# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26209 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 A 0.003 0.001 0.004 0.004 0.024 0.034 0.001 0.929 3 I 0.044 0.006 0.005 0.003 0.007 0.113 0.003 0.820 4 D 0.100 0.046 0.002 0.002 0.004 0.224 0.003 0.617 5 Y 0.186 0.415 0.009 0.004 0.011 0.037 0.003 0.334 6 K 0.027 0.678 0.008 0.005 0.008 0.035 0.004 0.234 7 T 0.019 0.846 0.005 0.004 0.006 0.014 0.004 0.102 8 A 0.047 0.865 0.002 0.002 0.007 0.009 0.006 0.061 9 F 0.014 0.951 0.002 0.002 0.004 0.003 0.003 0.021 10 H 0.048 0.868 0.003 0.004 0.004 0.007 0.021 0.043 11 L 0.148 0.696 0.018 0.006 0.004 0.007 0.072 0.049 12 A 0.298 0.387 0.039 0.023 0.026 0.017 0.063 0.149 13 P 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.989 14 I 0.030 0.047 0.069 0.073 0.084 0.143 0.020 0.536 15 G 0.256 0.062 0.216 0.080 0.092 0.071 0.023 0.200 16 L 0.057 0.041 0.214 0.254 0.266 0.046 0.007 0.115 17 V 0.017 0.020 0.255 0.333 0.259 0.024 0.003 0.088 18 L 0.017 0.016 0.159 0.325 0.336 0.028 0.004 0.114 19 S 0.009 0.016 0.123 0.334 0.352 0.029 0.006 0.131 20 R 0.012 0.008 0.066 0.121 0.250 0.088 0.011 0.445 21 D 0.023 0.004 0.023 0.025 0.047 0.146 0.014 0.717 22 R 0.085 0.008 0.021 0.026 0.023 0.243 0.023 0.571 23 V 0.199 0.009 0.044 0.040 0.056 0.334 0.014 0.305 24 I 0.018 0.018 0.062 0.098 0.136 0.080 0.002 0.586 25 E 0.019 0.026 0.072 0.150 0.379 0.083 0.003 0.269 26 D 0.023 0.066 0.041 0.202 0.208 0.082 0.005 0.373 27 C 0.069 0.140 0.072 0.088 0.198 0.109 0.009 0.315 28 N 0.043 0.179 0.034 0.049 0.137 0.166 0.010 0.383 29 D 0.026 0.116 0.009 0.007 0.035 0.034 0.006 0.766 30 E 0.019 0.079 0.002 0.002 0.005 0.348 0.006 0.540 31 L 0.078 0.372 0.002 0.002 0.005 0.276 0.011 0.255 32 A 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 33 A 0.008 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 34 I 0.108 0.787 0.018 0.004 0.005 0.005 0.023 0.050 35 F 0.103 0.810 0.008 0.010 0.009 0.004 0.020 0.036 36 R 0.212 0.302 0.064 0.026 0.025 0.017 0.084 0.270 37 C 0.136 0.182 0.311 0.040 0.032 0.045 0.028 0.226 38 A 0.035 0.085 0.053 0.020 0.035 0.162 0.011 0.599 39 R 0.016 0.036 0.027 0.008 0.033 0.035 0.004 0.842 40 A 0.014 0.052 0.015 0.005 0.010 0.132 0.004 0.767 41 D 0.182 0.084 0.009 0.004 0.006 0.321 0.028 0.364 42 L 0.485 0.288 0.011 0.007 0.008 0.025 0.018 0.157 43 I 0.078 0.495 0.083 0.027 0.040 0.037 0.016 0.224 44 G 0.107 0.235 0.064 0.041 0.049 0.034 0.036 0.434 45 R 0.227 0.137 0.155 0.036 0.054 0.064 0.030 0.296 46 S 0.020 0.064 0.031 0.022 0.032 0.091 0.008 0.731 47 F 0.052 0.055 0.066 0.021 0.061 0.081 0.009 0.654 48 E 0.039 0.063 0.041 0.021 0.024 0.388 0.011 0.412 49 V 0.200 0.090 0.030 0.014 0.025 0.244 0.025 0.372 50 L 0.259 0.327 0.057 0.026 0.040 0.059 0.020 0.212 51 Y 0.089 0.221 0.131 0.089 0.072 0.053 0.021 0.325 52 P 0.002 0.004 0.008 0.003 0.005 0.007 0.001 0.971 53 S 0.051 0.038 0.046 0.039 0.130 0.150 0.008 0.539 54 S 0.021 0.010 0.009 0.004 0.011 0.025 0.003 0.918 55 D 0.022 0.015 0.006 0.003 0.007 0.266 0.003 0.679 56 E 0.065 0.018 0.002 0.001 0.002 0.692 0.004 0.217 57 F 0.162 0.391 0.005 0.002 0.005 0.070 0.005 0.360 58 E 0.024 0.490 0.006 0.002 0.005 0.103 0.005 0.364 59 R 0.058 0.601 0.004 0.003 0.004 0.081 0.008 0.241 60 I 0.054 0.868 0.002 0.001 