 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.005 0.386 0.066 0.001 0.006 24 S 0.001 0.009 0.576 0.001 0.007 0.032 0.001 0.001 0.001 0.349 0.025 0.001 0.001 25 D 0.001 0.001 0.030 0.001 0.052 0.843 0.001 0.001 0.001 0.016 0.058 0.001 0.001 26 E 0.001 0.002 0.011 0.001 0.049 0.877 0.001 0.001 0.001 0.010 0.049 0.001 0.001 27 S 0.001 0.002 0.025 0.001 0.069 0.852 0.001 0.001 0.001 0.014 0.033 0.002 0.001 28 I 0.001 0.004 0.022 0.001 0.047 0.863 0.001 0.001 0.001 0.006 0.049 0.001 0.004 29 R 0.003 0.007 0.023 0.001 0.040 0.808 0.001 0.001 0.001 0.008 0.100 0.004 0.003 30 K 0.001 0.007 0.042 0.002 0.032 0.588 0.001 0.001 0.001 0.033 0.283 0.002 0.007 31 Q 0.003 0.012 0.190 0.013 0.033 0.254 0.001 0.001 0.002 0.131 0.339 0.009 0.014 32 Q 0.002 0.028 0.583 0.003 0.018 0.104 0.001 0.001 0.014 0.120 0.067 0.029 0.029 33 Y 0.010 0.089 0.377 0.003 0.028 0.108 0.005 0.004 0.032 0.138 0.074 0.028 0.104 34 Y 0.003 0.043 0.467 0.005 0.014 0.053 0.003 0.005 0.034 0.225 0.075 0.051 0.023 35 G 0.001 0.053 0.532 0.004 0.006 0.042 0.001 0.002 0.013 0.227 0.087 0.004 0.029 36 N 0.001 0.009 0.707 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.259 0.010 0.002 0.001 37 P 0.001 0.001 0.039 0.001 0.042 0.077 0.001 0.001 0.001 0.054 0.786 0.001 0.001 38 G 0.001 0.003 0.036 0.001 0.031 0.059 0.001 0.001 0.001 0.033 0.836 0.001 0.001 39 N 0.001 0.007 0.404 0.001 0.060 0.168 0.001 0.001 0.001 0.252 0.107 0.001 0.001 40 D 0.001 0.058 0.265 0.001 0.022 0.457 0.001 0.001 0.003 0.071 0.115 0.001 0.006 41 F 0.001 0.003 0.015 0.001 0.013 0.902 0.001 0.001 0.001 0.009 0.056 0.001 0.001 42 W 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 43 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 46 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 47 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.878 0.001 0.001 0.001 0.003 0.091 0.001 0.001 49 I 0.001 0.006 0.039 0.001 0.013 0.504 0.001 0.001 0.003 0.064 0.369 0.001 0.001 50 G 0.001 0.011 0.254 0.001 0.021 0.072 0.001 0.001 0.003 0.164 0.471 0.002 0.001 51 E 0.001 0.021 0.465 0.001 0.019 0.036 0.001 0.001 0.005 0.329 0.112 0.003 0.007 52 N 0.001 0.026 0.682 0.001 0.029 0.033 0.001 0.001 0.005 0.157 0.055 0.003 0.009 53 L 0.001 0.009 0.212 0.002 0.268 0.238 0.001 0.001 0.002 0.091 0.172 0.001 0.004 54 Q 0.001 0.006 0.114 0.001 0.270 0.271 0.001 0.001 0.002 0.100 0.229 0.003 0.002 55 D 0.001 0.006 0.160 0.001 0.235 0.351 0.001 0.001 0.004 0.070 0.165 0.001 0.005 56 M 0.001 0.026 0.324 0.001 0.048 0.316 0.001 0.001 0.005 0.184 0.085 0.006 0.004 57 A 0.001 0.017 0.551 0.001 0.017 0.229 0.001 0.001 0.003 0.119 0.055 0.002 0.008 58 Y 0.001 0.002 0.067 0.001 0.011 0.879 0.001 0.001 0.001 0.014 0.026 0.001 