# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26209 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.187 0.228 0.002 0.009 0.005 0.006 0.071 0.021 0.001 0.106 0.364 2 A 0.074 0.460 0.001 0.005 0.002 0.004 0.044 0.005 0.001 0.044 0.361 3 I 0.007 0.037 0.001 0.003 0.003 0.004 0.025 0.001 0.001 0.848 0.071 4 D 0.005 0.652 0.001 0.005 0.005 0.006 0.036 0.002 0.001 0.205 0.083 5 Y 0.032 0.908 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.014 0.001 0.006 0.028 6 K 0.022 0.839 0.002 0.010 0.003 0.011 0.016 0.003 0.001 0.018 0.077 7 T 0.046 0.744 0.012 0.012 0.007 0.021 0.023 0.006 0.004 0.033 0.093 8 A 0.381 0.216 0.029 0.019 0.012 0.016 0.061 0.027 0.006 0.067 0.165 9 F 0.284 0.028 0.025 0.031 0.019 0.025 0.113 0.006 0.008 0.158 0.304 10 H 0.035 0.017 0.003 0.028 0.013 0.036 0.128 0.001 0.001 0.024 0.716 11 L 0.023 0.016 0.003 0.020 0.007 0.014 0.124 0.002 0.001 0.024 0.765 12 A 0.191 0.014 0.006 0.018 0.031 0.028 0.232 0.007 0.001 0.057 0.414 13 P 0.017 0.015 0.001 0.065 0.022 0.091 0.147 0.005 0.001 0.059 0.576 14 I 0.012 0.011 0.001 0.099 0.056 0.152 0.097 0.002 0.001 0.081 0.488 15 G 0.003 0.004 0.001 0.257 0.119 0.387 0.032 0.001 0.001 0.078 0.118 16 L 0.004 0.002 0.001 0.256 0.209 0.237 0.030 0.001 0.001 0.077 0.183 17 V 0.001 0.001 0.001 0.348 0.276 0.265 0.012 0.001 0.001 0.025 0.069 18 L 0.006 0.003 0.002 0.186 0.202 0.326 0.039 0.001 0.001 0.055 0.180 19 S 0.158 0.009 0.003 0.110 0.085 0.124 0.076 0.007 0.002 0.128 0.299 20 R 0.098 0.012 0.001 0.030 0.029 0.048 0.117 0.005 0.001 0.054 0.605 21 D 0.012 0.015 0.001 0.021 0.011 0.044 0.129 0.002 0.001 0.026 0.741 22 R 0.011 0.042 0.002 0.057 0.133 0.155 0.097 0.002 0.001 0.061 0.440 23 V 0.020 0.124 0.002 0.059 0.141 0.145 0.064 0.003 0.001 0.140 0.300 24 I 0.045 0.235 0.004 0.040 0.063 0.076 0.053 0.012 0.001 0.200 0.271 25 E 0.039 0.201 0.005 0.045 0.072 0.066 0.049 0.008 0.001 0.191 0.324 26 D 0.017 0.243 0.007 0.026 0.049 0.075 0.072 0.004 0.001 0.088 0.419 27 C 0.007 0.287 0.008 0.012 0.020 0.012 0.050 0.004 0.001 0.265 0.335 28 N 0.020 0.845 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.001 0.099 0.009 29 D 0.023 0.855 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.001 0.075 0.021 30 E 0.010 0.917 0.011 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.019 0.032 31 L 0.054 0.797 0.015 0.003 0.001 0.005 0.015 0.028 0.003 0.046 0.034 32 A 0.069 0.280 0.171 0.008 0.004 0.006 0.049 0.027 0.081 0.225 0.079 33 A 0.329 0.165 0.007 0.011 0.006 0.012 0.052 0.011 0.004 0.044 0.361 34 I 0.034 0.070 0.003 0.014 0.003 0.007 0.080 0.004 0.001 0.025 0.759 35 F 0.060 0.046 0.010 0.081 0.024 0.045 0.161 0.005 0.001 0.051 0.517 36 R 0.022 0.041 0.002 0.017 0.009 0.026 0.115 0.002 0.001 0.026 0.739 37 C 0.018 0.055 0.003 0.017 0.022 0.010 0.084 0.003 0.001 0.013 0.775 38 A 0.241 0.574 0.003 0.010 0.005 0.005 0.018 0.032 0.001 0.017 0.095 39 R 0.293 0.472 0.001 0.004 0.001 0.002 