# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5885 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.050 0.015 0.052 0.051 0.005 0.261 0.004 0.006 0.001 0.002 0.256 0.088 0.200 0.002 0.002 0.004 2 A 0.005 0.028 0.012 0.048 0.003 0.070 0.003 0.003 0.002 0.001 0.309 0.278 0.226 0.003 0.002 0.004 3 I 0.002 0.039 0.018 0.050 0.001 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.038 0.342 0.476 0.002 0.010 0.003 4 D 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.034 0.905 0.001 0.001 0.006 5 Y 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.018 0.903 0.002 0.001 0.001 6 K 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.095 0.884 0.001 0.004 0.001 7 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.003 8 A 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.005 0.002 0.003 9 F 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.944 0.017 0.008 0.005 10 H 0.001 0.003 0.005 0.007 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.886 0.027 0.022 0.027 11 L 0.014 0.036 0.042 0.046 0.001 0.003 0.024 0.005 0.012 0.001 0.005 0.014 0.404 0.033 0.045 0.315 12 A 0.069 0.009 0.261 0.036 0.002 0.036 0.042 0.004 0.005 0.004 0.004 0.007 0.389 0.011 0.034 0.086 13 P 0.033 0.066 0.150 0.054 0.025 0.125 0.075 0.010 0.003 0.004 0.092 0.008 0.204 0.105 0.009 0.038 14 I 0.025 0.440 0.045 0.340 0.001 0.014 0.003 0.023 0.006 0.001 0.018 0.030 0.019 0.002 0.025 0.011 15 G 0.020 0.023 0.446 0.391 0.001 0.020 0.005 0.001 0.015 0.005 0.003 0.010 0.019 0.001 0.001 0.040 16 L 0.046 0.021 0.371 0.529 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.003 17 V 0.001 0.015 0.067 0.893 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 18 L 0.001 0.014 0.040 0.790 0.087 0.058 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 19 S 0.001 0.017 0.008 0.155 0.361 0.391 0.005 0.028 0.002 0.002 0.021 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 20 R 0.004 0.063 0.005 0.036 0.243 0.110 0.032 0.167 0.010 0.011 0.270 0.028 0.004 0.013 0.004 0.001 21 D 0.008 0.111 0.011 0.036 0.002 0.014 0.002 0.401 0.036 0.014 0.066 0.077 0.006 0.001 0.211 0.004 22 R 0.054 0.110 0.152 0.061 0.001 0.009 0.005 0.005 0.257 0.037 0.018 0.056 0.013 0.001 0.007 0.214 23 V 0.741 0.009 0.171 0.022 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.012 0.001 0.002 0.010 24 I 0.010 0.002 0.141 0.011 0.007 0.755 0.004 0.001 0.001 0.001 0.041 0.005 0.016 0.004 0.001 0.002 25 E 0.001 0.844 0.007 0.067 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.046 0.012 0.001 0.002 0.001 26 D 0.003 0.030 0.026 0.487 0.008 0.104 0.015 0.001 0.022 0.002 0.016 0.040 0.193 0.001 0.003 0.047 27 C 0.018 0.025 0.744 0.100 0.001 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 0.022 0.050 0.001 0.001 0.007 28 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.900 0.001 0.005 35 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.002 0.937 0.006 36 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.984 37 C 0.915 0.010 0.054 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 38 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 39 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.001 0.001 0.025 0.002 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.841 0.001 0.008 0.095 42 L 0.005 0.001 0.048 0.001 0.007 0.002 0.201 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.454 0.233 0.003 0.037 43 I 0.003 0.011 0.034 0.009 0.001 0.002 0.006 0.079 0.001 0.001 0.002 0.006 0.153 0.009 0.667 0.017 44 G 0.002 0.003 0.021 0.017 0.002 0.006 0.012 0.001 0.056 0.008 0.001 0.001 0.033 0.018 0.003 0.818 45 R 0.747 0.025 0.140 0.048 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.012 0.007 46 S 0.004 0.002 0.013 0.004 