# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26184 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.030 0.029 0.097 0.125 0.004 0.367 0.003 0.021 0.009 0.030 0.099 0.034 0.129 0.001 0.004 0.018 2 A 0.039 0.073 0.025 0.096 0.005 0.115 0.003 0.003 0.008 0.004 0.355 0.135 0.130 0.002 0.001 0.005 3 I 0.009 0.036 0.028 0.083 0.001 0.031 0.001 0.003 0.001 0.001 0.077 0.523 0.201 0.001 0.002 0.001 4 D 0.002 0.009 0.018 0.035 0.001 0.103 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.109 0.679 0.001 0.001 0.005 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.028 0.842 0.001 0.001 0.001 6 K 0.001 0.007 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.182 0.783 0.001 0.001 0.001 7 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.987 0.001 0.001 0.002 9 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.977 0.003 0.001 0.001 10 H 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.010 0.009 0.014 11 L 0.003 0.012 0.021 0.016 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.686 0.014 0.024 0.193 12 A 0.016 0.004 0.217 0.016 0.002 0.034 0.033 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.608 0.005 0.016 0.038 13 P 0.023 0.172 0.097 0.036 0.008 0.087 0.059 0.004 0.001 0.001 0.062 0.013 0.340 0.056 0.006 0.035 14 I 0.020 0.369 0.059 0.344 0.001 0.008 0.001 0.021 0.008 0.001 0.012 0.032 0.046 0.003 0.059 0.017 15 G 0.019 0.010 0.537 0.273 0.001 0.014 0.002 0.001 0.011 0.003 0.006 0.004 0.057 0.001 0.004 0.057 16 L 0.047 0.019 0.389 0.510 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.019 0.001 0.001 0.003 17 V 0.002 0.003 0.051 0.928 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 18 L 0.002 0.008 0.021 0.732 0.154 0.069 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 19 S 0.001 0.051 0.006 0.321 0.238 0.307 0.005 0.036 0.002 0.003 0.017 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 20 R 0.003 0.125 0.005 0.066 0.177 0.165 0.039 0.090 0.017 0.034 0.221 0.028 0.007 0.017 0.003 0.004 21 D 0.020 0.306 0.027 0.066 0.001 0.025 0.003 0.157 0.067 0.013 0.062 0.085 0.011 0.001 0.141 0.014 22 R 0.090 0.065 0.216 0.104 0.001 0.006 0.002 0.002 0.143 0.042 0.014 0.035 0.014 0.001 0.006 0.262 23 V 0.479 0.015 0.212 0.082 0.001 0.127 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.038 0.029 0.001 0.001 0.005 24 I 0.005 0.010 0.054 0.035 0.006 0.501 0.003 0.002 0.001 0.001 0.313 0.012 0.057 0.002 0.001 0.001 25 E 0.001 0.205 0.009 0.096 0.002 0.016 0.003 0.005 0.001 0.001 0.081 0.482 0.094 0.001 0.002 0.001 26 D 0.002 0.020 0.017 0.145 0.002 0.044 0.004 0.003 0.013 0.003 0.014 0.071 0.613 0.001 0.004 0.043 27 C 0.014 0.034 0.246 0.065 0.002 0.012 0.019 0.002 0.001 0.001 0.020 0.028 0.504 0.005 0.003 0.044 28 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.756 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.213 0.001 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.002 0.053 0.001 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.046 0.001 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.001 0.002 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.988 0.001 36 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.989 37 C 0.989 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 39 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.005 0.001 0.001 0.001 41 D 0.002 0.001 0.025 0.004 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.857 0.005 0.008 0.074 42 L 0.004 0.001 0.069 0.001 0.022 0.004 0.410 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.102 0.358 0.002 0.019 43 I 0.003 0.022 0.049 0.008 0.001 0.002 0.010 0.275 0.001 0.001 0.005 0.005 0.071 0.002 0.538 0.008 44 G 0.005 0.006 0.017 0.016 