# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 776 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.015 0.596 0.001 0.016 0.173 0.001 0.001 0.002 0.135 0.044 0.004 0.012 2 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.020 0.932 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.001 0.001 3 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 4 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.019 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 7 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 9 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 0.928 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.001 0.001 10 H 0.003 0.001 0.016 0.001 0.039 0.615 0.001 0.001 0.001 0.015 0.300 0.005 0.005 11 L 0.005 0.004 0.057 0.002 0.033 0.346 0.001 0.001 0.002 0.096 0.419 0.004 0.030 12 A 0.004 0.004 0.455 0.010 0.008 0.041 0.001 0.001 0.008 0.339 0.082 0.036 0.012 13 P 0.008 0.004 0.464 0.022 0.024 0.021 0.001 0.001 0.014 0.142 0.204 0.014 0.083 14 I 0.047 0.005 0.276 0.058 0.030 0.032 0.004 0.003 0.032 0.212 0.151 0.089 0.060 15 G 0.325 0.003 0.065 0.023 0.008 0.021 0.064 0.027 0.078 0.047 0.014 0.134 0.191 16 L 0.632 0.001 0.008 0.008 0.001 0.003 0.084 0.040 0.029 0.001 0.001 0.099 0.094 17 V 0.735 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.111 0.027 0.022 0.001 0.001 0.049 0.046 18 L 0.676 0.002 0.009 0.008 0.001 0.002 0.071 0.022 0.025 0.001 0.002 0.064 0.116 19 S 0.329 0.004 0.092 0.028 0.003 0.002 0.030 0.007 0.036 0.015 0.016 0.159 0.278 20 R 0.031 0.002 0.207 0.041 0.004 0.003 0.005 0.001 0.023 0.217 0.207 0.175 0.085 21 D 0.003 0.002 0.086 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.217 0.641 0.007 0.028 22 R 0.010 0.011 0.280 0.012 0.007 0.009 0.001 0.002 0.007 0.346 0.127 0.164 0.023 23 V 0.073 0.036 0.214 0.007 0.013 0.043 0.018 0.017 0.033 0.076 0.019 0.080 0.370 24 I 0.178 0.036 0.063 0.019 0.041 0.107 0.094 0.050 0.065 0.019 0.016 0.066 0.246 25 E 0.134 0.020 0.062 0.143 0.082 0.243 0.042 0.017 0.025 0.033 0.050 0.073 0.076 26 D 0.058 0.019 0.116 0.012 0.073 0.268 0.012 0.005 0.023 0.061 0.121 0.082 0.152 27 C 0.013 0.009 0.218 0.006 0.044 0.478 0.003 0.001 0.009 0.069 0.070 0.017 0.061 28 N 0.001 0.002 0.114 0.002 0.016 0.790 0.001 0.001 0.001 0.047 0.021 0.004 0.003 29 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.014 0.001 0.022 0.511 0.001 0.001 0.001 0.032 0.418 0.001 0.001 36 R 0.001 0.004 0.131 0.001 0.025 0.105 0.001 0.001 0.003 0.038 0.689 0.001 0.003 37 C 0.001 0.018 0.794 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.016 0.121 0.010 0.008 0.003 38 A 0.001 0.003 0.922 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.004 0.056 0.003 0.001 0.002 39 R 0.001 0.002 0.042 0.001 0.142 0.761 0.001 0.001 0.001 0.018 0.033 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.622 0.340 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 41 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.573 0.375 0.001 0.001 0.002 0.004 0.037 0.001 0.001 42 L 0.001 0.004 0.040 0.001 0.165 0.673 0.001 0.001 0.011 0.014 0.081 0.001 0.007 43 I 0.001 0.008 0.060 0.002 0.053 0.378 0.001 0.001 0.003 0.047 0.442 0.005 0.003 44 G 0.001 0.015 0.142 0.002 0.043 0.107 0.001 0.001 0.006 0.111 0.556 0.003 0.013 45 R 0.002 0.019 0.587 0.003 