# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26209 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.691 0.219 0.057 0.022 0.009 0.001 0.001 2 A 0.659 0.245 0.068 0.022 0.006 0.001 0.001 3 I 0.634 0.282 0.063 0.018 0.003 0.001 0.001 4 D 0.227 0.373 0.260 0.107 0.029 0.004 0.001 5 Y 0.039 0.062 0.159 0.316 0.330 0.090 0.005 6 K 0.195 0.356 0.257 0.132 0.048 0.010 0.001 7 T 0.138 0.275 0.310 0.206 0.056 0.015 0.001 8 A 0.019 0.035 0.069 0.159 0.292 0.349 0.077 9 F 0.022 0.040 0.088 0.190 0.305 0.273 0.082 10 H 0.074 0.222 0.286 0.225 0.116 0.061 0.016 11 L 0.022 0.060 0.111 0.204 0.324 0.217 0.062 12 A 0.011 0.020 0.034 0.097 0.203 0.401 0.233 13 P 0.017 0.059 0.164 0.210 0.226 0.221 0.103 14 I 0.015 0.041 0.121 0.191 0.211 0.242 0.178 15 G 0.004 0.005 0.008 0.018 0.082 0.390 0.493 16 L 0.005 0.005 0.008 0.026 0.053 0.277 0.626 17 V 0.006 0.011 0.017 0.041 0.095 0.338 0.493 18 L 0.014 0.039 0.083 0.169 0.245 0.285 0.165 19 S 0.020 0.059 0.105 0.185 0.283 0.270 0.078 20 R 0.095 0.194 0.205 0.210 0.183 0.097 0.016 21 D 0.313 0.322 0.159 0.105 0.068 0.029 0.004 22 R 0.252 0.287 0.201 0.150 0.078 0.028 0.004 23 V 0.064 0.146 0.238 0.277 0.176 0.085 0.013 24 I 0.027 0.052 0.085 0.163 0.322 0.309 0.041 25 E 0.066 0.182 0.266 0.263 0.157 0.061 0.005 26 D 0.062 0.178 0.290 0.269 0.149 0.047 0.006 27 C 0.010 0.024 0.042 0.098 0.301 0.436 0.088 28 N 0.018 0.065 0.164 0.339 0.279 0.120 0.014 29 D 0.156 0.361 0.273 0.143 0.048 0.018 0.002 30 E 0.051 0.156 0.292 0.315 0.140 0.042 0.005 31 L 0.011 0.019 0.034 0.100 0.320 0.448 0.068 32 A 0.039 0.138 0.293 0.299 0.156 0.067 0.007 33 A 0.079 0.230 0.296 0.244 0.099 0.046 0.007 34 I 0.028 0.038 0.063 0.158 0.296 0.341 0.076 35 F 0.025 0.056 0.102 0.220 0.312 0.249 0.036 36 R 0.142 0.334 0.253 0.153 0.079 0.035 0.005 37 C 0.049 0.106 0.197 0.310 0.237 0.091 0.011 38 A 0.171 0.258 0.210 0.180 0.129 0.047 0.005 39 R 0.152 0.223 0.246 0.221 0.111 0.043 0.004 40 A 0.396 0.326 0.150 0.081 0.036 0.010 0.001 41 D 0.152 0.279 0.246 0.210 0.084 0.027 0.002 42 L 0.069 0.070 0.119 0.217 0.326 0.178 0.021 43 I 0.096 0.183 0.237 0.256 0.152 0.069 0.007 44 G 0.283 0.290 0.199 0.128 0.070 0.027 0.003 45 R 0.174 0.226 0.252 0.224 0.089 0.032 0.004 46 S 0.227 0.264 0.187 0.155 0.108 0.051 0.009 47 F 0.071 0.079 0.130 0.229 0.259 0.190 0.042 48 E 0.169 0.247 0.240 0.179 0.107 0.051 0.008 49 V 0.129 0.210 0.222 0.224 0.137 0.068 0.010 50 L 0.065 0.095 0.123 0.195 0.292 0.203 0.027 51 Y 0.075 0.126 0.198 0.251 0.223 0.116 0.011 52 P 0.215 0.259 0.226 0.179 0.086 0.032 0.003 53 S 0.261 0.265 0.210 0.158 0.083 0.022 0.001 54 S 0.490 0.288 0.134 0.063 0.021 0.004 0.001 55 D 0.623 0.279 0.068 0.022 0.006 0.001 0.001 56 E 0.438 0.285 0.164 0.085 0.023 0.005 0.001 57 F 0.113 0.145 0.270 0.296 0.144 0.032 0.001 58 E 0.477 0.392 0.096 0.026 0.008 0.001 0.001 59 R 0.162 0.341 0.272 0.169 0.048 0.008 0.001 60 I 