# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.199 0.010 0.707 0.011 0.006 0.042 0.001 0.001 0.010 0.003 0.009 2 A 0.962 0.001 0.027 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 I 0.987 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 D 0.972 0.002 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.994 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 T 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.971 0.004 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 H 0.925 0.005 0.007 0.052 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 11 L 0.324 0.022 0.032 0.588 0.005 0.007 0.013 0.001 0.007 0.001 0.001 12 A 0.076 0.149 0.333 0.022 0.050 0.014 0.045 0.003 0.296 0.012 0.001 13 P 0.204 0.005 0.660 0.031 0.002 0.041 0.003 0.001 0.002 0.001 0.050 14 I 0.105 0.271 0.206 0.303 0.047 0.018 0.031 0.008 0.010 0.001 0.001 15 G 0.018 0.273 0.123 0.023 0.457 0.016 0.023 0.039 0.012 0.015 0.001 16 L 0.006 0.772 0.156 0.004 0.033 0.023 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 17 V 0.003 0.821 0.115 0.001 0.015 0.037 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 18 L 0.007 0.705 0.181 0.003 0.027 0.060 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 19 S 0.027 0.553 0.215 0.020 0.082 0.062 0.008 0.001 0.031 0.001 0.001 20 R 0.185 0.255 0.159 0.102 0.115 0.051 0.072 0.006 0.038 0.015 0.002 21 D 0.121 0.060 0.092 0.410 0.061 0.020 0.200 0.013 0.012 0.009 0.001 22 R 0.089 0.140 0.145 0.076 0.140 0.020 0.186 0.144 0.018 0.042 0.001 23 V 0.092 0.451 0.353 0.028 0.027 0.033 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 24 I 0.121 0.507 0.277 0.018 0.018 0.046 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 25 E 0.304 0.416 0.140 0.027 0.066 0.021 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 26 D 0.270 0.238 0.160 0.067 0.150 0.059 0.022 0.002 0.029 0.001 0.001 27 C 0.401 0.218 0.137 0.126 0.047 0.040 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 28 N 0.496 0.096 0.214 0.032 0.031 0.086 0.008 0.001 0.033 0.002 0.001 29 D 0.992 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.357 0.002 0.007 0.629 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 R 0.175 0.003 0.023 0.053 0.006 0.005 0.594 0.125 0.002 0.015 0.001 37 C 0.198 0.118 0.400 0.186 0.011 0.063 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 38 A 0.073 0.067 0.610 0.028 0.013 0.138 0.013 0.001 0.053 0.004 0.001 39 R 0.893 0.003 0.077 0.010 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 40 A 0.969 0.001 0.007 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.865 0.009 0.015 0.097 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 42 L 0.815 0.044 0.033 0.075 0.007 0.005 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 43 I 0.450 0.047 0.095 0.325 0.007 0.008 0.056 0.001 0.009 0.001 0.001 44 G 0.108 0.010 0.042 0.043 0.039 0.009 0.163 0.429 0.003 0.153 0.001 45 R 0.207 0.192 0.402 0.123 0.026 0.025 0.007 0.001 0.015 0.002 0.001 46 S 0.150 0.141 0.455 0.078 0.023 0.094 0.022 0.001 0.033 0.003 0.001 47 F 0.655 0.089 0.142 0.055 0.021 0.017 0.007 0.001 0.009 0.001 0.003 48 E 0.568 0.152 0.110 0.094 0.040 0.018 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 49 V 0.417 0.214 0.148 0.130 0.037 0.027 0.010 0.001 0.015 0.001 0.002 50 L 0.302 0.339 0.163 0.116 0.019 0.022 0.014 0.001 0.022 0.001 0.001 51 Y 0.018 0.294 0.278 0.004 0.049 0.011 0.005 0.001 0.338 0.002 0.001 52 P 0.066 0.003 0.817 0.008 0.002 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.066 53 S 0.158 0.172 0.484 0.058 0.035 0.040 0.006 0.003 0.041 0.002 0.001 54 S 0.823 0.012 0.103 0.036 0.009 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 55 D 0.769 0.011 0.052 0.111 0.014 0.018 0.018 0.002 0.004 0.002 0.001 56 E 0.711 0.026 0.040 0.186 0.007 0.016 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 57 F 0.826 0.034 0.053 0.054 0.005 0.011 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 58 E 0.939 0.011 0.015 0.023 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.918 0.010 0.013 0.040 0.006 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 60 I 0.820 0.018 0.032 0.112 0.004 0.004 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 61 G 0.899 0.008 0.018 0.020 0.011 0.004 0.022 0.011 0.002 0.005 0.001 62 E 0.960 0.007 0.008 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.895 0.011 0.016 0.061 0.007 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 64 I 0.867 0.025 0.021 0.071 0.004 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 65 S 0.909 0.019 0.042 0.005 0.006 