# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.409 0.111 0.105 0.120 0.099 0.075 0.047 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 2 A 0.226 0.132 0.164 0.178 0.141 0.085 0.040 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 I 0.409 0.156 0.112 0.121 0.089 0.058 0.026 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 D 0.267 0.164 0.147 0.138 0.096 0.081 0.067 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.059 0.028 0.043 0.096 0.162 0.199 0.163 0.130 0.072 0.031 0.010 0.004 0.001 0.001 6 K 0.214 0.210 0.194 0.163 0.098 0.064 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 T 0.212 0.149 0.169 0.161 0.114 0.093 0.050 0.028 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 8 A 0.035 0.022 0.037 0.078 0.143 0.207 0.194 0.165 0.077 0.026 0.010 0.004 0.001 0.001 9 F 0.051 0.059 0.081 0.134 0.194 0.172 0.149 0.091 0.042 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 10 H 0.310 0.274 0.190 0.108 0.052 0.029 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.040 0.041 0.093 0.184 0.221 0.183 0.112 0.070 0.032 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 12 A 0.022 0.025 0.049 0.103 0.147 0.205 0.185 0.144 0.067 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 13 P 0.042 0.064 0.089 0.121 0.155 0.147 0.129 0.105 0.072 0.039 0.019 0.008 0.005 0.003 14 I 0.028 0.028 0.044 0.070 0.099 0.128 0.129 0.132 0.135 0.087 0.056 0.034 0.019 0.011 15 G 0.009 0.008 0.012 0.019 0.035 0.059 0.115 0.109 0.156 0.168 0.130 0.098 0.054 0.030 16 L 0.006 0.005 0.007 0.009 0.016 0.030 0.062 0.088 0.140 0.194 0.177 0.142 0.076 0.046 17 V 0.014 0.012 0.013 0.014 0.023 0.035 0.054 0.081 0.135 0.167 0.175 0.144 0.082 0.053 18 L 0.015 0.015 0.019 0.029 0.049 0.067 0.082 0.114 0.152 0.145 0.135 0.091 0.055 0.031 19 S 0.009 0.015 0.029 0.059 0.097 0.128 0.156 0.157 0.128 0.096 0.060 0.037 0.017 0.012 20 R 0.030 0.059 0.083 0.125 0.137 0.147 0.126 0.102 0.085 0.053 0.028 0.013 0.006 0.005 21 D 0.186 0.252 0.168 0.123 0.087 0.061 0.050 0.023 0.026 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 22 R 0.138 0.148 0.161 0.141 0.126 0.104 0.074 0.044 0.038 0.013 0.006 0.003 0.003 0.001 23 V 0.057 0.068 0.109 0.151 0.175 0.150 0.131 0.078 0.048 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 24 I 0.040 0.035 0.050 0.073 0.139 0.148 0.173 0.143 0.094 0.059 0.026 0.010 0.005 0.002 25 E 0.179 0.134 0.138 0.147 0.143 0.105 0.061 0.042 0.027 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 26 D 0.218 0.143 0.129 0.130 0.119 0.092 0.071 0.046 0.028 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 27 C 0.022 0.019 0.026 0.061 0.118 0.182 0.197 0.179 0.103 0.054 0.022 0.011 0.003 0.001 28 N 0.029 0.048 0.080 0.146 0.207 0.190 0.137 0.089 0.042 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 29 D 0.429 0.274 0.142 0.072 0.037 0.020 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.074 0.126 0.174 0.232 0.202 0.106 0.048 0.023 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.018 0.011 0.021 0.049 0.122 0.209 0.243 0.192 0.092 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 32 A 0.103 0.184 0.216 0.197 0.149 0.090 0.031 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.503 0.293 0.121 0.047 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.031 0.028 0.063 0.146 0.279 0.210 0.120 0.073 0.034 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 35 F 0.087 0.071 0.098 0.149 0.191 0.172 0.116 0.072 0.028 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 36 R 0.403 0.322 0.135 0.064 0.034 0.017 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 C 0.166 0.086 0.135 0.189 0.207 0.115 0.045 0.030 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 38 A 0.252 0.149 0.154 0.163 0.125 0.073 0.059 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 39 R 0.302 0.175 0.158 0.141 0.104 0.059 0.032 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.666 0.196 0.063 0.034 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.375 