0.009 0.041 0.001 0.001 0.016 0.263 0.028 0.018 0.014 46 S 0.001 0.009 0.794 0.003 0.006 0.015 0.001 0.001 0.012 0.090 0.033 0.005 0.031 47 F 0.004 0.013 0.349 0.010 0.147 0.189 0.001 0.001 0.023 0.087 0.143 0.013 0.020 48 E 0.005 0.008 0.178 0.018 0.224 0.276 0.003 0.003 0.023 0.063 0.165 0.018 0.016 49 V 0.014 0.014 0.176 0.004 0.195 0.208 0.007 0.006 0.054 0.064 0.167 0.048 0.043 50 L 0.016 0.038 0.364 0.008 0.098 0.091 0.007 0.005 0.055 0.088 0.123 0.017 0.090 51 Y 0.005 0.026 0.568 0.002 0.011 0.012 0.001 0.001 0.019 0.210 0.055 0.072 0.017 52 P 0.001 0.039 0.640 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.011 0.180 0.056 0.007 0.046 53 S 0.001 0.012 0.753 0.001 0.014 0.014 0.001 0.001 0.003 0.145 0.049 0.004 0.005 54 S 0.001 0.005 0.161 0.001 0.177 0.298 0.001 0.001 0.001 0.098 0.255 0.001 0.002 55 D 0.001 0.007 0.088 0.001 0.177 0.462 0.001 0.001 0.001 0.053 0.207 0.002 0.002 56 E 0.001 0.006 0.097 0.001 0.138 0.674 0.001 0.001 0.001 0.030 0.047 0.001 0.004 57 F 0.001 0.003 0.024 0.001 0.053 0.886 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.001 0.002 58 E 0.001 0.002 0.011 0.001 0.052 0.897 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.034 0.910 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.001 0.002 60 I 0.001 0.002 0.028 0.001 0.021 0.889 0.001 0.001 0.001 0.011 0.042 0.002 0.004 61 G 0.001 0.001 0.043 0.001 0.022 0.851 0.001 0.001 0.001 0.011 0.064 0.003 0.004 62 E 0.001 0.001 0.026 0.001 0.022 0.877 0.001 0.001 0.001 0.011 0.055 0.002 0.003 63 R 0.001 0.002 0.037 0.001 0.017 0.834 0.001 0.001 0.001 0.023 0.072 0.004 0.007 64 I 0.002 0.002 0.078 0.001 0.016 0.812 0.001 0.001 0.002 0.024 0.050 0.003 0.010 65 S 0.002 0.002 0.118 0.003 0.015 0.770 0.001 0.001 0.002 0.040 0.031 0.011 0.005 66 P 0.003 0.001 0.047 0.002 0.032 0.834 0.001 0.001 0.002 0.011 0.049 0.004 0.013 67 V 0.007 0.002 0.028 0.002 0.042 0.841 0.001 0.001 0.002 0.007 0.048 0.008 0.011 68 M 0.015 0.004 0.029 0.003 0.052 0.808 0.002 0.001 0.003 0.009 0.040 0.010 0.023 69 I 0.020 0.008 0.088 0.008 0.079 0.582 0.001 0.001 0.004 0.021 0.134 0.022 0.032 70 A 0.010 0.004 0.083 0.012 0.080 0.291 0.001 0.001 0.004 0.053 0.414 0.019 0.030 71 H 0.002 0.003 0.089 0.003 0.024 0.070 0.001 0.001 0.002 0.153 0.625 0.008 0.020 72 G 0.003 0.007 0.307 0.003 0.012 0.026 0.001 0.001 0.004 0.294 0.264 0.055 0.025 73 S 0.010 0.029 0.544 0.003 0.010 0.024 0.001 0.001 0.010 0.129 0.065 0.053 0.121 74 Y 0.013 0.033 0.478 0.009 0.013 0.034 0.002 0.002 0.017 0.132 0.053 0.091 0.122 75 A 0.027 0.018 0.334 0.049 0.024 0.044 0.003 0.001 0.010 0.106 0.093 0.068 0.221 76 D 0.079 0.010 0.175 0.069 0.037 0.036 0.004 0.001 0.006 0.067 0.086 0.186 0.244 77 D 0.219 0.004 0.072 0.037 0.023 0.025 0.005 0.001 0.004 0.023 0.027 0.181 0.380 78 R 0.387 0.002 0.028 0.011 0.006 0.012 0.004 0.001 0.003 0.005 0.005 0.305 0.233 79 I 0.534 0.001 0.012 0.007 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.275 80 M 0.673 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.111 81 K 0.592 0.002 0.009 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.254 82 R 0.279 0.005 0.073 0.008 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.004 0.012 0.160 0.445 83 A 0.031 0.001 0.057 0.041 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.054 0.551 