0.001 59 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 61 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 63 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.001 0.001 64 T 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.929 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 0.001 0.001 65 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.027 0.935 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 67 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.833 0.001 0.001 0.001 0.003 0.133 0.001 0.001 68 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.231 0.001 0.001 0.001 0.016 0.737 0.001 0.001 69 R 0.001 0.004 0.198 0.012 0.002 0.046 0.001 0.004 0.012 0.165 0.551 0.002 0.002 70 I 0.004 0.024 0.534 0.006 0.001 0.022 0.011 0.100 0.180 0.054 0.014 0.026 0.024 71 G 0.026 0.021 0.090 0.004 0.001 0.013 0.058 0.368 0.334 0.018 0.007 0.028 0.031 72 L 0.034 0.006 0.023 0.006 0.005 0.046 0.110 0.462 0.246 0.005 0.008 0.022 0.025 73 W 0.033 0.005 0.066 0.040 0.009 0.112 0.054 0.380 0.218 0.018 0.010 0.025 0.031 74 D 0.022 0.007 0.106 0.050 0.033 0.299 0.020 0.101 0.155 0.095 0.042 0.038 0.034 75 V 0.011 0.010 0.139 0.007 0.075 0.513 0.007 0.012 0.040 0.028 0.119 0.006 0.034 76 F 0.021 0.024 0.150 0.006 0.141 0.435 0.008 0.016 0.019 0.041 0.104 0.014 0.022 77 K 0.015 0.020 0.148 0.009 0.128 0.414 0.005 0.011 0.012 0.095 0.100 0.017 0.026 78 A 0.006 0.016 0.232 0.012 0.093 0.298 0.002 0.004 0.010 0.140 0.157 0.009 0.022 79 G 0.001 0.023 0.487 0.004 0.028 0.085 0.001 0.002 0.007 0.262 0.088 0.005 0.008 80 S 0.001 0.020 0.705 0.003 0.021 0.034 0.001 0.001 0.005 0.142 0.060 0.003 0.005 81 R 0.001 0.036 0.514 0.001 0.100 0.095 0.001 0.001 0.006 0.127 0.104 0.006 0.008 82 E 0.001 0.020 0.096 0.002 0.069 0.081 0.001 0.001 0.004 0.114 0.607 0.003 0.003 83 G 0.001 0.010 0.176 0.003 0.042 0.017 0.001 0.001 0.003 0.136 0.608 0.003 0.003 84 S 0.001 0.038 0.586 0.001 0.039 0.020 0.001 0.001 0.005 0.187 0.104 0.004 0.014 85 Q 0.001 0.045 0.471 0.001 0.046 0.033 0.001 0.001 0.004 0.154 0.233 0.006 0.005 86 D 0.001 0.018 0.494 0.001 0.099 0.048 0.001 0.001 0.002 0.182 0.149 0.001 0.004 87 S 0.001 0.008 0.227 0.001 0.166 0.091 0.001 0.001 0.002 0.201 0.299 0.002 0.002 88 K 0.001 0.015 0.311 0.001 0.181 0.075 0.001 0.001 0.003 0.135 0.269 0.003 0.007 89 I 0.001 0.035 0.410 0.002 0.161 0.110 0.001 0.001 0.004 0.100 0.157 0.004 0.015 90 G 0.001 0.026 0.298 0.005 0.088 0.144 0.001 0.001 0.005 0.174 0.237 0.013 0.008 91 D 0.001 0.012 0.320 0.003 0.086 0.133 0.001 0.001 0.009 0.220 0.203 0.002 0.010 92 E 0.001 0.014 0.344 0.001 0.101 0.178 0.001 0.001 0.010 0.235 0.097 0.010 0.008 93 E 0.001 0.016 0.602 0.001 0.035 0.190 0.001 0.001 0.023 