# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5885 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.015 0.660 0.002 0.012 0.118 0.001 0.001 0.005 0.118 0.044 0.013 0.012 2 A 0.001 0.015 0.337 0.002 0.035 0.479 0.001 0.001 0.005 0.044 0.060 0.006 0.015 3 I 0.001 0.009 0.124 0.002 0.051 0.726 0.001 0.001 0.004 0.030 0.034 0.007 0.011 4 D 0.001 0.005 0.125 0.004 0.036 0.765 0.001 0.001 0.003 0.022 0.022 0.004 0.012 5 Y 0.001 0.001 0.014 0.001 0.019 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.003 6 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 7 T 0.002 0.001 0.004 0.001 0.025 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.002 0.003 8 A 0.002 0.001 0.003 0.001 0.021 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.003 9 F 0.002 0.001 0.005 0.002 0.031 0.908 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.002 0.002 10 H 0.004 0.002 0.018 0.002 0.070 0.612 0.001 0.001 0.001 0.018 0.259 0.006 0.008 11 L 0.009 0.008 0.071 0.005 0.054 0.311 0.001 0.001 0.004 0.114 0.368 0.007 0.048 12 A 0.005 0.005 0.510 0.012 0.010 0.033 0.001 0.001 0.008 0.300 0.069 0.032 0.016 13 P 0.009 0.004 0.412 0.030 0.039 0.035 0.001 0.001 0.012 0.144 0.235 0.015 0.064 14 I 0.057 0.005 0.187 0.060 0.047 0.055 0.005 0.004 0.028 0.198 0.208 0.085 0.062 15 G 0.356 0.002 0.050 0.018 0.011 0.032 0.068 0.031 0.067 0.039 0.016 0.113 0.197 16 L 0.661 0.001 0.007 0.007 0.001 0.004 0.080 0.035 0.025 0.001 0.001 0.098 0.078 17 V 0.760 0.001 0.003 0.007 0.001 0.002 0.083 0.020 0.018 0.001 0.001 0.057 0.049 18 L 0.664 0.003 0.012 0.010 0.001 0.003 0.052 0.014 0.023 0.002 0.002 0.078 0.136 19 S 0.314 0.005 0.106 0.024 0.003 0.002 0.024 0.005 0.031 0.020 0.017 0.148 0.300 20 R 0.030 0.003 0.247 0.034 0.004 0.003 0.004 0.001 0.018 0.221 0.165 0.170 0.102 21 D 0.002 0.002 0.075 0.006 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.189 0.686 0.007 0.024 22 R 0.009 0.011 0.258 0.012 0.010 0.011 0.001 0.001 0.005 0.355 0.187 0.118 0.021 23 V 0.062 0.040 0.261 0.009 0.018 0.055 0.014 0.013 0.029 0.096 0.026 0.097 0.280 24 I 0.161 0.036 0.076 0.015 0.045 0.108 0.072 0.038 0.055 0.020 0.019 0.053 0.300 25 E 0.128 0.020 0.065 0.146 0.093 0.238 0.037 0.012 0.023 0.035 0.054 0.084 0.066 26 D 0.062 0.021 0.111 0.011 0.073 0.237 0.011 0.004 0.022 0.058 0.135 0.087 0.168 27 C 0.018 0.013 0.224 0.006 0.041 0.441 0.004 0.002 0.009 0.077 0.066 0.022 0.078 28 N 0.001 0.002 0.228 0.002 0.011 0.667 0.001 0.001 0.001 0.062 0.016 0.006 0.004 29 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.018 0.001 0.019 0.478 0.001 0.001 0.001 0.041 0.442 0.001 0.001 36 R 0.001 0.005 0.157 0.001 0.017 0.078 0.001 0.001 0.004 0.039 0.694 0.001 0.004 37 C 0.001 0.018 0.820 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.017 0.104 0.007 0.009 0.002 38 A 0.001 0.002 0.928 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 0.053 0.002 0.001 0.002 39 R 0.001 0.001 0.027 0.001 0.093 0.843 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.586 0.386 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 41 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.544 0.414 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 42 L 0.001 0.003 0.029 0.001 0.135 