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.002 47 F 0.003 0.005 0.001 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 48 E 0.001 0.167 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.808 0.005 0.001 0.003 0.001 49 V 0.005 0.008 0.269 0.053 0.002 0.013 0.043 0.001 0.004 0.001 0.009 0.012 0.323 0.006 0.020 0.231 50 L 0.019 0.031 0.700 0.064 0.001 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.066 0.001 0.005 0.086 51 Y 0.027 0.051 0.421 0.234 0.014 0.094 0.027 0.003 0.005 0.003 0.003 0.005 0.051 0.011 0.004 0.048 52 P 0.030 0.076 0.145 0.218 0.003 0.389 0.003 0.015 0.002 0.001 0.044 0.007 0.043 0.001 0.005 0.018 53 S 0.008 0.030 0.007 0.024 0.002 0.607 0.002 0.003 0.004 0.004 0.188 0.082 0.035 0.001 0.001 0.003 54 S 0.007 0.044 0.006 0.013 0.001 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.658 0.183 0.046 0.001 0.002 0.002 55 D 0.002 0.044 0.020 0.012 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.051 0.692 0.142 0.002 0.006 0.006 56 E 0.002 0.004 0.026 0.005 0.001 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.035 0.093 0.788 0.003 0.007 0.017 57 F 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.041 0.049 0.876 0.003 0.003 0.005 58 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.037 0.931 0.001 0.004 0.003 59 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.939 0.017 0.001 0.006 60 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.957 0.001 0.014 0.002 61 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.973 0.001 0.001 0.008 62 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.975 0.001 0.001 0.002 63 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.934 0.002 0.001 0.006 64 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.968 0.001 0.002 0.003 65 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.984 0.001 0.001 0.002 66 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.984 0.002 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.967 0.001 0.003 0.003 68 M 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.005 0.003 0.006 69 I 0.002 0.005 0.011 0.012 0.013 0.005 0.042 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.604 0.259 0.014 0.021 70 A 0.002 0.008 0.013 0.005 0.013 0.004 0.087 0.010 0.003 0.001 0.006 0.003 0.103 0.623 0.076 0.043 71 H 0.016 0.018 0.099 0.019 0.001 0.004 0.007 0.041 0.010 0.003 0.005 0.005 0.060 0.004 0.524 0.184 72 G 0.188 0.015 0.107 0.028 0.004 0.030 0.012 0.001 0.045 0.058 0.008 0.007 0.059 0.004 0.005 0.430 73 S 0.481 0.057 0.122 0.066 0.010 0.061 0.010 0.006 0.002 0.001 0.078 0.022 0.064 0.004 0.004 0.011 74 Y 0.007 0.168 0.168 0.226 0.031 0.159 0.019 0.023 0.006 0.004 0.049 0.085 0.033 0.009 0.004 0.007 75 A 0.015 0.107 0.111 0.340 0.006 0.106 0.014 0.036 0.011 0.005 0.074 0.074 0.068 0.003 0.019 0.012 76 D 0.021 0.057 0.090 0.346 0.002 0.081 0.006 0.006 0.021 0.007 0.113 0.100 0.123 0.001 0.005 0.023 77 D 0.048 0.064 0.192 0.449 0.002 0.039 0.003 0.001 0.006 0.001 0.030 0.070 0.076 0.001 0.001 0.017 78 R 0.014 0.029 0.240 0.564 0.007 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.062 0.003 0.001 0.006 79 I 0.002 0.045 0.119 0.749 0.003 0.019 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.040 0.001 0.001 0.006 80 M 0.003 0.017 0.044 0.809 0.004 0.061 0.002 0.003 0.003 0.001 0.004 0.003 0.039 0.001 0.002 0.006 81 K 0.006 0.056 0.148 0.699 0.018 0.030 0.003 0.004 0.002 0.001 0.006 0.003 0.016 0.001 0.001 0.006 82 R 0.002 0.003 0.004 0.018 0.553 0.377 0.012 0.003 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 83 A 0.001 0.021 0.005 0.009 0.366 0.007 0.041 0.153 0.001 0.001 0.273 0.004 0.002 0.105 0.010 0.001 84 G 0.001 0.052 0.004 0.009 0.001 0.002 0.001 0.263 0.056 