# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26209 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.986 2 A 0.010 0.002 0.001 0.010 0.006 0.025 0.097 0.001 0.001 0.001 0.849 3 I 0.089 0.023 0.001 0.017 0.009 0.013 0.199 0.001 0.001 0.011 0.638 4 D 0.071 0.049 0.002 0.009 0.005 0.009 0.174 0.001 0.001 0.004 0.676 5 Y 0.098 0.294 0.005 0.035 0.009 0.033 0.058 0.001 0.001 0.003 0.463 6 K 0.028 0.475 0.002 0.023 0.017 0.024 0.058 0.001 0.001 0.003 0.369 7 T 0.043 0.550 0.003 0.007 0.009 0.011 0.077 0.002 0.001 0.002 0.295 8 A 0.075 0.791 0.002 0.005 0.003 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.104 9 F 0.046 0.849 0.003 0.005 0.004 0.008 0.007 0.005 0.001 0.001 0.073 10 H 0.096 0.694 0.008 0.005 0.007 0.008 0.008 0.017 0.001 0.001 0.155 11 L 0.193 0.541 0.024 0.008 0.004 0.008 0.007 0.051 0.001 0.001 0.162 12 A 0.312 0.308 0.044 0.031 0.016 0.022 0.013 0.037 0.001 0.002 0.215 13 P 0.008 0.012 0.005 0.007 0.003 0.004 0.015 0.007 0.001 0.001 0.938 14 I 0.080 0.040 0.016 0.124 0.092 0.138 0.048 0.006 0.001 0.005 0.451 15 G 0.164 0.040 0.009 0.258 0.091 0.107 0.067 0.004 0.001 0.006 0.253 16 L 0.030 0.016 0.007 0.404 0.175 0.191 0.047 0.001 0.001 0.003 0.126 17 V 0.007 0.005 0.001 0.479 0.198 0.234 0.013 0.001 0.001 0.001 0.062 18 L 0.005 0.005 0.001 0.284 0.223 0.363 0.013 0.001 0.001 0.001 0.106 19 S 0.004 0.005 0.001 0.212 0.276 0.395 0.018 0.001 0.001 0.002 0.087 20 R 0.004 0.003 0.001 0.079 0.202 0.290 0.080 0.001 0.001 0.002 0.339 21 D 0.006 0.001 0.001 0.028 0.040 0.081 0.101 0.001 0.001 0.003 0.739 22 R 0.033 0.001 0.002 0.022 0.026 0.039 0.269 0.001 0.001 0.011 0.597 23 V 0.208 0.002 0.002 0.049 0.063 0.081 0.199 0.001 0.001 0.013 0.382 24 I 0.040 0.009 0.003 0.066 0.129 0.258 0.068 0.001 0.001 0.005 0.422 25 E 0.024 0.012 0.001 0.170 0.205 0.405 0.047 0.001 0.001 0.003 0.133 26 D 0.013 0.034 0.001 0.069 0.215 0.174 0.094 0.001 0.001 0.002 0.397 27 C 0.018 0.112 0.002 0.127 0.159 0.313 0.052 0.001 0.001 0.004 0.211 28 N 0.018 0.140 0.004 0.074 0.061 0.241 0.221 0.001 0.001 0.004 0.236 29 D 0.031 0.088 0.003 0.024 0.007 0.022 0.069 0.002 0.001 0.037 0.718 30 E 0.023 0.105 0.009 0.004 0.002 0.004 0.532 0.001 0.001 0.009 0.311 31 L 0.163 0.451 0.005 0.004 0.001 0.005 0.140 0.004 0.001 0.003 0.223 32 A 0.033 0.893 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.058 33 A 0.014 0.949 0.003 0.001 0.005 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.019 34 I 0.089 0.860 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 0.020 35 F 0.118 0.763 0.004 0.002 0.007 0.007 0.002 0.051 0.001 0.001 0.046 36 R 0.272 0.249 0.045 0.011 0.007 0.014 0.016 0.127 0.001 0.002 0.257 37 C 0.161 0.138 0.225 0.036 0.017 0.023 0.089 0.023 0.001 0.002 0.286 38 A 0.012 0.022 0.009 0.017 0.007 0.010 0.123 0.004 0.001 0.001 0.795 39 R 0.005 0.014 0.003 0.020 0.006 0.019 0.050 0.001 0.001 0.001 0.882 40 A 0.013 0.034 0.001 0.020 0.010 0.022 0.217 