# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 776 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.003 0.004 0.003 0.005 0.001 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.070 0.047 0.001 0.001 0.001 2 A 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.033 0.039 0.001 0.001 0.001 3 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.949 0.039 0.001 0.001 0.001 4 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.974 0.001 0.001 0.004 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.982 0.001 0.001 0.001 7 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.001 0.002 9 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.970 0.012 0.003 0.002 10 H 0.001 0.004 0.006 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.901 0.019 0.023 0.033 11 L 0.013 0.020 0.050 0.018 0.001 0.003 0.017 0.001 0.004 0.001 0.003 0.003 0.302 0.016 0.027 0.523 12 A 0.059 0.009 0.600 0.032 0.001 0.021 0.049 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.148 0.004 0.018 0.051 13 P 0.039 0.092 0.268 0.125 0.024 0.188 0.049 0.007 0.001 0.001 0.031 0.009 0.077 0.070 0.005 0.012 14 I 0.008 0.549 0.032 0.370 0.001 0.003 0.001 0.009 0.004 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.008 0.005 15 G 0.008 0.010 0.185 0.765 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.015 16 L 0.015 0.002 0.436 0.542 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.001 0.002 0.027 0.960 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.001 0.019 0.006 0.805 0.081 0.084 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.001 0.039 0.001 0.100 0.215 0.585 0.003 0.037 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 R 0.001 0.130 0.002 0.033 0.116 0.115 0.014 0.143 0.010 0.014 0.397 0.015 0.001 0.005 0.002 0.001 21 D 0.012 0.225 0.012 0.045 0.002 0.019 0.001 0.211 0.158 0.023 0.040 0.140 0.003 0.001 0.100 0.008 22 R 0.070 0.040 0.236 0.072 0.001 0.009 0.002 0.002 0.157 0.040 0.015 0.040 0.019 0.001 0.005 0.290 23 V 0.426 0.018 0.323 0.045 0.001 0.102 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.044 0.001 0.001 0.010 24 I 0.002 0.007 0.045 0.015 0.023 0.722 0.005 0.001 0.001 0.001 0.104 0.010 0.058 0.006 0.001 0.001 25 E 0.001 0.329 0.009 0.061 0.002 0.019 0.001 0.059 0.001 0.001 0.200 0.213 0.092 0.001 0.012 0.001 26 D 0.002 0.028 0.010 0.129 0.001 0.098 0.007 0.001 0.020 0.009 0.015 0.172 0.380 0.001 0.001 0.128 27 C 0.018 0.008 0.212 0.013 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.045 0.014 0.668 0.001 0.003 0.008 28 N 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.377 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.563 0.001 0.001 0.001 29 D 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.628 0.008 0.356 0.001 0.001 0.001 30 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.682 0.307 0.001 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.009 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.884 0.001 0.004 35 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.107 0.003 0.851 0.002 36 R 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.957 37 C 0.847 0.005 0.083 0.020 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.002 0.014 38 A 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 39 R 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.976 0.005 0.001 0.001 0.001 41 D 0.004 0.012 0.086 0.009 0.001 0.008 0.020 0.001 0.002 0.001 0.005 0.018 0.744 0.002 0.017 0.072 42 L 0.004 0.002 0.065 0.006 0.053 0.009 0.354 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.157 0.312 0.004 0.016 43 I 0.012 0.016 0.035 0.018 0.001 0.013 0.004 0.267 0.002 0.001 0.011 0.015 0.078 0.001 0.521 0.005 44 G 0.003 0.016 0.022 0.035 0.004 0.009 0.007 0.001 0.171 0.051 0.004 0.006 0.027 0.004 0.001 0.639 45 R 0.667 0.019 0.169 0.089 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.020 0.001 0.004 0.010 