0.176 0.073 84 G 0.002 0.001 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.850 0.017 0.027 85 G 0.003 0.001 0.077 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.427 0.431 0.035 0.020 86 E 0.042 0.016 0.181 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.067 0.008 0.584 0.092 87 L 0.055 0.005 0.018 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.006 0.002 0.002 0.005 0.888 88 F 0.104 0.001 0.008 0.272 0.001 0.001 0.011 0.002 0.003 0.004 0.001 0.585 0.008 89 W 0.285 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.061 0.003 0.008 0.001 0.001 0.020 0.607 90 C 0.600 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.086 0.012 0.008 0.001 0.001 0.206 0.063 91 H 0.624 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 0.114 0.017 0.021 0.001 0.001 0.093 0.100 92 V 0.517 0.001 0.013 0.022 0.002 0.001 0.061 0.012 0.037 0.002 0.001 0.142 0.190 93 T 0.274 0.004 0.037 0.119 0.004 0.005 0.061 0.013 0.094 0.013 0.017 0.242 0.118 94 G 0.145 0.009 0.152 0.016 0.009 0.005 0.018 0.006 0.053 0.043 0.019 0.063 0.463 95 R 0.049 0.005 0.133 0.016 0.005 0.004 0.005 0.001 0.041 0.048 0.012 0.597 0.082 96 A 0.047 0.036 0.161 0.004 0.015 0.008 0.006 0.002 0.022 0.044 0.033 0.039 0.584 97 L 0.014 0.082 0.430 0.018 0.032 0.023 0.005 0.003 0.020 0.142 0.064 0.120 0.047 98 D 0.003 0.016 0.661 0.006 0.028 0.018 0.001 0.001 0.007 0.120 0.040 0.017 0.084 99 R 0.001 0.004 0.087 0.003 0.084 0.065 0.001 0.001 0.001 0.100 0.644 0.005 0.007 100 T 0.001 0.005 0.053 0.003 0.063 0.032 0.001 0.001 0.001 0.093 0.745 0.003 0.003 101 A 0.001 0.013 0.282 0.003 0.052 0.033 0.001 0.001 0.002 0.412 0.168 0.016 0.017 102 P 0.008 0.033 0.531 0.011 0.033 0.041 0.001 0.001 0.006 0.176 0.074 0.025 0.061 103 L 0.035 0.033 0.287 0.037 0.047 0.099 0.009 0.002 0.022 0.127 0.121 0.040 0.140 104 A 0.060 0.011 0.227 0.195 0.026 0.045 0.012 0.006 0.029 0.114 0.078 0.101 0.096 105 A 0.281 0.004 0.073 0.055 0.009 0.030 0.074 0.030 0.059 0.034 0.016 0.103 0.233 106 G 0.415 0.001 0.011 0.031 0.003 0.020 0.150 0.111 0.066 0.007 0.003 0.103 0.080 107 V 0.451 0.001 0.005 0.027 0.002 0.016 0.176 0.170 0.050 0.003 0.002 0.035 0.063 108 W 0.431 0.001 0.005 0.017 0.002 0.014 0.186 0.169 0.075 0.002 0.002 0.057 0.039 109 T 0.403 0.003 0.033 0.034 0.005 0.034 0.110 0.100 0.072 0.016 0.012 0.046 0.131 110 F 0.224 0.007 0.143 0.021 0.014 0.070 0.048 0.026 0.108 0.053 0.030 0.137 0.119 111 E 0.066 0.014 0.278 0.029 0.030 0.121 0.015 0.006 0.055 0.137 0.103 0.050 0.096 112 D 0.014 0.012 0.459 0.007 0.032 0.139 0.002 0.001 0.017 0.148 0.068 0.041 0.059 113 L 0.007 0.009 0.261 0.008 0.056 0.365 0.001 0.001 0.008 0.119 0.116 0.012 0.039 114 S 0.006 0.008 0.252 0.010 0.064 0.419 0.001 0.001 0.003 0.114 0.081 0.027 0.015 115 A 0.003 0.002 0.030 0.002 0.063 0.841 0.001 0.001 0.001 0.014 0.027 0.003 0.014 116 T 0.004 0.002 0.024 0.003 0.050 0.864 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.004 0.007 117 R 0.006 0.002 0.026 0.002 0.044 0.859 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.013 0.011 118 R 0.012 0.004 0.048 0.003 0.033 0.783 0.001 0.001 0.002 0.009 0.053 0.012 0.040 119 V 0.018 0.006 0.088 0.008 0.043 0.670 0.001 0.001 0.002 0.024 0.082 0.027 0.029 120 A 0.014 0.008 0.185 0.006 0.038 0.447 0.001 0.001 0.005 0.058 0.139 0.037 0.062