0.073 0.034 0.008 0.018 94 I 0.001 0.024 0.331 0.002 0.164 0.330 0.001 0.001 0.019 0.025 0.076 0.005 0.022 95 N 0.001 0.020 0.328 0.001 0.153 0.208 0.001 0.001 0.013 0.107 0.148 0.013 0.006 96 D 0.001 0.007 0.301 0.001 0.135 0.273 0.001 0.001 0.007 0.088 0.177 0.001 0.010 97 F 0.001 0.002 0.049 0.001 0.062 0.832 0.001 0.001 0.001 0.018 0.032 0.001 0.001 98 S 0.001 0.001 0.010 0.001 0.039 0.921 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.001 0.001 99 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.034 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 101 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.078 0.880 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.070 0.676 0.001 0.001 0.001 0.006 0.238 0.001 0.001 103 M 0.001 0.001 0.022 0.001 0.080 0.547 0.001 0.001 0.001 0.011 0.340 0.001 0.001 104 V 0.001 0.005 0.519 0.001 0.026 0.133 0.001 0.001 0.001 0.279 0.036 0.001 0.001 105 P 0.001 0.002 0.342 0.002 0.152 0.060 0.001 0.001 0.001 0.083 0.355 0.001 0.003 106 K 0.001 0.006 0.176 0.007 0.186 0.035 0.001 0.001 0.012 0.169 0.391 0.004 0.012 107 L 0.011 0.010 0.370 0.005 0.133 0.032 0.007 0.008 0.184 0.059 0.016 0.040 0.123 108 R 0.023 0.003 0.128 0.467 0.020 0.016 0.021 0.010 0.102 0.104 0.010 0.046 0.051 109 L 0.106 0.001 0.009 0.007 0.004 0.014 0.054 0.340 0.326 0.007 0.001 0.083 0.048 110 I 0.050 0.001 0.002 0.003 0.001 0.006 0.057 0.748 0.110 0.001 0.001 0.006 0.014 111 C 0.085 0.001 0.011 0.001 0.001 0.014 0.093 0.583 0.180 0.001 0.002 0.013 0.015 112 F 0.129 0.006 0.077 0.004 0.001 0.030 0.082 0.263 0.218 0.010 0.019 0.106 0.055 113 N 0.021 0.005 0.160 0.017 0.003 0.032 0.009 0.019 0.055 0.116 0.492 0.032 0.038 114 G 0.008 0.003 0.213 0.011 0.004 0.017 0.001 0.001 0.004 0.260 0.436 0.011 0.031 115 R 0.009 0.013 0.223 0.003 0.045 0.306 0.001 0.001 0.004 0.173 0.161 0.037 0.024 116 K 0.027 0.066 0.102 0.002 0.095 0.361 0.007 0.002 0.008 0.053 0.089 0.023 0.163 117 A 0.032 0.008 0.135 0.043 0.153 0.429 0.005 0.001 0.002 0.031 0.101 0.025 0.035 118 G 0.032 0.011 0.091 0.007 0.167 0.471 0.004 0.001 0.003 0.026 0.128 0.026 0.034 119 E 0.037 0.015 0.097 0.003 0.118 0.460 0.007 0.002 0.005 0.051 0.097 0.042 0.066 120 Y 0.034 0.019 0.191 0.006 0.046 0.506 0.003 0.001 0.004 0.036 0.052 0.026 0.075 121 E 0.010 0.015 0.262 0.009 0.049 0.451 0.001 0.001 0.002 0.082 0.042 0.037 0.040 122 P 0.006 0.006 0.158 0.010 0.155 0.374 0.001 0.001 0.002 0.054 0.160 0.017 0.057 123 L 0.012 0.007 0.096 0.008 0.203 0.385 0.001 0.001 0.002 0.079 0.154 0.024 0.028 124 L 0.010 0.020 0.182 0.002 0.122 0.359 0.001 0.001 0.005 0.123 0.104 0.033 0.039 125 R 0.005 0.028 0.204 0.013 0.059 0.181 0.002 0.001 0.004 0.116 0.323 0.015 0.050 126 G 0.002 0.010 