# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 776 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.182 0.167 0.054 0.095 0.093 0.078 0.127 0.088 0.060 0.037 0.019 2 A 0.075 0.039 0.043 0.119 0.147 0.160 0.192 0.104 0.068 0.036 0.018 3 I 0.243 0.132 0.204 0.173 0.087 0.056 0.056 0.028 0.013 0.007 0.002 4 D 0.008 0.030 0.055 0.178 0.200 0.141 0.183 0.108 0.057 0.027 0.012 5 Y 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.017 0.062 0.110 0.225 0.325 0.247 6 K 0.007 0.027 0.258 0.254 0.196 0.124 0.073 0.031 0.018 0.010 0.003 7 T 0.008 0.021 0.207 0.145 0.139 0.150 0.173 0.085 0.039 0.024 0.009 8 A 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.018 0.049 0.064 0.227 0.314 0.311 9 F 0.002 0.002 0.005 0.011 0.026 0.061 0.157 0.141 0.225 0.219 0.152 10 H 0.019 0.047 0.334 0.231 0.148 0.090 0.062 0.031 0.020 0.012 0.006 11 L 0.006 0.012 0.040 0.048 0.088 0.144 0.294 0.160 0.098 0.064 0.045 12 A 0.003 0.005 0.008 0.016 0.025 0.042 0.097 0.124 0.211 0.221 0.249 13 P 0.048 0.053 0.057 0.122 0.138 0.123 0.190 0.114 0.078 0.050 0.027 14 I 0.006 0.012 0.028 0.069 0.096 0.140 0.208 0.146 0.138 0.100 0.057 15 G 0.001 0.004 0.006 0.011 0.018 0.024 0.070 0.113 0.205 0.251 0.299 16 L 0.001 0.002 0.003 0.010 0.022 0.032 0.067 0.107 0.195 0.250 0.311 17 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.015 0.023 0.048 0.085 0.191 0.281 0.345 18 L 0.001 0.002 0.008 0.021 0.048 0.071 0.128 0.138 0.210 0.217 0.156 19 S 0.001 0.004 0.007 0.012 0.020 0.044 0.092 0.094 0.241 0.258 0.228 20 R 0.015 0.058 0.041 0.131 0.154 0.155 0.215 0.100 0.072 0.037 0.024 21 D 0.223 0.133 0.090 0.168 0.112 0.096 0.091 0.041 0.025 0.013 0.009 22 R 0.372 0.119 0.063 0.128 0.086 0.069 0.079 0.043 0.021 0.013 0.009 23 V 0.045 0.120 0.039 0.159 0.140 0.132 0.153 0.094 0.060 0.037 0.021 24 I 0.004 0.006 0.006 0.011 0.020 0.035 0.069 0.096 0.197 0.243 0.313 25 E 0.054 0.063 0.139 0.205 0.197 0.138 0.101 0.053 0.027 0.015 0.008 26 D 0.040 0.061 0.139 0.211 0.165 0.135 0.125 0.064 0.032 0.019 0.009 27 C 0.001 0.003 0.004 0.006 0.012 0.025 0.061 0.091 0.221 0.270 0.307 28 N 0.009 0.013 0.014 0.051 0.101 0.125 0.239 0.165 0.141 0.092 0.051 29 D 0.174 0.109 0.380 0.210 0.072 0.025 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 30 E 0.031 0.042 0.060 0.152 0.180 0.182 0.224 0.079 0.030 0.013 0.007 31 L 0.003 0.005 0.006 0.012 0.018 0.023 0.068 0.124 0.226 0.262 0.253 32 A 0.009 0.011 0.038 0.072 0.137 0.201 0.237 0.129 0.083 0.058 0.026 33 A 0.011 0.050 0.447 0.230 0.113 0.068 0.045 0.019 0.010 0.006 0.002 34 I 0.002 0.004 0.011 0.014 0.025 0.076 0.157 0.127 0.214 0.220 0.150 35 F 0.018 0.015 0.015 0.033 0.053 0.088 0.193 0.156 0.198 0.146 0.086 36 R 0.151 0.198 0.269 0.223 0.086 0.034 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 37 C 0.027 0.017 0.029 0.043 0.079 0.114 0.205 0.156 0.127 0.109 0.094 38 A 0.169 0.439 0.065 0.123 0.066 0.042 0.044 0.025 0.014 0.010 0.003 39 R 