# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 776 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.003 0.590 0.321 0.003 0.019 0.001 0.001 0.038 0.020 0.002 0.002 2 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.745 0.251 0.001 0.001 3 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.045 0.003 0.001 4 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.013 0.009 0.001 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.013 0.002 0.001 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.033 0.001 0.001 7 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.011 0.004 0.001 8 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.052 0.012 0.001 9 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.807 0.162 0.009 0.001 10 H 0.006 0.007 0.003 0.001 0.007 0.003 0.076 0.704 0.163 0.026 0.003 11 L 0.038 0.039 0.033 0.008 0.046 0.011 0.134 0.273 0.136 0.254 0.027 12 A 0.067 0.266 0.168 0.026 0.159 0.017 0.030 0.092 0.055 0.081 0.038 13 P 0.129 0.089 0.048 0.023 0.151 0.026 0.080 0.155 0.118 0.107 0.074 14 I 0.129 0.174 0.055 0.016 0.203 0.023 0.083 0.091 0.082 0.083 0.060 15 G 0.250 0.107 0.013 0.003 0.531 0.008 0.020 0.022 0.012 0.012 0.022 16 L 0.223 0.067 0.006 0.001 0.674 0.002 0.003 0.007 0.002 0.003 0.011 17 V 0.213 0.079 0.006 0.001 0.672 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.018 18 L 0.342 0.080 0.014 0.004 0.439 0.005 0.007 0.010 0.004 0.015 0.079 19 S 0.156 0.097 0.138 0.125 0.146 0.070 0.045 0.057 0.020 0.052 0.094 20 R 0.045 0.076 0.097 0.319 0.064 0.163 0.072 0.066 0.032 0.044 0.021 21 D 0.037 0.176 0.112 0.217 0.056 0.072 0.093 0.054 0.048 0.098 0.037 22 R 0.028 0.095 0.093 0.127 0.042 0.048 0.025 0.044 0.059 0.313 0.127 23 V 0.200 0.247 0.021 0.003 0.451 0.003 0.006 0.019 0.008 0.018 0.025 24 I 0.404 0.051 0.008 0.005 0.345 0.007 0.011 0.048 0.030 0.024 0.066 25 E 0.086 0.109 0.035 0.053 0.177 0.113 0.107 0.163 0.058 0.037 0.062 26 D 0.276 0.062 0.023 0.008 0.325 0.011 0.025 0.134 0.019 0.070 0.046 27 C 0.060 0.257 0.045 0.011 0.161 0.018 0.034 0.199 0.058 0.127 0.030 28 N 0.171 0.129 0.039 0.007 0.342 0.003 0.004 0.225 0.040 0.014 0.026 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.779 0.214 0.001 0.001 30 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.944 0.024 0.021 0.001 31 L 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.844 0.127 0.012 0.002 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.062 0.002 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.927 0.060 0.005 0.001 34 I 0.002 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.054 0.781 0.121 0.026 0.001 35 F 0.019 0.203 0.048 0.012 0.046 0.034 0.105 0.363 0.104 0.050 0.017 36 R 0.052 0.025 0.028 0.022 0.037 0.012 0.029 0.120 0.056 0.441 0.177 37 C 0.022 0.423 0.278 0.018 0.086 0.010 0.020 0.044 0.014 0.064 0.020 38 A 0.017 0.559 0.271 0.008 0.069 0.003 0.006 0.035 0.014 0.010 0.009 39 R 0.008 0.012 0.003 0.001 0.009 0.002 0.012 