# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26184 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.043 0.302 0.142 0.034 0.093 0.015 0.018 0.172 0.070 0.081 0.031 2 A 0.035 0.043 0.016 0.005 0.046 0.006 0.010 0.573 0.194 0.052 0.019 3 I 0.005 0.021 0.008 0.001 0.012 0.004 0.013 0.836 0.089 0.007 0.003 4 D 0.013 0.030 0.009 0.001 0.015 0.002 0.009 0.837 0.044 0.031 0.008 5 Y 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.910 0.073 0.005 0.001 6 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.917 0.078 0.001 0.001 7 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.947 0.039 0.004 0.001 8 A 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.895 0.068 0.009 0.002 9 F 0.004 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.008 0.682 0.271 0.016 0.002 10 H 0.006 0.011 0.003 0.001 0.011 0.007 0.103 0.701 0.131 0.022 0.004 11 L 0.037 0.041 0.031 0.009 0.043 0.017 0.176 0.222 0.141 0.260 0.023 12 A 0.084 0.316 0.230 0.016 0.191 0.011 0.014 0.038 0.025 0.045 0.029 13 P 0.098 0.087 0.032 0.019 0.107 0.045 0.141 0.180 0.149 0.086 0.056 14 I 0.104 0.121 0.039 0.028 0.114 0.040 0.139 0.073 0.091 0.178 0.074 15 G 0.180 0.169 0.029 0.015 0.341 0.023 0.056 0.028 0.025 0.063 0.073 16 L 0.243 0.047 0.004 0.001 0.680 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.014 17 V 0.197 0.103 0.007 0.001 0.660 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.022 18 L 0.326 0.103 0.012 0.005 0.416 0.007 0.008 0.003 0.001 0.009 0.110 19 S 0.165 0.140 0.202 0.149 0.121 0.036 0.018 0.010 0.007 0.037 0.114 20 R 0.027 0.050 0.099 0.256 0.058 0.172 0.121 0.101 0.068 0.030 0.017 21 D 0.045 0.088 0.062 0.174 0.045 0.081 0.075 0.057 0.096 0.233 0.043 22 R 0.042 0.182 0.162 0.050 0.093 0.032 0.020 0.050 0.037 0.251 0.082 23 V 0.095 0.398 0.068 0.003 0.294 0.003 0.009 0.048 0.023 0.028 0.030 24 I 0.370 0.067 0.008 0.004 0.214 0.006 0.007 0.130 0.122 0.014 0.058 25 E 0.032 0.056 0.018 0.020 0.063 0.183 0.107 0.336 0.143 0.025 0.019 26 D 0.114 0.060 0.027 0.009 0.160 0.008 0.046 0.383 0.059 0.104 0.031 27 C 0.042 0.143 0.045 0.014 0.059 0.011 0.021 0.252 0.092 0.285 0.036 28 N 0.045 0.235 0.128 0.002 0.220 0.002 0.001 0.292 0.063 0.008 0.005 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.836 0.159 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.038 0.005 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.058 0.005 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.923 0.073 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.878 0.105 0.007 0.001 34 I 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.066 0.724 0.142 0.045 0.007 35 F 0.013 0.484 0.106 0.006 0.058 0.017 0.089 0.119 0.056 0.042 0.010 36 R 0.023 0.010 0.007 0.006 0.012 0.008 0.025 0.059 0.031 0.636 0.183 37 C 0.019 0.531 0.195 0.013 0.129 0.005 0.014 0.016 0.017 0.049 0.011 38 A 0.041 0.506 0.283 0.004 0.134 0.002 0.002 0.007 0.002 0.004 0.015 39 R 0.004 0.009 0.003 0.001 0.007 0.003 0.011 0.387 0.562 0.010 0.003 