# TARGET T0538 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0538.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.40932 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.373 0.127 0.066 0.115 0.089 0.074 0.067 0.039 0.027 0.015 0.008 2 N 0.517 0.210 0.061 0.116 0.051 0.022 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 3 L 0.063 0.054 0.027 0.079 0.099 0.126 0.221 0.154 0.105 0.051 0.021 4 R 0.471 0.294 0.065 0.094 0.045 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 5 W 0.014 0.040 0.033 0.055 0.057 0.086 0.138 0.130 0.160 0.159 0.128 6 T 0.042 0.218 0.142 0.234 0.171 0.094 0.068 0.019 0.008 0.002 0.001 7 S 0.704 0.120 0.104 0.056 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.215 0.096 0.255 0.217 0.110 0.066 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 9 A 0.003 0.003 0.046 0.017 0.022 0.075 0.287 0.207 0.176 0.113 0.052 10 K 0.001 0.006 0.165 0.220 0.208 0.199 0.142 0.038 0.015 0.005 0.001 11 T 0.006 0.015 0.888 0.058 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.006 0.017 0.230 0.086 0.122 0.197 0.228 0.062 0.032 0.014 0.006 13 L 0.002 0.003 0.062 0.009 0.012 0.018 0.144 0.156 0.219 0.201 0.173 14 K 0.019 0.052 0.553 0.227 0.111 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 15 N 0.197 0.140 0.568 0.066 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.001 0.003 0.005 0.009 0.016 0.030 0.145 0.197 0.266 0.217 0.110 17 P 0.041 0.145 0.060 0.129 0.150 0.187 0.179 0.052 0.032 0.016 0.010 18 F 0.064 0.061 0.109 0.112 0.098 0.109 0.163 0.098 0.098 0.057 0.032 19 F 0.101 0.062 0.062 0.120 0.122 0.123 0.183 0.104 0.068 0.037 0.018 20 A 0.006 0.032 0.041 0.068 0.053 0.059 0.131 0.151 0.175 0.147 0.135 21 R 0.010 0.020 0.043 0.107 0.153 0.208 0.224 0.114 0.071 0.037 0.015 22 S 0.224 0.149 0.381 0.159 0.051 0.021 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.071 0.084 0.179 0.280 0.166 0.106 0.086 0.020 0.006 0.002 0.001 24 A 0.010 0.012 0.107 0.024 0.016 0.027 0.104 0.123 0.193 0.217 0.167 25 K 0.003 0.011 0.219 0.129 0.136 0.196 0.213 0.060 0.022 0.008 0.003 26 A 0.008 0.029 0.755 0.138 0.046 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.016 0.037 0.148 0.167 0.207 0.223 0.148 0.036 0.012 0.004 0.001 28 I 0.001 0.002 0.074 0.008 0.007 0.014 0.109 0.134 0.266 0.240 0.144 29 E 0.002 0.003 0.180 0.087 0.136 0.216 0.269 0.069 0.025 0.010 0.003 30 Q 0.002 0.011 0.808 0.130 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.001 0.006 0.070 0.033 0.074 0.171 0.358 0.146 0.086 0.039 0.016 32 A 0.001 0.002 0.082 0.008 0.008 0.013 0.090 0.124 0.255 0.243 0.176 33 R 0.004 0.017 0.554 0.148 0.139 0.071 0.051 0.010 0.003 0.001 0.001 34 Q 0.006 0.043 0.611 0.157 0.102 0.050 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 35 A 0.030 0.022 0.078 0.050 0.082 0.152 0.293 0.119 0.091 0.058 0.025 36 E 0.694 0.128 0.087 0.045 0.019 0.011 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 37 Q 0.014 0.048 0.164 0.209 0.201 0.137 0.128 0.059 0.025 0.012 0.003 38 D 0.323 0.259 0.123 0.121 0.076 0.053 0.029 0.008 0.003 0.002 0.001 39 I 0.064 0.102 0.211 0.191 0.149 0.121 0.111 0.030 0.015 0.006 0.002 40 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.024 0.096 0.143 0.220 0.270 0.229 41 T 0.010 0.520 0.191 0.195 0.055 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 42 P 0.215 0.088 0.059 0.167 0.196 0.147 0.090 0.022 0.010 0.003 0.001 43 E 0.899 0.056 0.029 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.001 0.005 0.012 0.070 0.078 0.205 0.386 0.144 0.067 0.024 0.007 45 V 0.001 0.001 0.015 0.008 0.014 0.035 0.146 0.190 0.242 0.210 0.137 46 E 0.006 0.016 0.579 0.188 0.096 0.071 0.034 0.007 0.002 0.001 0.001 47 Q 0.003 0.019 0.469 0.259 0.154 0.068 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.011 0.003 0.004 0.013 0.096 0.134 0.245 0.271 0.222 49 R 0.002 0.003 0.043 0.087 0.130 0.181 0.301 0.152 0.068 0.025 0.005 50 L 0.003 0.021 0.756 0.108 0.064 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 51 E 0.017 0.048 0.180 0.131 0.151 0.189 0.189 0.054 0.025 0.011 0.004 52 F 0.058 0.032 0.036 0.030 0.032 0.049 0.184 0.180 0.185 0.145 0.068 53 G 0.246 0.210 0.128 0.137 0.090 0.062 0.054 0.029 0.021 0.015 0.009 54 Q 0.365 0.193 0.148 0.116 0.072 0.038 0.031 0.016 0.012 0.007 0.003