# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5880 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.062 0.472 0.002 0.010 0.010 0.010 0.036 0.005 0.001 0.053 0.340 2 A 0.018 0.688 0.001 0.011 0.007 0.010 0.018 0.003 0.001 0.038 0.207 3 I 0.014 0.043 0.001 0.009 0.008 0.012 0.035 0.005 0.001 0.749 0.123 4 D 0.010 0.734 0.009 0.010 0.008 0.006 0.019 0.003 0.003 0.135 0.063 5 Y 0.036 0.820 0.004 0.009 0.010 0.006 0.011 0.004 0.002 0.035 0.065 6 K 0.045 0.554 0.016 0.014 0.017 0.028 0.019 0.011 0.006 0.145 0.145 7 T 0.081 0.337 0.036 0.014 0.018 0.032 0.062 0.011 0.015 0.155 0.237 8 A 0.134 0.219 0.051 0.020 0.022 0.030 0.085 0.021 0.018 0.101 0.299 9 F 0.165 0.048 0.021 0.035 0.026 0.028 0.101 0.017 0.014 0.097 0.447 10 H 0.024 0.019 0.013 0.034 0.021 0.024 0.147 0.005 0.006 0.061 0.646 11 L 0.020 0.032 0.021 0.028 0.017 0.017 0.147 0.006 0.006 0.046 0.660 12 A 0.186 0.044 0.007 0.029 0.021 0.032 0.158 0.018 0.003 0.095 0.407 13 P 0.070 0.046 0.004 0.055 0.024 0.036 0.115 0.006 0.001 0.064 0.578 14 I 0.016 0.028 0.002 0.140 0.096 0.142 0.094 0.002 0.001 0.050 0.429 15 G 0.008 0.002 0.001 0.143 0.095 0.473 0.050 0.003 0.001 0.074 0.151 16 L 0.002 0.002 0.001 0.278 0.285 0.225 0.034 0.001 0.001 0.028 0.146 17 V 0.001 0.001 0.001 0.199 0.341 0.312 0.034 0.001 0.001 0.024 0.089 18 L 0.007 0.002 0.002 0.107 0.249 0.326 0.081 0.001 0.001 0.046 0.179 19 S 0.235 0.004 0.003 0.062 0.090 0.132 0.048 0.005 0.001 0.045 0.376 20 R 0.351 0.007 0.001 0.022 0.035 0.039 0.084 0.002 0.001 0.021 0.439 21 D 0.005 0.004 0.001 0.014 0.016 0.044 0.131 0.001 0.001 0.015 0.771 22 R 0.004 0.010 0.001 0.058 0.106 0.173 0.137 0.001 0.001 0.045 0.466 23 V 0.012 0.009 0.001 0.046 0.164 0.495 0.057 0.003 0.001 0.044 0.171 24 I 0.015 0.015 0.001 0.034 0.293 0.176 0.057 0.002 0.001 0.046 0.361 25 E 0.019 0.036 0.001 0.140 0.263 0.210 0.027 0.001 0.001 0.040 0.264 26 D 0.006 0.115 0.001 0.085 0.097 0.164 0.058 0.001 0.001 0.060 0.413 27 C 0.009 0.408 0.002 0.012 0.029 0.037 0.062 0.005 0.001 0.070 0.365 28 N 0.013 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 29 D 0.014 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 30 E 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 31 L 0.069 0.716 0.040 0.002 0.002 0.004 0.008 0.012 0.015 0.099 0.034 32 A 0.119 0.282 0.197 0.006 0.010 0.010 0.041 0.018 0.060 0.102 0.152 33 A 0.269 0.151 0.020 0.005 0.007 0.014 0.068 0.021 0.015 0.051 0.379 34 I 0.135 0.047 0.021 0.013 0.017 0.010 0.059 0.026 0.009 0.049 0.614 35 F 0.059 0.020 0.005 0.024 0.010 0.017 0.129 0.008 0.004 0.024 0.700 36 R 0.026 0.031 0.003 0.039 0.007 0.015 0.138 0.005 0.002 0.019 0.715 37 C 0.008 0.035 0.007 0.049 0.015 0.009 0.312 0.009 0.002 0.024 0.531 38 A 0.188 0.550 0.006 0.021 0.006 0.008 0.050 0.038 0.004 0.017 0.111 39 R 0.682 0.220 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 0.020 0.001 0.011 0.049 40 A 0.117 0.250 0.016 0.042 0.008 0.009 