0.261 0.158 0.095 0.053 0.029 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.085 0.048 0.093 0.150 0.215 0.176 0.109 0.070 0.035 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 43 I 0.108 0.096 0.123 0.181 0.188 0.138 0.081 0.047 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 44 G 0.360 0.174 0.128 0.112 0.080 0.057 0.046 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 45 R 0.213 0.163 0.158 0.150 0.115 0.083 0.054 0.031 0.017 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 46 S 0.170 0.127 0.126 0.141 0.152 0.106 0.081 0.045 0.028 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 47 F 0.071 0.040 0.060 0.100 0.158 0.166 0.141 0.120 0.067 0.038 0.020 0.011 0.005 0.002 48 E 0.214 0.124 0.108 0.132 0.123 0.094 0.076 0.054 0.037 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 49 V 0.123 0.076 0.094 0.130 0.131 0.115 0.094 0.091 0.065 0.040 0.023 0.011 0.006 0.002 50 L 0.051 0.040 0.060 0.083 0.123 0.142 0.133 0.126 0.092 0.072 0.043 0.022 0.009 0.003 51 Y 0.077 0.081 0.114 0.154 0.157 0.144 0.103 0.081 0.043 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 52 P 0.158 0.117 0.133 0.147 0.139 0.115 0.085 0.047 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 53 S 0.247 0.180 0.147 0.136 0.116 0.074 0.054 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 54 S 0.458 0.216 0.118 0.084 0.058 0.029 0.021 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 D 0.646 0.183 0.080 0.045 0.025 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.475 0.214 0.122 0.090 0.053 0.023 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.175 0.115 0.163 0.190 0.160 0.104 0.055 0.022 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.605 0.192 0.089 0.053 0.031 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.394 0.232 0.154 0.096 0.061 0.032 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 I 0.084 0.071 0.120 0.178 0.222 0.158 0.086 0.046 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 61 G 0.187 0.142 0.158 0.165 0.148 0.096 0.057 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 62 E 0.587 0.189 0.091 0.056 0.034 0.019 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.263 0.183 0.148 0.147 0.121 0.064 0.036 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 64 I 0.081 0.055 0.089 0.138 0.201 0.174 0.124 0.074 0.035 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 65 S 0.241 0.160 0.146 0.155 0.117 0.080 0.048 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 66 P 0.425 0.192 0.119 0.097 0.068 0.039 0.025 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 67 V 0.146 0.098 0.116 0.166 0.174 0.130 0.074 0.047 0.027 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 68 M 0.125 0.084 0.123 0.157 0.168 0.142 0.095 0.055 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 69 I 0.276 0.146 0.137 0.146 0.118 0.078 0.046 0.026 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 70 A 0.453 0.175 0.110 0.095 0.069 0.041 0.030 0.012 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 71 H 0.369 0.168 0.136 0.119 0.085 0.055 0.038 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 72 G 0.439 0.197 0.125 0.096 0.066 0.035 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.304 0.146 0.134 0.131 0.119 0.077 0.046 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 74 Y 0.151 0.088 0.117 0.152 0.168 0.133 0.094 0.052 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 75 A 0.293 0.147 0.118 0.130 0.114 0.074 0.054 0.032 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 76 D 0.235 0.116 0.108 0.134 0.128 0.099 0.067 0.045 0.032 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 77 D 0.135 0.084 0.098 0.125 0.137 0.126 0.096 0.073 0.052 0.036 0.020 0.011 0.005 0.002 78 R 0.141 0.084 0.099 0.122 0.132 0.117 0.090 0.079 0.057 0.040 0.021 0.011 0.005 0.002 79 I 0.113 0.070 0.086 0.126 0.138 0.129 0.094 0.090 0.064 0.046 0.026 0.012 0.005 0.003 80 M 