# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.017 0.859 0.001 0.002 0.003 0.013 0.036 0.069 2 A 0.034 0.833 0.001 0.001 0.002 0.009 0.085 0.035 3 I 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.006 4 D 0.005 0.849 0.002 0.001 0.002 0.007 0.118 0.016 5 Y 0.011 0.881 0.006 0.002 0.003 0.003 0.079 0.015 6 K 0.011 0.843 0.015 0.006 0.006 0.007 0.083 0.029 7 T 0.016 0.845 0.010 0.007 0.013 0.011 0.042 0.056 8 A 0.079 0.377 0.106 0.013 0.017 0.026 0.264 0.118 9 F 0.181 0.099 0.064 0.020 0.021 0.116 0.209 0.291 10 H 0.059 0.029 0.031 0.010 0.017 0.105 0.055 0.695 11 L 0.030 0.028 0.029 0.009 0.015 0.127 0.041 0.721 12 A 0.061 0.038 0.041 0.017 0.020 0.229 0.100 0.494 13 P 0.029 0.028 0.059 0.017 0.045 0.148 0.132 0.541 14 I 0.014 0.024 0.118 0.054 0.123 0.137 0.096 0.435 15 G 0.005 0.009 0.257 0.111 0.335 0.043 0.086 0.154 16 L 0.005 0.005 0.271 0.172 0.195 0.041 0.110 0.200 17 V 0.003 0.001 0.285 0.244 0.326 0.023 0.027 0.091 18 L 0.013 0.001 0.247 0.152 0.198 0.056 0.055 0.279 19 S 0.412 0.003 0.049 0.049 0.048 0.072 0.143 0.224 20 R 0.069 0.008 0.025 0.013 0.024 0.143 0.064 0.653 21 D 0.022 0.006 0.039 0.018 0.068 0.149 0.047 0.651 22 R 0.005 0.007 0.099 0.163 0.288 0.078 0.052 0.308 23 V 0.008 0.018 0.135 0.223 0.231 0.061 0.093 0.231 24 I 0.027 0.017 0.127 0.165 0.204 0.051 0.158 0.253 25 E 0.031 0.022 0.161 0.143 0.166 0.059 0.110 0.308 26 D 0.007 0.071 0.105 0.131 0.228 0.090 0.067 0.303 27 C 0.003 0.419 0.038 0.036 0.043 0.061 0.038 0.362 28 N 0.018 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 29 D 0.016 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.012 30 E 0.015 0.912 0.003 0.001 0.001 0.005 0.044 0.019 31 L 0.060 0.677 0.013 0.001 0.002 0.009 0.215 0.023 32 A 0.102 0.253 0.086 0.004 0.004 0.033 0.419 0.098 33 A 0.438 0.138 0.019 0.006 0.008 0.050 0.039 0.301 34 I 0.178 0.034 0.027 0.006 0.010 0.075 0.071 0.599 35 F 0.019 0.013 0.014 0.006 0.006 0.248 0.028 0.666 36 R 0.010 0.029 0.008 0.004 0.009 0.121 0.015 0.805 37 C 0.018 0.041 0.013 0.008 0.009 0.121 0.021 0.768 38 A 0.311 0.369 0.010 0.004 0.005 0.041 0.091 0.168 39 R 0.444 0.287 0.005 0.001 0.003 0.033 0.067 0.159 40 A 0.096 0.089 0.077 0.006 0.010 0.099 0.114 0.509 41 D 0.235 0.067 0.032 0.010 0.022 0.103 0.058 0.472 42 L 0.189 0.018 0.029 0.016 0.023 0.096 0.114 0.516 43 I 0.023 0.014 0.025 0.031 0.039 0.165 0.031 0.673 44 G 0.030 0.032 0.021 0.022 0.046 0.118 0.032 0.698 45 R 0.029 0.038 0.048 0.067 0.050 0.139 0.048 0.581 46 S 0.186 0.116 0.051 0.030 0.047 0.105 0.117 0.348 47 F 0.229 0.041 0.037 0.022 0.043 0.096 0.106 0.427 48 E 0.098 0.019 0.061 0.037 0.065 0.124 0.068 0.528 49 V 0.034 0.009 0.041 0.035 0.094 0.128 0.041 0.618 50 L 0.023 0.005 0.049 0.040 0.053 0.133 0.047 0.650 51 Y 0.031 0.011 0.041 0.050 0.060 0.163 0.057 0.586 52 P 0.049 0.046 0.016 0.011 0.018 0.116 0.061 0.682 53 S 0.194 0.355 0.007 0.005 0.006 0.056 0.068 0.309 54 S 0.131 0.461 0.006 0.004 0.005 0.050 0.048 0.296 55 D 0.052 0.581 0.007 0.005 0.006 0.044 0.067 0.238 56 E 0.058 0.687 0.006 0.004 0.007 0.031 0.064 0.143 57 F 0.096 0.574 0.014 0.007 0.008 0.032 0.125 0.145 58 E 0.087 0.557 0.009 0.007 0.010 0.044 0.052 0.235 59 R 0.055 0.539 0.015 0.007 0.010 0.041 0.057 0.277 60 I 0.079 0.530 0.018 