0.001 0.001 0.004 0.678 41 D 0.300 0.066 0.001 0.009 0.006 0.008 0.260 0.002 0.001 0.011 0.336 42 L 0.438 0.408 0.004 0.009 0.008 0.011 0.018 0.007 0.001 0.003 0.095 43 I 0.133 0.472 0.019 0.032 0.024 0.027 0.034 0.014 0.001 0.005 0.240 44 G 0.215 0.133 0.025 0.029 0.017 0.032 0.028 0.034 0.001 0.008 0.479 45 R 0.287 0.107 0.070 0.039 0.030 0.040 0.075 0.013 0.001 0.003 0.337 46 S 0.016 0.014 0.004 0.018 0.012 0.015 0.130 0.005 0.001 0.002 0.785 47 F 0.030 0.021 0.009 0.093 0.026 0.110 0.063 0.001 0.001 0.003 0.643 48 E 0.031 0.046 0.002 0.122 0.036 0.063 0.290 0.001 0.001 0.016 0.393 49 V 0.205 0.050 0.002 0.033 0.016 0.026 0.277 0.005 0.001 0.017 0.370 50 L 0.277 0.257 0.009 0.064 0.019 0.045 0.041 0.019 0.001 0.004 0.266 51 Y 0.175 0.113 0.029 0.102 0.057 0.080 0.053 0.018 0.001 0.007 0.366 52 P 0.012 0.005 0.009 0.005 0.003 0.005 0.024 0.004 0.001 0.001 0.932 53 S 0.044 0.007 0.003 0.012 0.013 0.062 0.158 0.002 0.001 0.002 0.698 54 S 0.017 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.003 0.934 55 D 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.453 0.001 0.001 0.003 0.533 56 E 0.113 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.735 0.001 0.001 0.012 0.124 57 F 0.260 0.426 0.004 0.007 0.001 0.005 0.047 0.002 0.001 0.006 0.244 58 E 0.029 0.531 0.011 0.006 0.004 0.006 0.051 0.001 0.001 0.003 0.358 59 R 0.049 0.601 0.008 0.004 0.004 0.004 0.043 0.004 0.001 0.001 0.281 60 I 0.053 0.837 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.001 0.001 0.088 61 G 0.047 0.825 0.003 0.002 0.002 0.005 0.004 0.008 0.001 0.001 0.103 62 E 0.062 0.771 0.005 0.003 0.003 0.003 0.009 0.010 0.001 0.001 0.134 63 R 0.132 0.589 0.007 0.002 0.001 0.002 0.012 0.032 0.001 0.001 0.222 64 I 0.148 0.629 0.036 0.004 0.001 0.003 0.014 0.032 0.001 0.001 0.133 65 S 0.080 0.582 0.043 0.015 0.005 0.007 0.016 0.009 0.001 0.002 0.241 66 P 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.983 67 V 0.052 0.378 0.010 0.018 0.009 0.023 0.059 0.005 0.001 0.002 0.445 68 M 0.098 0.728 0.001 0.010 0.011 0.007 0.019 0.003 0.001 0.001 0.121 69 I 0.060 0.749 0.002 0.008 0.019 0.016 0.013 0.007 0.001 0.001 0.126 70 A 0.199 0.527 0.005 0.015 0.009 0.012 0.017 0.025 0.001 0.002 0.189 71 H 0.368 0.185 0.009 0.014 0.009 0.016 0.021 0.042 0.001 0.004 0.332 72 G 0.170 0.036 0.093 0.016 0.011 0.011 0.079 0.016 0.001 0.005 0.562 73 S 0.017 0.004 0.015 0.011 0.005 0.006 0.070 0.002 0.001 0.001 0.870 74 Y 0.057 0.016 0.007 0.058 0.067 0.142 0.123 0.001 0.001 0.003 0.525 75 A 0.048 0.027 0.003 0.050 0.066 0.105 0.157 0.001 0.001 0.004 0.538 76 D 0.031 0.034 0.001 0.030 0.154 0.234 0.098 0.001 0.001 0.005 0.413 77 D 0.067 0.072 0.002 0.032 0.155 0.272 0.095 0.001 0.001 0.008 0.296 78 R 0.062 0.090 0.003 0.017 0.250 0.271 0.092 0.001 0.001 0.006 0.208 79 I 0.032 0.084 0.002 0.012 0.346 0.385 0.037 0.001 0.001 0.002 0.099 80 M 0.016 0.077 0.001 0.009 0.348 0.472 0.009 0.002 0.001 0.001 