# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 2 A 0.015 0.015 0.006 0.003 0.012 0.101 0.002 0.846 3 I 0.086 0.063 0.006 0.002 0.005 0.279 0.004 0.555 4 D 0.119 0.365 0.006 0.002 0.006 0.137 0.005 0.362 5 Y 0.045 0.840 0.003 0.001 0.005 0.010 0.002 0.095 6 K 0.008 0.930 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.050 7 T 0.010 0.929 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.044 8 A 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 9 F 0.015 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 10 H 0.045 0.901 0.007 0.002 0.002 0.002 0.019 0.022 11 L 0.163 0.645 0.027 0.004 0.006 0.004 0.080 0.070 12 A 0.323 0.228 0.069 0.031 0.018 0.021 0.065 0.245 13 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 14 I 0.022 0.005 0.228 0.129 0.161 0.065 0.007 0.385 15 G 0.195 0.008 0.213 0.153 0.146 0.050 0.010 0.226 16 L 0.011 0.004 0.289 0.333 0.226 0.015 0.002 0.120 17 V 0.003 0.001 0.229 0.360 0.368 0.006 0.001 0.033 18 L 0.003 0.001 0.243 0.225 0.400 0.010 0.001 0.117 19 S 0.001 0.001 0.100 0.432 0.410 0.016 0.001 0.039 20 R 0.003 0.001 0.031 0.189 0.205 0.088 0.003 0.480 21 D 0.009 0.001 0.026 0.029 0.061 0.331 0.011 0.532 22 R 0.339 0.002 0.029 0.014 0.032 0.195 0.074 0.315 23 V 0.278 0.003 0.063 0.018 0.018 0.412 0.014 0.194 24 I 0.013 0.002 0.126 0.102 0.134 0.191 0.003 0.429 25 E 0.005 0.002 0.232 0.231 0.372 0.048 0.001 0.107 26 D 0.015 0.012 0.074 0.021 0.060 0.098 0.002 0.718 27 C 0.054 0.026 0.383 0.030 0.139 0.084 0.006 0.279 28 N 0.013 0.052 0.143 0.016 0.095 0.218 0.006 0.457 29 D 0.005 0.026 0.039 0.002 0.016 0.029 0.002 0.881 30 E 0.006 0.087 0.005 0.001 0.003 0.284 0.003 0.612 31 L 0.015 0.075 0.001 0.001 0.001 0.856 0.003 0.048 32 A 0.041 0.884 0.002 0.001 0.001 0.020 0.002 0.049 33 A 0.029 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 34 I 0.049 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.018 35 F 0.051 0.887 0.003 0.001 0.001 0.001 0.040 0.016 36 R 0.281 0.499 0.035 0.011 0.006 0.008 0.089 0.071 37 C 0.180 0.253 0.263 0.015 0.009 0.056 0.058 0.167 38 A 0.071 0.188 0.091 0.016 0.014 0.124 0.030 0.466 39 R 0.020 0.057 0.061 0.007 0.019 0.045 0.006 0.784 40 A 0.011 0.037 0.020 0.004 0.005 0.305 0.006 0.613 41 D 0.428 0.046 0.011 0.006 0.006 0.229 0.044 0.231 42 L 0.279 0.544 0.010 0.006 0.008 0.025 0.008 0.120 43 I 0.138 0.461 0.032 0.028 0.042 0.053 0.015 0.230 44 G 0.165 0.173 0.035 0.025 0.054 0.040 0.055 0.454 45 R 0.307 0.066 0.068 0.053 0.057 0.050 0.048 0.350 46 S 0.038 0.018 0.030 0.031 0.027 0.063 0.012 0.781 47 F 0.035 0.017 0.201 0.052 0.116 0.071 0.008 0.499 48 E 0.035 0.024 0.123 0.088 0.082 0.240 0.008 0.399 49 V 0.136 0.027 0.054 0.062 0.065 0.109 0.024 0.522 50 L 0.166 0.100 0.117 0.084 0.161 0.051 0.014 0.308 51 Y 0.070 0.046 0.093 0.138 0.183 0.070 0.008 0.390 52 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.990 53 S 0.017 0.005 0.019 0.027 0.086 0.257 0.006 0.583 54 S 0.029 0.006 0.009 0.003 0.013 0.033 0.004 0.903 55 D 0.017 0.011 0.004 0.001 0.003 0.316 0.004 0.643 56 E 0.140 0.017 0.004 0.002 0.003 0.609 0.013 0.212 57 F 0.146 0.403 0.007 0.003 0.006 0.161 0.005 0.268 58 E 0.064 0.606 0.004 0.003 0.008 0.074 0.005 0.236 59 R 0.066 0.672 0.004 0.002 0.005 0.036 0.009 0.205 60 I 0.067 0.832 0.003 