# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26209 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.550 0.193 0.125 0.060 0.037 0.018 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 A 0.313 0.172 0.180 0.135 0.111 0.046 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 I 0.354 0.158 0.110 0.127 0.102 0.072 0.038 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 4 D 0.164 0.157 0.137 0.170 0.180 0.086 0.047 0.032 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.029 0.026 0.043 0.100 0.156 0.200 0.178 0.155 0.060 0.035 0.012 0.004 0.002 0.001 6 K 0.137 0.136 0.158 0.169 0.155 0.105 0.066 0.032 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 7 T 0.088 0.074 0.114 0.160 0.162 0.144 0.096 0.073 0.044 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 8 A 0.017 0.013 0.021 0.057 0.108 0.162 0.176 0.203 0.139 0.062 0.022 0.012 0.006 0.002 9 F 0.018 0.028 0.051 0.115 0.144 0.196 0.182 0.119 0.072 0.041 0.020 0.008 0.005 0.001 10 H 0.120 0.187 0.191 0.170 0.133 0.080 0.056 0.030 0.017 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 11 L 0.023 0.041 0.083 0.135 0.162 0.187 0.176 0.105 0.045 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 12 A 0.009 0.017 0.035 0.074 0.122 0.168 0.218 0.200 0.087 0.044 0.016 0.006 0.003 0.001 13 P 0.018 0.033 0.053 0.084 0.120 0.134 0.191 0.145 0.106 0.058 0.027 0.016 0.009 0.006 14 I 0.010 0.012 0.025 0.041 0.075 0.114 0.146 0.147 0.153 0.112 0.075 0.043 0.029 0.018 15 G 0.006 0.003 0.007 0.011 0.024 0.045 0.063 0.072 0.128 0.146 0.183 0.137 0.097 0.078 16 L 0.005 0.003 0.006 0.012 0.022 0.038 0.064 0.089 0.118 0.146 0.156 0.147 0.111 0.084 17 V 0.009 0.005 0.007 0.017 0.025 0.042 0.066 0.114 0.139 0.149 0.161 0.137 0.088 0.042 18 L 0.010 0.013 0.018 0.057 0.072 0.108 0.159 0.159 0.141 0.099 0.089 0.043 0.020 0.013 19 S 0.019 0.025 0.031 0.071 0.104 0.174 0.154 0.115 0.132 0.078 0.058 0.024 0.009 0.004 20 R 0.117 0.156 0.166 0.167 0.154 0.093 0.065 0.035 0.026 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 21 D 0.256 0.255 0.206 0.110 0.075 0.042 0.026 0.015 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 22 R 0.297 0.220 0.165 0.107 0.091 0.061 0.028 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 23 V 0.173 0.155 0.144 0.154 0.167 0.088 0.056 0.034 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 24 I 0.058 0.049 0.075 0.119 0.192 0.192 0.145 0.087 0.046 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 25 E 0.284 0.193 0.155 0.134 0.102 0.059 0.034 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 26 D 0.209 0.155 0.173 0.146 0.127 0.080 0.049 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 27 C 0.038 0.029 0.042 0.100 0.163 0.204 0.159 0.122 0.087 0.037 0.012 0.005 0.002 0.001 28 N 0.052 0.079 0.135 0.208 0.201 0.146 0.088 0.043 0.029 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 29 D 0.536 0.241 0.119 0.052 0.028 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.112 0.166 0.194 0.194 0.162 0.090 0.047 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.015 0.015 0.030 0.090 0.167 0.201 0.207 0.153 0.089 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 32 A 0.175 0.217 0.204 0.175 0.111 0.061 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.554 0.253 0.112 0.041 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.029 0.037 0.069 0.162 0.241 0.185 0.141 0.080 0.036 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 35 F 0.027 0.036 0.084 0.138 0.219 0.209 0.161 0.081 0.028 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 36 R 0.427 0.218 0.147 0.086 0.063 0.031 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 C 0.151 0.092 0.115 0.215 0.188 0.113 0.064 0.033 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 38 A 0.280 0.179 0.157 0.144 0.112 0.065 0.032 0.013 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 39 R 0.260 0.181 0.150 0.179 0.121 0.058 0.024 0.011 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 