# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26209 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.095 0.142 0.011 0.016 0.020 0.069 0.063 0.583 2 A 0.137 0.264 0.007 0.006 0.011 0.070 0.047 0.458 3 I 0.034 0.128 0.013 0.015 0.015 0.080 0.355 0.359 4 D 0.021 0.627 0.005 0.006 0.008 0.039 0.121 0.172 5 Y 0.044 0.819 0.004 0.003 0.005 0.017 0.046 0.063 6 K 0.040 0.599 0.020 0.023 0.026 0.034 0.121 0.136 7 T 0.067 0.369 0.050 0.026 0.051 0.049 0.197 0.193 8 A 0.212 0.196 0.058 0.026 0.037 0.083 0.142 0.246 9 F 0.187 0.036 0.066 0.045 0.044 0.085 0.154 0.383 10 H 0.018 0.014 0.021 0.013 0.026 0.107 0.060 0.741 11 L 0.011 0.008 0.033 0.007 0.016 0.140 0.047 0.737 12 A 0.187 0.026 0.057 0.031 0.026 0.177 0.087 0.407 13 P 0.062 0.019 0.031 0.012 0.023 0.133 0.061 0.660 14 I 0.006 0.010 0.129 0.024 0.103 0.145 0.061 0.523 15 G 0.003 0.003 0.368 0.106 0.246 0.043 0.123 0.107 16 L 0.004 0.002 0.254 0.277 0.215 0.028 0.081 0.140 17 V 0.003 0.001 0.432 0.224 0.220 0.017 0.030 0.074 18 L 0.007 0.001 0.329 0.130 0.279 0.045 0.056 0.151 19 S 0.103 0.002 0.171 0.080 0.106 0.104 0.069 0.365 20 R 0.096 0.005 0.029 0.029 0.053 0.110 0.025 0.652 21 D 0.007 0.006 0.032 0.011 0.060 0.154 0.017 0.713 22 R 0.003 0.007 0.175 0.108 0.307 0.086 0.078 0.236 23 V 0.010 0.020 0.122 0.280 0.196 0.045 0.113 0.215 24 I 0.015 0.038 0.166 0.206 0.135 0.030 0.218 0.193 25 E 0.022 0.155 0.194 0.113 0.158 0.046 0.091 0.220 26 D 0.023 0.278 0.128 0.100 0.113 0.053 0.109 0.197 27 C 0.011 0.655 0.042 0.015 0.019 0.025 0.101 0.130 28 N 0.025 0.884 0.004 0.003 0.004 0.005 0.064 0.012 29 D 0.013 0.908 0.005 0.003 0.002 0.007 0.042 0.020 30 E 0.017 0.940 0.003 0.001 0.002 0.004 0.014 0.018 31 L 0.131 0.625 0.022 0.004 0.005 0.016 0.146 0.051 32 A 0.098 0.302 0.036 0.015 0.015 0.045 0.260 0.230 33 A 0.369 0.107 0.016 0.007 0.009 0.050 0.041 0.402 34 I 0.126 0.029 0.018 0.010 0.011 0.110 0.037 0.659 35 F 0.029 0.038 0.022 0.010 0.024 0.126 0.019 0.733 36 R 0.017 0.025 0.012 0.007 0.017 0.110 0.017 0.795 37 C 0.017 0.041 0.031 0.024 0.012 0.149 0.037 0.689 38 A 0.255 0.478 0.013 0.007 0.006 0.029 0.058 0.154 39 R 0.414 0.384 0.007 0.002 0.002 0.027 0.031 0.133 40 A 0.055 0.140 0.066 0.015 0.017 0.062 0.152 0.494 41 D 0.165 0.073 0.026 0.016 0.025 0.092 0.052 0.552 42 L 0.223 0.017 0.026 0.020 0.026 0.133 0.089 0.465 43 I 0.022 0.020 0.019 0.013 0.031 0.148 0.035 0.712 44 G 0.022 0.015 0.012 0.008 0.025 0.083 0.023 0.812 45 R 0.030 0.022 0.031 0.047 0.027 0.146 0.043 0.654 46 S 0.171 0.091 0.062 0.036 0.050 0.102 0.109 0.381 47 F 0.214 0.027 0.046 0.027 0.048 0.098 0.119 0.422 48 E 0.058 0.009 0.064 0.067 0.086 0.089 0.060 0.567 49 V 0.013 0.002 0.046 0.044 0.102 0.084 0.042 0.666 50 L 0.011 0.003 0.055 0.053 0.097 0.160 0.040 0.580 51 Y 0.018 0.006 0.065 0.077 0.104 0.171 0.031 0.529 52 P 0.020 0.010 0.015 0.013 0.013 0.106 0.014 0.808 53 S 0.328 0.341 0.007 0.006 0.006 0.050 0.051 0.212 54 S 0.206 0.534 0.004 0.002 0.002 0.040 0.022 0.191 55 D 0.046 0.565 0.007 0.004 0.005 0.043 0.048 0.283 56 E 0.036 0.878 0.002 0.001 0.001 0.009 0.028 0.044 57 F 0.031 0.851 0.003 0.002 0.002 0.010 0.064 0.036 58 E 0.020 0.869 0.005 0.003 0.004 0.011 0.028 0.060 59 R 0.070 0.607 0.017 0.005 0.007 0.028 0.140 0.127 60 I 0.068 