0.174 0.119 0.050 0.172 0.139 0.119 0.106 0.062 0.033 0.018 0.009 40 A 0.536 0.134 0.090 0.102 0.050 0.030 0.028 0.017 0.007 0.004 0.002 41 D 0.048 0.080 0.067 0.235 0.173 0.148 0.141 0.059 0.029 0.013 0.006 42 L 0.006 0.008 0.009 0.008 0.014 0.031 0.061 0.084 0.194 0.277 0.308 43 I 0.020 0.054 0.057 0.171 0.209 0.148 0.149 0.090 0.056 0.031 0.014 44 G 0.165 0.113 0.164 0.150 0.094 0.081 0.092 0.056 0.042 0.031 0.013 45 R 0.098 0.090 0.080 0.202 0.158 0.126 0.116 0.065 0.035 0.019 0.011 46 S 0.126 0.149 0.051 0.152 0.110 0.093 0.117 0.094 0.055 0.037 0.016 47 F 0.011 0.011 0.010 0.030 0.046 0.081 0.132 0.151 0.201 0.189 0.139 48 E 0.093 0.118 0.118 0.207 0.155 0.100 0.095 0.055 0.031 0.019 0.009 49 V 0.023 0.030 0.055 0.121 0.118 0.155 0.183 0.115 0.093 0.073 0.033 50 L 0.008 0.009 0.010 0.019 0.027 0.078 0.124 0.107 0.219 0.229 0.172 51 Y 0.021 0.024 0.019 0.063 0.087 0.107 0.184 0.151 0.158 0.114 0.071 52 P 0.076 0.088 0.069 0.115 0.113 0.113 0.139 0.095 0.088 0.065 0.040 53 S 0.191 0.231 0.065 0.151 0.107 0.075 0.088 0.042 0.027 0.015 0.009 54 S 0.535 0.163 0.030 0.090 0.055 0.039 0.041 0.023 0.013 0.007 0.004 55 D 0.591 0.152 0.035 0.087 0.049 0.029 0.026 0.016 0.008 0.004 0.003 56 E 0.154 0.219 0.066 0.187 0.125 0.084 0.077 0.046 0.023 0.013 0.006 57 F 0.019 0.023 0.020 0.050 0.076 0.132 0.211 0.159 0.143 0.107 0.060 58 E 0.140 0.118 0.239 0.220 0.129 0.066 0.048 0.023 0.010 0.005 0.002 59 R 0.045 0.080 0.201 0.223 0.144 0.123 0.099 0.046 0.021 0.012 0.005 60 I 0.013 0.023 0.029 0.050 0.066 0.094 0.176 0.164 0.169 0.140 0.076 61 G 0.083 0.068 0.075 0.135 0.138 0.126 0.176 0.102 0.054 0.032 0.011 62 E 0.081 0.092 0.424 0.216 0.092 0.042 0.027 0.014 0.006 0.003 0.002 63 R 0.054 0.061 0.111 0.157 0.156 0.140 0.164 0.087 0.038 0.021 0.010 64 I 0.012 0.023 0.022 0.032 0.044 0.073 0.151 0.162 0.198 0.172 0.111 65 S 0.052 0.076 0.118 0.173 0.180 0.125 0.129 0.075 0.039 0.021 0.011 66 P 0.200 0.099 0.253 0.192 0.104 0.056 0.051 0.025 0.011 0.006 0.003 67 V 0.059 0.048 0.070 0.112 0.114 0.148 0.207 0.105 0.074 0.042 0.021 68 M 0.025 0.028 0.032 0.059 0.071 0.090 0.170 0.153 0.163 0.128 0.080 69 I 0.033 0.054 0.096 0.127 0.133 0.143 0.168 0.098 0.072 0.052 0.023 70 A 0.079 0.187 0.247 0.208 0.110 0.065 0.053 0.026 0.014 0.008 0.004 71 H 0.283 0.143 0.077 0.152 0.103 0.072 0.079 0.047 0.023 0.013 0.007 72 G 0.426 0.139 0.055 0.100 0.070 0.053 0.063 0.044 0.025 0.016 0.008 73 S 0.164 0.170 0.089 0.167 0.121 0.092 0.088 0.051 0.031 0.018 0.009 74 Y 0.060 0.072 0.052 0.085 0.097 0.130 0.175 0.117 0.097 0.072 0.042 75 A 0.216 0.189 0.113 0.171 0.115 0.067 0.063 0.034 0.018 0.009 0.005 76 D 0.207 0.152 0.107 0.171 0.112 0.075 0.085 0.048 0.024 0.013 0.006 77 D 0.062 0.048 0.054 0.123 0.133 0.132 0.168 0.119 0.083 0.051 0.028 78 R 0.093 0.081 0.102 0.151 0.129 0.117 0.148 0.091 0.049 0.028 0.012 79 I 0.031 0.051 0.114 0.190 0.163 0.138 0.144 0.084 0.047 0.027 0.011 80 M 0.025 