# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5880 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.060 0.406 0.005 0.009 0.010 0.062 0.036 0.412 2 A 0.155 0.513 0.008 0.003 0.013 0.042 0.061 0.205 3 I 0.009 0.056 0.026 0.019 0.016 0.060 0.677 0.138 4 D 0.005 0.665 0.022 0.031 0.036 0.037 0.100 0.103 5 Y 0.032 0.876 0.009 0.005 0.007 0.007 0.038 0.027 6 K 0.017 0.704 0.018 0.040 0.010 0.024 0.085 0.104 7 T 0.042 0.654 0.022 0.013 0.025 0.030 0.070 0.145 8 A 0.141 0.436 0.082 0.016 0.032 0.041 0.084 0.167 9 F 0.136 0.034 0.060 0.031 0.035 0.082 0.341 0.282 10 H 0.017 0.040 0.036 0.028 0.054 0.145 0.061 0.619 11 L 0.030 0.020 0.073 0.011 0.039 0.140 0.052 0.635 12 A 0.102 0.071 0.065 0.043 0.030 0.143 0.113 0.433 13 P 0.059 0.057 0.043 0.015 0.044 0.142 0.061 0.577 14 I 0.006 0.018 0.111 0.044 0.143 0.130 0.074 0.474 15 G 0.003 0.011 0.164 0.134 0.328 0.059 0.116 0.185 16 L 0.001 0.003 0.176 0.320 0.324 0.029 0.047 0.100 17 V 0.002 0.001 0.247 0.248 0.363 0.021 0.064 0.054 18 L 0.009 0.001 0.195 0.208 0.256 0.052 0.089 0.190 19 S 0.145 0.001 0.087 0.074 0.110 0.104 0.062 0.417 20 R 0.110 0.002 0.012 0.017 0.028 0.144 0.022 0.665 21 D 0.004 0.001 0.003 0.013 0.014 0.126 0.009 0.830 22 R 0.007 0.008 0.026 0.087 0.145 0.112 0.060 0.556 23 V 0.016 0.020 0.121 0.319 0.185 0.062 0.065 0.213 24 I 0.018 0.021 0.094 0.190 0.189 0.056 0.054 0.379 25 E 0.018 0.010 0.131 0.197 0.187 0.058 0.047 0.351 26 D 0.014 0.027 0.125 0.080 0.231 0.075 0.159 0.288 27 C 0.019 0.284 0.070 0.017 0.036 0.062 0.073 0.438 28 N 0.071 0.874 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.012 29 D 0.008 0.935 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.028 30 E 0.019 0.913 0.003 0.001 0.001 0.003 0.032 0.028 31 L 0.054 0.677 0.013 0.002 0.002 0.010 0.219 0.023 32 A 0.086 0.245 0.042 0.013 0.011 0.053 0.422 0.128 33 A 0.134 0.190 0.018 0.010 0.017 0.077 0.136 0.418 34 I 0.066 0.123 0.056 0.010 0.020 0.109 0.098 0.518 35 F 0.051 0.075 0.086 0.021 0.030 0.133 0.089 0.515 36 R 0.024 0.083 0.040 0.013 0.023 0.137 0.038 0.642 37 C 0.031 0.145 0.058 0.016 0.024 0.096 0.046 0.584 38 A 0.195 0.403 0.019 0.013 0.012 0.045 0.118 0.195 39 R 0.292 0.309 0.017 0.008 0.009 0.051 0.080 0.233 40 A 0.108 0.120 0.050 0.016 0.029 0.079 0.116 0.482 41 D 0.190 0.101 0.049 0.021 0.047 0.081 0.061 0.449 42 L 0.204 0.027 0.051 0.023 0.056 0.104 0.139 0.397 43 I 0.021 0.013 0.032 0.036 0.047 0.138 0.036 0.676 44 G 0.046 0.013 0.013 0.014 0.038 0.110 0.025 0.741 45 R 0.041 0.024 0.029 0.059 0.043 0.123 0.029 0.652 46 S 0.232 0.056 0.037 0.033 0.059 0.096 0.068 0.419 47 F 0.137 0.028 0.044 0.041 0.048 0.107 0.080 0.514 48 E 0.062 0.015 0.109 0.049 0.106 0.107 0.053 0.499 49 V 0.012 0.008 0.117 0.046 0.159 0.120 0.032 0.506 50 L 0.007 0.004 0.119 0.063 0.102 0.153 0.026 0.525 51 Y 0.019 0.009 0.080 0.044 0.064 0.183 0.106 0.495 52 P 0.044 0.056 0.052 0.009 0.014 0.106 0.082 0.636 53 S 0.216 0.482 0.004 0.002 0.002 0.031 0.092 0.171 54 S 0.096 0.570 0.003 0.001 0.001 0.040 0.041 0.247 55 D 0.022 0.671 0.004 0.001 0.002 0.024 0.082 0.194 56 E 0.026 0.825 0.002 0.001 0.001 0.011 0.077 0.058 57 F 0.064 0.789 0.001 0.002 0.001 0.008 0.100 0.034 58 E 0.021 0.787 0.002 0.003 0.002 0.016 0.044 0.125 59 R 0.055 0.680 0.006 0.002 0.005 0.022 0.067 0.163 60 