0.001 0.012 0.007 0.001 0.193 0.078 0.003 0.003 0.056 0.003 0.002 0.598 45 R 0.785 0.026 0.066 0.046 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.018 0.007 0.034 0.001 0.003 0.005 46 S 0.001 0.006 0.016 0.005 0.001 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.028 0.001 0.001 0.001 47 F 0.001 0.005 0.003 0.006 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.844 0.013 0.082 0.001 0.001 0.001 48 E 0.001 0.026 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.892 0.061 0.001 0.001 0.001 49 V 0.003 0.002 0.024 0.022 0.001 0.006 0.031 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.770 0.060 0.014 0.051 50 L 0.006 0.014 0.552 0.034 0.001 0.002 0.051 0.004 0.001 0.001 0.004 0.005 0.163 0.012 0.079 0.072 51 Y 0.028 0.017 0.286 0.071 0.004 0.071 0.054 0.003 0.006 0.008 0.004 0.006 0.211 0.006 0.012 0.214 52 P 0.104 0.135 0.305 0.286 0.003 0.011 0.011 0.008 0.001 0.002 0.030 0.005 0.048 0.006 0.004 0.041 53 S 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.013 0.001 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 55 D 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.005 0.001 0.001 0.001 56 E 0.001 0.002 0.019 0.002 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.901 0.002 0.007 0.017 57 F 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 0.015 0.920 0.001 0.002 0.004 58 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.033 0.934 0.001 0.001 0.002 59 R 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.883 0.039 0.001 0.010 60 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.955 0.001 0.017 0.001 61 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.972 0.001 0.001 0.007 62 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.963 0.001 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.965 0.002 0.001 0.004 64 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 65 S 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.979 0.001 0.001 0.002 66 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.960 0.005 0.001 0.006 68 M 0.001 0.002 0.011 0.005 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.925 0.010 0.009 0.007 69 I 0.002 0.008 0.035 0.010 0.013 0.006 0.067 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.495 0.259 0.028 0.064 70 A 0.006 0.008 0.025 0.009 0.019 0.009 0.205 0.015 0.002 0.002 0.012 0.003 0.157 0.337 0.144 0.047 71 H 0.014 0.075 0.102 0.019 0.001 0.003 0.014 0.044 0.014 0.004 0.011 0.008 0.092 0.005 0.423 0.171 72 G 0.261 0.022 0.107 0.050 0.003 0.023 0.020 0.002 0.062 0.041 0.011 0.021 0.060 0.006 0.006 0.305 73 S 0.446 0.069 0.275 0.079 0.004 0.040 0.008 0.004 0.002 0.001 0.020 0.014 0.025 0.001 0.004 0.009 74 Y 0.013 0.094 0.220 0.240 0.028 0.250 0.017 0.010 0.004 0.004 0.042 0.039 0.024 0.004 0.003 0.008 75 A 0.013 0.236 0.089 0.322 0.009 0.149 0.006 0.035 0.007 0.003 0.049 0.043 0.026 0.001 0.007 0.004 76 D 0.012 0.142 0.110 0.403 0.002 0.098 0.002 0.018 0.028 0.007 0.080 0.043 0.036 0.001 0.003 0.014 77 D 0.045 0.092 0.284 0.469 0.001 0.019 0.001 0.002 0.006 0.001 0.017 0.030 0.022 0.001 0.002 0.009 78 R 0.013 0.011 0.307 0.609 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.017 0.001 0.001 0.003 79 I 0.002 0.025 0.157 0.767 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.013 0.001 0.001 0.002 80 M 0.001 0.014 0.023 0.909 0.011 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 81 K 0.002 0.031 0.039 0.827 0.033 0.042 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 82 R 0.002 0.005 0.005 0.041 0.762 0.151 0.011 0.004 0.001 0.003 0.006 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 83 A 0.001 0.024 0.003 0.010 0.464 0.013 0.042 0.206 0.001 0.002 0.127 0.003 0.002 