# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.012 2 A 0.005 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.031 0.016 3 I 0.002 0.127 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.855 0.007 4 D 0.005 0.641 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.328 0.015 5 Y 0.003 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 6 K 0.010 0.718 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.003 0.221 0.023 7 T 0.080 0.637 0.039 0.001 0.001 0.002 0.028 0.009 0.016 0.090 0.098 8 A 0.189 0.271 0.057 0.004 0.003 0.006 0.046 0.057 0.027 0.105 0.236 9 F 0.560 0.025 0.018 0.004 0.001 0.002 0.068 0.006 0.009 0.080 0.227 10 H 0.013 0.011 0.005 0.006 0.002 0.004 0.142 0.001 0.001 0.025 0.790 11 L 0.020 0.015 0.005 0.011 0.001 0.003 0.118 0.002 0.001 0.033 0.791 12 A 0.319 0.033 0.005 0.034 0.008 0.011 0.199 0.010 0.002 0.074 0.305 13 P 0.036 0.033 0.002 0.041 0.007 0.021 0.150 0.004 0.001 0.062 0.642 14 I 0.006 0.010 0.001 0.169 0.048 0.158 0.129 0.001 0.001 0.053 0.425 15 G 0.004 0.005 0.001 0.274 0.099 0.297 0.067 0.001 0.001 0.069 0.182 16 L 0.002 0.002 0.001 0.276 0.235 0.254 0.032 0.001 0.001 0.050 0.149 17 V 0.002 0.001 0.001 0.190 0.310 0.360 0.017 0.001 0.001 0.046 0.072 18 L 0.013 0.001 0.003 0.089 0.236 0.312 0.048 0.001 0.001 0.056 0.239 19 S 0.353 0.002 0.002 0.067 0.101 0.104 0.047 0.003 0.001 0.098 0.223 20 R 0.155 0.005 0.001 0.022 0.022 0.035 0.100 0.003 0.001 0.030 0.628 21 D 0.005 0.002 0.001 0.009 0.016 0.026 0.102 0.001 0.001 0.019 0.819 22 R 0.005 0.004 0.002 0.028 0.178 0.118 0.077 0.001 0.001 0.052 0.534 23 V 0.010 0.016 0.001 0.097 0.272 0.288 0.051 0.003 0.001 0.089 0.173 24 I 0.014 0.025 0.001 0.075 0.116 0.121 0.052 0.004 0.001 0.166 0.425 25 E 0.015 0.043 0.001 0.080 0.205 0.188 0.054 0.002 0.001 0.069 0.343 26 D 0.019 0.158 0.001 0.063 0.045 0.091 0.045 0.003 0.001 0.146 0.429 27 C 0.005 0.285 0.003 0.028 0.025 0.023 0.080 0.011 0.001 0.199 0.342 28 N 0.028 0.885 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.015 0.001 0.038 0.021 29 D 0.031 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.021 0.008 30 E 0.008 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.009 31 L 0.140 0.714 0.030 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 0.021 0.016 0.018 32 A 0.246 0.155 0.191 0.002 0.002 0.005 0.018 0.046 0.123 0.067 0.145 33 A 0.372 0.117 0.022 0.004 0.009 0.010 0.048 0.009 0.007 0.039 0.363 34 I 0.063 0.055 0.009 0.006 0.003 0.005 0.084 0.013 0.005 0.034 0.723 35 F 0.068 0.069 0.002 0.011 0.006 0.010 0.146 0.009 0.002 0.024 0.654 36 R 0.012 0.022 0.002 0.014 0.008 0.013 0.104 0.001 0.001 0.036 0.787 37 C 0.004 0.024 0.004 0.027 0.035 0.031 0.137 0.001 0.001 0.029 0.708 38 A 0.449 0.402 0.001 0.005 0.003 0.004 0.015 0.016 0.001 0.008 0.098 39 R 0.522 0.328 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.022 0.002 0.009 0.100 40 A 0.073 0.148 0.025 