# TARGET T0538 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0538.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.681 0.221 0.073 0.022 0.003 0.001 0.001 2 N 0.630 0.274 0.068 0.022 0.005 0.001 0.001 3 L 0.224 0.196 0.203 0.235 0.122 0.019 0.001 4 R 0.421 0.392 0.143 0.037 0.007 0.001 0.001 5 W 0.072 0.176 0.240 0.331 0.158 0.022 0.001 6 T 0.094 0.283 0.315 0.212 0.082 0.014 0.001 7 S 0.554 0.343 0.080 0.019 0.003 0.001 0.001 8 E 0.175 0.448 0.281 0.083 0.012 0.001 0.001 9 A 0.031 0.052 0.101 0.305 0.407 0.102 0.003 10 K 0.064 0.277 0.332 0.240 0.078 0.009 0.001 11 T 0.397 0.435 0.126 0.036 0.006 0.001 0.001 12 K 0.093 0.167 0.253 0.303 0.150 0.033 0.002 13 L 0.047 0.054 0.098 0.225 0.371 0.193 0.013 14 K 0.242 0.351 0.230 0.127 0.041 0.009 0.001 15 N 0.369 0.309 0.176 0.095 0.037 0.012 0.001 16 I 0.074 0.102 0.148 0.240 0.226 0.180 0.030 17 P 0.158 0.150 0.149 0.216 0.214 0.099 0.014 18 F 0.450 0.163 0.117 0.107 0.103 0.051 0.009 19 F 0.461 0.172 0.110 0.109 0.078 0.056 0.014 20 A 0.382 0.138 0.102 0.134 0.108 0.101 0.036 21 R 0.472 0.165 0.102 0.106 0.080 0.057 0.018 22 S 0.750 0.155 0.055 0.024 0.011 0.003 0.001 23 Q 0.680 0.167 0.081 0.048 0.018 0.006 0.001 24 A 0.433 0.122 0.096 0.138 0.112 0.088 0.011 25 K 0.367 0.240 0.173 0.129 0.062 0.025 0.003 26 A 0.492 0.276 0.134 0.058 0.029 0.009 0.002 27 R 0.219 0.205 0.221 0.200 0.121 0.031 0.002 28 I 0.301 0.128 0.100 0.151 0.177 0.134 0.009 29 E 0.308 0.224 0.199 0.190 0.065 0.013 0.001 30 Q 0.656 0.258 0.062 0.016 0.007 0.001 0.001 31 L 0.374 0.197 0.194 0.171 0.058 0.006 0.001 32 A 0.617 0.184 0.089 0.079 0.027 0.004 0.001 33 R 0.653 0.238 0.076 0.028 0.005 0.001 0.001 34 Q 0.784 0.174 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 35 A 0.712 0.194 0.069 0.020 0.004 0.001 0.001 36 E 0.754 0.187 0.044 0.012 0.002 0.001 0.001 37 Q 0.407 0.254 0.197 0.118 0.022 0.002 0.001 38 D 0.717 0.230 0.043 0.009 0.001 0.001 0.001 39 I 0.423 0.342 0.159 0.060 0.014 0.001 0.001 40 V 0.197 0.150 0.184 0.265 0.170 0.033 0.001 41 T 0.227 0.305 0.221 0.166 0.066 0.013 0.001 42 P 0.585 0.286 0.090 0.031 0.007 0.001 0.001 43 E 0.522 0.310 0.126 0.034 0.006 0.001 0.001 44 L 0.238 0.134 0.155 0.250 0.167 0.053 0.004 45 V 0.521 0.201 0.119 0.096 0.051 0.011 0.001 46 E 0.733 0.208 0.047 0.010 0.002 0.001 0.001 47 Q 0.575 0.248 0.135 0.037 0.005 0.001 0.001 48 A 0.496 0.148 0.108 0.130 0.094 0.023 0.001 49 R 0.670 0.178 0.092 0.046 0.012 0.002 0.001 50 L 0.843 0.125 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 51 E 0.856 0.110 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 52 F 0.775 0.130 0.056 0.029 0.008 0.001 0.001 53 G 0.859 0.088 0.035 0.014 0.003 0.001 0.001 54 Q 0.920 0.066 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001