# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26184 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.017 0.509 0.001 0.024 0.147 0.001 0.001 0.003 0.161 0.125 0.004 0.009 2 A 0.001 0.010 0.223 0.001 0.055 0.530 0.001 0.001 0.001 0.064 0.108 0.003 0.004 3 I 0.001 0.004 0.056 0.001 0.066 0.808 0.001 0.001 0.001 0.020 0.039 0.002 0.004 4 D 0.001 0.005 0.065 0.001 0.043 0.842 0.001 0.001 0.001 0.012 0.025 0.002 0.004 5 Y 0.001 0.001 0.010 0.001 0.020 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 6 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 7 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 8 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 9 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 0.923 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 10 H 0.002 0.001 0.017 0.001 0.056 0.631 0.001 0.001 0.001 0.016 0.264 0.004 0.005 11 L 0.006 0.006 0.069 0.003 0.048 0.308 0.001 0.001 0.003 0.108 0.406 0.005 0.035 12 A 0.004 0.005 0.495 0.010 0.009 0.031 0.001 0.001 0.008 0.318 0.077 0.030 0.013 13 P 0.007 0.004 0.451 0.023 0.033 0.027 0.001 0.001 0.014 0.142 0.219 0.013 0.065 14 I 0.043 0.005 0.229 0.057 0.042 0.044 0.004 0.003 0.029 0.208 0.196 0.083 0.056 15 G 0.312 0.003 0.065 0.022 0.012 0.030 0.060 0.027 0.074 0.049 0.019 0.127 0.202 16 L 0.627 0.001 0.009 0.008 0.001 0.005 0.077 0.033 0.029 0.002 0.001 0.109 0.099 17 V 0.741 0.001 0.003 0.007 0.001 0.002 0.088 0.020 0.020 0.001 0.001 0.060 0.057 18 L 0.658 0.003 0.012 0.009 0.001 0.003 0.053 0.014 0.023 0.002 0.002 0.087 0.134 19 S 0.319 0.005 0.094 0.022 0.003 0.002 0.024 0.005 0.030 0.017 0.015 0.153 0.311 20 R 0.032 0.003 0.249 0.038 0.004 0.003 0.004 0.001 0.018 0.210 0.157 0.178 0.105 21 D 0.003 0.002 0.082 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.199 0.664 0.008 0.025 22 R 0.010 0.011 0.269 0.013 0.010 0.011 0.001 0.001 0.005 0.342 0.178 0.123 0.025 23 V 0.066 0.038 0.249 0.009 0.017 0.053 0.015 0.013 0.029 0.089 0.024 0.105 0.293 24 I 0.165 0.035 0.075 0.016 0.041 0.105 0.074 0.040 0.057 0.019 0.018 0.054 0.302 25 E 0.130 0.020 0.064 0.147 0.086 0.233 0.038 0.013 0.025 0.035 0.051 0.091 0.066 26 D 0.064 0.021 0.108 0.011 0.072 0.234 0.012 0.004 0.024 0.058 0.129 0.082 0.179 27 C 0.018 0.013 0.221 0.006 0.042 0.440 0.004 0.002 0.010 0.077 0.069 0.022 0.074 28 N 0.001 0.002 0.204 0.002 0.012 0.686 0.001 0.001 0.001 0.062 0.019 0.006 0.004 29 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.015 0.001 0.020 0.490 0.001 0.001 0.001 0.035 0.437 0.001 0.001 36 R 0.001 0.005 0.139 0.001 0.022 0.084 0.001 0.001 0.003 0.036 0.706 0.001 0.003 37 C 0.001 0.018 0.824 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.016 0.106 0.006 0.008 0.002 38 A 0.001 0.002 0.939 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.046 0.002 0.001 0.002 39 R 0.001 0.001 0.033 0.001 0.140 0.781 0.001 0.001 0.001 0.015 0.027 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.668 0.302 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 41 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.585 0.363 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.001 0.001 42 L 0.001 0.003 0.042 0.001 0.145 0.701 0.001 0.001 0.008 0.013 