0.012 0.004 0.016 0.073 0.005 0.003 0.062 0.579 41 D 0.147 0.071 0.006 0.069 0.016 0.046 0.073 0.005 0.001 0.059 0.508 42 L 0.161 0.033 0.005 0.038 0.022 0.021 0.106 0.009 0.002 0.096 0.508 43 I 0.022 0.023 0.003 0.024 0.053 0.067 0.117 0.003 0.001 0.035 0.651 44 G 0.030 0.035 0.003 0.011 0.019 0.035 0.068 0.002 0.001 0.029 0.767 45 R 0.033 0.035 0.002 0.029 0.086 0.073 0.109 0.003 0.001 0.034 0.594 46 S 0.156 0.110 0.006 0.036 0.042 0.072 0.077 0.011 0.002 0.044 0.444 47 F 0.140 0.034 0.003 0.046 0.040 0.069 0.094 0.009 0.002 0.036 0.527 48 E 0.066 0.011 0.002 0.109 0.030 0.063 0.087 0.002 0.001 0.040 0.590 49 V 0.014 0.004 0.001 0.122 0.037 0.080 0.114 0.001 0.001 0.039 0.588 50 L 0.007 0.003 0.001 0.106 0.029 0.032 0.126 0.001 0.001 0.051 0.643 51 Y 0.033 0.010 0.002 0.111 0.041 0.036 0.137 0.003 0.001 0.072 0.553 52 P 0.050 0.037 0.001 0.031 0.008 0.007 0.104 0.006 0.001 0.043 0.713 53 S 0.122 0.245 0.002 0.010 0.004 0.005 0.063 0.026 0.001 0.029 0.493 54 S 0.111 0.426 0.003 0.004 0.001 0.003 0.052 0.013 0.001 0.058 0.329 55 D 0.062 0.629 0.006 0.005 0.001 0.003 0.030 0.013 0.002 0.038 0.212 56 E 0.060 0.767 0.003 0.002 0.001 0.002 0.018 0.015 0.001 0.023 0.108 57 F 0.137 0.622 0.012 0.002 0.001 0.002 0.019 0.034 0.009 0.044 0.118 58 E 0.096 0.532 0.012 0.003 0.004 0.008 0.038 0.008 0.004 0.054 0.241 59 R 0.070 0.569 0.007 0.003 0.002 0.005 0.028 0.009 0.003 0.035 0.268 60 I 0.113 0.512 0.012 0.004 0.003 0.005 0.049 0.021 0.005 0.038 0.237 61 G 0.156 0.179 0.018 0.009 0.006 0.011 0.070 0.021 0.010 0.165 0.355 62 E 0.087 0.104 0.005 0.014 0.007 0.009 0.086 0.005 0.002 0.105 0.575 63 R 0.014 0.364 0.002 0.016 0.007 0.008 0.066 0.004 0.001 0.045 0.472 64 I 0.009 0.803 0.002 0.002 0.002 0.003 0.017 0.005 0.001 0.014 0.143 65 S 0.027 0.908 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.013 0.038 66 P 0.045 0.827 0.003 0.003 0.002 0.004 0.009 0.007 0.002 0.020 0.078 67 V 0.201 0.264 0.059 0.024 0.015 0.036 0.041 0.031 0.023 0.144 0.162 68 M 0.358 0.036 0.054 0.028 0.019 0.038 0.053 0.016 0.022 0.100 0.275 69 I 0.276 0.010 0.005 0.016 0.013 0.016 0.060 0.003 0.002 0.035 0.565 70 A 0.032 0.010 0.002 0.010 0.010 0.015 0.089 0.002 0.001 0.015 0.814 71 H 0.021 0.013 0.001 0.006 0.007 0.012 0.108 0.002 0.001 0.013 0.816 72 G 0.029 0.019 0.001 0.014 0.040 0.041 0.130 0.002 0.001 0.023 0.701 73 S 0.022 0.031 0.001 0.017 0.044 0.052 0.102 0.002 0.001 0.030 0.700 74 Y 0.077 0.091 0.003 0.042 0.057 0.079 0.087 0.004 0.001 0.062 0.497 75 A 0.102 0.180 0.003 0.038 0.026 0.056 0.072 0.007 0.001 0.054 0.460 76 D 0.080 0.196 0.003 0.070 0.048 0.097 0.060 0.006 0.001 0.051 0.389 77 D 0.032 0.104 0.003 0.040 0.116 0.226 0.058 0.003 0.001 0.048 0.370 78 R 0.022 0.042 0.001 0.035 0.203 0.392 0.043 0.002 0.001 0.041 0.219 79 I 0.017 0.014 0.002 0.028 0.247 0.415 0.033 0.001 0.001 0.050 0.191 80 M 0.005 0.002 0.005 0.014 0.357 0.448 0.023 0.001 