0.097 0.007 0.001 84 G 0.001 0.021 0.002 0.009 0.001 0.004 0.001 0.532 0.048 0.015 0.004 0.013 0.001 0.001 0.347 0.004 85 G 0.044 0.009 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.540 0.037 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.345 86 E 0.898 0.008 0.071 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.005 0.005 0.844 0.133 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 F 0.001 0.024 0.058 0.909 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 W 0.001 0.002 0.008 0.986 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 C 0.001 0.002 0.026 0.962 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 H 0.001 0.005 0.007 0.959 0.011 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 V 0.001 0.013 0.004 0.786 0.091 0.095 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 T 0.001 0.139 0.011 0.691 0.015 0.060 0.001 0.062 0.003 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 G 0.004 0.049 0.019 0.819 0.007 0.025 0.001 0.008 0.031 0.013 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 95 R 0.073 0.045 0.110 0.642 0.017 0.059 0.005 0.005 0.004 0.005 0.010 0.014 0.006 0.001 0.001 0.003 96 A 0.014 0.058 0.084 0.460 0.056 0.232 0.008 0.010 0.004 0.004 0.037 0.010 0.012 0.003 0.001 0.006 97 L 0.006 0.159 0.036 0.613 0.022 0.041 0.005 0.031 0.004 0.004 0.039 0.023 0.008 0.003 0.003 0.003 98 D 0.003 0.017 0.006 0.028 0.014 0.821 0.004 0.008 0.006 0.011 0.013 0.039 0.024 0.001 0.003 0.002 99 R 0.003 0.020 0.007 0.006 0.007 0.008 0.011 0.006 0.002 0.002 0.886 0.011 0.016 0.010 0.001 0.005 100 T 0.018 0.194 0.043 0.037 0.001 0.009 0.004 0.021 0.017 0.001 0.005 0.428 0.014 0.002 0.197 0.009 101 A 0.027 0.013 0.349 0.035 0.001 0.006 0.007 0.001 0.024 0.008 0.005 0.003 0.053 0.001 0.008 0.459 102 P 0.282 0.034 0.261 0.068 0.006 0.195 0.010 0.002 0.002 0.003 0.025 0.025 0.072 0.001 0.001 0.013 103 L 0.012 0.042 0.073 0.048 0.016 0.519 0.007 0.008 0.002 0.001 0.173 0.025 0.069 0.002 0.001 0.002 104 A 0.002 0.592 0.025 0.134 0.003 0.016 0.004 0.005 0.005 0.001 0.015 0.163 0.029 0.001 0.003 0.002 105 A 0.006 0.018 0.130 0.683 0.001 0.011 0.001 0.015 0.010 0.001 0.016 0.012 0.073 0.001 0.007 0.016 106 G 0.016 0.009 0.552 0.335 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.048 0.001 0.001 0.008 107 V 0.005 0.022 0.068 0.879 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 108 W 0.001 0.005 0.021 0.941 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 109 T 0.001 0.026 0.013 0.795 0.010 0.134 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 110 F 0.001 0.017 0.005 0.464 0.188 0.145 0.002 0.004 0.001 0.001 0.148 0.003 0.012 0.009 0.001 0.001 111 E 0.002 0.215 0.028 0.470 0.004 0.011 0.001 0.157 0.002 0.001 0.010 0.043 0.025 0.001 0.030 0.002 112 D 0.003 0.020 0.010 0.161 0.005 0.471 0.003 0.004 0.044 0.063 0.009 0.014 0.131 0.001 0.002 0.059 113 L 0.095 0.053 0.065 0.094 0.005 0.073 0.007 0.007 0.001 0.001 0.420 0.021 0.150 0.002 0.002 0.005 114 S 0.004 0.069 0.045 0.087 0.003 0.159 0.002 0.009 0.002 0.002 0.041 0.448 0.119 0.002 0.006 0.003 115 A 0.011 0.032 0.035 0.103 0.010 0.054 0.013 0.005 0.009 0.003 0.144 0.034 0.453 0.035 0.005 0.056 116 T 0.010 0.128 0.087 0.096 0.003 0.031 0.027 0.006 0.003 0.001 0.021 0.133 0.405 0.009 0.027 0.014 117 R 0.007 0.027 0.211 0.090 0.004 0.030 0.033 0.008 0.005 0.002 0.022 0.015 0.431 0.010 0.021 0.085 118 R 0.043 0.048 0.216 0.225 0.005 0.028 0.013 0.006 0.005 0.003 0.023 0.022 0.297 0.005 0.010 0.051 119 V 0.028 0.022 0.101 0.117 0.124 0.131 0.108 0.004 0.004 0.006 0.027 0.027 0.199 0.076 0.004 0.024 120 A 0.012 0.112 0.087 0.147 0.040 0.073 0.040 0.126 0.003 0.002 0.095 0.028 0.133 0.023 0.070 0.011