# TARGET T0541 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0541.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 201 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.001 0.001 0.003 0.061 0.927 2 I 0.064 0.030 0.014 0.011 0.169 0.712 3 P 0.164 0.011 0.041 0.013 0.307 0.465 4 D 0.440 0.009 0.063 0.014 0.193 0.281 5 L 0.748 0.015 0.020 0.009 0.082 0.126 6 V 0.839 0.010 0.009 0.008 0.047 0.088 7 P 0.843 0.008 0.013 0.007 0.053 0.076 8 V 0.810 0.005 0.007 0.006 0.052 0.120 9 S 0.773 0.018 0.005 0.006 0.069 0.129 10 L 0.491 0.037 0.007 0.009 0.129 0.326 11 T 0.285 0.021 0.010 0.007 0.372 0.305 12 P 0.089 0.012 0.057 0.012 0.599 0.230 13 V 0.066 0.015 0.045 0.011 0.619 0.243 14 T 0.171 0.058 0.035 0.008 0.482 0.246 15 V 0.137 0.063 0.016 0.007 0.257 0.520 16 V 0.103 0.081 0.020 0.005 0.682 0.109 17 P 0.057 0.012 0.025 0.003 0.836 0.067 18 N 0.027 0.001 0.007 0.001 0.898 0.067 19 T 0.296 0.037 0.003 0.001 0.562 0.101 20 V 0.552 0.020 0.001 0.001 0.104 0.323 21 N 0.837 0.009 0.001 0.001 0.039 0.114 22 T 0.939 0.003 0.001 0.001 0.013 0.045 23 M 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 24 T 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 25 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 26 T 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 27 I 0.971 0.002 0.001 0.001 0.008 0.020 28 E 0.932 0.003 0.001 0.001 0.022 0.042 29 N 0.808 0.014 0.002 0.003 0.056 0.118 30 Q 0.537 0.005 0.003 0.006 0.129 0.320 31 G 0.355 0.019 0.005 0.006 0.212 0.403 32 N 0.343 0.038 0.008 0.011 0.296 0.304 33 K 0.269 0.028 0.029 0.014 0.398 0.262 34 D 0.212 0.025 0.039 0.010 0.451 0.263 35 S 0.152 0.019 0.083 0.008 0.601 0.137 36 T 0.148 0.015 0.051 0.007 0.527 0.251 37 S 0.236 0.007 0.025 0.003 0.396 0.332 38 F 0.730 0.007 0.005 0.002 0.120 0.136 39 N 0.908 0.005 0.001 0.001 0.028 0.057 40 V 0.967 0.002 0.001 0.001 0.007 0.023 41 S 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 42 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 43 L 0.949 0.002 0.001 0.001 0.036 0.012 44 V 0.797 0.005 0.001 0.001 0.167 0.029 45 D 0.136 0.002 0.003 0.001 0.820 0.039 46 G 0.108 0.004 0.007 0.003 0.836 0.043 47 I 0.674 0.025 0.004 0.005 0.204 0.088 48 V 0.795 0.019 0.002 0.004 0.093 0.087 49 V 0.790 0.008 0.002 0.002 0.069 0.128 50 D 0.763 0.010 0.003 0.004 0.101 0.119 51 T 0.856 0.006 0.002 0.002 0.055 0.079 52 Q 0.883 0.005 0.001 0.003 0.035 0.073 53 T 0.877 0.007 0.003 0.004 0.044 0.066 54 V 0.691 0.022 0.019 0.012 0.138 0.118 55 T 0.441 0.012 0.053 0.020 0.255 0.220 56 S 0.472 0.022 0.060 0.017 0.236 0.193 57 L 0.425 0.057 0.030 0.015 0.247 0.227 58 E 0.214 0.023 0.019 0.007 0.667 0.069 59 S 0.050 0.006 0.031 0.006 0.846 0.061 60 E 0.049 0.002 0.014 0.001 0.874 0.059 61 N 0.400 0.024 0.007 0.001 0.491 0.078 62 S 0.690 0.015 0.001 0.001 0.082 0.211 63 T 0.878 0.010 0.001 0.001 0.032 0.078 64 N 0.893 0.005 0.001 0.001 0.028 0.073 65 V 0.932 0.002 0.001 0.001 0.017 0.047 66 D 0.947 0.004 0.001 0.001 0.015 0.033 67 F 0.947 0.003 0.001 0.001 0.012 0.036 68 H 0.914 0.002 0.001 0.001 0.027 0.055 69 W 0.857 0.008 0.002 0.003 0.041 0.089 70 T 0.734 0.009 0.005 0.005 0.119 0.128 71 L 0.643 0.013 0.012 0.010 0.186 0.137 72 D 0.468 0.020 0.017 0.011 0.295 0.189 73 G 0.309 0.022 0.031 0.011 0.428 0.198 74 T 0.215 0.011 0.026 0.008 0.489 0.251 75 A 0.169 0.018 0.038 0.006 0.545 0.224 76 N 0.177 0.013 0.021 0.004 0.509 0.277 77 S 0.334 0.005 0.007 0.001 0.273 0.379 78 Y 0.846 0.007 0.001 0.001 0.045 0.101 79 T 0.949 0.005 0.001 0.001 0.012 0.034 80 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 81 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 82 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 83 N 0.963 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 84 V 0.898 0.014 0.001 0.001 0.023 0.064 85 D 0.408 0.035 0.001 0.001 0.485 0.071 86 P 0.026 0.002 0.012 0.006 0.921 0.033 87 E 0.023 0.001 0.011 0.003 0.940 0.023 88 N 0.080 0.016 0.010 0.003 0.857 0.033 89 A 0.450 0.014 0.004 0.008 0.170 0.355 90 V 0.852 0.028 0.003 0.006 0.033 0.077 91 N 0.900 0.005 0.003 0.006 0.034 0.052 92 E 0.859 0.012 0.005 0.008 0.057 0.060 93 G 0.679 0.020 0.007 0.009 0.125 0.159 94 N 0.437 0.022 0.016 0.007 0.372 0.146 95 E 0.155 0.009 0.047 0.007 0.689 0.093 96 S 0.197 0.018 0.057 0.004 0.635 0.090 97 N 0.325 0.011 0.019 0.001 0.507 0.137 98 N 0.569 0.006 0.004 0.001 0.212 0.208 99 T 0.854 0.007 0.001 0.001 0.043 0.095 100 L 0.927 0.004 0.001 0.001 0.020 0.047 101 T 0.946 0.002 0.001 0.001 0.017 0.033 102 A 0.951 0.001 0.001 0.001 0.014 0.033 103 L 0.925 0.003 0.001 0.001 0.021 0.050 104 V 0.872 0.006 0.001 0.001 0.023 0.098 105 G 0.624 0.013 0.001 0.002 0.044 0.316 106 T 0.045 0.009 0.004 0.003 0.060 0.879