# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.993 3 I 0.024 0.012 0.001 0.002 0.003 0.007 0.112 0.001 0.001 0.001 0.839 4 D 0.203 0.086 0.001 0.002 0.001 0.003 0.247 0.001 0.001 0.001 0.456 5 Y 0.154 0.719 0.001 0.001 0.003 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.098 6 K 0.045 0.860 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.077 7 T 0.009 0.905 0.004 0.001 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.062 8 A 0.027 0.937 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.024 9 F 0.007 0.981 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 10 H 0.017 0.935 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.030 11 L 0.076 0.809 0.015 0.003 0.003 0.005 0.006 0.033 0.001 0.001 0.048 12 A 0.254 0.515 0.016 0.007 0.007 0.011 0.011 0.075 0.001 0.002 0.103 13 P 0.006 0.008 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.969 14 I 0.032 0.032 0.042 0.077 0.058 0.086 0.049 0.005 0.001 0.004 0.614 15 G 0.091 0.027 0.007 0.373 0.122 0.149 0.031 0.002 0.001 0.006 0.190 16 L 0.023 0.028 0.007 0.346 0.183 0.212 0.031 0.001 0.001 0.002 0.167 17 V 0.005 0.010 0.001 0.449 0.178 0.287 0.014 0.001 0.001 0.001 0.055 18 L 0.009 0.005 0.001 0.264 0.203 0.318 0.021 0.001 0.001 0.001 0.177 19 S 0.004 0.004 0.001 0.257 0.246 0.337 0.034 0.001 0.001 0.003 0.114 20 R 0.005 0.004 0.002 0.107 0.137 0.171 0.114 0.001 0.001 0.007 0.453 21 D 0.009 0.001 0.001 0.049 0.025 0.042 0.169 0.001 0.001 0.016 0.689 22 R 0.181 0.001 0.005 0.018 0.015 0.014 0.226 0.001 0.001 0.133 0.408 23 V 0.278 0.002 0.022 0.023 0.011 0.011 0.406 0.001 0.001 0.033 0.215 24 I 0.007 0.008 0.005 0.042 0.042 0.074 0.209 0.001 0.001 0.007 0.606 25 E 0.008 0.014 0.001 0.096 0.180 0.425 0.073 0.001 0.001 0.006 0.196 26 D 0.012 0.043 0.001 0.030 0.048 0.079 0.122 0.001 0.001 0.001 0.664 27 C 0.056 0.092 0.002 0.041 0.063 0.166 0.198 0.001 0.001 0.003 0.379 28 N 0.031 0.320 0.002 0.019 0.035 0.075 0.170 0.003 0.001 0.007 0.338 29 D 0.017 0.264 0.002 0.005 0.006 0.008 0.069 0.001 0.001 0.001 0.627 30 E 0.013 0.309 0.001 0.002 0.001 0.002 0.326 0.002 0.001 0.001 0.343 31 L 0.065 0.767 0.001 0.001 0.002 0.004 0.075 0.005 0.001 0.002 0.079 32 A 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 33 A 0.011 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.021 34 I 0.071 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.012 35 F 0.071 0.891 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.010 36 R 0.126 0.552 0.109 0.005 0.003 0.004 0.009 0.072 0.001 0.001 0.119 37 C 0.099 0.265 0.467 0.016 0.005 0.007 0.013 0.021 0.001 0.002 0.104 38 A 0.083 0.180 0.018 0.017 0.012 0.012 0.119 0.036 0.001 0.003 0.520 39 R 0.020 0.052 0.015 0.010 0.002 0.006 0.027 0.003 0.001 0.001 0.863 40 A 0.023 0.151 0.003 0.017 0.008 0.013 0.253 0.005 0.001 0.003 0.525 41 D 0.311 0.117 0.003 0.014 0.004 0.007 