0.002 0.005 0.009 0.012 0.070 61 G 0.061 0.813 0.006 0.003 0.006 0.012 0.011 0.088 62 E 0.066 0.614 0.018 0.004 0.003 0.063 0.017 0.216 63 R 0.173 0.594 0.013 0.003 0.003 0.030 0.022 0.162 64 I 0.160 0.673 0.012 0.002 0.004 0.014 0.021 0.114 65 S 0.086 0.551 0.056 0.006 0.012 0.032 0.011 0.247 66 P 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.986 67 V 0.023 0.331 0.009 0.005 0.010 0.176 0.007 0.439 68 M 0.159 0.681 0.011 0.004 0.005 0.059 0.007 0.076 69 I 0.057 0.852 0.012 0.005 0.005 0.012 0.004 0.052 70 A 0.106 0.747 0.013 0.004 0.008 0.007 0.024 0.091 71 H 0.298 0.377 0.013 0.007 0.011 0.011 0.128 0.154 72 G 0.300 0.102 0.057 0.019 0.012 0.038 0.125 0.347 73 S 0.061 0.028 0.133 0.030 0.014 0.115 0.018 0.600 74 Y 0.046 0.017 0.130 0.058 0.067 0.143 0.008 0.531 75 A 0.034 0.022 0.048 0.052 0.081 0.178 0.006 0.579 76 D 0.035 0.019 0.035 0.050 0.080 0.143 0.008 0.631 77 D 0.090 0.045 0.038 0.068 0.132 0.138 0.015 0.473 78 R 0.113 0.076 0.038 0.136 0.159 0.146 0.016 0.316 79 I 0.042 0.074 0.041 0.240 0.294 0.068 0.008 0.233 80 M 0.019 0.065 0.022 0.310 0.416 0.018 0.005 0.146 81 K 0.017 0.037 0.027 0.282 0.442 0.017 0.006 0.173 82 R 0.020 0.048 0.024 0.339 0.306 0.042 0.008 0.213 83 A 0.014 0.019 0.015 0.108 0.111 0.029 0.011 0.694 84 G 0.019 0.009 0.011 0.024 0.040 0.238 0.022 0.636 85 G 0.537 0.003 0.019 0.020 0.036 0.044 0.140 0.201 86 E 0.339 0.004 0.059 0.085 0.057 0.282 0.019 0.154 87 L 0.004 0.001 0.043 0.151 0.152 0.080 0.001 0.568 88 F 0.001 0.001 0.031 0.327 0.618 0.007 0.001 0.017 89 W 0.003 0.001 0.061 0.182 0.326 0.040 0.001 0.387 90 C 0.001 0.001 0.086 0.371 0.519 0.004 0.001 0.020 91 H 0.001 0.001 0.124 0.327 0.433 0.014 0.001 0.098 92 V 0.003 0.001 0.156 0.296 0.438 0.008 0.001 0.096 93 T 0.002 0.001 0.115 0.262 0.535 0.019 0.001 0.064 94 G 0.012 0.003 0.061 0.180 0.366 0.043 0.006 0.329 95 R 0.021 0.005 0.083 0.187 0.365 0.089 0.005 0.246 96 A 0.011 0.003 0.014 0.038 0.089 0.039 0.003 0.804 97 L 0.028 0.006 0.052 0.084 0.315 0.097 0.004 0.413 98 D 0.041 0.015 0.024 0.079 0.089 0.242 0.006 0.504 99 R 0.036 0.014 0.014 0.015 0.039 0.045 0.006 0.831 100 T 0.050 0.009 0.010 0.008 0.015 0.457 0.029 0.421 101 A 0.792 0.002 0.007 0.005 0.005 0.050 0.040 0.100 102 P 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.972 103 L 0.017 0.005 0.033 0.079 0.105 0.254 0.003 0.505 104 A 0.058 0.017 0.074 0.085 0.188 0.134 0.004 0.440 105 A 0.048 0.038 0.122 0.172 0.290 0.079 0.005 0.245 106 G 0.058 0.046 0.285 0.179 0.230 0.052 0.005 0.144 107 V 0.011 0.041 0.372 0.175 0.292 0.021 0.003 0.085 108 W 0.006 0.027 0.330 0.246 0.301 0.016 0.003 0.069 109 T 0.014 0.065 0.277 0.128 0.236 0.047 0.006 0.227 110 F 0.023 0.084 0.193 0.170 0.303 0.040 0.007 0.179 111 E 0.018 0.067 0.170 0.118 0.199 0.104 0.010 0.314 112 D 0.065 0.056 0.072 0.036 0.084 0.111 0.026 0.551 113 L 0.153 0.143 0.109 0.033 0.125 0.080 0.016 0.340 114 S 0.015 0.187 0.037 0.018 0.043 0.298 0.005 0.397 115 A 0.031 0.114 0.020 0.006 0.023 0.117 0.010 0.679 116 T 0.088 0.254 0.013 0.008 0.019 0.311 0.013 0.294 117 R 0.165 0.324 0.010 0.009 0.011 0.258 0.016 0.207 118 R 0.039 0.822 0.003 0.002 0.004 0.010 0.005 0.114 119 V 0.053 0.869 0.004 0.003 0.011 0.004 0.005 0.051 120 A 0.096 0.657 0.015 0.014 0.015 0.026 0.026 0.151