0.484 0.447 0.016 0.005 40 A 0.001 0.005 0.002 0.002 0.004 0.008 0.030 0.581 0.338 0.027 0.002 41 D 0.016 0.015 0.010 0.001 0.020 0.002 0.039 0.610 0.210 0.070 0.008 42 L 0.030 0.022 0.010 0.002 0.030 0.007 0.072 0.555 0.155 0.099 0.017 43 I 0.025 0.333 0.091 0.049 0.071 0.081 0.132 0.114 0.036 0.049 0.019 44 G 0.068 0.025 0.032 0.090 0.042 0.025 0.014 0.052 0.031 0.394 0.226 45 R 0.038 0.333 0.225 0.031 0.146 0.018 0.024 0.081 0.030 0.054 0.019 46 S 0.114 0.264 0.070 0.012 0.245 0.009 0.025 0.109 0.050 0.059 0.044 47 F 0.101 0.058 0.014 0.005 0.103 0.011 0.037 0.235 0.340 0.053 0.043 48 E 0.032 0.049 0.016 0.010 0.072 0.035 0.094 0.361 0.266 0.047 0.017 49 V 0.082 0.063 0.019 0.004 0.129 0.007 0.073 0.319 0.189 0.093 0.024 50 L 0.100 0.128 0.041 0.006 0.201 0.016 0.086 0.115 0.083 0.172 0.053 51 Y 0.101 0.331 0.149 0.012 0.273 0.010 0.011 0.027 0.014 0.039 0.033 52 P 0.088 0.287 0.129 0.024 0.186 0.021 0.033 0.074 0.044 0.075 0.038 53 S 0.045 0.375 0.234 0.013 0.152 0.006 0.012 0.067 0.050 0.031 0.015 54 S 0.013 0.041 0.014 0.003 0.027 0.006 0.020 0.476 0.348 0.039 0.013 55 D 0.012 0.043 0.017 0.005 0.027 0.008 0.030 0.606 0.161 0.081 0.011 56 E 0.028 0.060 0.015 0.003 0.049 0.005 0.017 0.539 0.136 0.128 0.018 57 F 0.019 0.031 0.009 0.002 0.031 0.004 0.009 0.652 0.178 0.053 0.011 58 E 0.005 0.010 0.005 0.002 0.009 0.004 0.019 0.765 0.161 0.016 0.004 59 R 0.013 0.018 0.007 0.001 0.015 0.003 0.043 0.732 0.097 0.065 0.006 60 I 0.020 0.117 0.021 0.003 0.038 0.007 0.023 0.568 0.091 0.099 0.014 61 G 0.019 0.021 0.014 0.017 0.020 0.016 0.024 0.558 0.214 0.074 0.024 62 E 0.011 0.020 0.009 0.002 0.018 0.003 0.021 0.689 0.181 0.039 0.006 63 R 0.011 0.027 0.007 0.001 0.019 0.002 0.038 0.729 0.099 0.058 0.008 64 I 0.041 0.048 0.009 0.002 0.048 0.005 0.023 0.597 0.114 0.082 0.029 65 S 0.019 0.052 0.016 0.004 0.035 0.006 0.011 0.742 0.089 0.016 0.010 66 P 0.007 0.007 0.002 0.001 0.009 0.001 0.009 0.866 0.087 0.009 0.002 67 V 0.009 0.019 0.002 0.001 0.014 0.001 0.009 0.817 0.087 0.038 0.003 68 M 0.011 0.018 0.002 0.001 0.016 0.001 0.011 0.824 0.086 0.025 0.004 69 I 0.011 0.008 0.008 0.005 0.010 0.008 0.080 0.720 0.122 0.022 0.007 70 A 0.024 0.077 0.069 0.037 0.035 0.053 0.162 0.374 0.074 0.081 0.014 71 H 0.025 0.270 0.147 0.112 0.050 0.053 0.056 0.062 0.034 0.141 0.049 72 G 0.050 0.078 0.080 0.094 0.057 0.029 0.020 0.044 0.053 0.324 0.171 73 S 0.110 0.313 0.110 0.017 0.228 0.011 0.022 0.045 0.031 0.070 0.042 74 Y 0.128 0.278 0.111 0.026 0.234 0.016 0.027 0.052 0.041 0.045 0.043 75 A 0.109 0.169 0.074 0.038 0.184 0.038 0.060 0.145 0.091 0.052 0.039 76 D 0.070 0.123 0.077 0.041 0.119 0.044 0.054 0.199 0.116 0.115 0.041 77 D 0.139 0.215 0.045 0.009 0.282 0.010 0.025 0.107 0.046 0.084 0.037 78 R 0.261 0.108 0.012 0.002 0.506 0.004 0.008 0.041 0.020 0.015 0.022 79 I 0.254 0.092 0.015 0.003 0.458 0.010 0.016 0.052 0.025 0.022 0.052 80 M 0.191 0.174 0.030 0.003 0.457 0.006 0.012 0.046 0.012 0.022 