0.385 0.007 0.026 0.036 0.001 0.001 0.002 0.223 0.280 0.017 0.011 127 M 0.001 0.008 0.400 0.013 0.015 0.006 0.001 0.001 0.003 0.303 0.239 0.004 0.009 128 G 0.001 0.007 0.591 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.008 0.191 0.163 0.009 0.012 129 Y 0.004 0.012 0.652 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.062 0.178 0.011 0.024 0.039 130 E 0.009 0.012 0.337 0.008 0.003 0.001 0.020 0.008 0.398 0.058 0.003 0.080 0.063 131 T 0.026 0.009 0.068 0.015 0.001 0.001 0.110 0.052 0.560 0.006 0.001 0.014 0.137 132 K 0.022 0.004 0.034 0.006 0.001 0.001 0.099 0.063 0.606 0.003 0.001 0.151 0.012 133 V 0.009 0.006 0.062 0.001 0.001 0.001 0.076 0.067 0.650 0.002 0.001 0.006 0.120 134 L 0.002 0.008 0.304 0.017 0.001 0.001 0.011 0.017 0.514 0.027 0.002 0.087 0.010 135 P 0.001 0.017 0.480 0.006 0.005 0.003 0.002 0.005 0.139 0.218 0.074 0.005 0.047 136 S 0.001 0.014 0.346 0.004 0.015 0.004 0.001 0.001 0.020 0.422 0.164 0.005 0.004 137 S 0.001 0.012 0.298 0.001 0.031 0.013 0.001 0.001 0.003 0.537 0.102 0.001 0.003 138 S 0.001 0.017 0.446 0.001 0.054 0.076 0.001 0.001 0.002 0.307 0.094 0.002 0.002 139 G 0.001 0.007 0.179 0.001 0.186 0.337 0.001 0.001 0.001 0.069 0.219 0.001 0.002 140 A 0.001 0.020 0.107 0.001 0.210 0.374 0.001 0.001 0.001 0.043 0.241 0.001 0.002 141 N 0.001 0.008 0.116 0.001 0.150 0.463 0.001 0.001 0.001 0.066 0.190 0.002 0.002 142 R 0.001 0.007 0.109 0.001 0.105 0.561 0.001 0.001 0.001 0.060 0.151 0.002 0.003 143 R 0.001 0.006 0.149 0.001 0.084 0.493 0.001 0.001 0.001 0.050 0.208 0.003 0.004 144 F 0.001 0.010 0.242 0.001 0.072 0.486 0.001 0.001 0.001 0.056 0.123 0.002 0.006 145 S 0.001 0.005 0.180 0.001 0.052 0.678 0.001 0.001 0.001 0.026 0.053 0.001 0.003 146 K 0.001 0.001 0.031 0.001 0.062 0.817 0.001 0.001 0.001 0.015 0.073 0.001 0.001 147 N 0.001 0.002 0.036 0.001 0.064 0.787 0.001 0.001 0.001 0.020 0.088 0.001 0.001 148 R 0.001 0.002 0.058 0.001 0.024 0.857 0.001 0.001 0.001 0.022 0.035 0.001 0.001 149 E 0.001 0.001 0.021 0.001 0.009 0.937 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.001 0.001 150 S 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.935 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 152 W 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 153 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 154 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 155 V 0.001 0.001 0.017 0.001 0.017 0.900 0.001 0.001 0.001 0.009 0.052 0.001 0.002 156 F 0.001 0.006 0.073 0.001 0.021 0.674 0.001 0.001 0.001 0.027 0.190 0.004 0.003 157 R 0.001 0.007 0.306 0.002 0.027 0.340 0.001 0.001 0.001 0.069 0.238 0.002 0.007 158 H 0.001 0.003 0.830 0.001 0.008 0.041 0.001 0.001 0.001 0.092 0.022 0.002 0.002