# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26184 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.154 0.377 0.054 0.109 0.086 0.066 0.078 0.039 0.020 0.011 0.005 2 A 0.570 0.172 0.043 0.097 0.052 0.029 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 3 I 0.747 0.088 0.047 0.055 0.025 0.016 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 4 D 0.049 0.168 0.068 0.267 0.218 0.108 0.077 0.024 0.013 0.006 0.002 5 Y 0.001 0.001 0.005 0.009 0.016 0.037 0.124 0.181 0.251 0.184 0.191 6 K 0.015 0.029 0.290 0.284 0.223 0.086 0.048 0.012 0.007 0.005 0.001 7 T 0.002 0.022 0.194 0.215 0.239 0.148 0.123 0.034 0.016 0.005 0.002 8 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.011 0.064 0.097 0.223 0.248 0.343 9 F 0.003 0.004 0.019 0.025 0.032 0.092 0.241 0.159 0.189 0.127 0.109 10 H 0.015 0.041 0.438 0.249 0.137 0.050 0.033 0.018 0.010 0.006 0.002 11 L 0.010 0.013 0.031 0.051 0.064 0.164 0.323 0.158 0.095 0.053 0.037 12 A 0.006 0.004 0.008 0.011 0.011 0.020 0.069 0.125 0.225 0.275 0.245 13 P 0.049 0.082 0.060 0.126 0.130 0.175 0.173 0.075 0.062 0.040 0.025 14 I 0.010 0.022 0.050 0.066 0.091 0.119 0.171 0.152 0.151 0.100 0.067 15 G 0.004 0.005 0.008 0.013 0.019 0.033 0.106 0.175 0.218 0.226 0.192 16 L 0.001 0.002 0.004 0.007 0.007 0.014 0.050 0.095 0.195 0.274 0.350 17 V 0.001 0.003 0.006 0.008 0.009 0.019 0.055 0.126 0.214 0.231 0.328 18 L 0.004 0.007 0.017 0.036 0.043 0.072 0.171 0.166 0.172 0.160 0.151 19 S 0.009 0.012 0.014 0.036 0.039 0.071 0.165 0.172 0.181 0.164 0.137 20 R 0.071 0.121 0.042 0.158 0.149 0.136 0.127 0.082 0.054 0.037 0.024 21 D 0.328 0.159 0.040 0.144 0.123 0.074 0.059 0.034 0.019 0.013 0.007 22 R 0.296 0.138 0.050 0.125 0.108 0.076 0.071 0.047 0.037 0.034 0.019 23 V 0.049 0.127 0.048 0.198 0.166 0.129 0.118 0.062 0.052 0.035 0.017 24 I 0.005 0.005 0.008 0.014 0.019 0.036 0.098 0.146 0.223 0.235 0.212 25 E 0.042 0.058 0.091 0.217 0.205 0.168 0.117 0.044 0.029 0.022 0.008 26 D 0.025 0.065 0.135 0.232 0.195 0.110 0.107 0.063 0.036 0.023 0.010 27 C 0.001 0.003 0.006 0.006 0.007 0.016 0.070 0.145 0.234 0.288 0.224 28 N 0.002 0.005 0.016 0.028 0.038 0.109 0.277 0.208 0.156 0.106 0.055 29 D 0.160 0.066 0.519 0.164 0.035 0.026 0.013 0.007 0.004 0.004 0.001 30 E 0.010 0.017 0.057 0.170 0.173 0.302 0.211 0.034 0.017 0.007 0.002 31 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.005 0.029 0.073 0.221 0.290 0.371 32 A 0.002 0.007 0.052 0.072 0.128 0.242 0.247 0.102 0.073 0.051 0.022 33 A 0.002 0.014 0.637 0.156 0.113 0.033 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 34 I 0.002 0.006 0.022 0.019 0.024 0.077 0.274 0.210 0.187 0.116 0.064 35 F 0.009 0.008 0.018 0.018 0.020 0.046 0.169 0.171 0.232 0.202 0.108 36 R 0.076 0.090 0.269 0.212 0.128 0.077 0.070 0.035 0.021 0.016 0.006 37 C 0.017 0.025 0.056 0.072 0.090 0.161 0.223 0.148 0.099 0.066 0.043 38 A 0.193 0.384 0.101 0.120 0.067 0.032 0.042 0.021 0.019 0.016 0.006 39 R 0.151 0.163 0.042 0.132 