0.029 0.019 0.001 0.020 0.158 40 A 0.087 0.273 0.054 0.018 0.009 0.011 0.041 0.010 0.010 0.056 0.431 41 D 0.427 0.106 0.003 0.017 0.010 0.019 0.053 0.011 0.001 0.035 0.317 42 L 0.197 0.043 0.006 0.018 0.012 0.016 0.086 0.007 0.002 0.112 0.501 43 I 0.026 0.032 0.002 0.035 0.017 0.025 0.105 0.002 0.001 0.034 0.721 44 G 0.025 0.056 0.001 0.014 0.007 0.020 0.078 0.003 0.001 0.023 0.773 45 R 0.077 0.082 0.007 0.022 0.087 0.039 0.133 0.009 0.001 0.033 0.509 46 S 0.154 0.171 0.009 0.043 0.021 0.038 0.085 0.022 0.003 0.051 0.403 47 F 0.292 0.072 0.005 0.020 0.015 0.028 0.081 0.026 0.002 0.049 0.409 48 E 0.112 0.032 0.005 0.057 0.030 0.055 0.101 0.007 0.002 0.076 0.523 49 V 0.039 0.011 0.002 0.049 0.027 0.066 0.118 0.003 0.001 0.061 0.622 50 L 0.023 0.005 0.001 0.075 0.032 0.053 0.122 0.002 0.001 0.062 0.624 51 Y 0.013 0.007 0.001 0.051 0.053 0.073 0.172 0.001 0.001 0.037 0.590 52 P 0.010 0.021 0.001 0.029 0.019 0.026 0.114 0.002 0.001 0.014 0.765 53 S 0.378 0.257 0.002 0.008 0.007 0.007 0.051 0.022 0.001 0.038 0.229 54 S 0.163 0.400 0.001 0.006 0.003 0.005 0.064 0.012 0.001 0.027 0.317 55 D 0.035 0.439 0.003 0.006 0.005 0.007 0.057 0.003 0.001 0.030 0.414 56 E 0.053 0.725 0.002 0.006 0.007 0.007 0.021 0.007 0.001 0.025 0.147 57 F 0.084 0.762 0.002 0.003 0.003 0.003 0.018 0.012 0.001 0.033 0.080 58 E 0.040 0.774 0.004 0.006 0.006 0.006 0.019 0.004 0.001 0.029 0.111 59 R 0.039 0.699 0.008 0.006 0.004 0.005 0.025 0.004 0.001 0.052 0.159 60 I 0.069 0.717 0.012 0.004 0.003 0.004 0.022 0.027 0.001 0.059 0.081 61 G 0.118 0.529 0.004 0.005 0.003 0.005 0.030 0.011 0.001 0.137 0.157 62 E 0.021 0.205 0.006 0.006 0.007 0.009 0.048 0.002 0.001 0.409 0.287 63 R 0.013 0.547 0.006 0.008 0.006 0.006 0.059 0.007 0.001 0.118 0.231 64 I 0.032 0.868 0.002 0.001 0.002 0.002 0.010 0.021 0.001 0.017 0.046 65 S 0.027 0.871 0.003 0.002 0.003 0.003 0.011 0.006 0.001 0.014 0.060 66 P 0.056 0.675 0.007 0.007 0.005 0.010 0.031 0.006 0.003 0.064 0.136 67 V 0.090 0.139 0.203 0.021 0.012 0.026 0.064 0.028 0.079 0.177 0.161 68 M 0.455 0.036 0.016 0.019 0.012 0.024 0.076 0.013 0.011 0.064 0.275 69 I 0.240 0.009 0.002 0.012 0.006 0.009 0.059 0.003 0.001 0.028 0.632 70 A 0.008 0.005 0.001 0.016 0.004 0.008 0.098 0.001 0.001 0.008 0.852 71 H 0.023 0.011 0.001 0.009 0.005 0.012 0.112 0.002 0.001 0.025 0.800 72 G 0.047 0.023 0.002 0.011 0.073 0.038 0.129 0.004 0.001 0.040 0.634 73 S 0.045 0.041 0.001 0.045 0.031 0.048 0.108 0.003 0.001 0.038 0.640 74 Y 0.054 0.052 0.003 0.029 0.083 0.118 0.089 0.005 0.001 0.045 0.522 75 A 0.050 0.059 0.003 0.034 0.062 0.100 0.109 0.005 0.001 0.044 0.535 76 D 0.023 0.071 0.002 0.026 0.126 0.397 0.059 0.007 0.001 0.035 0.252 77 D 0.020 0.048 0.002 0.012 0.166 0.406 0.043 0.004 0.001 0.034 0.264 78 R 0.010 0.018 0.001 0.014 0.255 0.544 0.019 0.002 0.001 0.021 0.116 79 I 0.020 0.008 0.001 0.014 0.263 0.362 0.035 0.002 0.001 0.041 0.254 80 M 0.002 0.001 0.002 0.016 0.396 