40 A 0.002 0.012 0.005 0.002 0.007 0.008 0.037 0.666 0.233 0.026 0.002 41 D 0.016 0.017 0.006 0.001 0.018 0.002 0.010 0.454 0.190 0.264 0.024 42 L 0.051 0.013 0.006 0.004 0.036 0.012 0.033 0.461 0.188 0.154 0.042 43 I 0.013 0.369 0.097 0.046 0.047 0.069 0.091 0.154 0.063 0.045 0.006 44 G 0.028 0.012 0.019 0.038 0.019 0.013 0.016 0.060 0.038 0.616 0.141 45 R 0.014 0.473 0.285 0.011 0.123 0.005 0.010 0.027 0.025 0.024 0.004 46 S 0.139 0.323 0.127 0.008 0.255 0.009 0.012 0.039 0.018 0.020 0.049 47 F 0.070 0.086 0.021 0.009 0.087 0.013 0.028 0.273 0.343 0.041 0.029 48 E 0.022 0.077 0.029 0.007 0.073 0.024 0.070 0.407 0.235 0.042 0.013 49 V 0.106 0.057 0.017 0.003 0.154 0.006 0.029 0.246 0.232 0.114 0.036 50 L 0.082 0.123 0.036 0.011 0.178 0.017 0.063 0.144 0.142 0.156 0.048 51 Y 0.088 0.228 0.126 0.021 0.196 0.016 0.037 0.082 0.043 0.117 0.045 52 P 0.033 0.388 0.222 0.030 0.119 0.017 0.030 0.032 0.032 0.078 0.020 53 S 0.045 0.488 0.250 0.004 0.180 0.001 0.002 0.011 0.006 0.005 0.008 54 S 0.003 0.010 0.002 0.001 0.007 0.004 0.020 0.509 0.427 0.015 0.002 55 D 0.003 0.008 0.004 0.002 0.006 0.004 0.037 0.743 0.145 0.043 0.004 56 E 0.012 0.026 0.006 0.001 0.013 0.001 0.005 0.535 0.093 0.284 0.022 57 F 0.010 0.007 0.002 0.001 0.015 0.001 0.003 0.810 0.119 0.026 0.006 58 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.868 0.118 0.003 0.001 59 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.893 0.060 0.022 0.001 60 I 0.012 0.014 0.004 0.002 0.013 0.002 0.018 0.804 0.090 0.034 0.007 61 G 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.004 0.813 0.145 0.020 0.004 62 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.020 0.866 0.091 0.010 0.001 63 R 0.006 0.013 0.006 0.001 0.009 0.002 0.028 0.816 0.074 0.041 0.004 64 I 0.010 0.008 0.003 0.001 0.012 0.001 0.003 0.769 0.148 0.039 0.007 65 S 0.003 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.881 0.091 0.004 0.001 66 P 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.891 0.080 0.005 0.001 67 V 0.009 0.006 0.002 0.001 0.011 0.002 0.034 0.829 0.088 0.015 0.004 68 M 0.015 0.014 0.004 0.002 0.023 0.004 0.018 0.691 0.189 0.032 0.009 69 I 0.015 0.022 0.016 0.006 0.020 0.017 0.126 0.591 0.129 0.046 0.013 70 A 0.027 0.159 0.125 0.030 0.061 0.040 0.223 0.174 0.061 0.079 0.022 71 H 0.054 0.142 0.103 0.087 0.065 0.042 0.053 0.049 0.050 0.259 0.097 72 G 0.063 0.146 0.111 0.071 0.103 0.027 0.028 0.068 0.065 0.215 0.105 73 S 0.131 0.227 0.082 0.026 0.212 0.019 0.031 0.071 0.056 0.082 0.063 74 Y 0.125 0.200 0.113 0.041 0.197 0.038 0.034 0.059 0.050 0.077 0.065 75 A 0.130 0.164 0.132 0.057 0.187 0.046 0.041 0.090 0.062 0.048 0.043 76 D 0.086 0.128 0.068 0.031 0.144 0.051 0.069 0.173 0.118 0.092 0.042 77 D 0.163 0.159 0.037 0.014 0.254 0.018 0.037 0.100 0.064 0.091 0.062 78 R 0.247 0.106 0.014 0.003 0.512 0.005 0.011 0.044 0.023 0.013 0.021 79 I 0.222 0.108 0.012 0.004 0.515 0.007 0.014 0.044 0.019 0.011 0.043 80 M 0.269 0.148 0.023 0.006 0.432 0.007 0.010 