0.050 0.018 0.006 0.046 0.438 41 D 0.330 0.084 0.013 0.031 0.006 0.032 0.057 0.037 0.009 0.074 0.327 42 L 0.244 0.011 0.008 0.028 0.024 0.022 0.052 0.030 0.004 0.073 0.506 43 I 0.025 0.004 0.002 0.042 0.043 0.025 0.135 0.003 0.001 0.023 0.696 44 G 0.012 0.006 0.001 0.037 0.033 0.053 0.123 0.003 0.001 0.020 0.712 45 R 0.026 0.015 0.002 0.028 0.054 0.031 0.170 0.005 0.001 0.022 0.647 46 S 0.268 0.091 0.003 0.024 0.028 0.042 0.113 0.015 0.001 0.038 0.377 47 F 0.325 0.042 0.002 0.022 0.019 0.031 0.071 0.011 0.001 0.033 0.443 48 E 0.086 0.016 0.001 0.074 0.044 0.080 0.085 0.005 0.001 0.052 0.556 49 V 0.019 0.006 0.001 0.095 0.049 0.103 0.080 0.002 0.001 0.047 0.598 50 L 0.006 0.005 0.001 0.086 0.077 0.066 0.113 0.002 0.001 0.031 0.614 51 Y 0.027 0.012 0.001 0.067 0.058 0.063 0.129 0.005 0.001 0.052 0.585 52 P 0.101 0.069 0.002 0.026 0.030 0.020 0.083 0.009 0.001 0.035 0.624 53 S 0.227 0.270 0.001 0.008 0.005 0.005 0.047 0.009 0.001 0.020 0.408 54 S 0.139 0.406 0.001 0.007 0.002 0.004 0.042 0.007 0.001 0.043 0.349 55 D 0.029 0.679 0.002 0.003 0.002 0.002 0.033 0.004 0.001 0.030 0.215 56 E 0.017 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.015 0.051 57 F 0.053 0.865 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.029 0.032 58 E 0.029 0.856 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.041 0.053 59 R 0.054 0.695 0.006 0.002 0.002 0.002 0.015 0.008 0.005 0.080 0.131 60 I 0.056 0.790 0.010 0.002 0.002 0.002 0.007 0.009 0.007 0.030 0.085 61 G 0.168 0.154 0.004 0.003 0.003 0.004 0.031 0.017 0.005 0.337 0.274 62 E 0.037 0.220 0.008 0.005 0.005 0.004 0.057 0.008 0.007 0.273 0.376 63 R 0.024 0.722 0.005 0.004 0.002 0.001 0.029 0.003 0.004 0.037 0.168 64 I 0.018 0.884 0.004 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.002 0.015 0.060 65 S 0.046 0.821 0.003 0.002 0.002 0.004 0.015 0.005 0.002 0.035 0.065 66 P 0.065 0.586 0.016 0.009 0.007 0.012 0.032 0.005 0.004 0.133 0.131 67 V 0.142 0.111 0.075 0.027 0.016 0.020 0.096 0.013 0.021 0.230 0.249 68 M 0.330 0.021 0.025 0.018 0.009 0.025 0.070 0.011 0.013 0.065 0.414 69 I 0.145 0.002 0.001 0.009 0.005 0.006 0.048 0.002 0.001 0.021 0.760 70 A 0.014 0.001 0.001 0.009 0.005 0.007 0.078 0.001 0.001 0.010 0.875 71 H 0.009 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.128 0.001 0.001 0.013 0.831 72 G 0.030 0.007 0.001 0.021 0.016 0.023 0.156 0.002 0.001 0.033 0.713 73 S 0.023 0.016 0.001 0.034 0.024 0.030 0.145 0.001 0.001 0.037 0.689 74 Y 0.033 0.048 0.001 0.057 0.047 0.080 0.093 0.003 0.001 0.042 0.596 75 A 0.058 0.150 0.001 0.050 0.056 0.089 0.055 0.004 0.001 0.039 0.498 76 D 0.052 0.194 0.001 0.040 0.098 0.179 0.044 0.004 0.001 0.039 0.349 77 D 0.028 0.176 0.002 0.029 0.120 0.220 0.049 0.004 0.001 0.053 0.319 78 R 0.027 0.091 0.002 0.031 0.185 0.375 0.042 0.005 0.001 0.050 0.193 79 I 0.017 0.077 0.002 0.058 0.250 0.277 0.056 0.002 0.001 0.040 0.220 80 M 0.005 0.014 0.003 0.053 0.251 0.452 0.042 