0.004 0.007 0.004 0.059 61 G 0.027 0.886 0.004 0.003 0.007 0.008 0.005 0.060 62 E 0.037 0.810 0.008 0.004 0.005 0.015 0.010 0.111 63 R 0.116 0.653 0.005 0.003 0.003 0.019 0.024 0.177 64 I 0.110 0.705 0.017 0.005 0.008 0.014 0.023 0.119 65 S 0.030 0.650 0.025 0.011 0.015 0.031 0.009 0.229 66 P 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.964 67 V 0.040 0.628 0.014 0.015 0.024 0.040 0.009 0.229 68 M 0.051 0.841 0.013 0.008 0.008 0.008 0.010 0.061 69 I 0.079 0.727 0.028 0.018 0.021 0.013 0.023 0.091 70 A 0.184 0.458 0.042 0.020 0.020 0.023 0.047 0.207 71 H 0.286 0.191 0.037 0.017 0.015 0.023 0.092 0.340 72 G 0.124 0.050 0.051 0.017 0.012 0.055 0.040 0.652 73 S 0.022 0.009 0.023 0.010 0.012 0.047 0.008 0.869 74 Y 0.094 0.017 0.035 0.041 0.068 0.121 0.010 0.615 75 A 0.050 0.013 0.037 0.048 0.067 0.145 0.007 0.633 76 D 0.026 0.019 0.025 0.075 0.078 0.082 0.007 0.688 77 D 0.069 0.016 0.024 0.069 0.159 0.131 0.005 0.527 78 R 0.046 0.024 0.015 0.278 0.327 0.118 0.005 0.185 79 I 0.031 0.023 0.015 0.313 0.443 0.046 0.003 0.125 80 M 0.012 0.021 0.014 0.422 0.420 0.019 0.002 0.090 81 K 0.017 0.020 0.012 0.392 0.453 0.016 0.003 0.086 82 R 0.014 0.017 0.015 0.301 0.510 0.026 0.006 0.111 83 A 0.020 0.014 0.012 0.091 0.168 0.073 0.014 0.608 84 G 0.040 0.011 0.007 0.043 0.038 0.110 0.076 0.676 85 G 0.393 0.008 0.013 0.050 0.015 0.051 0.237 0.234 86 E 0.374 0.001 0.039 0.031 0.071 0.334 0.011 0.140 87 L 0.005 0.001 0.008 0.140 0.140 0.048 0.001 0.658 88 F 0.009 0.001 0.017 0.317 0.621 0.020 0.001 0.015 89 W 0.003 0.001 0.012 0.284 0.328 0.018 0.001 0.355 90 C 0.001 0.001 0.020 0.363 0.600 0.005 0.001 0.011 91 H 0.002 0.001 0.013 0.321 0.633 0.010 0.001 0.020 92 V 0.001 0.001 0.023 0.353 0.584 0.008 0.001 0.030 93 T 0.003 0.001 0.049 0.314 0.582 0.013 0.001 0.037 94 G 0.007 0.003 0.046 0.289 0.437 0.024 0.003 0.193 95 R 0.014 0.003 0.093 0.249 0.413 0.056 0.005 0.167 96 A 0.007 0.002 0.025 0.094 0.134 0.048 0.002 0.688 97 L 0.029 0.006 0.051 0.123 0.276 0.089 0.004 0.423 98 D 0.021 0.011 0.030 0.107 0.167 0.103 0.006 0.555 99 R 0.036 0.009 0.016 0.028 0.054 0.079 0.008 0.770 100 T 0.047 0.008 0.006 0.009 0.018 0.633 0.018 0.262 101 A 0.557 0.017 0.011 0.021 0.014 0.083 0.043 0.254 102 P 0.004 0.003 0.006 0.004 0.004 0.032 0.001 0.946 103 L 0.009 0.004 0.026 0.041 0.084 0.132 0.004 0.700 104 A 0.074 0.017 0.074 0.212 0.313 0.094 0.006 0.211 105 A 0.034 0.007 0.067 0.210 0.344 0.066 0.006 0.265 106 G 0.028 0.007 0.223 0.260 0.313 0.041 0.004 0.124 107 V 0.012 0.005 0.292 0.296 0.315 0.019 0.003 0.058 108 W 0.003 0.004 0.259 0.282 0.286 0.016 0.002 0.147 109 T 0.002 0.003 0.432 0.140 0.256 0.023 0.002 0.141 110 F 0.004 0.008 0.388 0.173 0.259 0.026 0.002 0.140 111 E 0.009 0.008 0.287 0.086 0.203 0.100 0.004 0.302 112 D 0.024 0.020 0.092 0.084 0.134 0.128 0.008 0.511 113 L 0.083 0.052 0.129 0.039 0.116 0.106 0.010 0.465 114 S 0.024 0.033 0.011 0.013 0.033 0.539 0.009 0.338 115 A 0.204 0.096 0.009 0.010 0.023 0.188 0.015 0.456 116 T 0.080 0.253 0.004 0.004 0.008 0.386 0.010 0.254 117 R 0.128 0.535 0.009 0.006 0.014 0.081 0.016 0.211 118 R 0.014 0.872 0.004 0.005 0.006 0.013 0.004 0.082 119 V 0.063 0.575 0.010 0.011 0.023 0.031 0.024 0.264 120 A 0.108 0.638 0.015 0.020 0.033 0.018 0.015 0.152