# TARGET T0545 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0545.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 248.286 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.251 0.157 0.070 0.107 0.080 0.070 0.074 0.056 0.059 0.043 0.034 2 I 0.082 0.083 0.047 0.128 0.131 0.118 0.141 0.101 0.078 0.053 0.039 3 K 0.267 0.193 0.116 0.164 0.117 0.065 0.044 0.018 0.010 0.004 0.002 4 R 0.046 0.059 0.044 0.132 0.162 0.152 0.186 0.113 0.064 0.031 0.012 5 G 0.272 0.160 0.054 0.151 0.123 0.087 0.071 0.034 0.024 0.015 0.010 6 F 0.006 0.008 0.005 0.020 0.032 0.051 0.133 0.170 0.218 0.197 0.160 7 P 0.202 0.142 0.063 0.167 0.129 0.105 0.094 0.042 0.028 0.017 0.010 8 A 0.038 0.035 0.019 0.062 0.078 0.101 0.183 0.154 0.147 0.105 0.078 9 V 0.021 0.033 0.015 0.062 0.077 0.091 0.153 0.140 0.146 0.142 0.119 10 L 0.008 0.015 0.010 0.050 0.062 0.087 0.134 0.136 0.150 0.148 0.200 11 D 0.147 0.150 0.095 0.181 0.145 0.100 0.087 0.042 0.027 0.014 0.012 12 E 0.506 0.159 0.083 0.149 0.052 0.028 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 13 N 0.389 0.250 0.067 0.174 0.073 0.027 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 14 T 0.001 0.002 0.001 0.006 0.011 0.019 0.074 0.133 0.262 0.252 0.239 15 E 0.006 0.076 0.094 0.312 0.270 0.158 0.067 0.011 0.004 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.066 0.159 0.255 0.270 0.232 17 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.031 0.133 0.233 0.230 0.194 0.161 18 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.034 0.098 0.226 0.287 0.346 19 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.044 0.114 0.251 0.304 0.276 20 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.012 0.027 0.109 0.191 0.249 0.232 0.169 21 S 0.003 0.007 0.006 0.025 0.031 0.043 0.129 0.193 0.232 0.208 0.123 22 L 0.003 0.006 0.005 0.030 0.054 0.083 0.178 0.217 0.214 0.136 0.074 23 P 0.013 0.043 0.020 0.077 0.107 0.118 0.179 0.168 0.136 0.091 0.049 24 S 0.030 0.047 0.012 0.085 0.114 0.119 0.160 0.146 0.144 0.094 0.050 25 D 0.369 0.163 0.049 0.154 0.094 0.070 0.046 0.022 0.016 0.009 0.006 26 E 0.205 0.136 0.056 0.181 0.129 0.100 0.091 0.043 0.033 0.017 0.008 27 S 0.081 0.048 0.022 0.054 0.046 0.068 0.134 0.149 0.169 0.127 0.102 28 I 0.023 0.020 0.026 0.071 0.086 0.130 0.208 0.148 0.135 0.095 0.059 29 R 0.040 0.070 0.190 0.171 0.137 0.122 0.133 0.062 0.042 0.021 0.011 30 K 0.024 0.046 0.127 0.225 0.182 0.141 0.123 0.064 0.040 0.020 0.007 31 Q 0.102 0.069 0.066 0.121 0.124 0.124 0.141 0.098 0.080 0.049 0.025 32 Q 0.014 0.050 0.062 0.135 0.137 0.153 0.178 0.120 0.083 0.046 0.021 33 Y 0.009 0.018 0.022 0.054 0.084 0.120 0.210 0.176 0.146 0.105 0.055 34 Y 0.019 0.025 0.018 0.058 0.074 0.082 0.176 0.174 0.173 0.121 0.081 35 G 0.049 0.024 0.012 0.036 0.042 0.054 0.119 0.144 0.200 0.173 0.147 36 N 0.064 0.064 0.026 0.115 0.115 0.118 0.141 0.117 0.111 0.075 0.055 37 P 0.093 0.065 0.024 0.086 0.108 0.141 0.204 0.132 0.087 0.046 0.015 38 G 0.178 0.106 0.036 0.113 0.102 