# TARGET T0538 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0538.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.40932 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.662 0.241 0.072 0.020 0.004 0.001 0.001 2 N 0.705 0.203 0.064 0.022 0.006 0.001 0.001 3 L 0.591 0.210 0.112 0.065 0.019 0.003 0.001 4 R 0.579 0.271 0.094 0.040 0.013 0.002 0.001 5 W 0.193 0.194 0.251 0.247 0.100 0.013 0.001 6 T 0.248 0.347 0.265 0.102 0.031 0.007 0.001 7 S 0.746 0.185 0.046 0.017 0.005 0.001 0.001 8 E 0.497 0.304 0.135 0.051 0.012 0.002 0.001 9 A 0.121 0.104 0.185 0.353 0.205 0.031 0.001 10 K 0.288 0.363 0.235 0.094 0.017 0.002 0.001 11 T 0.528 0.402 0.062 0.008 0.001 0.001 0.001 12 K 0.133 0.195 0.291 0.280 0.091 0.010 0.001 13 L 0.028 0.049 0.142 0.359 0.342 0.079 0.001 14 K 0.458 0.382 0.124 0.032 0.005 0.001 0.001 15 N 0.472 0.353 0.129 0.039 0.006 0.001 0.001 16 I 0.049 0.096 0.187 0.281 0.266 0.116 0.004 17 P 0.096 0.186 0.228 0.227 0.169 0.086 0.009 18 F 0.175 0.139 0.138 0.177 0.195 0.153 0.023 19 F 0.142 0.126 0.121 0.165 0.212 0.190 0.045 20 A 0.078 0.096 0.122 0.224 0.236 0.202 0.042 21 R 0.113 0.126 0.157 0.232 0.222 0.131 0.019 22 S 0.272 0.322 0.203 0.122 0.058 0.020 0.003 23 Q 0.230 0.259 0.250 0.171 0.069 0.019 0.002 24 A 0.095 0.115 0.147 0.214 0.267 0.152 0.010 25 K 0.154 0.247 0.256 0.219 0.097 0.025 0.002 26 A 0.380 0.361 0.154 0.072 0.026 0.007 0.001 27 R 0.123 0.222 0.321 0.238 0.082 0.014 0.001 28 I 0.033 0.030 0.049 0.194 0.393 0.284 0.018 29 E 0.065 0.203 0.315 0.276 0.114 0.025 0.001 30 Q 0.333 0.466 0.143 0.045 0.010 0.002 0.001 31 L 0.066 0.099 0.202 0.376 0.210 0.046 0.002 32 A 0.052 0.063 0.123 0.317 0.351 0.090 0.003 33 R 0.291 0.442 0.202 0.055 0.009 0.001 0.001 34 Q 0.581 0.330 0.072 0.014 0.002 0.001 0.001 35 A 0.473 0.259 0.164 0.081 0.021 0.002 0.001 36 E 0.788 0.167 0.034 0.009 0.002 0.001 0.001 37 Q 0.488 0.268 0.164 0.065 0.014 0.001 0.001 38 D 0.557 0.307 0.098 0.031 0.006 0.001 0.001 39 I 0.159 0.320 0.277 0.174 0.058 0.011 0.001 40 V 0.023 0.037 0.095 0.283 0.395 0.158 0.008 41 T 0.092 0.235 0.277 0.238 0.117 0.037 0.005 42 P 0.072 0.190 0.238 0.265 0.164 0.065 0.006 43 E 0.240 0.358 0.239 0.109 0.041 0.011 0.002 44 L 0.050 0.151 0.250 0.283 0.192 0.069 0.005 45 V 0.044 0.031 0.050 0.194 0.378 0.280 0.022 46 E 0.180 0.354 0.274 0.147 0.038 0.007 0.001 47 Q 0.208 0.402 0.256 0.110 0.021 0.003 0.001 48 A 0.112 0.082 0.123 0.301 0.287 0.092 0.004 49 R 0.177 0.240 0.265 0.212 0.087 0.018 0.001 50 L 0.682 0.228 0.060 0.022 0.007 0.001 0.001 51 E 0.554 0.274 0.123 0.040 0.008 0.001 0.001 52 F 0.511 0.232 0.155 0.076 0.022 0.004 0.001 53 G 0.775 0.154 0.049 0.017 0.005 0.001 0.001 54 Q 0.853 0.107 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001