0.001 0.030 0.116 81 K 0.079 0.001 0.003 0.007 0.234 0.348 0.032 0.001 0.001 0.037 0.257 82 R 0.712 0.001 0.001 0.003 0.033 0.026 0.018 0.001 0.001 0.025 0.178 83 A 0.040 0.001 0.001 0.003 0.009 0.009 0.064 0.001 0.001 0.013 0.861 84 G 0.013 0.001 0.001 0.004 0.015 0.012 0.049 0.001 0.001 0.011 0.894 85 G 0.019 0.001 0.001 0.007 0.141 0.044 0.072 0.001 0.001 0.031 0.683 86 E 0.005 0.002 0.001 0.020 0.303 0.280 0.061 0.001 0.001 0.062 0.266 87 L 0.002 0.002 0.001 0.024 0.149 0.286 0.055 0.001 0.001 0.056 0.424 88 F 0.002 0.001 0.001 0.068 0.319 0.458 0.021 0.001 0.001 0.027 0.103 89 W 0.001 0.001 0.001 0.062 0.252 0.470 0.023 0.001 0.001 0.057 0.134 90 C 0.001 0.001 0.001 0.078 0.429 0.392 0.020 0.001 0.001 0.021 0.059 91 H 0.007 0.004 0.001 0.242 0.217 0.326 0.030 0.001 0.001 0.037 0.136 92 V 0.012 0.004 0.001 0.211 0.202 0.237 0.062 0.001 0.001 0.046 0.224 93 T 0.008 0.008 0.001 0.219 0.166 0.249 0.066 0.002 0.001 0.039 0.241 94 G 0.029 0.012 0.002 0.097 0.119 0.162 0.081 0.003 0.001 0.060 0.434 95 R 0.048 0.011 0.001 0.069 0.181 0.155 0.094 0.002 0.001 0.049 0.388 96 A 0.019 0.006 0.004 0.035 0.070 0.112 0.106 0.002 0.001 0.076 0.569 97 L 0.043 0.004 0.004 0.037 0.066 0.111 0.121 0.004 0.002 0.064 0.543 98 D 0.590 0.004 0.002 0.007 0.010 0.013 0.046 0.003 0.001 0.031 0.293 99 R 0.033 0.003 0.001 0.005 0.014 0.018 0.107 0.001 0.001 0.016 0.802 100 T 0.020 0.011 0.001 0.005 0.005 0.011 0.081 0.001 0.001 0.015 0.852 101 A 0.091 0.018 0.003 0.012 0.030 0.035 0.130 0.003 0.001 0.065 0.613 102 P 0.044 0.026 0.002 0.023 0.034 0.063 0.160 0.003 0.001 0.118 0.525 103 L 0.031 0.025 0.002 0.067 0.065 0.172 0.104 0.003 0.001 0.112 0.419 104 A 0.010 0.017 0.001 0.131 0.073 0.202 0.098 0.001 0.001 0.103 0.364 105 A 0.003 0.008 0.001 0.232 0.146 0.295 0.051 0.001 0.001 0.108 0.156 106 G 0.002 0.011 0.001 0.272 0.206 0.322 0.026 0.001 0.001 0.070 0.089 107 V 0.006 0.015 0.001 0.304 0.232 0.231 0.033 0.001 0.001 0.064 0.113 108 W 0.004 0.009 0.002 0.396 0.191 0.208 0.027 0.001 0.001 0.070 0.091 109 T 0.032 0.028 0.003 0.303 0.113 0.180 0.055 0.006 0.001 0.094 0.185 110 F 0.056 0.014 0.003 0.253 0.064 0.075 0.090 0.004 0.001 0.218 0.223 111 E 0.010 0.022 0.002 0.069 0.035 0.055 0.162 0.003 0.001 0.056 0.585 112 D 0.024 0.040 0.004 0.041 0.025 0.040 0.141 0.005 0.001 0.241 0.439 113 L 0.057 0.134 0.011 0.022 0.020 0.022 0.130 0.020 0.005 0.122 0.456 114 S 0.210 0.386 0.004 0.007 0.009 0.013 0.052 0.022 0.002 0.060 0.235 115 A 0.124 0.300 0.009 0.006 0.005 0.013 0.047 0.040 0.007 0.028 0.420 116 T 0.198 0.154 0.015 0.006 0.012 0.024 0.075 0.011 0.005 0.071 0.429 117 R 0.108 0.058 0.010 0.012 0.024 0.042 0.079 0.006 0.002 0.078 0.582 118 R 0.061 0.040 0.003 0.017 0.021 0.039 0.150 0.004 0.001 0.070 0.594 119 V 0.039 0.016 0.004 0.010 0.018 0.033 0.143 0.003 0.002 0.042 0.689 120 A 0.034 0.013 0.002 0.020 0.037 0.063 0.143 0.002 0.001 0.031 0.653