0.457 0.016 0.001 0.001 0.021 0.087 81 K 0.021 0.002 0.002 0.013 0.199 0.373 0.041 0.001 0.003 0.049 0.297 82 R 0.313 0.002 0.001 0.010 0.082 0.094 0.040 0.005 0.001 0.064 0.387 83 A 0.264 0.001 0.001 0.003 0.020 0.018 0.049 0.002 0.001 0.022 0.620 84 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.062 0.001 0.001 0.003 0.906 85 G 0.005 0.002 0.001 0.006 0.098 0.132 0.109 0.001 0.001 0.011 0.636 86 E 0.001 0.001 0.001 0.008 0.365 0.556 0.012 0.001 0.001 0.007 0.051 87 L 0.002 0.001 0.001 0.012 0.225 0.435 0.025 0.001 0.001 0.021 0.279 88 F 0.001 0.001 0.001 0.012 0.513 0.425 0.005 0.001 0.001 0.007 0.037 89 W 0.001 0.001 0.001 0.026 0.370 0.490 0.008 0.001 0.001 0.032 0.072 90 C 0.001 0.001 0.001 0.019 0.516 0.421 0.004 0.001 0.001 0.013 0.026 91 H 0.002 0.001 0.001 0.036 0.460 0.410 0.006 0.001 0.001 0.027 0.057 92 V 0.003 0.001 0.001 0.027 0.589 0.301 0.007 0.001 0.001 0.017 0.054 93 T 0.011 0.003 0.001 0.069 0.359 0.319 0.028 0.002 0.001 0.034 0.175 94 G 0.019 0.005 0.002 0.051 0.157 0.253 0.078 0.004 0.001 0.052 0.378 95 R 0.026 0.003 0.001 0.066 0.118 0.148 0.092 0.003 0.001 0.065 0.477 96 A 0.057 0.003 0.002 0.025 0.046 0.074 0.118 0.002 0.001 0.123 0.550 97 L 0.014 0.003 0.001 0.028 0.019 0.029 0.136 0.002 0.001 0.039 0.728 98 D 0.439 0.006 0.001 0.009 0.008 0.012 0.076 0.004 0.001 0.058 0.386 99 R 0.030 0.007 0.001 0.008 0.009 0.012 0.115 0.002 0.001 0.029 0.787 100 T 0.024 0.020 0.001 0.008 0.007 0.015 0.105 0.002 0.001 0.020 0.797 101 A 0.055 0.040 0.003 0.023 0.114 0.088 0.131 0.004 0.001 0.068 0.474 102 P 0.044 0.037 0.004 0.035 0.070 0.091 0.147 0.004 0.001 0.071 0.495 103 L 0.038 0.023 0.002 0.049 0.082 0.196 0.113 0.004 0.001 0.064 0.427 104 A 0.012 0.017 0.002 0.088 0.133 0.258 0.093 0.003 0.001 0.066 0.327 105 A 0.006 0.013 0.001 0.113 0.127 0.313 0.061 0.001 0.001 0.139 0.225 106 G 0.004 0.012 0.001 0.157 0.184 0.374 0.037 0.001 0.001 0.093 0.137 107 V 0.008 0.016 0.001 0.190 0.266 0.246 0.032 0.002 0.001 0.073 0.166 108 W 0.006 0.025 0.003 0.193 0.299 0.244 0.027 0.002 0.001 0.056 0.145 109 T 0.023 0.145 0.006 0.222 0.105 0.121 0.047 0.008 0.001 0.124 0.199 110 F 0.044 0.169 0.006 0.053 0.035 0.045 0.048 0.016 0.001 0.425 0.158 111 E 0.027 0.262 0.005 0.040 0.026 0.028 0.062 0.005 0.001 0.328 0.217 112 D 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.955 0.020 113 L 0.009 0.351 0.003 0.005 0.005 0.005 0.057 0.010 0.001 0.453 0.101 114 S 0.047 0.787 0.002 0.001 0.003 0.002 0.011 0.016 0.001 0.069 0.061 115 A 0.028 0.822 0.006 0.002 0.002 0.004 0.013 0.006 0.002 0.024 0.092 116 T 0.071 0.759 0.014 0.002 0.003 0.003 0.017 0.024 0.005 0.011 0.091 117 R 0.299 0.090 0.140 0.019 0.005 0.013 0.050 0.012 0.042 0.103 0.226 118 R 0.291 0.027 0.006 0.012 0.005 0.009 0.124 0.004 0.003 0.054 0.464 119 V 0.026 0.011 0.002 0.013 0.002 0.005 0.084 0.002 0.001 0.010 0.845 120 A 0.077 0.012 0.007 0.015 0.009 0.008 0.156 0.002 0.001 0.020 0.694