0.080 0.001 0.004 43 I 0.001 0.006 0.056 0.001 0.044 0.384 0.001 0.001 0.002 0.042 0.459 0.003 0.002 44 G 0.001 0.019 0.137 0.002 0.049 0.112 0.001 0.001 0.006 0.100 0.562 0.002 0.011 45 R 0.001 0.021 0.657 0.001 0.006 0.033 0.001 0.001 0.017 0.224 0.016 0.013 0.010 46 S 0.001 0.007 0.852 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.009 0.073 0.022 0.003 0.017 47 F 0.001 0.011 0.239 0.007 0.178 0.298 0.001 0.001 0.017 0.084 0.148 0.006 0.010 48 E 0.001 0.005 0.112 0.010 0.263 0.367 0.001 0.002 0.016 0.046 0.168 0.005 0.005 49 V 0.003 0.008 0.132 0.002 0.315 0.245 0.003 0.004 0.035 0.056 0.164 0.015 0.017 50 L 0.006 0.019 0.391 0.004 0.125 0.107 0.003 0.003 0.061 0.089 0.138 0.011 0.043 51 Y 0.003 0.043 0.535 0.002 0.024 0.022 0.001 0.001 0.021 0.172 0.122 0.037 0.016 52 P 0.001 0.094 0.581 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.016 0.235 0.022 0.010 0.029 53 S 0.001 0.006 0.933 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.049 0.002 0.001 0.003 54 S 0.001 0.002 0.041 0.001 0.312 0.439 0.001 0.001 0.001 0.022 0.181 0.001 0.001 55 D 0.001 0.002 0.024 0.001 0.213 0.379 0.001 0.001 0.001 0.022 0.358 0.001 0.001 56 E 0.001 0.003 0.081 0.001 0.204 0.651 0.001 0.001 0.001 0.028 0.030 0.001 0.002 57 F 0.001 0.001 0.014 0.001 0.024 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 60 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.015 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 61 G 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.953 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 65 S 0.001 0.001 0.016 0.001 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 66 P 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.001 0.002 67 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 68 M 0.002 0.001 0.011 0.001 0.026 0.921 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.002 0.004 69 I 0.006 0.003 0.054 0.004 0.058 0.683 0.001 0.001 0.002 0.017 0.152 0.009 0.012 70 A 0.002 0.002 0.051 0.004 0.047 0.237 0.001 0.001 0.002 0.048 0.587 0.006 0.012 71 H 0.001 0.002 0.116 0.001 0.009 0.029 0.001 0.001 0.002 0.185 0.641 0.005 0.009 72 G 0.003 0.008 0.592 0.002 0.006 0.013 0.001 0.001 0.006 0.204 0.079 0.066 0.021 73 S 0.006 0.028 0.592 0.002 0.007 0.015 0.001 0.001 0.014 0.095 0.057 0.026 0.155 74 Y 0.009 0.025 0.527 0.018 0.012 0.021 0.002 0.001 0.021 0.143 0.045 0.113 0.064 75 A 0.025 0.014 0.319 0.049 0.018 0.019 0.004 0.001 0.015 0.081 0.069 0.052 0.332 76 D 0.091 0.009 0.148 0.057 0.025 0.014 0.005 0.001 0.010 0.049 0.044 0.311 0.235 77 D 0.214 0.004 0.059 0.036 0.012 0.011 0.007 0.001 0.008 0.014 0.015 0.183 0.437 78 R 0.384 0.001 0.020 0.010 0.003 0.003 0.005 0.001 0.004 0.003 0.002 0.337 0.227 79 I 0.523 0.001 0.009 0.008 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.287 80 M 0.651 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.119 81 K 0.540 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.299 82 R 0.191 0.005 0.097 0.008 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.005 0.010 0.177 0.498 83 A 0.013 0.001 0.045 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.693 0.099 0.044 84 G 0.001 0.001 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.871 