0.015 0.002 0.041 0.002 0.001 0.540 0.011 85 G 0.049 0.010 0.080 0.016 0.001 0.002 0.003 0.001 0.238 0.040 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 0.546 86 E 0.881 0.008 0.087 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.007 0.009 0.786 0.123 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 F 0.002 0.075 0.047 0.870 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 W 0.001 0.004 0.008 0.977 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 C 0.001 0.010 0.046 0.925 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 H 0.001 0.010 0.006 0.968 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 V 0.001 0.016 0.014 0.759 0.078 0.123 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 T 0.001 0.146 0.019 0.745 0.008 0.040 0.001 0.029 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 G 0.003 0.031 0.019 0.848 0.013 0.041 0.001 0.004 0.013 0.009 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 95 R 0.041 0.096 0.121 0.605 0.017 0.074 0.002 0.007 0.003 0.003 0.011 0.010 0.005 0.001 0.001 0.004 96 A 0.010 0.060 0.063 0.483 0.036 0.262 0.005 0.008 0.005 0.002 0.035 0.014 0.011 0.001 0.001 0.004 97 L 0.008 0.216 0.062 0.502 0.014 0.063 0.004 0.021 0.003 0.002 0.051 0.035 0.011 0.001 0.003 0.004 98 D 0.005 0.009 0.004 0.014 0.012 0.819 0.005 0.005 0.005 0.007 0.030 0.050 0.030 0.001 0.002 0.001 99 R 0.003 0.018 0.003 0.005 0.008 0.004 0.005 0.006 0.001 0.001 0.891 0.016 0.024 0.013 0.002 0.002 100 T 0.005 0.121 0.020 0.019 0.001 0.005 0.003 0.023 0.010 0.001 0.005 0.586 0.018 0.002 0.172 0.012 101 A 0.013 0.007 0.393 0.015 0.001 0.006 0.027 0.001 0.014 0.004 0.005 0.005 0.135 0.003 0.011 0.361 102 P 0.392 0.024 0.292 0.047 0.004 0.047 0.012 0.005 0.001 0.001 0.020 0.012 0.094 0.003 0.006 0.040 103 L 0.018 0.018 0.127 0.068 0.016 0.430 0.025 0.008 0.004 0.004 0.080 0.031 0.128 0.032 0.005 0.008 104 A 0.004 0.503 0.036 0.159 0.008 0.032 0.015 0.034 0.004 0.002 0.030 0.065 0.074 0.008 0.021 0.006 105 A 0.008 0.048 0.035 0.711 0.001 0.011 0.003 0.007 0.023 0.003 0.011 0.019 0.079 0.001 0.009 0.033 106 G 0.064 0.004 0.555 0.200 0.004 0.060 0.005 0.001 0.007 0.002 0.008 0.009 0.059 0.002 0.001 0.019 107 V 0.017 0.056 0.152 0.683 0.003 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.007 0.056 0.001 0.001 0.002 108 W 0.001 0.010 0.026 0.839 0.019 0.048 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.036 0.002 0.001 0.002 109 T 0.005 0.039 0.035 0.461 0.015 0.179 0.004 0.016 0.002 0.001 0.055 0.022 0.153 0.002 0.003 0.007 110 F 0.003 0.020 0.014 0.225 0.061 0.248 0.022 0.011 0.008 0.009 0.134 0.052 0.168 0.016 0.003 0.005 111 E 0.008 0.315 0.041 0.141 0.004 0.023 0.006 0.022 0.003 0.002 0.069 0.114 0.213 0.004 0.021 0.014 112 D 0.005 0.013 0.018 0.038 0.003 0.298 0.008 0.002 0.015 0.004 0.024 0.100 0.418 0.003 0.004 0.048 113 L 0.039 0.025 0.083 0.032 0.001 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.278 0.046 0.445 0.004 0.007 0.019 114 S 0.005 0.051 0.031 0.020 0.001 0.094 0.008 0.002 0.002 0.001 0.017 0.278 0.465 0.004 0.007 0.014 115 A 0.004 0.010 0.046 0.035 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.087 0.010 0.751 0.014 0.006 0.019 116 T 0.005 0.022 0.024 0.023 0.001 0.043 0.008 0.002 0.002 0.001 0.011 0.250 0.559 0.009 0.023 0.017 117 R 0.001 0.005 0.022 0.016 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.030 0.010 0.863 0.002 0.010 0.024 118 R 0.009 0.023 0.043 0.069 0.009 0.018 0.035 0.002 0.002 0.001 0.011 0.043 0.612 0.062 0.006 0.053 119 V 0.010 0.023 0.105 0.044 0.012 0.020 0.058 0.008 0.002 0.001 0.011 0.014 0.529 0.086 0.036 0.041 120 A 0.007 0.023 0.109 0.090 0.020 0.039 0.066 0.027 0.007 0.009 0.039 0.016 0.343 0.055 0.066 0.083