# TARGET T0541 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0541.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 201 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.004 0.001 0.001 0.025 0.004 0.959 2 I 0.068 0.016 0.007 0.005 0.021 0.032 0.852 3 P 0.164 0.013 0.025 0.010 0.177 0.083 0.529 4 D 0.504 0.012 0.021 0.012 0.177 0.043 0.230 5 L 0.828 0.014 0.005 0.008 0.015 0.006 0.123 6 V 0.901 0.004 0.002 0.006 0.011 0.003 0.073 7 P 0.902 0.005 0.002 0.006 0.007 0.003 0.074 8 V 0.855 0.005 0.005 0.010 0.019 0.014 0.092 9 S 0.653 0.010 0.009 0.013 0.084 0.032 0.199 10 L 0.420 0.025 0.008 0.012 0.176 0.025 0.334 11 T 0.198 0.015 0.011 0.007 0.138 0.029 0.601 12 P 0.137 0.009 0.127 0.025 0.125 0.306 0.271 13 V 0.105 0.016 0.146 0.025 0.175 0.254 0.278 14 T 0.159 0.017 0.101 0.016 0.270 0.102 0.336 15 V 0.161 0.028 0.038 0.016 0.152 0.085 0.521 16 V 0.103 0.051 0.050 0.007 0.116 0.079 0.594 17 P 0.014 0.003 0.044 0.003 0.104 0.781 0.051 18 N 0.014 0.002 0.024 0.001 0.179 0.726 0.053 19 T 0.192 0.024 0.008 0.001 0.253 0.021 0.500 20 V 0.584 0.010 0.001 0.001 0.029 0.012 0.365 21 N 0.887 0.010 0.001 0.001 0.018 0.002 0.083 22 T 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 23 M 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 24 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 25 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 26 T 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 27 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 28 E 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 29 N 0.864 0.004 0.001 0.001 0.024 0.003 0.104 30 Q 0.412 0.004 0.008 0.002 0.149 0.033 0.392 31 G 0.333 0.023 0.014 0.005 0.209 0.055 0.360 32 N 0.250 0.022 0.032 0.006 0.205 0.071 0.415 33 K 0.213 0.022 0.046 0.014 0.223 0.127 0.356 34 D 0.184 0.039 0.047 0.009 0.210 0.188 0.323 35 S 0.075 0.013 0.040 0.007 0.449 0.127 0.288 36 T 0.059 0.015 0.035 0.004 0.473 0.231 0.183 37 S 0.177 0.007 0.030 0.002 0.204 0.223 0.358 38 F 0.707 0.006 0.003 0.001 0.070 0.014 0.199 39 N 0.923 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.060 40 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 41 S 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 42 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 43 L 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 44 V 0.909 0.003 0.001 0.001 0.011 0.011 0.065 45 D 0.053 0.001 0.008 0.001 0.113 0.810 0.014 46 G 0.021 0.001 0.007 0.001 0.136 0.817 0.018 47 I 0.660 0.018 0.002 0.001 0.044 0.023 0.252 48 V 0.860 0.057 0.001 0.001 0.007 0.004 0.071 49 V 0.907 0.013 0.002 0.001 0.014 0.009 0.054 50 D 0.786 0.007 0.009 0.002 0.044 0.057 0.095 51 T 0.673 0.006 0.011 0.002 0.119 0.052 0.136 52 Q 0.775 0.008 0.004 0.002 0.062 0.011 0.138 53 T 0.773 0.019 0.004 0.002 0.032 0.008 0.162 54 V 0.721 0.014 0.021 0.006 0.024 0.011 0.203 55 T 0.461 0.005 0.063 0.010 0.071 0.063 0.327 56 S 0.497 0.019 0.090 0.009 0.114 0.095 0.176 57 L 0.492 0.063 0.022 0.006 0.075 0.016 0.327 58 E 0.223 0.030 0.022 0.003 0.053 0.022 0.647 59 S 0.028 0.004 0.026 0.002 0.105 0.794 0.041 60 E 0.020 0.002 0.016 0.001 0.122 0.802 0.038 61 N 0.292 0.017 0.006 0.001 0.206 0.031 0.448 62 S 0.687 0.019 0.001 0.001 0.025 0.008 0.261 63 T 0.903 0.005 0.001 0.001 0.026 0.003 0.062 64 N 0.964 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 65 V 0.962 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 66 D 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 67 F 0.938 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 68 H 0.912 0.003 0.001 0.001 0.015 0.003 0.067 69 W 0.824 0.007 0.002 0.001 0.031 0.005 0.130 70 T 0.647 0.016 0.004 0.002 0.046 0.009 0.276 71 L 0.569 0.011 0.011 0.004 0.077 0.031 0.296 72 D 0.532 0.017 0.027 0.007 0.109 0.089 0.219 73 G 0.397 0.020 0.037 0.008 0.155 0.084 0.297 74 T 0.292 0.017 0.043 0.005 0.212 0.107 0.323 75 A 0.164 0.009 0.043 0.006 0.285 0.346 0.146 76 N 0.235 0.010 0.022 0.002 0.268 0.282 0.180 77 S 0.528 0.009 0.005 0.001 0.076 0.022 0.359 78 Y 0.821 0.010 0.001 0.001 0.036 0.005 0.127 79 T 0.951 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.037 80 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 81 T 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 82 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 83 N 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 84 V 0.967 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 85 D 0.588 0.005 0.001 0.001 0.009 0.003 0.393 86 P 0.012 0.001 0.009 0.001 0.034 0.935 0.009 87 E 0.002 0.001 0.006 0.001 0.024 0.966 0.002 88 N 0.165 0.011 0.021 0.001 0.247 0.206 0.350 89 A 0.632 0.022 0.002 0.001 0.038 0.019 0.288 90 V 0.893 0.021 0.001 0.001 0.012 0.004 0.069 91 N 0.914 0.011 0.001 0.001 0.009 0.002 0.063 92 E 0.793 0.004 0.002 0.001 0.035 0.009 0.157 93 G 0.580 0.021 0.005 0.002 0.127 0.020 0.245 94 N 0.339 0.027 0.008 0.004 0.101 0.022 0.499 95 E 0.153 0.010 0.068 0.023 0.154 0.339 0.253 96 S 0.129 0.010 0.069 0.020 0.209 0.419 0.144 97 N 0.130 0.017 0.058 0.010 0.399 0.154 0.233 98 N 0.187 0.020 0.020 0.008 0.273 0.064 0.427 99 T 0.498 0.020 0.016 0.008 0.125 0.050 0.284 100 L 0.694 0.009 0.014 0.006 0.064 0.033 0.181 101 T 0.822 0.009 0.008 0.005 0.026 0.014 0.116 102 A 0.855 0.005 0.004 0.005 0.022 0.005 0.103 103 L 0.864 0.005 0.001 0.003 0.018 0.002 0.107 104 V 0.767 0.009 0.001 0.004 0.016 0.002 0.202 105 G 0.672 0.010 0.001 0.003 0.005 0.004 0.304 106 T 0.025 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.969