40 A 0.632 0.212 0.085 0.039 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.399 0.248 0.161 0.093 0.060 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.083 0.056 0.077 0.135 0.216 0.174 0.120 0.086 0.035 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 43 I 0.084 0.082 0.118 0.186 0.214 0.150 0.089 0.042 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 44 G 0.405 0.176 0.141 0.100 0.076 0.044 0.029 0.014 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 45 R 0.206 0.151 0.153 0.173 0.146 0.082 0.040 0.020 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 46 S 0.210 0.135 0.132 0.142 0.137 0.101 0.061 0.037 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 47 F 0.047 0.038 0.050 0.104 0.163 0.182 0.137 0.114 0.082 0.052 0.019 0.007 0.003 0.001 48 E 0.214 0.153 0.144 0.147 0.111 0.085 0.062 0.036 0.021 0.010 0.010 0.003 0.001 0.001 49 V 0.180 0.146 0.160 0.137 0.132 0.091 0.057 0.036 0.027 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 50 L 0.048 0.037 0.056 0.100 0.147 0.171 0.164 0.143 0.064 0.037 0.018 0.009 0.004 0.002 51 Y 0.059 0.058 0.079 0.129 0.172 0.157 0.136 0.107 0.054 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 52 P 0.145 0.116 0.129 0.178 0.149 0.112 0.070 0.041 0.031 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 53 S 0.247 0.157 0.139 0.152 0.121 0.091 0.043 0.017 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 54 S 0.400 0.214 0.143 0.113 0.068 0.029 0.015 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 55 D 0.597 0.231 0.104 0.041 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.439 0.225 0.155 0.078 0.058 0.027 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.135 0.109 0.137 0.198 0.200 0.109 0.061 0.031 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 58 E 0.703 0.204 0.056 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.321 0.251 0.205 0.113 0.068 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 I 0.035 0.025 0.046 0.113 0.203 0.242 0.173 0.100 0.046 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 61 G 0.144 0.181 0.222 0.205 0.140 0.058 0.029 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.738 0.181 0.055 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.099 0.144 0.169 0.196 0.208 0.103 0.049 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.018 0.019 0.046 0.086 0.156 0.202 0.229 0.163 0.056 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 65 S 0.210 0.207 0.177 0.151 0.124 0.072 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 P 0.401 0.223 0.162 0.096 0.059 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 67 V 0.056 0.051 0.077 0.164 0.212 0.176 0.124 0.084 0.033 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 68 M 0.054 0.055 0.092 0.133 0.177 0.175 0.156 0.090 0.042 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 69 I 0.297 0.166 0.130 0.137 0.105 0.072 0.042 0.025 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 70 A 0.387 0.186 0.142 0.110 0.076 0.049 0.025 0.010 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 71 H 0.352 0.166 0.157 0.119 0.102 0.051 0.024 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 72 G 0.357 0.173 0.135 0.124 0.096 0.054 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 73 S 0.241 0.138 0.137 0.143 0.140 0.085 0.055 0.030 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 74 Y 0.135 0.093 0.115 0.155 0.167 0.129 0.094 0.049 0.026 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 75 A 0.236 0.147 0.155 0.125 0.123 0.083 0.055 0.031 0.019 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 76 D 0.133 0.077 0.092 0.131 0.144 0.122 0.087 0.070 0.051 0.048 0.028 0.012 0.004 0.002 77 D 0.063 0.058 0.066 0.119 0.134 0.107 0.107 0.118 0.097 0.073 0.032 0.019 0.005 0.002 78 R 0.034 0.028 0.032 0.056 0.067 0.093 0.095 0.243 0.131 0.118 0.063 0.026 0.012 0.003 79 I 0.036 0.043 0.055 0.090 0.110 0.112 0.113 0.158 