0.013 0.014 85 G 0.002 0.002 0.085 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.491 0.374 0.024 0.017 86 E 0.034 0.023 0.204 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.075 0.009 0.563 0.080 87 L 0.047 0.007 0.020 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.006 0.003 0.002 0.004 0.894 88 F 0.077 0.001 0.007 0.231 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.004 0.001 0.662 0.006 89 W 0.234 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.052 0.003 0.007 0.001 0.001 0.015 0.677 90 C 0.597 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 0.092 0.013 0.007 0.001 0.001 0.207 0.055 91 H 0.624 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 0.110 0.017 0.021 0.001 0.001 0.090 0.111 92 V 0.511 0.001 0.015 0.031 0.002 0.001 0.051 0.011 0.031 0.002 0.002 0.151 0.193 93 T 0.249 0.003 0.035 0.118 0.004 0.006 0.055 0.012 0.092 0.013 0.019 0.284 0.110 94 G 0.153 0.009 0.132 0.013 0.008 0.004 0.016 0.005 0.045 0.037 0.019 0.056 0.503 95 R 0.052 0.005 0.103 0.012 0.003 0.003 0.005 0.001 0.034 0.033 0.007 0.671 0.071 96 A 0.048 0.036 0.147 0.003 0.008 0.004 0.005 0.002 0.017 0.034 0.020 0.043 0.636 97 L 0.016 0.091 0.442 0.017 0.018 0.012 0.004 0.002 0.016 0.131 0.053 0.137 0.059 98 D 0.003 0.015 0.684 0.007 0.021 0.010 0.001 0.001 0.005 0.098 0.035 0.015 0.106 99 R 0.001 0.002 0.059 0.003 0.059 0.033 0.001 0.001 0.001 0.102 0.729 0.006 0.005 100 T 0.001 0.004 0.042 0.002 0.046 0.015 0.001 0.001 0.001 0.080 0.803 0.003 0.004 101 A 0.002 0.011 0.269 0.003 0.036 0.013 0.001 0.001 0.001 0.442 0.182 0.021 0.018 102 P 0.013 0.037 0.551 0.012 0.016 0.016 0.001 0.001 0.007 0.185 0.038 0.052 0.072 103 L 0.062 0.036 0.231 0.034 0.027 0.041 0.018 0.003 0.028 0.088 0.076 0.047 0.308 104 A 0.081 0.009 0.170 0.322 0.015 0.017 0.016 0.007 0.025 0.075 0.049 0.134 0.081 105 A 0.303 0.003 0.061 0.067 0.005 0.011 0.079 0.022 0.049 0.030 0.013 0.124 0.233 106 G 0.441 0.001 0.010 0.021 0.001 0.007 0.147 0.085 0.059 0.005 0.002 0.113 0.108 107 V 0.489 0.001 0.005 0.031 0.001 0.007 0.181 0.137 0.042 0.002 0.001 0.043 0.060 108 W 0.447 0.001 0.004 0.014 0.001 0.006 0.200 0.150 0.072 0.002 0.001 0.063 0.040 109 T 0.422 0.002 0.025 0.035 0.003 0.017 0.120 0.111 0.064 0.011 0.008 0.044 0.137 110 F 0.288 0.005 0.109 0.020 0.010 0.028 0.064 0.029 0.113 0.034 0.018 0.153 0.127 111 E 0.095 0.012 0.294 0.033 0.027 0.063 0.022 0.008 0.072 0.112 0.072 0.061 0.129 112 D 0.023 0.013 0.457 0.011 0.037 0.078 0.003 0.002 0.022 0.137 0.074 0.065 0.078 113 L 0.012 0.012 0.311 0.015 0.068 0.168 0.002 0.001 0.012 0.177 0.140 0.020 0.063 114 S 0.009 0.011 0.396 0.015 0.078 0.162 0.001 0.001 0.005 0.163 0.087 0.045 0.027 115 A 0.008 0.006 0.090 0.007 0.183 0.516 0.001 0.001 0.003 0.046 0.089 0.009 0.041 116 T 0.011 0.007 0.123 0.010 0.110 0.463 0.001 0.001 0.003 0.036 0.192 0.022 0.022 117 R 0.018 0.009 0.193 0.007 0.094 0.445 0.002 0.001 0.006 0.033 0.102 0.033 0.059 118 R 0.026 0.017 0.409 0.007 0.030 0.232 0.002 0.001 0.014 0.043 0.037 0.082 0.100 119 V 0.025 0.021 0.531 0.010 0.018 0.118 0.003 0.001 0.014 0.050 0.038 0.063 0.109 120 A 0.009 0.016 0.633 0.005 0.014 0.068 0.001 0.001 0.021 0.064 0.036 0.056 0.077