0.738 0.001 0.001 0.006 0.010 0.073 0.001 0.004 43 I 0.001 0.006 0.044 0.001 0.041 0.431 0.001 0.001 0.001 0.034 0.437 0.003 0.001 44 G 0.001 0.016 0.130 0.001 0.051 0.157 0.001 0.001 0.004 0.086 0.539 0.002 0.011 45 R 0.001 0.020 0.583 0.002 0.008 0.054 0.001 0.001 0.013 0.268 0.026 0.013 0.013 46 S 0.001 0.007 0.836 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.007 0.087 0.025 0.003 0.016 47 F 0.001 0.010 0.283 0.005 0.146 0.267 0.001 0.001 0.014 0.079 0.178 0.005 0.010 48 E 0.002 0.005 0.116 0.009 0.284 0.333 0.001 0.001 0.012 0.048 0.177 0.007 0.006 49 V 0.005 0.009 0.131 0.002 0.294 0.258 0.003 0.003 0.031 0.058 0.166 0.019 0.021 50 L 0.009 0.034 0.384 0.005 0.128 0.120 0.004 0.003 0.043 0.077 0.125 0.011 0.058 51 Y 0.004 0.037 0.542 0.002 0.018 0.028 0.001 0.001 0.017 0.214 0.074 0.047 0.015 52 P 0.001 0.036 0.660 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.009 0.189 0.046 0.006 0.029 53 S 0.001 0.011 0.757 0.001 0.027 0.024 0.001 0.001 0.003 0.119 0.050 0.003 0.005 54 S 0.001 0.004 0.095 0.001 0.243 0.263 0.001 0.001 0.001 0.058 0.332 0.001 0.002 55 D 0.001 0.007 0.104 0.001 0.161 0.347 0.001 0.001 0.001 0.086 0.288 0.002 0.001 56 E 0.001 0.010 0.199 0.001 0.110 0.572 0.001 0.001 0.001 0.054 0.045 0.001 0.006 57 F 0.001 0.003 0.029 0.001 0.032 0.911 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.032 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 60 I 0.001 0.001 0.010 0.001 0.016 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 61 G 0.001 0.001 0.008 0.001 0.013 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.952 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.017 0.001 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 65 S 0.001 0.001 0.013 0.001 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 66 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 68 M 0.002 0.001 0.008 0.001 0.022 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.002 0.003 69 I 0.006 0.003 0.045 0.004 0.054 0.714 0.001 0.001 0.001 0.014 0.140 0.007 0.011 70 A 0.003 0.002 0.048 0.004 0.046 0.255 0.001 0.001 0.002 0.045 0.578 0.006 0.011 71 H 0.001 0.002 0.109 0.001 0.009 0.033 0.001 0.001 0.002 0.167 0.661 0.004 0.010 72 G 0.002 0.008 0.559 0.002 0.006 0.015 0.001 0.001 0.006 0.217 0.094 0.070 0.020 73 S 0.006 0.028 0.592 0.002 0.007 0.015 0.001 0.001 0.014 0.098 0.056 0.025 0.154 74 Y 0.009 0.025 0.527 0.017 0.012 0.024 0.002 0.001 0.020 0.149 0.046 0.109 0.060 75 A 0.023 0.015 0.320 0.046 0.019 0.027 0.004 0.001 0.015 0.094 0.081 0.051 0.305 76 D 0.086 0.010 0.167 0.054 0.029 0.020 0.005 0.001 0.009 0.054 0.053 0.256 0.255 77 D 0.209 0.004 0.065 0.034 0.014 0.016 0.007 0.001 0.008 0.015 0.015 0.217 0.395 78 R 0.384 0.002 0.023 0.011 0.004 0.006 0.005 0.001 0.004 0.003 0.003 0.299 0.256 79 I 0.529 0.001 0.011 0.012 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.267 80 M 0.653 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.123 81 K 0.536 0.002 0.009 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.317 82 R 0.225 0.005 0.093 0.009 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.005 0.011 0.202 0.439 83 A 0.017 0.001 0.052 0.038 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 