0.066 81 K 0.014 0.047 0.001 0.008 0.403 0.447 0.011 0.002 0.001 0.001 0.068 82 R 0.016 0.031 0.001 0.007 0.468 0.365 0.012 0.001 0.001 0.001 0.098 83 A 0.005 0.006 0.001 0.003 0.067 0.179 0.018 0.002 0.001 0.001 0.719 84 G 0.022 0.004 0.002 0.009 0.049 0.096 0.140 0.002 0.001 0.006 0.670 85 G 0.532 0.003 0.009 0.009 0.029 0.037 0.073 0.001 0.001 0.023 0.285 86 E 0.232 0.003 0.008 0.025 0.096 0.078 0.162 0.001 0.001 0.004 0.390 87 L 0.009 0.001 0.001 0.009 0.047 0.081 0.056 0.001 0.001 0.001 0.796 88 F 0.006 0.001 0.001 0.018 0.342 0.619 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 89 W 0.003 0.001 0.001 0.022 0.158 0.227 0.049 0.001 0.001 0.001 0.541 90 C 0.001 0.001 0.001 0.021 0.403 0.566 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 91 H 0.001 0.001 0.001 0.041 0.408 0.490 0.012 0.001 0.001 0.001 0.046 92 V 0.001 0.001 0.001 0.025 0.430 0.508 0.005 0.001 0.001 0.001 0.029 93 T 0.002 0.002 0.001 0.041 0.312 0.595 0.012 0.001 0.001 0.001 0.035 94 G 0.014 0.004 0.001 0.055 0.222 0.492 0.030 0.001 0.001 0.004 0.177 95 R 0.022 0.005 0.001 0.070 0.336 0.400 0.049 0.001 0.001 0.003 0.113 96 A 0.008 0.003 0.001 0.015 0.071 0.113 0.053 0.001 0.001 0.001 0.734 97 L 0.018 0.008 0.002 0.052 0.193 0.419 0.072 0.001 0.001 0.003 0.232 98 D 0.051 0.011 0.001 0.028 0.119 0.169 0.124 0.001 0.001 0.009 0.487 99 R 0.067 0.012 0.002 0.029 0.037 0.067 0.083 0.001 0.001 0.015 0.687 100 T 0.046 0.011 0.004 0.019 0.014 0.036 0.544 0.001 0.001 0.016 0.310 101 A 0.521 0.008 0.004 0.029 0.017 0.024 0.083 0.001 0.001 0.043 0.269 102 P 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.946 103 L 0.015 0.002 0.002 0.042 0.045 0.075 0.106 0.001 0.001 0.001 0.713 104 A 0.071 0.016 0.001 0.105 0.144 0.280 0.055 0.001 0.001 0.004 0.322 105 A 0.063 0.020 0.001 0.164 0.179 0.277 0.054 0.001 0.001 0.006 0.235 106 G 0.030 0.018 0.002 0.255 0.178 0.186 0.043 0.001 0.001 0.003 0.284 107 V 0.008 0.013 0.001 0.288 0.257 0.352 0.021 0.001 0.001 0.002 0.058 108 W 0.006 0.019 0.001 0.213 0.273 0.342 0.027 0.001 0.001 0.002 0.118 109 T 0.006 0.025 0.001 0.345 0.189 0.265 0.035 0.001 0.001 0.003 0.130 110 F 0.013 0.046 0.002 0.210 0.243 0.339 0.024 0.001 0.001 0.003 0.119 111 E 0.019 0.078 0.003 0.132 0.114 0.211 0.080 0.002 0.001 0.004 0.357 112 D 0.054 0.071 0.005 0.075 0.089 0.120 0.139 0.005 0.001 0.009 0.433 113 L 0.129 0.097 0.020 0.073 0.026 0.069 0.089 0.004 0.001 0.007 0.487 114 S 0.037 0.126 0.009 0.029 0.024 0.048 0.393 0.002 0.001 0.011 0.323 115 A 0.137 0.115 0.006 0.019 0.007 0.017 0.106 0.004 0.001 0.040 0.549 116 T 0.154 0.312 0.015 0.007 0.005 0.014 0.176 0.007 0.001 0.005 0.305 117 R 0.222 0.374 0.017 0.008 0.007 0.013 0.169 0.007 0.001 0.006 0.178 118 R 0.110 0.569 0.015 0.006 0.013 0.016 0.021 0.011 0.001 0.003 0.236 119 V 0.064 0.415 0.028 0.011 0.018 0.032 0.029 0.017 0.001 0.002 0.384 120 A 0.126 0.323 0.015 0.020 0.033 0.050 0.023 0.016 0.001 0.002 0.393