0.144 0.130 0.130 0.062 0.026 0.012 0.008 40 A 0.663 0.118 0.099 0.070 0.026 0.010 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 41 D 0.105 0.095 0.066 0.266 0.219 0.125 0.082 0.025 0.011 0.004 0.002 42 L 0.006 0.010 0.014 0.017 0.016 0.031 0.092 0.119 0.223 0.236 0.236 43 I 0.022 0.054 0.058 0.156 0.186 0.194 0.189 0.069 0.040 0.020 0.011 44 G 0.176 0.154 0.296 0.156 0.078 0.041 0.034 0.021 0.020 0.015 0.008 45 R 0.090 0.060 0.049 0.117 0.138 0.159 0.176 0.078 0.064 0.044 0.025 46 S 0.174 0.153 0.052 0.145 0.107 0.087 0.107 0.064 0.055 0.034 0.024 47 F 0.018 0.014 0.016 0.042 0.050 0.071 0.121 0.144 0.183 0.173 0.168 48 E 0.076 0.106 0.110 0.214 0.176 0.106 0.093 0.049 0.035 0.023 0.012 49 V 0.042 0.062 0.058 0.151 0.131 0.113 0.157 0.104 0.093 0.058 0.031 50 L 0.019 0.017 0.015 0.034 0.035 0.058 0.131 0.141 0.206 0.187 0.157 51 Y 0.030 0.035 0.029 0.080 0.079 0.110 0.181 0.147 0.137 0.104 0.068 52 P 0.108 0.141 0.085 0.144 0.109 0.099 0.108 0.076 0.058 0.047 0.025 53 S 0.116 0.163 0.046 0.120 0.129 0.104 0.132 0.072 0.053 0.043 0.022 54 S 0.373 0.185 0.035 0.105 0.097 0.056 0.063 0.040 0.023 0.014 0.008 55 D 0.708 0.143 0.038 0.052 0.027 0.010 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 56 E 0.103 0.262 0.073 0.175 0.116 0.093 0.092 0.038 0.025 0.015 0.006 57 F 0.013 0.020 0.015 0.053 0.090 0.165 0.263 0.199 0.101 0.050 0.030 58 E 0.520 0.090 0.202 0.110 0.029 0.025 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 59 R 0.042 0.064 0.190 0.282 0.170 0.140 0.073 0.022 0.010 0.005 0.002 60 I 0.002 0.005 0.008 0.009 0.011 0.025 0.097 0.177 0.235 0.227 0.204 61 G 0.015 0.029 0.099 0.149 0.203 0.227 0.172 0.054 0.029 0.018 0.006 62 E 0.092 0.051 0.719 0.085 0.026 0.012 0.007 0.003 0.002 0.002 0.001 63 R 0.018 0.035 0.068 0.136 0.154 0.219 0.237 0.071 0.038 0.017 0.007 64 I 0.003 0.004 0.007 0.008 0.009 0.019 0.081 0.148 0.240 0.265 0.216 65 S 0.019 0.041 0.127 0.190 0.203 0.202 0.132 0.047 0.021 0.013 0.004 66 P 0.109 0.093 0.515 0.172 0.054 0.027 0.015 0.006 0.004 0.003 0.001 67 V 0.008 0.010 0.018 0.039 0.051 0.107 0.238 0.174 0.167 0.112 0.076 68 M 0.009 0.014 0.022 0.028 0.031 0.046 0.133 0.156 0.204 0.199 0.157 69 I 0.018 0.060 0.244 0.206 0.190 0.113 0.084 0.040 0.022 0.017 0.007 70 A 0.133 0.138 0.275 0.175 0.111 0.066 0.055 0.023 0.013 0.008 0.003 71 H 0.257 0.126 0.054 0.114 0.101 0.091 0.122 0.059 0.040 0.026 0.011 72 G 0.433 0.151 0.044 0.093 0.070 0.057 0.066 0.038 0.026 0.015 0.008 73 S 0.194 0.152 0.099 0.137 0.105 0.086 0.090 0.050 0.043 0.029 0.015 74 Y 0.072 0.076 0.061 0.116 0.115 0.138 0.173 0.103 0.076 0.045 0.027 75 A 0.258 0.174 0.095 0.134 0.098 0.070 0.071 0.040 0.030 0.020 0.010 76 D 0.108 0.099 0.071 0.143 0.138 0.137 0.133 0.072 0.051 0.031 0.016 77 D 0.084 0.070 0.076 0.148 0.137 0.125 0.136 0.078 0.070 0.050 0.025 78 R 0.026 0.027 0.054 0.114 0.127 0.156 0.198 0.128 0.087 0.056 0.028 79 I 0.023 0.045 0.125 0.197 0.161 0.124 0.143 0.078 0.056 