0.641 0.119 0.055 84 G 0.001 0.001 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.855 0.014 0.017 85 G 0.003 0.002 0.094 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.467 0.382 0.028 0.019 86 E 0.037 0.022 0.190 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.066 0.008 0.579 0.084 87 L 0.049 0.007 0.020 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.007 0.003 0.002 0.005 0.887 88 F 0.080 0.002 0.008 0.253 0.001 0.001 0.009 0.002 0.003 0.005 0.001 0.632 0.007 89 W 0.215 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.050 0.004 0.008 0.001 0.001 0.015 0.695 90 C 0.554 0.001 0.004 0.033 0.001 0.001 0.082 0.013 0.008 0.001 0.001 0.243 0.060 91 H 0.586 0.001 0.007 0.024 0.001 0.001 0.099 0.016 0.026 0.001 0.001 0.099 0.138 92 V 0.478 0.001 0.020 0.038 0.003 0.002 0.048 0.011 0.033 0.003 0.003 0.154 0.206 93 T 0.236 0.004 0.039 0.106 0.005 0.007 0.054 0.012 0.095 0.015 0.020 0.299 0.108 94 G 0.150 0.010 0.129 0.012 0.008 0.005 0.016 0.006 0.046 0.035 0.017 0.054 0.512 95 R 0.053 0.005 0.102 0.014 0.004 0.003 0.006 0.001 0.035 0.034 0.008 0.667 0.068 96 A 0.049 0.037 0.145 0.003 0.008 0.004 0.005 0.002 0.020 0.036 0.022 0.046 0.623 97 L 0.017 0.100 0.419 0.018 0.019 0.013 0.005 0.003 0.018 0.137 0.057 0.131 0.063 98 D 0.003 0.015 0.700 0.006 0.020 0.009 0.001 0.001 0.005 0.094 0.030 0.015 0.102 99 R 0.001 0.002 0.049 0.003 0.064 0.035 0.001 0.001 0.001 0.092 0.744 0.005 0.004 100 T 0.001 0.004 0.036 0.002 0.048 0.015 0.001 0.001 0.001 0.072 0.816 0.002 0.003 101 A 0.002 0.011 0.267 0.003 0.036 0.014 0.001 0.001 0.001 0.448 0.177 0.021 0.018 102 P 0.013 0.039 0.552 0.011 0.015 0.018 0.001 0.001 0.007 0.185 0.036 0.050 0.073 103 L 0.062 0.039 0.222 0.034 0.029 0.057 0.017 0.003 0.026 0.091 0.081 0.045 0.293 104 A 0.080 0.010 0.162 0.318 0.019 0.025 0.015 0.007 0.023 0.075 0.058 0.126 0.082 105 A 0.307 0.003 0.059 0.062 0.007 0.018 0.076 0.021 0.042 0.029 0.014 0.120 0.242 106 G 0.448 0.001 0.012 0.023 0.002 0.012 0.130 0.073 0.054 0.006 0.003 0.122 0.115 107 V 0.504 0.001 0.007 0.039 0.002 0.013 0.159 0.110 0.040 0.003 0.002 0.049 0.070 108 W 0.452 0.001 0.006 0.017 0.002 0.013 0.178 0.128 0.074 0.003 0.003 0.075 0.049 109 T 0.403 0.003 0.034 0.039 0.006 0.035 0.101 0.087 0.062 0.017 0.014 0.046 0.153 110 F 0.238 0.007 0.123 0.019 0.013 0.069 0.055 0.025 0.107 0.045 0.027 0.156 0.115 111 E 0.067 0.014 0.289 0.030 0.027 0.121 0.018 0.008 0.062 0.117 0.089 0.046 0.112 112 D 0.015 0.013 0.453 0.009 0.031 0.147 0.002 0.002 0.020 0.137 0.065 0.052 0.053 113 L 0.007 0.009 0.250 0.009 0.058 0.385 0.001 0.001 0.010 0.109 0.111 0.010 0.040 114 S 0.005 0.008 0.190 0.013 0.075 0.484 0.001 0.001 0.004 0.107 0.075 0.026 0.012 115 A 0.004 0.003 0.030 0.002 0.088 0.784 0.001 0.001 0.003 0.019 0.041 0.004 0.021 116 T 0.006 0.004 0.041 0.004 0.079 0.771 0.001 0.001 0.002 0.011 0.066 0.006 0.012 117 R 0.007 0.003 0.040 0.004 0.091 0.764 0.001 0.001 0.002 0.012 0.051 0.014 0.012 118 R 0.010 0.007 0.095 0.004 0.064 0.616 0.001 0.001 0.004 0.029 0.113 0.017 0.040 119 V 0.013 0.014 0.180 0.008 0.067 0.441 0.001 0.001 0.004 0.064 0.152 0.020 0.035 120 A 0.006 0.014 0.417 0.004 0.027 0.182 0.001 0.001 0.008 0.156 0.119 0.029 0.036