46 S 0.001 0.013 0.101 0.013 0.001 0.840 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.001 0.001 0.003 47 F 0.007 0.047 0.007 0.030 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.857 0.004 0.022 0.001 0.001 0.002 48 E 0.002 0.096 0.012 0.071 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.776 0.017 0.002 0.001 0.002 49 V 0.013 0.047 0.276 0.202 0.005 0.042 0.038 0.004 0.003 0.001 0.014 0.012 0.258 0.010 0.022 0.052 50 L 0.019 0.043 0.440 0.306 0.003 0.014 0.015 0.006 0.004 0.001 0.008 0.007 0.059 0.002 0.014 0.058 51 Y 0.041 0.030 0.319 0.382 0.009 0.112 0.018 0.003 0.004 0.003 0.005 0.006 0.034 0.002 0.002 0.031 52 P 0.015 0.105 0.314 0.335 0.014 0.128 0.005 0.012 0.002 0.003 0.023 0.005 0.019 0.002 0.002 0.014 53 S 0.001 0.010 0.004 0.014 0.001 0.924 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 54 S 0.001 0.037 0.002 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.894 0.022 0.016 0.001 0.001 0.002 55 D 0.001 0.038 0.002 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.873 0.028 0.001 0.001 0.001 56 E 0.002 0.013 0.049 0.006 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.032 0.122 0.737 0.001 0.007 0.015 57 F 0.001 0.002 0.016 0.003 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.015 0.029 0.902 0.005 0.001 0.005 58 E 0.001 0.006 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.028 0.919 0.001 0.004 0.004 59 R 0.001 0.004 0.008 0.007 0.004 0.017 0.021 0.001 0.001 0.001 0.010 0.058 0.790 0.057 0.001 0.022 60 I 0.003 0.002 0.013 0.004 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 0.008 0.889 0.001 0.046 0.003 61 G 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.010 0.003 0.001 0.002 0.003 0.007 0.060 0.862 0.007 0.001 0.033 62 E 0.020 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.015 0.914 0.002 0.004 0.005 63 R 0.001 0.009 0.026 0.005 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.872 0.001 0.002 0.022 64 I 0.003 0.007 0.038 0.013 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.896 0.001 0.002 0.015 65 S 0.001 0.002 0.024 0.014 0.001 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.902 0.001 0.001 0.002 66 P 0.001 0.008 0.010 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.009 0.922 0.001 0.001 0.005 67 V 0.001 0.009 0.006 0.026 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.054 0.865 0.010 0.001 0.008 68 M 0.001 0.003 0.013 0.009 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.932 0.008 0.006 0.008 69 I 0.003 0.018 0.020 0.014 0.015 0.011 0.036 0.004 0.001 0.001 0.008 0.024 0.660 0.104 0.030 0.050 70 A 0.009 0.007 0.010 0.009 0.031 0.008 0.124 0.012 0.002 0.002 0.011 0.009 0.088 0.614 0.041 0.023 71 H 0.018 0.028 0.076 0.016 0.001 0.006 0.023 0.050 0.017 0.003 0.008 0.005 0.044 0.007 0.596 0.103 72 G 0.130 0.018 0.102 0.046 0.002 0.030 0.022 0.003 0.072 0.052 0.013 0.017 0.064 0.004 0.011 0.414 73 S 0.605 0.043 0.151 0.055 0.003 0.042 0.004 0.006 0.003 0.001 0.024 0.021 0.027 0.003 0.003 0.012 74 Y 0.018 0.084 0.168 0.173 0.016 0.284 0.018 0.009 0.006 0.002 0.072 0.096 0.037 0.009 0.003 0.005 75 A 0.010 0.197 0.072 0.213 0.006 0.211 0.005 0.031 0.004 0.002 0.085 0.087 0.061 0.001 0.010 0.006 76 D 0.014 0.106 0.043 0.249 0.004 0.140 0.008 0.009 0.026 0.008 0.124 0.137 0.095 0.002 0.004 0.034 77 D 0.077 0.077 0.197 0.306 0.002 0.023 0.006 0.004 0.008 0.002 0.059 0.104 0.114 0.001 0.006 0.015 78 R 0.013 0.033 0.272 0.413 0.004 0.064 0.005 0.002 0.003 0.001 0.012 0.050 0.117 0.002 0.002 0.008 79 I 0.007 0.042 0.144 0.700 0.002 0.018 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.006 0.062 0.001 0.001 0.006 80 M 0.003 0.017 0.065 0.836 0.003 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.032 0.001 0.001 0.004 81 K 0.006 0.060 0.113 0.686 0.045 0.022 0.010 0.006 0.001 0.001 0.005 0.003 0.031 0.002 0.001 0.009 82 R 0.001 0.001 0.003 0.010 0.786 0.145 0.031 