# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26209 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.091 0.004 0.852 0.005 0.002 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 2 A 0.883 0.013 0.064 0.027 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 I 0.890 0.016 0.028 0.041 0.008 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 4 D 0.855 0.013 0.022 0.061 0.006 0.022 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 5 Y 0.947 0.007 0.010 0.027 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 6 K 0.985 0.002 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 T 0.983 0.002 0.002 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.984 0.001 0.002 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.976 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 H 0.897 0.006 0.010 0.062 0.002 0.010 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 11 L 0.418 0.015 0.025 0.509 0.003 0.010 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 12 A 0.094 0.120 0.528 0.030 0.033 0.009 0.014 0.001 0.167 0.003 0.001 13 P 0.381 0.005 0.567 0.017 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 14 I 0.278 0.216 0.202 0.247 0.029 0.010 0.007 0.002 0.008 0.001 0.001 15 G 0.053 0.239 0.179 0.036 0.417 0.010 0.014 0.030 0.010 0.012 0.001 16 L 0.017 0.728 0.174 0.007 0.043 0.016 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 17 V 0.007 0.836 0.108 0.003 0.017 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 18 L 0.017 0.693 0.185 0.012 0.033 0.041 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 19 S 0.053 0.526 0.232 0.028 0.090 0.036 0.005 0.001 0.026 0.002 0.001 20 R 0.284 0.189 0.148 0.123 0.092 0.058 0.050 0.019 0.020 0.014 0.002 21 D 0.093 0.037 0.050 0.467 0.020 0.026 0.272 0.014 0.018 0.003 0.001 22 R 0.095 0.057 0.073 0.076 0.105 0.015 0.234 0.286 0.016 0.044 0.001 23 V 0.171 0.399 0.289 0.046 0.029 0.045 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 24 I 0.204 0.285 0.390 0.034 0.015 0.051 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 25 E 0.474 0.231 0.143 0.071 0.038 0.025 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 26 D 0.225 0.146 0.125 0.176 0.083 0.110 0.078 0.009 0.044 0.003 0.001 27 C 0.228 0.291 0.188 0.177 0.061 0.025 0.011 0.003 0.014 0.003 0.001 28 N 0.158 0.103 0.449 0.072 0.045 0.064 0.019 0.001 0.084 0.004 0.001 29 D 0.974 0.001 0.018 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.988 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.989 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.908 0.002 0.002 0.082 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.269 0.004 0.010 0.638 0.002 0.002 0.072 0.001 0.002 0.001 0.001 36 R 0.019 0.002 0.006 0.067 0.012 0.003 0.756 0.124 0.002 0.010 0.001 37 C 0.025 0.123 0.687 0.131 0.008 0.011 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 38 A 0.057 0.071 0.768 0.014 0.033 0.032 0.001 0.001 0.016 0.008 0.002 39 R 0.906 0.004 0.060 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 40 A 0.910 0.007 0.015 0.046 0.005 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 41 D 0.780 0.046 0.041 0.091 0.008 0.010 0.013 0.003 0.007 0.001 0.001 42 L 0.537 0.107 0.218 0.097 0.005 0.020 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 43 I 0.332 0.180 0.187 0.212 0.017 0.030 0.017 0.001 0.024 0.001 0.001 44 G 0.040 0.012 0.041 0.033 0.118 0.018 0.177 0.381 0.008 0.173 0.001 45 R 0.148 0.347 0.304 0.075 0.077 0.024 0.006 0.001 0.016 0.002 0.001 46 S 0.196 0.097 0.438 0.077 0.040 0.090 0.018 0.002 0.032 0.006 0.003 47 F 0.743 0.049 0.097 0.058 0.018 0.018 0.006 0.002 0.006 0.002 0.002 48 E 0.716 0.078 0.055 0.103 0.016 0.015 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 49 V 0.504 0.156 0.092 0.156 0.033 0.030 0.015 0.002 0.010 0.001 0.001 50 L 0.364 0.170 0.168 0.173 0.021 0.034 0.037 0.003 0.028 0.001 0.001 51 Y 0.063 0.223 0.269 0.029 0.050 0.060 0.042 0.002 0.259 0.002 0.001 52 P 0.146 0.019 0.670 0.084 0.003 0.058 0.005 0.001 0.007 0.001 0.006 53 S 0.095 0.178 0.524 0.040 0.070 0.028 0.004 0.001 0.047 0.012 0.001 54 S 0.877 0.004 0.085 0.016 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 55 D 0.685 0.014 0.030 0.215 0.009 0.010 0.023 0.009 0.003 0.003 0.001 56 E 0.600 0.052 0.053 0.239 0.009 0.021 0.013 0.002 0.008 0.001 0.001 57 F 0.886 0.021 0.044 0.025 0.004 0.008 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 58 E 0.951 0.005 0.023 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.913 0.007 0.013 0.049 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 I 0.901 0.012 0.019 0.052 0.002 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 61 G 0.939 0.002 0.010 0.016 0.009 0.002 0.011 0.004 0.001 0.005 0.001 62 E 0.975 0.003 0.008 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.929 