# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.512 0.227 0.116 0.079 0.050 0.014 0.001 2 A 0.529 0.280 0.105 0.059 0.022 0.005 0.001 3 I 0.539 0.306 0.101 0.039 0.012 0.002 0.001 4 D 0.148 0.270 0.320 0.194 0.052 0.014 0.002 5 Y 0.035 0.048 0.115 0.237 0.368 0.179 0.017 6 K 0.090 0.227 0.271 0.259 0.111 0.039 0.003 7 T 0.046 0.106 0.208 0.270 0.226 0.127 0.017 8 A 0.013 0.022 0.034 0.086 0.181 0.449 0.215 9 F 0.017 0.029 0.057 0.137 0.244 0.328 0.189 10 H 0.044 0.149 0.245 0.265 0.158 0.102 0.037 11 L 0.017 0.038 0.071 0.150 0.307 0.301 0.116 12 A 0.010 0.017 0.028 0.084 0.175 0.401 0.284 13 P 0.020 0.063 0.153 0.209 0.226 0.221 0.108 14 I 0.015 0.037 0.102 0.183 0.214 0.252 0.196 15 G 0.006 0.007 0.009 0.020 0.087 0.387 0.485 16 L 0.007 0.008 0.011 0.034 0.068 0.295 0.577 17 V 0.007 0.012 0.019 0.046 0.096 0.351 0.469 18 L 0.016 0.036 0.082 0.200 0.251 0.263 0.152 19 S 0.015 0.041 0.083 0.168 0.297 0.311 0.085 20 R 0.080 0.195 0.245 0.222 0.168 0.078 0.011 21 D 0.221 0.338 0.210 0.127 0.069 0.030 0.004 22 R 0.158 0.262 0.228 0.207 0.108 0.034 0.003 23 V 0.029 0.104 0.217 0.302 0.228 0.107 0.013 24 I 0.010 0.024 0.035 0.082 0.277 0.492 0.080 25 E 0.020 0.104 0.249 0.359 0.188 0.074 0.004 26 D 0.044 0.167 0.298 0.293 0.148 0.045 0.005 27 C 0.003 0.011 0.025 0.062 0.260 0.528 0.111 28 N 0.008 0.034 0.097 0.275 0.354 0.208 0.025 29 D 0.084 0.313 0.315 0.190 0.068 0.028 0.003 30 E 0.042 0.147 0.304 0.321 0.141 0.041 0.004 31 L 0.009 0.014 0.023 0.073 0.275 0.521 0.085 32 A 0.036 0.126 0.282 0.301 0.178 0.070 0.007 33 A 0.106 0.285 0.287 0.212 0.073 0.033 0.005 34 I 0.039 0.050 0.084 0.186 0.310 0.283 0.047 35 F 0.040 0.078 0.131 0.250 0.307 0.178 0.018 36 R 0.212 0.386 0.219 0.105 0.053 0.022 0.002 37 C 0.078 0.127 0.217 0.312 0.194 0.065 0.007 38 A 0.199 0.253 0.217 0.174 0.114 0.041 0.003 39 R 0.176 0.230 0.243 0.207 0.102 0.038 0.003 40 A 0.438 0.325 0.131 0.067 0.030 0.008 0.001 41 D 0.146 0.263 0.236 0.225 0.096 0.032 0.002 42 L 0.071 0.075 0.124 0.210 0.312 0.185 0.022 43 I 0.086 0.158 0.223 0.269 0.174 0.083 0.008 44 G 0.300 0.305 0.189 0.116 0.064 0.023 0.003 45 R 0.150 0.219 0.263 0.235 0.095 0.034 0.004 46 S 0.159 0.228 0.194 0.185 0.146 0.075 0.013 47 F 0.056 0.071 0.122 0.230 0.279 0.200 0.043 48 E 0.122 0.225 0.229 0.203 0.139 0.072 0.010 49 V 0.083 0.151 0.190 0.236 0.201 0.121 0.018 50 L 0.049 0.069 0.095 0.161 0.284 0.289 0.053 51 Y 0.067 0.128 0.204 0.263 0.212 0.113 0.014 52 P 0.148 0.196 0.236 0.238 0.130 0.048 0.005 53 S 0.325 0.287 0.185 0.128 0.058 0.016 0.001 54 S 0.562 0.271 0.098 0.047 0.018 0.004 0.001 55 D 0.602 0.272 0.080 0.034 0.010 0.002 0.001 56 E 0.439 0.288 0.157 0.084 0.025 0.007 0.001 57 F 0.185 0.171 0.253 0.243 0.118 0.029 0.001 58 E 0.464 0.330 0.135 0.051 0.017 0.004 0.001 59 R 0.251 0.304 0.221 0.151 0.057 0.015 0.001 60 I 0.095 0.136 0.194 0.265 0.216 