0.003 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 66 P 0.989 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.960 0.006 0.004 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 M 0.908 0.022 0.019 0.036 0.006 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 69 I 0.837 0.058 0.031 0.055 0.005 0.005 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 70 A 0.702 0.037 0.066 0.136 0.021 0.010 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 71 H 0.114 0.020 0.090 0.570 0.018 0.008 0.151 0.014 0.007 0.007 0.001 72 G 0.026 0.012 0.058 0.014 0.040 0.007 0.161 0.516 0.004 0.163 0.001 73 S 0.161 0.183 0.500 0.074 0.028 0.038 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 74 Y 0.120 0.307 0.324 0.088 0.048 0.063 0.010 0.002 0.033 0.003 0.001 75 A 0.283 0.217 0.277 0.081 0.062 0.037 0.013 0.002 0.021 0.004 0.003 76 D 0.323 0.144 0.181 0.140 0.105 0.035 0.034 0.007 0.022 0.006 0.002 77 D 0.258 0.279 0.167 0.145 0.083 0.020 0.020 0.004 0.021 0.002 0.001 78 R 0.131 0.481 0.200 0.050 0.083 0.019 0.013 0.002 0.019 0.001 0.001 79 I 0.078 0.639 0.183 0.023 0.035 0.025 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 80 M 0.040 0.639 0.203 0.013 0.048 0.029 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 81 K 0.042 0.531 0.292 0.021 0.044 0.048 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 82 R 0.020 0.474 0.377 0.008 0.033 0.029 0.004 0.001 0.053 0.001 0.001 83 A 0.404 0.089 0.362 0.052 0.023 0.020 0.013 0.001 0.017 0.006 0.014 84 G 0.032 0.009 0.072 0.134 0.042 0.014 0.413 0.195 0.004 0.084 0.001 85 G 0.009 0.013 0.030 0.019 0.036 0.003 0.058 0.740 0.002 0.089 0.001 86 E 0.019 0.296 0.606 0.022 0.028 0.012 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 87 L 0.023 0.547 0.322 0.019 0.042 0.027 0.004 0.001 0.012 0.001 0.003 88 F 0.009 0.791 0.086 0.009 0.085 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 89 W 0.009 0.632 0.240 0.006 0.046 0.055 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 90 C 0.010 0.804 0.092 0.005 0.054 0.017 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 91 H 0.009 0.738 0.134 0.005 0.063 0.033 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 92 V 0.017 0.734 0.152 0.010 0.041 0.028 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 93 T 0.048 0.559 0.207 0.041 0.081 0.025 0.012 0.001 0.023 0.001 0.001 94 G 0.029 0.185 0.123 0.047 0.429 0.023 0.047 0.047 0.025 0.044 0.001 95 R 0.030 0.536 0.259 0.014 0.066 0.021 0.005 0.001 0.066 0.002 0.001 96 A 0.089 0.071 0.685 0.026 0.012 0.092 0.002 0.001 0.006 0.001 0.017 97 L 0.176 0.411 0.199 0.112 0.027 0.048 0.004 0.002 0.017 0.001 0.002 98 D 0.061 0.140 0.360 0.054 0.070 0.099 0.062 0.002 0.135 0.015 0.001 99 R 0.865 0.007 0.048 0.052 0.004 0.005 0.004 0.001 0.003 0.002 0.011 100 T 0.126 0.010 0.026 0.780 0.004 0.010 0.035 0.006 0.002 0.001 0.001 101 A 0.020 0.097 0.465 0.008 0.044 0.008 0.108 0.018 0.195 0.037 0.001 102 P 0.098 0.010 0.820 0.009 0.002 0.016 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 103 L 0.103 0.176 0.540 0.074 0.018 0.067 0.004 0.002 0.013 0.001 0.002 104 A 0.141 0.368 0.305 0.069 0.055 0.023 0.006 0.002 0.027 0.001 0.002 105 A 0.088 0.327 0.185 0.080 0.241 0.018 0.028 0.007 0.020 0.004 0.001 106 G 0.047 0.393 0.167 0.027 0.282 0.034 0.017 0.010 0.019 0.005 0.001 107 V 0.045 0.777 0.125 0.008 0.025 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 108 W 0.046 0.616 0.113 0.009 0.175 0.024 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 109 T 0.069 0.723 0.111 0.012 0.038 0.033 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 110 F 0.178 0.383 0.221 0.040 0.082 0.060 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 111 E 0.372 0.253 0.128 0.094 0.075 0.030 0.012 0.001 0.032 0.002 0.001 112 D 0.187 0.110 0.269 0.115 0.067 0.118 0.089 0.003 0.037 0.004 0.001 113 L 0.722 0.073 0.084 0.079 0.012 0.015 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 114 S 0.723 0.043 0.076 0.084 0.024 0.026 0.012 0.001 0.010 0.002 0.001 115 A 0.907 0.015 0.023 0.038 0.006 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 116 T 0.920 0.017 0.015 0.036 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 117 R 0.947 0.010 0.015 0.018 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 118 R 0.863 0.029 0.018 0.071 0.007 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 119 V 0.778 0.081 0.040 0.059 0.018 0.005 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 120 A 0.673 0.114 0.101 0.064 0.017 0.012 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001