# TARGET T0545 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0545.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 248.286 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.148 0.054 0.014 0.198 0.020 0.042 0.211 0.087 0.080 0.038 2 I 0.101 0.275 0.060 0.010 0.293 0.009 0.023 0.119 0.047 0.032 0.032 3 K 0.109 0.107 0.063 0.028 0.161 0.043 0.088 0.160 0.094 0.092 0.055 4 R 0.022 0.185 0.207 0.074 0.084 0.056 0.166 0.091 0.052 0.046 0.017 5 G 0.054 0.075 0.124 0.088 0.046 0.033 0.043 0.073 0.082 0.296 0.086 6 F 0.024 0.444 0.281 0.024 0.096 0.005 0.017 0.040 0.031 0.023 0.015 7 P 0.009 0.611 0.183 0.012 0.095 0.005 0.005 0.047 0.026 0.004 0.003 8 A 0.067 0.098 0.030 0.004 0.131 0.017 0.100 0.267 0.231 0.033 0.022 9 V 0.072 0.032 0.018 0.009 0.063 0.028 0.129 0.186 0.141 0.280 0.044 10 L 0.046 0.331 0.208 0.051 0.104 0.014 0.040 0.057 0.034 0.079 0.036 11 D 0.015 0.311 0.379 0.121 0.071 0.019 0.006 0.036 0.022 0.012 0.008 12 E 0.003 0.016 0.016 0.003 0.008 0.027 0.107 0.343 0.462 0.013 0.003 13 N 0.061 0.012 0.003 0.002 0.037 0.003 0.048 0.046 0.097 0.533 0.158 14 T 0.158 0.306 0.018 0.001 0.461 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 0.027 15 E 0.047 0.026 0.004 0.010 0.128 0.093 0.537 0.087 0.038 0.019 0.010 16 I 0.296 0.031 0.002 0.001 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 17 L 0.148 0.028 0.001 0.001 0.812 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 18 I 0.314 0.019 0.002 0.001 0.622 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 19 L 0.205 0.061 0.011 0.030 0.211 0.058 0.069 0.033 0.011 0.105 0.205 20 G 0.120 0.163 0.082 0.074 0.178 0.028 0.018 0.013 0.014 0.215 0.095 21 S 0.089 0.155 0.116 0.064 0.200 0.033 0.030 0.040 0.048 0.139 0.086 22 L 0.061 0.326 0.313 0.034 0.160 0.016 0.018 0.022 0.014 0.018 0.018 23 P 0.048 0.392 0.139 0.032 0.161 0.022 0.037 0.067 0.039 0.039 0.024 24 S 0.018 0.484 0.281 0.012 0.073 0.004 0.004 0.041 0.023 0.052 0.008 25 D 0.005 0.009 0.006 0.002 0.010 0.003 0.009 0.692 0.233 0.026 0.005 26 E 0.004 0.011 0.004 0.001 0.008 0.001 0.005 0.850 0.095 0.017 0.003 27 S 0.004 0.008 0.002 0.001 0.008 0.002 0.006 0.855 0.077 0.036 0.001 28 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.870 0.093 0.017 0.002 29 R 0.007 0.009 0.003 0.002 0.011 0.006 0.029 0.781 0.119 0.028 0.004 30 K 0.010 0.055 0.011 0.008 0.046 0.015 0.110 0.574 0.100 0.066 0.006 31 Q 0.092 0.060 0.017 0.008 0.098 0.008 0.034 0.226 0.151 0.240 0.065 32 Q 0.078 0.160 0.067 0.023 0.183 0.019 0.062 0.228 0.091 0.066 0.023 33 Y 0.125 0.084 0.029 0.020 0.152 0.040 0.104 0.161 0.097 0.123 0.067 34 Y 0.091 0.181 0.100 0.049 0.173 0.027 0.060 0.094 0.066 0.107 0.052 35 G 0.032 0.100 0.135 0.127 0.058 0.089 0.070 0.072 0.080 0.189 0.047 36 N 0.133 0.172 0.185 0.034 0.287 0.012 0.023 0.038 0.026 0.027 0.063 37 P 0.007 0.032 0.015 0.006 0.012 0.017 0.058 0.418 0.378 0.047 0.010 38 G 0.007 0.038 0.032 0.021 0.013 