0.004 0.008 0.042 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.921 0.013 0.016 0.037 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 65 S 0.954 0.003 0.027 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 66 P 0.973 0.001 0.010 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.953 0.006 0.009 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 M 0.881 0.018 0.038 0.048 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 69 I 0.755 0.046 0.055 0.101 0.008 0.014 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 70 A 0.404 0.041 0.066 0.389 0.018 0.014 0.048 0.008 0.009 0.002 0.001 71 H 0.085 0.022 0.090 0.415 0.031 0.015 0.252 0.066 0.012 0.011 0.001 72 G 0.076 0.033 0.142 0.030 0.099 0.014 0.132 0.251 0.010 0.213 0.001 73 S 0.224 0.150 0.448 0.080 0.030 0.044 0.005 0.001 0.011 0.004 0.002 74 Y 0.198 0.298 0.254 0.104 0.071 0.040 0.009 0.002 0.018 0.006 0.001 75 A 0.351 0.146 0.228 0.109 0.082 0.033 0.021 0.006 0.015 0.007 0.002 76 D 0.344 0.135 0.192 0.145 0.064 0.032 0.046 0.013 0.020 0.005 0.002 77 D 0.280 0.238 0.224 0.101 0.052 0.037 0.030 0.007 0.028 0.003 0.001 78 R 0.147 0.527 0.195 0.039 0.045 0.025 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 79 I 0.125 0.556 0.184 0.024 0.042 0.037 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 80 M 0.165 0.423 0.258 0.037 0.041 0.044 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 81 K 0.209 0.349 0.257 0.071 0.027 0.058 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 82 R 0.089 0.342 0.384 0.033 0.054 0.024 0.008 0.001 0.061 0.005 0.001 83 A 0.373 0.052 0.393 0.116 0.016 0.013 0.018 0.002 0.008 0.004 0.005 84 G 0.021 0.005 0.044 0.119 0.023 0.005 0.434 0.292 0.005 0.052 0.001 85 G 0.003 0.003 0.015 0.004 0.036 0.001 0.041 0.718 0.001 0.177 0.001 86 E 0.032 0.422 0.434 0.032 0.040 0.020 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 87 L 0.021 0.403 0.482 0.021 0.024 0.031 0.002 0.001 0.012 0.001 0.003 88 F 0.008 0.821 0.064 0.005 0.089 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 89 W 0.012 0.634 0.187 0.007 0.060 0.055 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 90 C 0.006 0.867 0.059 0.004 0.047 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 91 H 0.009 0.782 0.096 0.004 0.067 0.023 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 92 V 0.013 0.774 0.103 0.008 0.069 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 93 T 0.023 0.666 0.113 0.040 0.117 0.017 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 94 G 0.022 0.167 0.146 0.022 0.425 0.027 0.034 0.072 0.019 0.066 0.001 95 R 0.014 0.601 0.255 0.008 0.075 0.016 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 96 A 0.063 0.088 0.692 0.020 0.018 0.077 0.009 0.002 0.019 0.002 0.010 97 L 0.132 0.421 0.263 0.099 0.031 0.030 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 98 D 0.073 0.140 0.346 0.090 0.075 0.089 0.038 0.006 0.130 0.010 0.002 99 R 0.752 0.026 0.076 0.101 0.011 0.012 0.007 0.005 0.002 0.004 0.003 100 T 0.129 0.036 0.034 0.711 0.010 0.014 0.055 0.002 0.008 0.001 0.001 101 A 0.058 0.105 0.154 0.018 0.235 0.013 0.122 0.094 0.102 0.100 0.001 102 P 0.195 0.011 0.745 0.010 0.003 0.017 0.004 0.001 0.003 0.001 0.011 103 L 0.301 0.163 0.403 0.059 0.010 0.044 0.003 0.001 0.014 0.001 0.002 104 A 0.286 0.304 0.204 0.100 0.036 0.035 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 105 A 0.076 0.400 0.070 0.079 0.317 0.016 0.028 0.003 0.010 0.002 0.001 106 G 0.050 0.540 0.130 0.018 0.222 0.023 0.006 0.002 0.009 0.001 0.001 107 V 0.053 0.775 0.085 0.008 0.042 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 108 W 0.055 0.680 0.079 0.014 0.128 0.030 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 109 T 0.061 0.739 0.053 0.012 0.092 0.031 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 110 F 0.277 0.343 0.110 0.037 0.092 0.105 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 111 E 0.557 0.201 0.081 0.065 0.036 0.028 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 112 D 0.396 0.067 0.102 0.074 0.035 0.194 0.073 0.004 0.052 0.001 0.001 113 L 0.732 0.029 0.051 0.143 0.005 0.030 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 114 S 0.835 0.031 0.056 0.046 0.013 0.008 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 115 A 0.963 0.002 0.010 0.016 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 T 0.926 0.011 0.015 0.040 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 117 R 0.898 0.021 0.030 0.036 0.005 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 118 R 0.863 0.016 0.037 0.044 0.003 0.017 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 119 V 0.571 0.073 0.037 0.261 0.016 0.015 0.018 0.003 0.005 0.001 0.001 120 A 0.311 0.162 0.249 0.127 0.028 0.037 0.028 0.003 0.053 0.001 0.001