0.034 0.015 80 M 0.004 0.007 0.024 0.026 0.029 0.049 0.142 0.173 0.227 0.181 0.137 81 K 0.017 0.032 0.098 0.168 0.172 0.122 0.171 0.088 0.067 0.047 0.018 82 R 0.026 0.039 0.109 0.147 0.141 0.135 0.173 0.082 0.073 0.051 0.024 83 A 0.117 0.138 0.083 0.147 0.127 0.133 0.130 0.054 0.037 0.021 0.012 84 G 0.574 0.217 0.035 0.071 0.040 0.019 0.021 0.010 0.006 0.004 0.002 85 G 0.401 0.111 0.025 0.079 0.081 0.067 0.079 0.059 0.047 0.029 0.023 86 E 0.183 0.285 0.062 0.195 0.137 0.057 0.041 0.017 0.013 0.007 0.003 87 L 0.048 0.042 0.032 0.105 0.115 0.139 0.177 0.130 0.104 0.062 0.044 88 F 0.007 0.019 0.022 0.067 0.098 0.162 0.206 0.168 0.124 0.079 0.049 89 W 0.005 0.023 0.036 0.096 0.094 0.118 0.165 0.155 0.137 0.103 0.068 90 C 0.001 0.002 0.006 0.007 0.010 0.019 0.065 0.165 0.218 0.274 0.231 91 H 0.014 0.030 0.067 0.166 0.154 0.116 0.132 0.100 0.092 0.084 0.044 92 V 0.003 0.005 0.011 0.015 0.014 0.032 0.079 0.126 0.216 0.263 0.236 93 T 0.036 0.069 0.047 0.195 0.163 0.123 0.142 0.079 0.071 0.049 0.027 94 G 0.052 0.035 0.023 0.061 0.062 0.078 0.140 0.137 0.174 0.140 0.098 95 R 0.110 0.136 0.052 0.211 0.176 0.113 0.089 0.042 0.036 0.023 0.011 96 A 0.072 0.074 0.039 0.106 0.078 0.101 0.154 0.103 0.121 0.091 0.060 97 L 0.023 0.027 0.015 0.053 0.061 0.078 0.153 0.160 0.164 0.143 0.123 98 D 0.112 0.210 0.064 0.161 0.127 0.091 0.094 0.056 0.039 0.028 0.018 99 R 0.305 0.220 0.062 0.131 0.091 0.061 0.053 0.031 0.022 0.015 0.010 100 T 0.563 0.206 0.031 0.092 0.055 0.021 0.016 0.008 0.005 0.003 0.002 101 A 0.183 0.073 0.022 0.093 0.104 0.106 0.139 0.107 0.078 0.052 0.043 102 P 0.211 0.245 0.073 0.207 0.131 0.056 0.039 0.017 0.012 0.007 0.003 103 L 0.034 0.029 0.034 0.079 0.081 0.109 0.173 0.150 0.137 0.096 0.078 104 A 0.036 0.051 0.043 0.125 0.140 0.148 0.175 0.097 0.087 0.060 0.038 105 A 0.024 0.045 0.039 0.104 0.109 0.133 0.182 0.124 0.120 0.073 0.047 106 G 0.014 0.014 0.023 0.037 0.042 0.065 0.141 0.143 0.187 0.185 0.148 107 V 0.006 0.007 0.014 0.022 0.026 0.042 0.102 0.134 0.198 0.221 0.228 108 W 0.007 0.015 0.024 0.048 0.055 0.079 0.159 0.197 0.177 0.138 0.102 109 T 0.004 0.008 0.020 0.025 0.026 0.041 0.110 0.118 0.191 0.254 0.203 110 F 0.005 0.006 0.012 0.023 0.031 0.063 0.135 0.151 0.209 0.189 0.177 111 E 0.059 0.066 0.114 0.170 0.162 0.118 0.115 0.073 0.056 0.046 0.021 112 D 0.013 0.025 0.050 0.069 0.086 0.117 0.202 0.166 0.112 0.103 0.056 113 L 0.007 0.017 0.028 0.027 0.029 0.047 0.125 0.170 0.188 0.216 0.147 114 S 0.063 0.087 0.139 0.155 0.136 0.126 0.132 0.078 0.040 0.033 0.012 115 A 0.365 0.105 0.258 0.134 0.058 0.032 0.023 0.012 0.006 0.005 0.002 116 T 0.108 0.072 0.108 0.173 0.153 0.133 0.137 0.047 0.036 0.024 0.009 117 R 0.030 0.032 0.058 0.065 0.074 0.107 0.210 0.139 0.131 0.096 0.058 118 R 0.086 0.118 0.335 0.151 0.107 0.077 0.070 0.028 0.015 0.010 0.003 119 V 0.091 0.096 0.330 0.150 0.112 0.089 0.073 0.032 0.015 0.008 0.003 120 A 0.404 0.102 0.163 0.106 0.064 0.056 0.054 0.024 0.015 0.009 0.003