I 0.056 0.790 0.009 0.004 0.003 0.016 0.070 0.053 61 G 0.206 0.248 0.018 0.003 0.004 0.040 0.302 0.178 62 E 0.035 0.207 0.014 0.007 0.005 0.070 0.230 0.431 63 R 0.010 0.466 0.028 0.004 0.008 0.066 0.062 0.355 64 I 0.016 0.841 0.013 0.004 0.002 0.020 0.027 0.077 65 S 0.062 0.799 0.003 0.003 0.002 0.011 0.062 0.060 66 P 0.114 0.445 0.025 0.009 0.009 0.034 0.118 0.246 67 V 0.135 0.106 0.140 0.014 0.029 0.052 0.265 0.259 68 M 0.240 0.026 0.058 0.019 0.021 0.072 0.106 0.458 69 I 0.337 0.010 0.012 0.005 0.010 0.057 0.033 0.536 70 A 0.024 0.007 0.017 0.006 0.010 0.112 0.016 0.808 71 H 0.022 0.006 0.006 0.004 0.006 0.112 0.009 0.836 72 G 0.035 0.020 0.012 0.030 0.023 0.154 0.049 0.677 73 S 0.060 0.031 0.026 0.028 0.042 0.122 0.048 0.642 74 Y 0.119 0.087 0.043 0.041 0.075 0.095 0.117 0.423 75 A 0.039 0.105 0.060 0.080 0.121 0.101 0.070 0.425 76 D 0.026 0.086 0.043 0.126 0.413 0.047 0.063 0.198 77 D 0.007 0.033 0.032 0.292 0.431 0.031 0.076 0.097 78 R 0.009 0.020 0.024 0.282 0.531 0.015 0.047 0.073 79 I 0.006 0.003 0.020 0.346 0.558 0.009 0.017 0.040 80 M 0.002 0.001 0.032 0.389 0.492 0.013 0.020 0.051 81 K 0.014 0.001 0.028 0.250 0.310 0.041 0.037 0.319 82 R 0.545 0.001 0.010 0.053 0.101 0.027 0.029 0.234 83 A 0.069 0.001 0.013 0.011 0.035 0.116 0.011 0.745 84 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.088 0.001 0.889 85 G 0.002 0.001 0.004 0.102 0.217 0.115 0.016 0.544 86 E 0.003 0.001 0.048 0.439 0.415 0.018 0.032 0.043 87 L 0.004 0.001 0.020 0.175 0.241 0.059 0.015 0.486 88 F 0.002 0.002 0.089 0.410 0.439 0.013 0.026 0.020 89 W 0.002 0.001 0.020 0.314 0.428 0.031 0.017 0.188 90 C 0.001 0.002 0.059 0.507 0.352 0.012 0.036 0.030 91 H 0.015 0.006 0.051 0.299 0.397 0.035 0.041 0.155 92 V 0.008 0.006 0.094 0.424 0.301 0.031 0.042 0.094 93 T 0.024 0.012 0.062 0.175 0.321 0.071 0.039 0.297 94 G 0.026 0.011 0.051 0.137 0.254 0.077 0.042 0.402 95 R 0.075 0.014 0.049 0.107 0.134 0.099 0.053 0.469 96 A 0.025 0.005 0.028 0.035 0.069 0.138 0.066 0.634 97 L 0.020 0.007 0.036 0.026 0.031 0.119 0.044 0.718 98 D 0.631 0.016 0.006 0.005 0.008 0.038 0.090 0.207 99 R 0.065 0.014 0.006 0.007 0.006 0.105 0.029 0.769 100 T 0.022 0.017 0.006 0.003 0.011 0.106 0.022 0.813 101 A 0.037 0.038 0.017 0.035 0.043 0.150 0.100 0.581 102 P 0.062 0.058 0.043 0.073 0.093 0.128 0.116 0.428 103 L 0.088 0.060 0.041 0.045 0.107 0.116 0.080 0.463 104 A 0.021 0.042 0.082 0.061 0.175 0.117 0.090 0.411 105 A 0.004 0.024 0.151 0.146 0.317 0.074 0.127 0.157 106 G 0.004 0.030 0.141 0.249 0.329 0.037 0.082 0.128 107 V 0.004 0.029 0.190 0.360 0.249 0.027 0.056 0.085 108 W 0.008 0.043 0.328 0.205 0.268 0.023 0.054 0.071 109 T 0.052 0.067 0.153 0.167 0.210 0.064 0.073 0.215 110 F 0.070 0.047 0.098 0.087 0.132 0.123 0.143 0.299 111 E 0.049 0.094 0.064 0.041 0.071 0.114 0.109 0.458 112 D 0.070 0.150 0.023 0.015 0.035 0.096 0.266 0.345 113 L 0.020 0.383 0.022 0.032 0.022 0.094 0.076 0.351 114 S 0.087 0.581 0.011 0.012 0.019 0.032 0.098 0.162 115 A 0.045 0.550 0.017 0.022 0.019 0.043 0.095 0.208 116 T 0.118 0.402 0.025 0.021 0.033 0.044 0.173 0.184 117 R 0.180 0.109 0.017 0.039 0.033 0.072 0.183 0.367 118 R 0.149 0.085 0.019 0.020 0.056 0.077 0.047 0.549 119 V 0.084 0.055 0.028 0.024 0.054 0.107 0.046 0.601 120 A 0.090 0.042 0.029 0.037 0.059 0.121 0.060 0.562