0.170 0.011 0.001 0.011 0.354 42 L 0.402 0.390 0.005 0.018 0.006 0.007 0.038 0.006 0.001 0.003 0.125 43 I 0.181 0.412 0.039 0.038 0.021 0.030 0.052 0.015 0.001 0.004 0.206 44 G 0.202 0.190 0.021 0.054 0.022 0.041 0.044 0.024 0.001 0.007 0.394 45 R 0.165 0.127 0.112 0.061 0.032 0.046 0.051 0.014 0.001 0.006 0.386 46 S 0.035 0.036 0.005 0.024 0.019 0.028 0.115 0.009 0.001 0.005 0.724 47 F 0.040 0.027 0.022 0.041 0.021 0.039 0.052 0.002 0.001 0.006 0.749 48 E 0.030 0.052 0.004 0.057 0.045 0.048 0.361 0.002 0.001 0.005 0.395 49 V 0.219 0.042 0.005 0.055 0.022 0.034 0.256 0.005 0.001 0.012 0.352 50 L 0.387 0.137 0.003 0.095 0.040 0.071 0.044 0.004 0.001 0.004 0.217 51 Y 0.112 0.126 0.015 0.082 0.086 0.103 0.120 0.008 0.001 0.006 0.342 52 P 0.003 0.003 0.001 0.008 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.976 53 S 0.019 0.017 0.004 0.022 0.024 0.068 0.179 0.003 0.001 0.006 0.656 54 S 0.086 0.011 0.004 0.009 0.005 0.009 0.079 0.001 0.001 0.008 0.787 55 D 0.054 0.023 0.003 0.005 0.006 0.006 0.318 0.001 0.001 0.005 0.580 56 E 0.127 0.041 0.005 0.007 0.003 0.005 0.410 0.001 0.001 0.009 0.393 57 F 0.141 0.278 0.003 0.011 0.008 0.018 0.221 0.003 0.001 0.006 0.313 58 E 0.104 0.434 0.004 0.008 0.009 0.015 0.086 0.004 0.001 0.004 0.333 59 R 0.101 0.510 0.008 0.006 0.005 0.007 0.077 0.007 0.001 0.003 0.277 60 I 0.112 0.657 0.011 0.004 0.005 0.008 0.031 0.010 0.001 0.002 0.159 61 G 0.074 0.696 0.007 0.005 0.005 0.010 0.024 0.012 0.001 0.002 0.164 62 E 0.056 0.657 0.016 0.005 0.007 0.010 0.032 0.007 0.001 0.001 0.209 63 R 0.068 0.672 0.008 0.003 0.003 0.005 0.033 0.008 0.001 0.002 0.198 64 I 0.117 0.691 0.018 0.004 0.003 0.007 0.035 0.018 0.001 0.002 0.103 65 S 0.076 0.737 0.014 0.006 0.006 0.011 0.025 0.010 0.001 0.001 0.115 66 P 0.005 0.095 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.890 67 V 0.061 0.521 0.007 0.009 0.010 0.017 0.118 0.013 0.001 0.003 0.241 68 M 0.170 0.737 0.003 0.005 0.007 0.009 0.011 0.006 0.001 0.001 0.051 69 I 0.038 0.896 0.002 0.003 0.005 0.008 0.006 0.005 0.001 0.001 0.037 70 A 0.080 0.692 0.012 0.007 0.007 0.013 0.028 0.034 0.001 0.002 0.126 71 H 0.325 0.352 0.009 0.010 0.007 0.011 0.012 0.061 0.001 0.006 0.208 72 G 0.307 0.073 0.099 0.013 0.009 0.010 0.042 0.021 0.001 0.007 0.419 73 S 0.030 0.016 0.063 0.015 0.011 0.014 0.076 0.003 0.001 0.004 0.768 74 Y 0.036 0.010 0.010 0.035 0.030 0.063 0.054 0.002 0.001 0.006 0.754 75 A 0.030 0.016 0.003 0.025 0.037 0.076 0.134 0.001 0.001 0.005 0.673 76 D 0.042 0.016 0.003 0.027 0.055 0.085 0.086 0.001 0.001 0.005 0.682 77 D 0.061 0.033 0.003 0.030 0.083 0.114 0.114 0.001 0.001 0.006 0.557 78 R 0.063 0.056 0.003 0.056 0.190 0.210 0.109 0.001 0.001 0.006 0.305 79 I 0.070 0.060 0.002 0.046 0.264 0.320 0.048 0.001 0.001 0.003 0.186 80 M 0.021 0.068 0.001 0.019 0.463 0.342 0.010 0.001 0.001 0.001 0.075 81 K 0.018 0.044 