0.108 0.085 0.046 0.029 0.009 0.005 80 M 0.024 0.019 0.033 0.057 0.090 0.131 0.129 0.160 0.127 0.129 0.056 0.030 0.011 0.004 81 K 0.082 0.089 0.115 0.152 0.168 0.122 0.090 0.071 0.054 0.030 0.014 0.008 0.002 0.001 82 R 0.108 0.089 0.113 0.151 0.156 0.127 0.089 0.064 0.052 0.031 0.012 0.004 0.002 0.001 83 A 0.164 0.139 0.145 0.172 0.155 0.091 0.053 0.034 0.024 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 84 G 0.377 0.212 0.172 0.099 0.062 0.035 0.019 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 85 G 0.264 0.155 0.138 0.137 0.127 0.078 0.042 0.028 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 86 E 0.145 0.160 0.137 0.176 0.156 0.090 0.055 0.036 0.021 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 87 L 0.035 0.049 0.057 0.107 0.138 0.142 0.150 0.139 0.087 0.054 0.024 0.011 0.005 0.002 88 F 0.015 0.016 0.028 0.050 0.076 0.119 0.147 0.191 0.128 0.103 0.076 0.029 0.016 0.007 89 W 0.009 0.010 0.015 0.032 0.059 0.089 0.095 0.121 0.129 0.135 0.130 0.094 0.049 0.034 90 C 0.006 0.002 0.004 0.007 0.011 0.021 0.041 0.057 0.118 0.174 0.179 0.232 0.100 0.048 91 H 0.005 0.007 0.012 0.025 0.038 0.054 0.098 0.192 0.174 0.143 0.119 0.069 0.039 0.025 92 V 0.004 0.002 0.003 0.006 0.010 0.028 0.039 0.079 0.112 0.159 0.242 0.174 0.096 0.046 93 T 0.009 0.013 0.020 0.045 0.076 0.086 0.132 0.160 0.165 0.130 0.071 0.051 0.022 0.021 94 G 0.010 0.013 0.018 0.031 0.050 0.079 0.107 0.148 0.161 0.151 0.121 0.066 0.029 0.014 95 R 0.028 0.054 0.086 0.128 0.138 0.163 0.144 0.119 0.066 0.034 0.025 0.008 0.004 0.003 96 A 0.058 0.072 0.081 0.118 0.148 0.154 0.134 0.091 0.066 0.037 0.024 0.010 0.003 0.002 97 L 0.057 0.067 0.102 0.150 0.178 0.175 0.128 0.075 0.040 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 98 D 0.305 0.217 0.157 0.128 0.094 0.044 0.025 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 99 R 0.347 0.203 0.180 0.131 0.073 0.035 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 100 T 0.568 0.213 0.114 0.051 0.028 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.294 0.194 0.154 0.143 0.107 0.054 0.026 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 102 P 0.253 0.212 0.151 0.133 0.099 0.066 0.041 0.026 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 103 L 0.043 0.054 0.072 0.114 0.175 0.166 0.143 0.108 0.059 0.035 0.018 0.008 0.004 0.002 104 A 0.017 0.024 0.038 0.068 0.097 0.143 0.184 0.171 0.097 0.072 0.047 0.024 0.012 0.006 105 A 0.014 0.014 0.024 0.041 0.068 0.108 0.129 0.109 0.129 0.107 0.114 0.083 0.033 0.028 106 G 0.005 0.003 0.007 0.013 0.023 0.040 0.065 0.084 0.144 0.144 0.185 0.159 0.077 0.048 107 V 0.004 0.003 0.004 0.008 0.014 0.026 0.055 0.102 0.149 0.151 0.155 0.164 0.107 0.059 108 W 0.004 0.002 0.004 0.008 0.012 0.027 0.053 0.130 0.139 0.178 0.180 0.118 0.097 0.048 109 T 0.004 0.004 0.006 0.015 0.034 0.051 0.074 0.093 0.134 0.166 0.167 0.131 0.064 0.055 110 F 0.006 0.006 0.010 0.022 0.042 0.090 0.126 0.114 0.148 0.146 0.139 0.080 0.040 0.028 111 E 0.031 0.049 0.069 0.123 0.165 0.142 0.149 0.114 0.073 0.038 0.028 0.011 0.005 0.004 112 D 0.030 0.059 0.085 0.140 0.165 0.156 0.138 0.104 0.060 0.032 0.021 0.007 0.002 0.002 113 L 0.033 0.034 0.049 0.097 0.162 0.191 0.144 0.129 0.098 0.042 0.014 0.005 0.002 0.001 114 S 0.172 0.148 0.154 0.190 0.142 0.073 0.054 0.031 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 115 A 0.578 0.203 0.114 0.050 0.025 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 T 0.348 0.185 0.149 0.119 0.102 0.051 0.024 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 117 R 0.295 0.155 0.172 0.139 0.121 0.053 0.033 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 118 R 0.505 0.146 0.115 0.083 0.074 0.041 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 V 0.340 0.145 0.136 0.143 0.127 0.052 0.027 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 120 A 0.155 0.076 0.088 0.150 0.165 0.141 0.096 0.065 0.031 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001