0.092 0.124 0.090 0.075 0.055 0.030 39 N 0.022 0.023 0.014 0.062 0.074 0.103 0.157 0.140 0.164 0.143 0.098 40 D 0.015 0.038 0.031 0.093 0.115 0.161 0.223 0.136 0.098 0.057 0.033 41 F 0.002 0.005 0.005 0.015 0.019 0.032 0.115 0.191 0.235 0.222 0.160 42 W 0.005 0.005 0.009 0.020 0.029 0.046 0.113 0.157 0.220 0.216 0.179 43 R 0.008 0.022 0.053 0.182 0.179 0.134 0.141 0.103 0.084 0.055 0.040 44 L 0.001 0.003 0.024 0.027 0.030 0.041 0.123 0.162 0.222 0.211 0.156 45 V 0.001 0.001 0.007 0.008 0.008 0.010 0.048 0.096 0.204 0.283 0.335 46 G 0.001 0.002 0.011 0.025 0.045 0.117 0.265 0.193 0.183 0.105 0.052 47 H 0.004 0.013 0.090 0.077 0.088 0.153 0.257 0.140 0.097 0.055 0.026 48 A 0.002 0.003 0.009 0.011 0.015 0.028 0.111 0.154 0.234 0.245 0.188 49 I 0.008 0.010 0.007 0.021 0.024 0.045 0.114 0.147 0.212 0.222 0.192 50 G 0.095 0.116 0.081 0.154 0.142 0.124 0.123 0.069 0.053 0.028 0.016 51 E 0.106 0.102 0.075 0.135 0.134 0.140 0.143 0.079 0.047 0.026 0.012 52 N 0.285 0.267 0.083 0.151 0.088 0.045 0.037 0.019 0.013 0.008 0.004 53 L 0.038 0.027 0.016 0.052 0.081 0.108 0.178 0.142 0.165 0.114 0.078 54 Q 0.342 0.183 0.107 0.153 0.086 0.050 0.041 0.017 0.011 0.006 0.003 55 D 0.141 0.101 0.068 0.162 0.132 0.117 0.144 0.065 0.041 0.020 0.009 56 M 0.021 0.011 0.010 0.024 0.037 0.072 0.180 0.200 0.183 0.163 0.100 57 A 0.155 0.376 0.093 0.130 0.081 0.056 0.046 0.023 0.018 0.014 0.009 58 Y 0.024 0.050 0.035 0.073 0.093 0.123 0.176 0.134 0.138 0.101 0.054 59 E 0.348 0.101 0.063 0.137 0.116 0.080 0.080 0.034 0.025 0.011 0.005 60 K 0.308 0.167 0.195 0.193 0.082 0.030 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 61 K 0.004 0.015 0.013 0.036 0.045 0.101 0.236 0.207 0.181 0.110 0.051 62 L 0.002 0.003 0.012 0.044 0.102 0.221 0.249 0.163 0.114 0.062 0.028 63 K 0.073 0.089 0.711 0.087 0.024 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 64 T 0.005 0.024 0.067 0.200 0.180 0.222 0.197 0.062 0.028 0.011 0.005 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.060 0.169 0.313 0.432 66 K 0.029 0.064 0.130 0.288 0.219 0.164 0.077 0.017 0.008 0.002 0.001 67 H 0.038 0.060 0.537 0.172 0.094 0.047 0.028 0.011 0.008 0.004 0.002 68 N 0.007 0.016 0.009 0.070 0.110 0.182 0.328 0.158 0.072 0.035 0.011 69 R 0.014 0.050 0.025 0.129 0.172 0.241 0.212 0.082 0.046 0.019 0.010 70 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.025 0.085 0.200 0.282 0.397 71 G 0.001 0.002 0.002 0.015 0.034 0.086 0.274 0.235 0.176 0.105 0.069 72 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.040 0.104 0.237 0.299 0.306 73 W 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.028 0.088 0.137 0.219 0.243 0.268 74 D 0.001 0.005 0.006 0.032 0.051 0.075 0.158 0.223 0.212 0.150 0.089 75 V 0.001 0.002 0.003 0.012 0.013 0.017 0.068 0.148 0.235 0.275 0.226 76 F 0.001 0.001 0.003 0.019 0.035 0.062 0.143 0.181 0.221 0.177 0.157 77 K 0.012 0.029 0.053 0.148 0.199 0.198 0.188 0.088 0.054 0.022 0.009 78 A 0.014 0.038 0.028 0.118 0.136 0.166 0.219 0.130 