0.001 0.001 0.034 0.144 81 K 0.053 0.015 0.013 0.027 0.133 0.232 0.136 0.006 0.004 0.100 0.281 82 R 0.768 0.005 0.004 0.009 0.025 0.048 0.014 0.004 0.002 0.026 0.096 83 A 0.175 0.001 0.001 0.006 0.009 0.009 0.088 0.001 0.001 0.015 0.698 84 G 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 0.023 0.066 0.001 0.001 0.008 0.884 85 G 0.002 0.001 0.001 0.008 0.037 0.064 0.265 0.001 0.001 0.027 0.596 86 E 0.005 0.002 0.001 0.033 0.189 0.603 0.032 0.001 0.001 0.023 0.111 87 L 0.004 0.002 0.001 0.020 0.228 0.279 0.039 0.001 0.001 0.023 0.405 88 F 0.002 0.011 0.001 0.075 0.509 0.308 0.012 0.001 0.001 0.017 0.067 89 W 0.001 0.001 0.001 0.032 0.166 0.600 0.024 0.001 0.001 0.089 0.087 90 C 0.001 0.007 0.001 0.043 0.336 0.501 0.019 0.001 0.001 0.046 0.046 91 H 0.004 0.004 0.001 0.028 0.308 0.578 0.011 0.001 0.001 0.017 0.048 92 V 0.010 0.010 0.001 0.032 0.324 0.471 0.025 0.001 0.001 0.033 0.095 93 T 0.014 0.018 0.001 0.071 0.149 0.443 0.058 0.001 0.001 0.036 0.210 94 G 0.030 0.037 0.001 0.051 0.181 0.227 0.080 0.002 0.001 0.052 0.338 95 R 0.048 0.012 0.001 0.059 0.150 0.216 0.068 0.002 0.001 0.057 0.386 96 A 0.010 0.005 0.001 0.026 0.071 0.117 0.115 0.001 0.001 0.064 0.590 97 L 0.043 0.007 0.004 0.018 0.055 0.076 0.130 0.003 0.001 0.075 0.587 98 D 0.597 0.006 0.002 0.011 0.018 0.028 0.040 0.003 0.001 0.047 0.249 99 R 0.051 0.002 0.001 0.007 0.008 0.010 0.080 0.001 0.001 0.012 0.828 100 T 0.004 0.005 0.001 0.006 0.007 0.016 0.137 0.001 0.001 0.013 0.811 101 A 0.013 0.018 0.001 0.015 0.034 0.050 0.213 0.001 0.001 0.066 0.589 102 P 0.044 0.022 0.003 0.047 0.080 0.156 0.114 0.004 0.001 0.121 0.410 103 L 0.031 0.033 0.001 0.031 0.075 0.112 0.072 0.002 0.001 0.055 0.587 104 A 0.015 0.065 0.001 0.095 0.177 0.140 0.075 0.001 0.001 0.075 0.356 105 A 0.003 0.020 0.001 0.131 0.120 0.303 0.055 0.001 0.001 0.197 0.169 106 G 0.004 0.038 0.001 0.123 0.197 0.370 0.041 0.001 0.001 0.126 0.098 107 V 0.004 0.061 0.002 0.162 0.350 0.236 0.032 0.001 0.001 0.064 0.089 108 W 0.008 0.058 0.003 0.157 0.197 0.339 0.047 0.002 0.001 0.094 0.093 109 T 0.037 0.166 0.004 0.144 0.097 0.155 0.060 0.006 0.002 0.116 0.215 110 F 0.077 0.082 0.004 0.091 0.063 0.069 0.049 0.013 0.003 0.253 0.295 111 E 0.029 0.096 0.006 0.080 0.044 0.030 0.074 0.005 0.004 0.154 0.479 112 D 0.027 0.044 0.003 0.042 0.012 0.023 0.070 0.006 0.002 0.358 0.415 113 L 0.034 0.116 0.009 0.025 0.021 0.013 0.104 0.009 0.004 0.266 0.399 114 S 0.104 0.504 0.009 0.018 0.011 0.013 0.055 0.008 0.005 0.076 0.197 115 A 0.114 0.452 0.008 0.013 0.010 0.014 0.034 0.009 0.002 0.041 0.303 116 T 0.099 0.245 0.011 0.018 0.018 0.033 0.081 0.013 0.005 0.086 0.391 117 R 0.105 0.094 0.019 0.019 0.021 0.038 0.114 0.011 0.007 0.126 0.446 118 R 0.096 0.055 0.014 0.024 0.033 0.031 0.118 0.011 0.005 0.082 0.531 119 V 0.092 0.028 0.007 0.024 0.030 0.031 0.105 0.009 0.003 0.057 0.615 120 A 0.047 0.015 0.004 0.026 0.026 0.035 0.103 0.005 0.002 0.042 0.693