0.005 0.008 0.046 0.097 0.217 61 G 0.166 0.129 0.022 0.005 0.006 0.048 0.459 0.165 62 E 0.063 0.137 0.025 0.008 0.009 0.090 0.282 0.386 63 R 0.029 0.307 0.031 0.009 0.014 0.104 0.059 0.447 64 I 0.035 0.559 0.022 0.009 0.014 0.049 0.039 0.271 65 S 0.074 0.679 0.009 0.008 0.013 0.030 0.053 0.135 66 P 0.072 0.559 0.017 0.010 0.019 0.042 0.072 0.209 67 V 0.129 0.147 0.099 0.039 0.048 0.072 0.232 0.235 68 M 0.233 0.029 0.072 0.023 0.040 0.076 0.135 0.391 69 I 0.234 0.008 0.019 0.019 0.021 0.073 0.054 0.573 70 A 0.030 0.005 0.008 0.006 0.012 0.092 0.018 0.828 71 H 0.047 0.009 0.008 0.007 0.012 0.122 0.022 0.773 72 G 0.034 0.013 0.023 0.042 0.063 0.102 0.035 0.687 73 S 0.029 0.021 0.023 0.040 0.048 0.092 0.045 0.701 74 Y 0.071 0.086 0.035 0.047 0.057 0.109 0.057 0.539 75 A 0.071 0.193 0.026 0.032 0.058 0.085 0.058 0.477 76 D 0.048 0.195 0.023 0.076 0.171 0.067 0.067 0.353 77 D 0.029 0.102 0.023 0.123 0.313 0.060 0.078 0.272 78 R 0.021 0.051 0.022 0.224 0.412 0.038 0.061 0.172 79 I 0.018 0.039 0.018 0.212 0.397 0.037 0.048 0.230 80 M 0.013 0.005 0.029 0.329 0.369 0.035 0.051 0.168 81 K 0.009 0.001 0.030 0.205 0.402 0.034 0.033 0.286 82 R 0.486 0.001 0.006 0.053 0.046 0.039 0.063 0.306 83 A 0.245 0.002 0.005 0.010 0.011 0.070 0.039 0.618 84 G 0.016 0.001 0.003 0.003 0.011 0.083 0.009 0.874 85 G 0.014 0.002 0.015 0.044 0.090 0.121 0.021 0.694 86 E 0.002 0.002 0.026 0.301 0.409 0.040 0.043 0.178 87 L 0.004 0.006 0.064 0.176 0.333 0.045 0.072 0.301 88 F 0.002 0.005 0.042 0.390 0.480 0.012 0.017 0.052 89 W 0.004 0.005 0.099 0.266 0.376 0.017 0.120 0.114 90 C 0.003 0.003 0.058 0.452 0.409 0.010 0.025 0.040 91 H 0.009 0.005 0.110 0.317 0.380 0.028 0.034 0.117 92 V 0.025 0.006 0.068 0.360 0.341 0.036 0.029 0.136 93 T 0.034 0.010 0.044 0.149 0.346 0.065 0.052 0.301 94 G 0.046 0.012 0.027 0.128 0.207 0.091 0.037 0.452 95 R 0.048 0.020 0.032 0.137 0.147 0.100 0.046 0.470 96 A 0.024 0.006 0.040 0.069 0.114 0.125 0.066 0.555 97 L 0.025 0.003 0.026 0.023 0.048 0.096 0.027 0.752 98 D 0.714 0.007 0.003 0.006 0.004 0.024 0.082 0.161 99 R 0.037 0.007 0.003 0.002 0.004 0.089 0.016 0.842 100 T 0.015 0.008 0.004 0.003 0.006 0.092 0.018 0.855 101 A 0.051 0.031 0.020 0.036 0.045 0.143 0.087 0.588 102 P 0.028 0.037 0.039 0.058 0.070 0.139 0.102 0.527 103 L 0.023 0.046 0.066 0.089 0.143 0.100 0.081 0.451 104 A 0.014 0.056 0.138 0.081 0.192 0.080 0.145 0.293 105 A 0.006 0.028 0.226 0.097 0.217 0.041 0.219 0.166 106 G 0.004 0.055 0.254 0.193 0.265 0.026 0.082 0.120 107 V 0.010 0.049 0.291 0.176 0.197 0.036 0.092 0.149 108 W 0.007 0.044 0.363 0.186 0.217 0.026 0.053 0.105 109 T 0.034 0.177 0.121 0.097 0.179 0.048 0.094 0.250 110 F 0.074 0.070 0.135 0.081 0.092 0.065 0.267 0.216 111 E 0.043 0.140 0.075 0.051 0.060 0.104 0.188 0.338 112 D 0.045 0.231 0.050 0.032 0.044 0.085 0.213 0.300 113 L 0.029 0.413 0.035 0.020 0.025 0.076 0.081 0.322 114 S 0.060 0.747 0.007 0.007 0.010 0.022 0.050 0.097 115 A 0.050 0.669 0.012 0.009 0.018 0.028 0.061 0.153 116 T 0.077 0.428 0.024 0.018 0.029 0.048 0.123 0.252 117 R 0.164 0.235 0.039 0.037 0.044 0.066 0.105 0.311 118 R 0.135 0.078 0.027 0.018 0.037 0.069 0.076 0.560 119 V 0.082 0.025 0.023 0.023 0.027 0.109 0.069 0.642 120 A 0.024 0.014 0.044 0.020 0.046 0.119 0.045 0.688