0.085 0.062 0.090 0.120 0.147 0.139 0.105 0.094 0.063 0.048 0.027 0.012 0.005 0.002 81 K 0.157 0.123 0.125 0.159 0.142 0.114 0.074 0.050 0.027 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 82 R 0.261 0.150 0.131 0.125 0.101 0.088 0.066 0.035 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 83 A 0.345 0.172 0.142 0.120 0.094 0.056 0.037 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 84 G 0.504 0.205 0.103 0.085 0.045 0.024 0.016 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.251 0.123 0.145 0.167 0.131 0.082 0.059 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 86 E 0.248 0.171 0.159 0.142 0.107 0.071 0.052 0.023 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 87 L 0.041 0.032 0.061 0.100 0.152 0.186 0.144 0.126 0.076 0.037 0.023 0.012 0.005 0.002 88 F 0.015 0.017 0.027 0.052 0.091 0.125 0.147 0.146 0.131 0.111 0.081 0.035 0.015 0.009 89 W 0.009 0.009 0.013 0.029 0.054 0.074 0.095 0.139 0.142 0.150 0.130 0.093 0.038 0.024 90 C 0.002 0.002 0.003 0.003 0.007 0.015 0.029 0.049 0.108 0.184 0.232 0.197 0.119 0.049 91 H 0.007 0.007 0.011 0.022 0.043 0.055 0.088 0.135 0.172 0.144 0.133 0.098 0.056 0.029 92 V 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.015 0.033 0.056 0.119 0.202 0.225 0.178 0.099 0.056 93 T 0.006 0.008 0.014 0.032 0.058 0.085 0.132 0.184 0.145 0.123 0.098 0.064 0.028 0.023 94 G 0.005 0.009 0.016 0.025 0.043 0.062 0.094 0.135 0.151 0.189 0.136 0.079 0.038 0.018 95 R 0.024 0.050 0.077 0.118 0.148 0.133 0.114 0.129 0.098 0.059 0.029 0.013 0.006 0.003 96 A 0.036 0.052 0.084 0.119 0.139 0.159 0.131 0.112 0.078 0.049 0.024 0.011 0.005 0.002 97 L 0.048 0.060 0.103 0.140 0.182 0.175 0.131 0.086 0.041 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 98 D 0.339 0.244 0.157 0.102 0.071 0.037 0.026 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 R 0.348 0.207 0.150 0.126 0.081 0.044 0.022 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 100 T 0.527 0.215 0.105 0.069 0.039 0.020 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.341 0.231 0.172 0.115 0.065 0.037 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 P 0.160 0.185 0.171 0.171 0.128 0.082 0.052 0.025 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 103 L 0.031 0.032 0.070 0.105 0.163 0.189 0.166 0.123 0.061 0.033 0.016 0.007 0.004 0.001 104 A 0.037 0.046 0.065 0.097 0.136 0.148 0.135 0.129 0.088 0.056 0.035 0.014 0.009 0.004 105 A 0.013 0.013 0.018 0.035 0.058 0.079 0.098 0.146 0.171 0.149 0.110 0.064 0.031 0.015 106 G 0.006 0.006 0.009 0.016 0.029 0.051 0.085 0.105 0.152 0.180 0.159 0.113 0.052 0.037 107 V 0.006 0.005 0.007 0.007 0.014 0.026 0.048 0.068 0.125 0.188 0.190 0.160 0.104 0.053 108 W 0.012 0.011 0.013 0.020 0.035 0.051 0.081 0.118 0.163 0.161 0.144 0.101 0.060 0.030 109 T 0.008 0.009 0.011 0.023 0.040 0.063 0.097 0.132 0.162 0.157 0.139 0.088 0.038 0.033 110 F 0.007 0.011 0.015 0.026 0.055 0.085 0.138 0.161 0.160 0.141 0.101 0.055 0.025 0.019 111 E 0.046 0.072 0.106 0.145 0.148 0.137 0.107 0.091 0.070 0.039 0.022 0.011 0.005 0.002 112 D 0.070 0.077 0.116 0.151 0.174 0.142 0.096 0.070 0.054 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 113 L 0.030 0.029 0.056 0.103 0.160 0.196 0.160 0.132 0.075 0.036 0.013 0.006 0.002 0.001 114 S 0.116 0.115 0.167 0.185 0.154 0.118 0.073 0.035 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 115 A 0.416 0.237 0.148 0.098 0.048 0.025 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 T 0.275 0.162 0.158 0.145 0.124 0.067 0.043 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 117 R 0.250 0.145 0.164 0.167 0.131 0.077 0.035 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 118 R 0.486 0.219 0.115 0.075 0.053 0.025 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 V 0.205 0.075 0.101 0.146 0.179 0.136 0.073 0.046 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 120 A 0.336 0.157 0.136 0.156 0.097 0.060 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001