0.046 81 K 0.214 0.196 0.037 0.006 0.360 0.008 0.018 0.032 0.009 0.052 0.069 82 R 0.084 0.246 0.427 0.026 0.116 0.009 0.009 0.030 0.010 0.013 0.030 83 A 0.013 0.026 0.033 0.154 0.012 0.224 0.125 0.264 0.104 0.031 0.013 84 G 0.015 0.254 0.140 0.290 0.035 0.072 0.092 0.026 0.017 0.050 0.009 85 G 0.019 0.014 0.023 0.066 0.015 0.021 0.007 0.014 0.032 0.604 0.186 86 E 0.054 0.501 0.091 0.006 0.266 0.005 0.010 0.014 0.012 0.022 0.020 87 L 0.501 0.041 0.004 0.003 0.399 0.004 0.008 0.004 0.004 0.007 0.025 88 F 0.064 0.437 0.104 0.016 0.325 0.017 0.015 0.005 0.003 0.003 0.010 89 W 0.396 0.025 0.002 0.001 0.563 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 90 C 0.215 0.113 0.008 0.001 0.640 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.013 91 H 0.346 0.053 0.003 0.001 0.553 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.032 92 V 0.353 0.085 0.010 0.005 0.409 0.010 0.008 0.010 0.008 0.018 0.083 93 T 0.159 0.148 0.052 0.051 0.267 0.057 0.066 0.023 0.017 0.055 0.106 94 G 0.138 0.142 0.090 0.094 0.180 0.043 0.026 0.025 0.028 0.144 0.090 95 R 0.073 0.351 0.169 0.024 0.251 0.013 0.017 0.023 0.022 0.033 0.023 96 A 0.205 0.143 0.048 0.008 0.357 0.008 0.022 0.063 0.052 0.052 0.043 97 L 0.098 0.282 0.087 0.028 0.220 0.034 0.044 0.047 0.037 0.081 0.043 98 D 0.085 0.295 0.330 0.020 0.182 0.007 0.009 0.023 0.013 0.014 0.022 99 R 0.027 0.027 0.021 0.017 0.028 0.031 0.060 0.376 0.331 0.057 0.024 100 T 0.028 0.144 0.071 0.100 0.056 0.081 0.169 0.127 0.076 0.124 0.023 101 A 0.052 0.072 0.093 0.102 0.059 0.037 0.016 0.046 0.043 0.355 0.124 102 P 0.108 0.246 0.110 0.019 0.217 0.013 0.018 0.078 0.056 0.081 0.054 103 L 0.261 0.109 0.024 0.010 0.292 0.013 0.034 0.095 0.069 0.041 0.052 104 A 0.114 0.092 0.042 0.054 0.159 0.092 0.114 0.135 0.065 0.070 0.062 105 A 0.162 0.197 0.064 0.026 0.325 0.028 0.030 0.058 0.023 0.047 0.040 106 G 0.303 0.089 0.011 0.002 0.523 0.004 0.008 0.020 0.008 0.014 0.019 107 V 0.244 0.094 0.009 0.002 0.593 0.004 0.008 0.014 0.005 0.006 0.021 108 W 0.239 0.120 0.010 0.003 0.577 0.005 0.006 0.010 0.004 0.005 0.021 109 T 0.247 0.123 0.014 0.003 0.519 0.005 0.007 0.016 0.008 0.014 0.044 110 F 0.275 0.079 0.019 0.009 0.308 0.012 0.018 0.069 0.042 0.059 0.111 111 E 0.056 0.158 0.058 0.059 0.123 0.108 0.111 0.139 0.069 0.082 0.037 112 D 0.142 0.199 0.106 0.013 0.294 0.007 0.013 0.080 0.029 0.081 0.038 113 L 0.057 0.121 0.029 0.006 0.101 0.011 0.024 0.305 0.224 0.086 0.035 114 S 0.019 0.365 0.136 0.010 0.074 0.010 0.022 0.264 0.071 0.017 0.011 115 A 0.014 0.009 0.002 0.001 0.011 0.002 0.018 0.660 0.250 0.026 0.008 116 T 0.017 0.028 0.006 0.002 0.030 0.004 0.017 0.705 0.140 0.046 0.006 117 R 0.027 0.044 0.006 0.001 0.049 0.004 0.020 0.691 0.122 0.028 0.007 118 R 0.030 0.027 0.006 0.001 0.035 0.003 0.041 0.626 0.125 0.088 0.017 119 V 0.071 0.086 0.026 0.006 0.097 0.011 0.048 0.375 0.174 0.073 0.032 120 A 0.071 0.098 0.036 0.012 0.115 0.021 0.082 0.333 0.109 0.087 0.036