0.022 0.010 0.017 0.055 81 K 0.108 0.253 0.053 0.019 0.390 0.021 0.032 0.032 0.012 0.038 0.041 82 R 0.131 0.146 0.444 0.046 0.097 0.012 0.017 0.034 0.020 0.020 0.033 83 A 0.005 0.010 0.022 0.057 0.008 0.128 0.284 0.298 0.170 0.012 0.006 84 G 0.014 0.147 0.071 0.472 0.015 0.071 0.092 0.017 0.021 0.071 0.009 85 G 0.013 0.007 0.019 0.105 0.010 0.013 0.002 0.007 0.013 0.554 0.258 86 E 0.034 0.538 0.107 0.005 0.257 0.004 0.019 0.010 0.009 0.011 0.008 87 L 0.558 0.044 0.004 0.001 0.337 0.003 0.003 0.002 0.003 0.003 0.042 88 F 0.115 0.220 0.031 0.025 0.491 0.041 0.046 0.007 0.004 0.005 0.016 89 W 0.417 0.031 0.002 0.001 0.530 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 90 C 0.244 0.126 0.014 0.002 0.576 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.028 91 H 0.315 0.069 0.005 0.002 0.547 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.047 92 V 0.311 0.121 0.026 0.010 0.435 0.008 0.005 0.003 0.003 0.011 0.066 93 T 0.203 0.163 0.036 0.044 0.331 0.039 0.046 0.013 0.011 0.033 0.082 94 G 0.204 0.198 0.097 0.040 0.252 0.020 0.020 0.012 0.024 0.060 0.073 95 R 0.083 0.304 0.179 0.035 0.280 0.018 0.015 0.018 0.017 0.020 0.032 96 A 0.192 0.205 0.078 0.017 0.262 0.011 0.024 0.052 0.058 0.045 0.057 97 L 0.071 0.231 0.055 0.033 0.208 0.071 0.077 0.084 0.072 0.062 0.035 98 D 0.082 0.205 0.397 0.048 0.117 0.016 0.019 0.045 0.025 0.025 0.022 99 R 0.006 0.005 0.008 0.011 0.008 0.027 0.097 0.468 0.313 0.042 0.014 100 T 0.022 0.453 0.174 0.066 0.055 0.032 0.056 0.033 0.025 0.074 0.011 101 A 0.048 0.052 0.067 0.059 0.049 0.024 0.010 0.024 0.030 0.401 0.236 102 P 0.057 0.473 0.141 0.008 0.229 0.005 0.015 0.026 0.017 0.015 0.013 103 L 0.376 0.109 0.017 0.010 0.288 0.019 0.018 0.032 0.024 0.022 0.086 104 A 0.122 0.154 0.061 0.063 0.225 0.079 0.082 0.084 0.042 0.040 0.046 105 A 0.254 0.157 0.038 0.013 0.344 0.017 0.025 0.054 0.022 0.033 0.043 106 G 0.228 0.115 0.020 0.007 0.514 0.010 0.012 0.038 0.013 0.016 0.027 107 V 0.281 0.110 0.011 0.005 0.451 0.010 0.014 0.036 0.013 0.012 0.057 108 W 0.193 0.168 0.032 0.006 0.509 0.009 0.011 0.024 0.007 0.009 0.031 109 T 0.188 0.251 0.039 0.010 0.319 0.009 0.014 0.061 0.016 0.027 0.066 110 F 0.208 0.073 0.014 0.008 0.166 0.009 0.010 0.259 0.132 0.041 0.079 111 E 0.017 0.038 0.015 0.010 0.042 0.055 0.080 0.564 0.147 0.023 0.009 112 D 0.066 0.060 0.024 0.007 0.105 0.006 0.024 0.478 0.105 0.105 0.022 113 L 0.026 0.024 0.008 0.004 0.037 0.006 0.015 0.582 0.214 0.070 0.014 114 S 0.019 0.057 0.033 0.004 0.048 0.005 0.011 0.688 0.119 0.012 0.005 115 A 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.011 0.832 0.129 0.010 0.001 116 T 0.006 0.010 0.003 0.001 0.011 0.002 0.023 0.839 0.087 0.015 0.003 117 R 0.014 0.014 0.004 0.001 0.019 0.004 0.013 0.758 0.131 0.031 0.010 118 R 0.017 0.023 0.008 0.002 0.029 0.006 0.037 0.716 0.116 0.036 0.010 119 V 0.032 0.054 0.023 0.006 0.055 0.013 0.068 0.564 0.116 0.053 0.016 120 A 0.073 0.125 0.053 0.016 0.129 0.025 0.074 0.294 0.090 0.082 0.038