0.021 0.051 0.056 0.071 0.083 0.168 0.160 0.154 0.135 0.075 81 K 0.033 0.063 0.135 0.224 0.176 0.105 0.114 0.073 0.042 0.025 0.010 82 R 0.030 0.071 0.146 0.121 0.112 0.125 0.148 0.095 0.069 0.057 0.027 83 A 0.108 0.154 0.120 0.169 0.137 0.104 0.097 0.054 0.031 0.017 0.009 84 G 0.485 0.279 0.050 0.083 0.036 0.020 0.022 0.012 0.007 0.004 0.002 85 G 0.334 0.097 0.032 0.080 0.074 0.064 0.096 0.071 0.067 0.049 0.034 86 E 0.379 0.259 0.065 0.140 0.068 0.034 0.027 0.014 0.007 0.004 0.002 87 L 0.025 0.031 0.032 0.089 0.105 0.179 0.174 0.124 0.110 0.084 0.046 88 F 0.019 0.035 0.028 0.068 0.093 0.160 0.219 0.153 0.114 0.072 0.039 89 W 0.009 0.018 0.026 0.083 0.099 0.104 0.153 0.152 0.156 0.122 0.079 90 C 0.004 0.004 0.009 0.015 0.025 0.057 0.120 0.128 0.222 0.229 0.187 91 H 0.028 0.055 0.069 0.236 0.210 0.120 0.120 0.068 0.047 0.029 0.017 92 V 0.003 0.003 0.006 0.009 0.016 0.038 0.078 0.111 0.223 0.259 0.254 93 T 0.036 0.081 0.045 0.194 0.202 0.106 0.122 0.092 0.061 0.036 0.025 94 G 0.020 0.013 0.014 0.028 0.036 0.061 0.125 0.133 0.207 0.209 0.153 95 R 0.088 0.124 0.089 0.241 0.181 0.113 0.079 0.041 0.023 0.013 0.008 96 A 0.046 0.050 0.038 0.088 0.088 0.110 0.164 0.133 0.126 0.097 0.060 97 L 0.019 0.017 0.011 0.033 0.047 0.074 0.128 0.127 0.183 0.169 0.192 98 D 0.161 0.240 0.089 0.160 0.117 0.069 0.069 0.038 0.028 0.019 0.010 99 R 0.230 0.127 0.061 0.165 0.119 0.093 0.089 0.050 0.033 0.021 0.011 100 T 0.476 0.230 0.036 0.091 0.047 0.036 0.036 0.020 0.014 0.010 0.005 101 A 0.221 0.137 0.031 0.135 0.105 0.093 0.102 0.076 0.051 0.032 0.018 102 P 0.314 0.229 0.051 0.152 0.094 0.057 0.043 0.029 0.015 0.010 0.006 103 L 0.021 0.020 0.017 0.049 0.067 0.100 0.149 0.137 0.164 0.140 0.136 104 A 0.065 0.084 0.067 0.170 0.176 0.129 0.131 0.085 0.047 0.030 0.016 105 A 0.018 0.029 0.033 0.095 0.104 0.138 0.182 0.132 0.133 0.089 0.047 106 G 0.011 0.015 0.015 0.037 0.050 0.069 0.133 0.125 0.194 0.175 0.174 107 V 0.008 0.009 0.013 0.040 0.063 0.077 0.130 0.139 0.181 0.170 0.171 108 W 0.010 0.017 0.032 0.062 0.094 0.117 0.158 0.142 0.153 0.128 0.087 109 T 0.003 0.007 0.013 0.029 0.051 0.043 0.101 0.152 0.210 0.199 0.193 110 F 0.002 0.004 0.005 0.017 0.031 0.055 0.123 0.146 0.227 0.230 0.159 111 E 0.080 0.090 0.149 0.228 0.156 0.110 0.094 0.040 0.030 0.014 0.008 112 D 0.024 0.034 0.057 0.096 0.131 0.135 0.215 0.148 0.076 0.050 0.034 113 L 0.007 0.015 0.017 0.023 0.033 0.053 0.112 0.116 0.222 0.217 0.185 114 S 0.219 0.116 0.081 0.123 0.109 0.084 0.131 0.057 0.043 0.024 0.013 115 A 0.138 0.121 0.297 0.225 0.102 0.052 0.036 0.015 0.008 0.004 0.002 116 T 0.091 0.126 0.160 0.185 0.139 0.091 0.117 0.054 0.022 0.011 0.004 117 R 0.023 0.025 0.050 0.075 0.091 0.125 0.223 0.181 0.108 0.068 0.030 118 R 0.090 0.119 0.362 0.197 0.100 0.054 0.042 0.022 0.008 0.004 0.002 119 V 0.033 0.057 0.280 0.166 0.134 0.099 0.119 0.063 0.028 0.015 0.007 120 A 0.065 0.062 0.160 0.121 0.125 0.090 0.150 0.113 0.061 0.036 0.018