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 83 A 0.001 0.006 0.001 0.001 0.359 0.004 0.058 0.257 0.001 0.001 0.158 0.001 0.001 0.140 0.011 0.001 84 G 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.401 0.088 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 0.480 0.002 85 G 0.028 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.395 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.537 86 E 0.943 0.002 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.007 0.040 0.813 0.105 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 F 0.001 0.059 0.049 0.872 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 W 0.001 0.005 0.014 0.974 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 C 0.001 0.005 0.017 0.969 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 H 0.001 0.008 0.011 0.942 0.016 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 V 0.001 0.018 0.007 0.805 0.070 0.080 0.002 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 T 0.002 0.109 0.009 0.702 0.008 0.082 0.001 0.059 0.007 0.003 0.009 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 94 G 0.007 0.054 0.019 0.744 0.019 0.037 0.002 0.004 0.043 0.025 0.022 0.013 0.005 0.001 0.001 0.007 95 R 0.044 0.036 0.084 0.707 0.014 0.059 0.003 0.008 0.003 0.002 0.007 0.019 0.011 0.001 0.001 0.003 96 A 0.008 0.078 0.133 0.447 0.031 0.212 0.007 0.010 0.004 0.003 0.029 0.009 0.017 0.003 0.002 0.007 97 L 0.011 0.200 0.065 0.564 0.012 0.027 0.004 0.022 0.006 0.005 0.032 0.024 0.013 0.002 0.004 0.007 98 D 0.003 0.009 0.008 0.034 0.013 0.859 0.006 0.004 0.005 0.002 0.007 0.017 0.027 0.001 0.001 0.003 99 R 0.002 0.018 0.005 0.004 0.015 0.008 0.009 0.004 0.001 0.001 0.912 0.003 0.009 0.006 0.001 0.003 100 T 0.007 0.202 0.020 0.027 0.002 0.007 0.004 0.071 0.015 0.002 0.009 0.506 0.009 0.004 0.113 0.004 101 A 0.024 0.009 0.246 0.051 0.001 0.038 0.022 0.003 0.089 0.024 0.015 0.021 0.176 0.002 0.022 0.256 102 P 0.387 0.063 0.239 0.068 0.004 0.031 0.006 0.005 0.004 0.002 0.047 0.019 0.077 0.002 0.003 0.042 103 L 0.052 0.077 0.156 0.208 0.010 0.270 0.009 0.007 0.004 0.002 0.050 0.095 0.047 0.007 0.004 0.003 104 A 0.005 0.488 0.143 0.241 0.003 0.034 0.005 0.006 0.004 0.001 0.013 0.015 0.028 0.001 0.004 0.010 105 A 0.010 0.038 0.083 0.831 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.011 106 G 0.012 0.006 0.491 0.465 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 107 V 0.003 0.008 0.101 0.879 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 108 W 0.001 0.007 0.013 0.959 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 T 0.001 0.016 0.014 0.780 0.010 0.166 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 110 F 0.001 0.063 0.009 0.444 0.051 0.331 0.002 0.006 0.002 0.002 0.066 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 111 E 0.003 0.220 0.011 0.422 0.008 0.058 0.001 0.032 0.004 0.002 0.057 0.153 0.024 0.001 0.002 0.001 112 D 0.003 0.053 0.021 0.126 0.006 0.470 0.006 0.004 0.013 0.005 0.040 0.068 0.154 0.002 0.002 0.026 113 L 0.019 0.082 0.129 0.061 0.002 0.023 0.006 0.005 0.002 0.002 0.370 0.043 0.221 0.003 0.008 0.025 114 S 0.005 0.026 0.015 0.019 0.001 0.351 0.005 0.002 0.002 0.001 0.012 0.332 0.215 0.004 0.005 0.004 115 A 0.004 0.037 0.024 0.015 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.428 0.017 0.433 0.001 0.004 0.025 116 T 0.005 0.024 0.019 0.019 0.002 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.536 0.328 0.022 0.003 0.007 117 R 0.003 0.004 0.048 0.013 0.001 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.019 0.005 0.860 0.005 0.019 0.008 118 R 0.003 0.020 0.016 0.030 0.003 0.028 0.005 0.004 0.002 0.002 0.013 0.063 0.741 0.013 0.011 0.045 119 V 0.028 0.026 0.038 0.052 0.027 0.012 0.059 0.005 0.005 0.002 0.037 0.024 0.528 0.092 0.013 0.052 120 A 0.019 0.016 0.152 0.056 0.011 0.040 0.104 0.021 0.003 0.003 0.013 0.025 0.398 0.031 0.083 0.025