0.036 0.065 0.118 0.237 0.364 0.170 0.010 61 G 0.036 0.151 0.304 0.342 0.132 0.034 0.001 62 E 0.326 0.435 0.153 0.060 0.020 0.004 0.001 63 R 0.033 0.129 0.277 0.349 0.174 0.037 0.003 64 I 0.014 0.034 0.056 0.146 0.390 0.329 0.032 65 S 0.038 0.183 0.321 0.299 0.121 0.036 0.002 66 P 0.121 0.326 0.307 0.182 0.050 0.014 0.001 67 V 0.022 0.058 0.143 0.297 0.320 0.151 0.008 68 M 0.042 0.066 0.141 0.272 0.317 0.153 0.010 69 I 0.235 0.321 0.257 0.131 0.043 0.011 0.001 70 A 0.567 0.301 0.079 0.037 0.013 0.003 0.001 71 H 0.529 0.268 0.110 0.063 0.024 0.006 0.001 72 G 0.418 0.275 0.155 0.094 0.043 0.014 0.001 73 S 0.337 0.248 0.179 0.128 0.076 0.028 0.004 74 Y 0.217 0.189 0.218 0.194 0.120 0.055 0.008 75 A 0.277 0.236 0.199 0.143 0.090 0.047 0.008 76 D 0.195 0.190 0.183 0.187 0.143 0.083 0.018 77 D 0.207 0.213 0.169 0.167 0.141 0.084 0.019 78 R 0.115 0.147 0.175 0.223 0.200 0.122 0.019 79 I 0.120 0.179 0.214 0.225 0.163 0.088 0.011 80 M 0.092 0.101 0.155 0.215 0.244 0.172 0.021 81 K 0.181 0.240 0.223 0.194 0.115 0.043 0.004 82 R 0.245 0.220 0.230 0.184 0.087 0.032 0.003 83 A 0.484 0.263 0.139 0.078 0.028 0.008 0.001 84 G 0.612 0.263 0.078 0.032 0.011 0.004 0.001 85 G 0.243 0.195 0.196 0.203 0.120 0.038 0.005 86 E 0.235 0.340 0.210 0.127 0.062 0.023 0.003 87 L 0.056 0.135 0.196 0.269 0.209 0.118 0.017 88 F 0.024 0.058 0.111 0.200 0.304 0.255 0.048 89 W 0.020 0.047 0.094 0.182 0.215 0.313 0.129 90 C 0.011 0.020 0.037 0.096 0.206 0.396 0.234 91 H 0.028 0.090 0.170 0.282 0.221 0.154 0.055 92 V 0.017 0.034 0.057 0.130 0.266 0.370 0.127 93 T 0.044 0.132 0.178 0.239 0.213 0.157 0.036 94 G 0.060 0.107 0.148 0.223 0.258 0.177 0.028 95 R 0.111 0.236 0.253 0.204 0.134 0.056 0.006 96 A 0.125 0.185 0.203 0.224 0.172 0.082 0.008 97 L 0.102 0.121 0.213 0.274 0.213 0.071 0.005 98 D 0.433 0.290 0.156 0.084 0.028 0.008 0.001 99 R 0.553 0.248 0.112 0.058 0.023 0.006 0.001 100 T 0.615 0.258 0.080 0.035 0.009 0.003 0.001 101 A 0.336 0.214 0.199 0.156 0.070 0.022 0.002 102 P 0.241 0.303 0.229 0.138 0.061 0.024 0.004 103 L 0.065 0.103 0.155 0.247 0.256 0.146 0.028 104 A 0.043 0.107 0.175 0.261 0.236 0.153 0.025 105 A 0.030 0.078 0.134 0.196 0.250 0.239 0.073 106 G 0.009 0.015 0.030 0.079 0.157 0.400 0.310 107 V 0.007 0.012 0.022 0.065 0.129 0.358 0.407 108 W 0.006 0.012 0.028 0.071 0.135 0.321 0.428 109 T 0.005 0.014 0.029 0.065 0.137 0.323 0.427 110 F 0.007 0.019 0.037 0.084 0.167 0.392 0.294 111 E 0.048 0.131 0.176 0.206 0.220 0.168 0.051 112 D 0.055 0.131 0.176 0.222 0.209 0.164 0.042 113 L 0.042 0.043 0.075 0.195 0.260 0.311 0.073 114 S 0.192 0.203 0.182 0.185 0.151 0.077 0.010 115 A 0.453 0.314 0.120 0.064 0.034 0.013 0.001 116 T 0.382 0.266 0.165 0.110 0.056 0.019 0.002 117 R 0.348 0.217 0.184 0.151 0.075 0.024 0.002 118 R 0.695 0.205 0.062 0.024 0.011 0.003 0.001 119 V 0.698 0.187 0.067 0.033 0.011 0.004 0.001 120 A 0.638 0.158 0.098 0.063 0.030 0.011 0.001