0.028 0.075 0.305 0.203 0.264 0.013 39 N 0.015 0.070 0.037 0.012 0.043 0.031 0.038 0.433 0.182 0.116 0.024 40 D 0.007 0.008 0.006 0.001 0.009 0.002 0.012 0.721 0.180 0.040 0.014 41 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.820 0.151 0.021 0.001 42 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.052 0.001 0.001 43 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.020 0.002 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.043 0.002 0.001 46 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.935 0.058 0.001 0.001 47 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.851 0.076 0.006 0.001 48 A 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.017 0.255 0.640 0.060 0.016 0.002 49 I 0.003 0.729 0.152 0.017 0.048 0.006 0.011 0.014 0.006 0.011 0.003 50 G 0.034 0.019 0.029 0.043 0.011 0.023 0.008 0.021 0.024 0.584 0.204 51 E 0.066 0.278 0.137 0.030 0.207 0.024 0.052 0.070 0.040 0.056 0.040 52 N 0.069 0.362 0.138 0.012 0.217 0.004 0.006 0.049 0.034 0.066 0.044 53 L 0.020 0.056 0.018 0.004 0.041 0.004 0.010 0.348 0.434 0.053 0.012 54 Q 0.008 0.028 0.016 0.004 0.019 0.008 0.030 0.598 0.254 0.029 0.006 55 D 0.021 0.033 0.010 0.003 0.034 0.004 0.029 0.478 0.164 0.210 0.016 56 M 0.060 0.103 0.043 0.005 0.103 0.006 0.016 0.347 0.117 0.155 0.046 57 A 0.026 0.224 0.123 0.013 0.081 0.016 0.037 0.344 0.070 0.050 0.015 58 Y 0.017 0.095 0.075 0.006 0.030 0.003 0.006 0.475 0.156 0.121 0.015 59 E 0.003 0.013 0.004 0.002 0.009 0.003 0.011 0.775 0.166 0.013 0.003 60 K 0.003 0.013 0.005 0.001 0.006 0.002 0.012 0.790 0.136 0.029 0.003 61 K 0.003 0.005 0.004 0.001 0.003 0.002 0.009 0.744 0.132 0.093 0.004 62 L 0.005 0.010 0.002 0.001 0.010 0.001 0.002 0.797 0.156 0.014 0.004 63 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.026 0.779 0.154 0.022 0.002 64 T 0.001 0.012 0.007 0.001 0.004 0.001 0.014 0.797 0.106 0.054 0.001 65 L 0.015 0.012 0.006 0.001 0.018 0.002 0.010 0.758 0.132 0.040 0.007 66 K 0.002 0.012 0.010 0.007 0.003 0.007 0.048 0.634 0.253 0.020 0.004 67 H 0.006 0.018 0.009 0.005 0.010 0.012 0.166 0.596 0.143 0.028 0.006 68 N 0.006 0.617 0.196 0.015 0.060 0.007 0.013 0.027 0.020 0.034 0.006 69 R 0.086 0.020 0.009 0.010 0.028 0.008 0.021 0.085 0.066 0.417 0.249 70 I 0.165 0.240 0.043 0.009 0.283 0.012 0.018 0.081 0.047 0.042 0.060 71 G 0.067 0.205 0.102 0.041 0.246 0.015 0.019 0.176 0.059 0.037 0.033 72 L 0.283 0.096 0.014 0.003 0.250 0.002 0.010 0.202 0.058 0.035 0.048 73 W 0.042 0.046 0.013 0.010 0.075 0.017 0.036 0.542 0.171 0.031 0.017 74 D 0.072 0.065 0.021 0.009 0.128 0.012 0.046 0.517 0.088 0.022 0.019 75 V 0.047 0.046 0.022 0.015 0.067 0.022 0.054 0.538 0.113 0.062 0.016 76 F 0.072 0.092 0.026 0.023 0.113 0.035 0.068 0.358 0.108 0.074 0.031 77 K 0.040 0.094 0.048 0.031 0.065 0.052 0.128 0.281 0.110 0.105 0.045 78 A 0.063 0.124 0.075 0.036 0.093 0.038 0.077 0.156 0.093 0.184 0.062 79 G 0.084 0.259 0.098 0.033 0.186 0.025 