0.001 0.017 0.316 0.435 0.013 0.001 0.001 0.001 0.154 82 R 0.018 0.051 0.001 0.018 0.344 0.405 0.028 0.003 0.001 0.003 0.129 83 A 0.030 0.072 0.004 0.021 0.114 0.189 0.069 0.005 0.001 0.006 0.490 84 G 0.040 0.022 0.003 0.016 0.060 0.119 0.153 0.012 0.001 0.022 0.554 85 G 0.500 0.004 0.044 0.008 0.025 0.019 0.041 0.002 0.001 0.114 0.243 86 E 0.201 0.003 0.069 0.020 0.033 0.028 0.367 0.001 0.001 0.023 0.254 87 L 0.005 0.001 0.005 0.029 0.071 0.132 0.087 0.001 0.001 0.008 0.660 88 F 0.002 0.001 0.001 0.033 0.312 0.616 0.010 0.001 0.001 0.002 0.026 89 W 0.002 0.002 0.001 0.044 0.238 0.446 0.026 0.001 0.001 0.001 0.242 90 C 0.003 0.001 0.001 0.033 0.405 0.523 0.004 0.001 0.001 0.001 0.031 91 H 0.002 0.002 0.001 0.057 0.328 0.523 0.011 0.001 0.001 0.001 0.076 92 V 0.007 0.002 0.001 0.055 0.391 0.438 0.009 0.001 0.001 0.001 0.098 93 T 0.005 0.002 0.001 0.073 0.261 0.549 0.015 0.001 0.001 0.001 0.094 94 G 0.008 0.003 0.002 0.045 0.221 0.441 0.028 0.001 0.001 0.005 0.248 95 R 0.019 0.004 0.002 0.083 0.187 0.299 0.120 0.001 0.001 0.004 0.281 96 A 0.018 0.002 0.001 0.025 0.049 0.117 0.046 0.001 0.001 0.004 0.738 97 L 0.040 0.014 0.002 0.076 0.118 0.243 0.074 0.001 0.001 0.006 0.426 98 D 0.048 0.021 0.002 0.034 0.119 0.104 0.149 0.003 0.001 0.010 0.511 99 R 0.070 0.026 0.008 0.031 0.013 0.030 0.059 0.002 0.001 0.008 0.751 100 T 0.041 0.011 0.004 0.016 0.014 0.021 0.512 0.004 0.001 0.015 0.363 101 A 0.454 0.006 0.019 0.011 0.011 0.013 0.150 0.001 0.001 0.051 0.284 102 P 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.976 103 L 0.012 0.006 0.005 0.046 0.081 0.194 0.106 0.001 0.001 0.007 0.543 104 A 0.048 0.018 0.002 0.101 0.134 0.186 0.085 0.001 0.001 0.006 0.419 105 A 0.053 0.037 0.003 0.090 0.197 0.236 0.063 0.001 0.001 0.003 0.318 106 G 0.044 0.027 0.001 0.165 0.209 0.364 0.041 0.001 0.001 0.003 0.145 107 V 0.023 0.034 0.002 0.193 0.231 0.336 0.026 0.001 0.001 0.003 0.151 108 W 0.007 0.027 0.003 0.234 0.292 0.316 0.019 0.001 0.001 0.002 0.100 109 T 0.013 0.027 0.002 0.196 0.171 0.351 0.045 0.001 0.001 0.002 0.191 110 F 0.024 0.026 0.001 0.158 0.166 0.385 0.032 0.001 0.001 0.002 0.206 111 E 0.021 0.027 0.001 0.108 0.127 0.290 0.097 0.002 0.001 0.004 0.325 112 D 0.069 0.044 0.003 0.047 0.060 0.133 0.146 0.004 0.001 0.010 0.484 113 L 0.124 0.092 0.007 0.047 0.036 0.107 0.155 0.005 0.001 0.010 0.417 114 S 0.051 0.060 0.003 0.008 0.024 0.040 0.403 0.008 0.001 0.007 0.397 115 A 0.033 0.036 0.010 0.005 0.004 0.008 0.116 0.001 0.001 0.004 0.783 116 T 0.009 0.072 0.001 0.002 0.003 0.005 0.601 0.002 0.001 0.001 0.305 117 R 0.154 0.185 0.002 0.005 0.009 0.012 0.320 0.004 0.001 0.009 0.300 118 R 0.052 0.777 0.002 0.002 0.004 0.006 0.030 0.002 0.001 0.001 0.125 119 V 0.066 0.787 0.009 0.004 0.015 0.014 0.019 0.004 0.001 0.001 0.081 120 A 0.078 0.699 0.006 0.005 0.012 0.018 0.018 0.012 0.001 0.002 0.149