0.087 0.045 0.019 79 G 0.008 0.006 0.004 0.013 0.019 0.030 0.093 0.143 0.215 0.256 0.214 80 S 0.150 0.266 0.079 0.222 0.131 0.068 0.051 0.018 0.009 0.004 0.002 81 R 0.042 0.051 0.030 0.101 0.136 0.150 0.191 0.123 0.094 0.057 0.025 82 E 0.475 0.223 0.052 0.116 0.057 0.031 0.023 0.010 0.007 0.004 0.002 83 G 0.490 0.123 0.044 0.103 0.077 0.056 0.056 0.023 0.016 0.009 0.004 84 S 0.214 0.119 0.030 0.072 0.070 0.075 0.106 0.090 0.091 0.079 0.054 85 Q 0.153 0.257 0.065 0.143 0.113 0.088 0.074 0.042 0.031 0.021 0.013 86 D 0.210 0.136 0.072 0.175 0.142 0.091 0.083 0.042 0.027 0.014 0.007 87 S 0.263 0.131 0.083 0.158 0.131 0.085 0.072 0.035 0.023 0.013 0.006 88 K 0.203 0.197 0.135 0.233 0.116 0.050 0.035 0.015 0.009 0.005 0.002 89 I 0.067 0.032 0.019 0.047 0.064 0.092 0.180 0.157 0.152 0.117 0.072 90 G 0.251 0.236 0.124 0.130 0.084 0.063 0.052 0.025 0.018 0.011 0.007 91 D 0.337 0.219 0.083 0.138 0.076 0.049 0.047 0.022 0.015 0.009 0.004 92 E 0.322 0.105 0.042 0.090 0.090 0.080 0.095 0.059 0.052 0.040 0.026 93 E 0.205 0.188 0.093 0.162 0.105 0.077 0.078 0.037 0.029 0.018 0.009 94 I 0.098 0.066 0.070 0.148 0.125 0.118 0.149 0.088 0.074 0.043 0.021 95 N 0.165 0.118 0.143 0.170 0.131 0.096 0.081 0.045 0.029 0.015 0.007 96 D 0.014 0.121 0.066 0.121 0.097 0.119 0.169 0.115 0.088 0.059 0.032 97 F 0.003 0.004 0.006 0.028 0.077 0.157 0.241 0.174 0.153 0.097 0.061 98 S 0.423 0.143 0.179 0.119 0.060 0.034 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 99 G 0.009 0.051 0.070 0.308 0.251 0.160 0.104 0.030 0.012 0.004 0.002 100 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.023 0.066 0.199 0.328 0.372 101 K 0.003 0.005 0.022 0.147 0.265 0.269 0.194 0.056 0.027 0.009 0.003 102 E 0.015 0.040 0.720 0.144 0.049 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 103 M 0.002 0.005 0.007 0.042 0.071 0.213 0.393 0.158 0.065 0.032 0.012 104 V 0.012 0.019 0.009 0.035 0.043 0.082 0.214 0.233 0.181 0.107 0.064 105 P 0.108 0.133 0.165 0.157 0.109 0.097 0.092 0.048 0.038 0.027 0.026 106 K 0.142 0.164 0.148 0.264 0.155 0.080 0.038 0.006 0.002 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.040 0.102 0.252 0.313 0.279 108 R 0.005 0.028 0.045 0.208 0.251 0.233 0.144 0.051 0.023 0.008 0.004 109 L 0.001 0.003 0.010 0.022 0.045 0.113 0.270 0.241 0.173 0.089 0.035 110 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.017 0.079 0.190 0.237 0.265 0.195 111 C 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.011 0.070 0.150 0.240 0.286 0.228 112 F 0.001 0.002 0.008 0.012 0.015 0.023 0.074 0.136 0.258 0.257 0.214 113 N 0.002 0.016 0.016 0.041 0.040 0.059 0.163 0.177 0.226 0.173 0.087 114 G 0.005 0.011 0.009 0.045 0.070 0.093 0.189 0.195 0.193 0.126 0.063 115 R 0.131 0.125 0.087 0.214 0.178 0.119 0.086 0.033 0.017 0.007 0.003 116 K 0.048 0.105 0.062 0.205 0.212 0.154 0.123 0.051 0.027 0.010 0.004 117 A 0.005 0.005 0.004 0.010 0.011 0.022 0.067 0.123 0.242 0.275 0.234 118 G 0.029 0.029 0.027 0.122 0.154 0.170 0.214 0.112 