0.035 0.094 0.062 0.070 0.052 80 S 0.049 0.346 0.231 0.035 0.117 0.018 0.022 0.066 0.040 0.052 0.023 81 R 0.060 0.100 0.091 0.036 0.095 0.027 0.052 0.289 0.165 0.059 0.027 82 E 0.022 0.127 0.059 0.052 0.056 0.098 0.154 0.260 0.109 0.046 0.017 83 G 0.047 0.056 0.051 0.048 0.055 0.020 0.029 0.107 0.103 0.392 0.091 84 S 0.120 0.183 0.074 0.008 0.235 0.009 0.030 0.152 0.083 0.069 0.037 85 Q 0.041 0.242 0.070 0.011 0.129 0.011 0.022 0.156 0.156 0.135 0.029 86 D 0.123 0.060 0.023 0.007 0.140 0.006 0.021 0.142 0.200 0.198 0.080 87 S 0.037 0.164 0.055 0.004 0.100 0.006 0.022 0.329 0.226 0.046 0.011 88 K 0.078 0.134 0.044 0.005 0.147 0.007 0.043 0.292 0.101 0.119 0.030 89 I 0.222 0.091 0.022 0.012 0.156 0.015 0.031 0.164 0.075 0.101 0.111 90 G 0.011 0.071 0.097 0.145 0.028 0.118 0.071 0.222 0.117 0.103 0.017 91 D 0.061 0.126 0.080 0.018 0.124 0.010 0.032 0.250 0.144 0.118 0.037 92 E 0.084 0.079 0.027 0.005 0.095 0.006 0.021 0.261 0.238 0.132 0.052 93 E 0.031 0.229 0.097 0.015 0.105 0.012 0.027 0.327 0.094 0.047 0.017 94 I 0.055 0.100 0.022 0.008 0.096 0.019 0.048 0.433 0.127 0.054 0.039 95 N 0.028 0.113 0.077 0.028 0.057 0.052 0.062 0.299 0.109 0.139 0.038 96 D 0.102 0.098 0.038 0.003 0.092 0.002 0.007 0.312 0.086 0.206 0.054 97 F 0.003 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.731 0.212 0.032 0.002 98 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.907 0.079 0.001 0.001 99 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.911 0.068 0.013 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.827 0.141 0.026 0.001 101 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.751 0.229 0.006 0.001 102 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.804 0.118 0.022 0.001 103 M 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.016 0.116 0.141 0.180 0.529 0.006 104 V 0.077 0.192 0.030 0.006 0.128 0.002 0.009 0.309 0.167 0.031 0.046 105 P 0.007 0.063 0.026 0.005 0.026 0.022 0.076 0.511 0.246 0.017 0.002 106 K 0.014 0.032 0.007 0.002 0.035 0.003 0.059 0.199 0.171 0.468 0.010 107 L 0.532 0.024 0.002 0.001 0.245 0.001 0.003 0.020 0.026 0.029 0.118 108 R 0.009 0.019 0.005 0.046 0.047 0.202 0.293 0.299 0.066 0.011 0.005 109 L 0.317 0.063 0.007 0.001 0.551 0.001 0.004 0.017 0.006 0.013 0.021 110 I 0.241 0.054 0.004 0.002 0.635 0.006 0.006 0.022 0.004 0.004 0.023 111 C 0.272 0.081 0.011 0.002 0.461 0.003 0.011 0.042 0.007 0.020 0.090 112 F 0.152 0.072 0.022 0.051 0.135 0.071 0.061 0.083 0.027 0.161 0.166 113 N 0.029 0.208 0.113 0.279 0.085 0.072 0.058 0.030 0.018 0.087 0.021 114 G 0.016 0.024 0.059 0.122 0.021 0.034 0.014 0.107 0.132 0.396 0.075 115 R 0.010 0.114 0.069 0.020 0.043 0.038 0.136 0.375 0.145 0.042 0.008 116 K 0.054 0.091 0.042 0.014 0.080 0.011 0.053 0.356 0.135 0.121 0.043 117 A 0.035 0.039 0.014 0.011 0.039 0.024 0.037 0.424 0.252 0.096 0.030 118 G 0.009 0.036 0.025 0.024 0.026 0.064 0.064 0.442 0.250 0.049 0.011 119 E 0.033 0.040 0.023 