0.087 0.005 61 G 0.113 0.189 0.253 0.258 0.135 0.049 0.003 62 E 0.393 0.348 0.149 0.069 0.030 0.009 0.001 63 R 0.116 0.200 0.241 0.256 0.136 0.046 0.004 64 I 0.061 0.097 0.139 0.228 0.293 0.167 0.016 65 S 0.100 0.207 0.255 0.245 0.136 0.054 0.004 66 P 0.227 0.313 0.230 0.142 0.065 0.022 0.002 67 V 0.079 0.140 0.211 0.280 0.201 0.083 0.006 68 M 0.085 0.108 0.178 0.262 0.247 0.112 0.007 69 I 0.245 0.257 0.241 0.166 0.069 0.021 0.001 70 A 0.592 0.272 0.080 0.037 0.015 0.004 0.001 71 H 0.535 0.257 0.113 0.065 0.023 0.006 0.001 72 G 0.489 0.265 0.129 0.075 0.032 0.009 0.001 73 S 0.399 0.274 0.160 0.100 0.048 0.017 0.002 74 Y 0.213 0.171 0.214 0.208 0.132 0.056 0.006 75 A 0.288 0.240 0.205 0.141 0.083 0.038 0.005 76 D 0.266 0.228 0.185 0.160 0.103 0.049 0.008 77 D 0.218 0.202 0.168 0.170 0.150 0.078 0.013 78 R 0.150 0.191 0.193 0.206 0.164 0.086 0.010 79 I 0.144 0.182 0.219 0.216 0.154 0.077 0.008 80 M 0.136 0.146 0.193 0.215 0.194 0.106 0.011 81 K 0.206 0.243 0.215 0.182 0.114 0.038 0.003 82 R 0.277 0.234 0.218 0.168 0.077 0.024 0.002 83 A 0.543 0.261 0.113 0.057 0.020 0.005 0.001 84 G 0.623 0.254 0.078 0.032 0.009 0.003 0.001 85 G 0.306 0.217 0.192 0.171 0.087 0.024 0.003 86 E 0.300 0.366 0.177 0.097 0.044 0.015 0.001 87 L 0.063 0.139 0.204 0.274 0.203 0.105 0.013 88 F 0.029 0.066 0.121 0.201 0.300 0.241 0.042 89 W 0.026 0.059 0.115 0.205 0.221 0.272 0.101 90 C 0.012 0.024 0.044 0.101 0.227 0.396 0.195 91 H 0.029 0.098 0.186 0.293 0.216 0.136 0.041 92 V 0.015 0.029 0.053 0.123 0.279 0.380 0.121 93 T 0.035 0.110 0.157 0.230 0.234 0.188 0.045 94 G 0.046 0.089 0.137 0.222 0.278 0.195 0.033 95 R 0.085 0.231 0.288 0.221 0.122 0.048 0.005 96 A 0.098 0.170 0.202 0.232 0.194 0.097 0.008 97 L 0.084 0.103 0.185 0.287 0.248 0.086 0.006 98 D 0.384 0.306 0.181 0.091 0.029 0.008 0.001 99 R 0.490 0.268 0.136 0.073 0.026 0.007 0.001 100 T 0.561 0.283 0.095 0.044 0.012 0.003 0.001 101 A 0.326 0.241 0.195 0.150 0.068 0.020 0.002 102 P 0.220 0.321 0.232 0.138 0.063 0.024 0.003 103 L 0.053 0.085 0.143 0.254 0.284 0.157 0.025 104 A 0.039 0.120 0.188 0.270 0.228 0.136 0.019 105 A 0.020 0.050 0.083 0.149 0.266 0.325 0.107 106 G 0.008 0.017 0.032 0.079 0.157 0.395 0.313 107 V 0.007 0.011 0.021 0.057 0.123 0.365 0.416 108 W 0.007 0.015 0.038 0.087 0.155 0.304 0.394 109 T 0.005 0.012 0.023 0.053 0.117 0.328 0.462 110 F 0.007 0.015 0.030 0.066 0.148 0.383 0.352 111 E 0.051 0.122 0.167 0.204 0.215 0.175 0.066 112 D 0.056 0.111 0.142 0.196 0.223 0.206 0.066 113 L 0.049 0.044 0.072 0.183 0.229 0.323 0.100 114 S 0.180 0.181 0.175 0.182 0.162 0.103 0.018 115 A 0.339 0.298 0.153 0.108 0.067 0.032 0.004 116 T 0.339 0.251 0.171 0.126 0.079 0.032 0.003 117 R 0.361 0.229 0.177 0.140 0.067 0.024 0.002 118 R 0.568 0.246 0.106 0.049 0.023 0.008 0.001 119 V 0.411 0.152 0.162 0.167 0.076 0.028 0.003 120 A 0.748 0.170 0.047 0.021 0.010 0.003 0.001