0.084 0.042 0.016 119 E 0.087 0.112 0.316 0.215 0.101 0.063 0.048 0.025 0.018 0.010 0.006 120 Y 0.009 0.018 0.024 0.056 0.074 0.137 0.230 0.163 0.144 0.095 0.050 121 E 0.022 0.018 0.016 0.039 0.042 0.071 0.166 0.188 0.206 0.153 0.079 122 P 0.157 0.142 0.181 0.166 0.119 0.085 0.071 0.035 0.026 0.013 0.006 123 L 0.092 0.095 0.143 0.185 0.145 0.111 0.103 0.053 0.041 0.022 0.011 124 L 0.044 0.036 0.031 0.067 0.072 0.101 0.172 0.154 0.152 0.108 0.063 125 R 0.055 0.081 0.068 0.158 0.147 0.149 0.155 0.090 0.056 0.028 0.013 126 G 0.292 0.170 0.160 0.132 0.084 0.057 0.046 0.026 0.018 0.010 0.005 127 M 0.108 0.100 0.049 0.136 0.126 0.126 0.147 0.093 0.059 0.037 0.018 128 G 0.486 0.216 0.060 0.115 0.055 0.028 0.019 0.008 0.006 0.003 0.003 129 Y 0.018 0.019 0.012 0.041 0.054 0.085 0.157 0.161 0.187 0.149 0.117 130 E 0.231 0.271 0.099 0.197 0.104 0.049 0.028 0.010 0.006 0.003 0.002 131 T 0.011 0.010 0.006 0.025 0.037 0.050 0.120 0.154 0.202 0.184 0.202 132 K 0.017 0.049 0.035 0.154 0.174 0.168 0.184 0.107 0.061 0.032 0.019 133 V 0.009 0.017 0.012 0.054 0.097 0.123 0.213 0.181 0.151 0.086 0.056 134 L 0.003 0.002 0.001 0.007 0.010 0.021 0.073 0.141 0.204 0.266 0.271 135 P 0.003 0.003 0.002 0.014 0.029 0.054 0.148 0.194 0.230 0.181 0.141 136 S 0.007 0.008 0.006 0.013 0.014 0.024 0.082 0.147 0.217 0.240 0.244 137 S 0.004 0.005 0.003 0.011 0.013 0.023 0.062 0.116 0.189 0.272 0.302 138 S 0.009 0.020 0.012 0.038 0.047 0.065 0.134 0.169 0.208 0.168 0.130 139 G 0.099 0.064 0.052 0.133 0.123 0.117 0.138 0.097 0.082 0.062 0.033 140 A 0.034 0.030 0.041 0.075 0.079 0.085 0.138 0.121 0.144 0.131 0.120 141 N 0.013 0.018 0.022 0.049 0.049 0.079 0.155 0.153 0.196 0.154 0.111 142 R 0.032 0.022 0.049 0.092 0.095 0.132 0.191 0.132 0.128 0.082 0.044 143 R 0.090 0.071 0.303 0.125 0.087 0.081 0.088 0.053 0.044 0.034 0.025 144 F 0.017 0.033 0.054 0.067 0.087 0.133 0.183 0.121 0.141 0.103 0.063 145 S 0.035 0.037 0.043 0.042 0.040 0.064 0.138 0.131 0.191 0.178 0.102 146 K 0.292 0.089 0.278 0.171 0.083 0.040 0.027 0.009 0.006 0.003 0.001 147 N 0.258 0.152 0.244 0.125 0.082 0.052 0.041 0.018 0.015 0.008 0.005 148 R 0.013 0.022 0.025 0.039 0.040 0.113 0.223 0.177 0.168 0.122 0.060 149 E 0.043 0.050 0.071 0.138 0.167 0.205 0.200 0.072 0.036 0.014 0.005 150 S 0.164 0.098 0.630 0.061 0.022 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 151 E 0.020 0.041 0.070 0.186 0.190 0.191 0.175 0.060 0.039 0.020 0.009 152 W 0.002 0.002 0.004 0.004 0.005 0.015 0.079 0.133 0.247 0.284 0.226 153 E 0.007 0.019 0.181 0.292 0.248 0.159 0.066 0.017 0.008 0.002 0.001 154 A 0.010 0.043 0.544 0.172 0.115 0.065 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 155 V 0.001 0.002 0.012 0.015 0.019 0.048 0.189 0.196 0.222 0.185 0.111 156 F 0.004 0.005 0.016 0.032 0.060 0.116 0.292 0.213 0.156 0.079 0.026 157 R 0.031 0.087 0.579 0.177 0.075 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 158 H 0.109 0.128 0.162 0.160 0.135 0.122 0.106 0.039 0.023 0.012 0.004