0.010 0.049 0.010 0.102 0.562 0.101 0.050 0.020 120 Y 0.035 0.040 0.020 0.011 0.042 0.015 0.073 0.276 0.170 0.288 0.030 121 E 0.065 0.194 0.052 0.006 0.171 0.004 0.012 0.309 0.138 0.021 0.029 122 P 0.031 0.115 0.025 0.004 0.089 0.010 0.040 0.490 0.173 0.014 0.009 123 L 0.033 0.051 0.020 0.008 0.056 0.017 0.137 0.358 0.172 0.127 0.021 124 L 0.160 0.090 0.039 0.016 0.183 0.025 0.070 0.162 0.094 0.110 0.052 125 R 0.043 0.127 0.069 0.071 0.068 0.099 0.199 0.155 0.086 0.052 0.031 126 G 0.026 0.046 0.115 0.198 0.028 0.056 0.020 0.054 0.072 0.334 0.050 127 M 0.032 0.195 0.126 0.085 0.088 0.073 0.193 0.083 0.053 0.048 0.023 128 G 0.070 0.052 0.075 0.060 0.058 0.025 0.014 0.018 0.048 0.393 0.187 129 Y 0.078 0.413 0.101 0.004 0.344 0.004 0.006 0.011 0.012 0.015 0.013 130 E 0.290 0.121 0.023 0.002 0.469 0.002 0.007 0.007 0.007 0.023 0.048 131 T 0.193 0.202 0.022 0.002 0.546 0.004 0.004 0.003 0.002 0.004 0.017 132 K 0.100 0.198 0.029 0.001 0.659 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 133 V 0.256 0.153 0.035 0.008 0.433 0.007 0.011 0.016 0.006 0.014 0.060 134 L 0.063 0.371 0.175 0.008 0.351 0.002 0.006 0.008 0.002 0.002 0.011 135 P 0.072 0.227 0.079 0.016 0.176 0.018 0.042 0.093 0.089 0.124 0.064 136 S 0.061 0.346 0.273 0.015 0.194 0.007 0.022 0.029 0.017 0.017 0.019 137 S 0.041 0.086 0.047 0.018 0.070 0.023 0.045 0.236 0.211 0.191 0.031 138 S 0.033 0.315 0.179 0.025 0.093 0.015 0.047 0.138 0.069 0.070 0.016 139 G 0.009 0.025 0.024 0.029 0.017 0.021 0.019 0.460 0.243 0.133 0.021 140 A 0.013 0.048 0.024 0.006 0.031 0.012 0.040 0.605 0.165 0.046 0.009 141 N 0.026 0.059 0.021 0.004 0.048 0.003 0.011 0.517 0.151 0.141 0.019 142 R 0.009 0.016 0.005 0.001 0.018 0.002 0.008 0.635 0.258 0.042 0.005 143 R 0.007 0.020 0.008 0.002 0.013 0.005 0.038 0.686 0.182 0.034 0.005 144 F 0.015 0.038 0.020 0.006 0.028 0.006 0.044 0.549 0.151 0.130 0.013 145 S 0.026 0.103 0.036 0.006 0.056 0.004 0.015 0.511 0.156 0.074 0.013 146 K 0.003 0.015 0.006 0.003 0.008 0.009 0.030 0.606 0.280 0.036 0.004 147 N 0.017 0.046 0.027 0.006 0.025 0.007 0.040 0.487 0.171 0.152 0.023 148 R 0.018 0.053 0.017 0.003 0.031 0.004 0.017 0.514 0.187 0.142 0.016 149 E 0.014 0.089 0.027 0.003 0.031 0.004 0.012 0.536 0.198 0.074 0.012 150 S 0.003 0.033 0.016 0.003 0.014 0.004 0.019 0.766 0.127 0.012 0.002 151 E 0.004 0.013 0.007 0.001 0.006 0.001 0.007 0.841 0.085 0.031 0.003 152 W 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.829 0.130 0.026 0.002 153 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.881 0.098 0.003 0.001 154 A 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.019 0.862 0.082 0.023 0.001 155 V 0.003 0.005 0.003 0.002 0.006 0.005 0.035 0.789 0.110 0.040 0.002 156 F 0.016 0.037 0.009 0.004 0.027 0.005 0.021 0.628 0.181 0.061 0.011 157 R 0.019 0.033 0.015 0.007 0.031 0.014 0.082 0.545 0.170 0.074 0.013 158 H 0.030 0.106 0.050 0.014 0.081 0.023 0.112 0.347 0.128 0.089 0.021