0.572 0.012 0.005 0.006 0.032 0.188 0.118 61 G 0.117 0.420 0.010 0.004 0.007 0.026 0.226 0.191 62 E 0.029 0.244 0.008 0.007 0.007 0.072 0.178 0.455 63 R 0.015 0.470 0.011 0.007 0.009 0.073 0.076 0.340 64 I 0.032 0.755 0.005 0.003 0.004 0.031 0.031 0.138 65 S 0.060 0.813 0.011 0.004 0.004 0.017 0.030 0.061 66 P 0.087 0.652 0.029 0.008 0.010 0.029 0.060 0.126 67 V 0.111 0.201 0.130 0.024 0.031 0.065 0.244 0.195 68 M 0.231 0.058 0.091 0.026 0.033 0.078 0.136 0.347 69 I 0.137 0.013 0.024 0.014 0.016 0.082 0.060 0.654 70 A 0.010 0.006 0.010 0.005 0.011 0.086 0.021 0.852 71 H 0.031 0.013 0.015 0.010 0.021 0.128 0.023 0.760 72 G 0.083 0.025 0.016 0.036 0.038 0.133 0.038 0.632 73 S 0.040 0.054 0.019 0.024 0.033 0.114 0.038 0.679 74 Y 0.062 0.153 0.029 0.043 0.067 0.104 0.063 0.478 75 A 0.070 0.256 0.026 0.051 0.070 0.070 0.067 0.389 76 D 0.043 0.435 0.019 0.068 0.109 0.035 0.060 0.233 77 D 0.036 0.322 0.023 0.089 0.205 0.046 0.038 0.241 78 R 0.016 0.114 0.029 0.286 0.347 0.028 0.046 0.134 79 I 0.023 0.057 0.020 0.322 0.326 0.039 0.042 0.172 80 M 0.013 0.008 0.031 0.336 0.369 0.031 0.093 0.119 81 K 0.051 0.004 0.020 0.182 0.219 0.059 0.071 0.395 82 R 0.794 0.001 0.003 0.013 0.017 0.016 0.030 0.126 83 A 0.135 0.001 0.002 0.009 0.012 0.053 0.007 0.782 84 G 0.007 0.001 0.003 0.004 0.036 0.070 0.003 0.876 85 G 0.005 0.001 0.015 0.041 0.130 0.093 0.015 0.701 86 E 0.003 0.002 0.034 0.444 0.349 0.032 0.019 0.118 87 L 0.002 0.002 0.089 0.202 0.249 0.025 0.024 0.408 88 F 0.002 0.001 0.083 0.485 0.359 0.009 0.016 0.046 89 W 0.002 0.001 0.158 0.269 0.390 0.011 0.071 0.097 90 C 0.001 0.003 0.110 0.363 0.441 0.010 0.034 0.039 91 H 0.006 0.003 0.108 0.273 0.526 0.009 0.026 0.049 92 V 0.011 0.003 0.058 0.401 0.366 0.022 0.029 0.110 93 T 0.013 0.006 0.085 0.202 0.415 0.041 0.026 0.213 94 G 0.011 0.003 0.048 0.150 0.307 0.064 0.025 0.392 95 R 0.046 0.007 0.050 0.207 0.183 0.094 0.044 0.369 96 A 0.024 0.004 0.047 0.118 0.128 0.087 0.090 0.502 97 L 0.044 0.003 0.022 0.041 0.059 0.091 0.040 0.700 98 D 0.501 0.007 0.013 0.027 0.025 0.054 0.084 0.290 99 R 0.031 0.006 0.006 0.011 0.017 0.101 0.015 0.814 100 T 0.018 0.010 0.007 0.007 0.028 0.070 0.013 0.848 101 A 0.055 0.053 0.022 0.064 0.083 0.153 0.088 0.481 102 P 0.038 0.093 0.044 0.077 0.125 0.115 0.099 0.408 103 L 0.043 0.163 0.040 0.106 0.173 0.062 0.111 0.302 104 A 0.007 0.065 0.083 0.129 0.287 0.068 0.134 0.227 105 A 0.002 0.033 0.104 0.166 0.397 0.030 0.195 0.072 106 G 0.003 0.077 0.124 0.228 0.354 0.020 0.143 0.052 107 V 0.007 0.105 0.172 0.249 0.328 0.019 0.065 0.055 108 W 0.004 0.062 0.243 0.237 0.332 0.016 0.065 0.039 109 T 0.030 0.239 0.141 0.138 0.249 0.035 0.089 0.078 110 F 0.052 0.143 0.120 0.100 0.128 0.041 0.279 0.137 111 E 0.035 0.250 0.047 0.054 0.080 0.097 0.177 0.261 112 D 0.031 0.217 0.028 0.020 0.034 0.087 0.276 0.308 113 L 0.029 0.563 0.020 0.016 0.017 0.053 0.102 0.200 114 S 0.102 0.700 0.008 0.007 0.011 0.025 0.041 0.105 115 A 0.082 0.491 0.024 0.020 0.018 0.044 0.081 0.241 116 T 0.128 0.456 0.012 0.020 0.035 0.042 0.086 0.220 117 R 0.234 0.090 0.026 0.019 0.025 0.066 0.157 0.383 118 R 0.034 0.061 0.021 0.070 0.075 0.108 0.073 0.558 119 V 0.024 0.019 0.019 0.015 0.040 0.078 0.043 0.762 120 A 0.054 0.024 0.029 0.070 0.070 0.151 0.071 0.532