# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5885 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.471 0.221 0.051 0.084 0.056 0.033 0.040 0.022 0.012 0.006 0.003 2 A 0.276 0.122 0.074 0.149 0.112 0.083 0.088 0.044 0.029 0.015 0.007 3 I 0.177 0.102 0.136 0.183 0.130 0.097 0.094 0.045 0.020 0.010 0.005 4 D 0.037 0.141 0.166 0.307 0.188 0.073 0.050 0.023 0.009 0.004 0.002 5 Y 0.001 0.001 0.005 0.006 0.016 0.033 0.114 0.182 0.225 0.249 0.168 6 K 0.011 0.032 0.243 0.238 0.185 0.136 0.083 0.034 0.021 0.013 0.004 7 T 0.008 0.028 0.314 0.218 0.158 0.111 0.092 0.040 0.018 0.010 0.004 8 A 0.001 0.001 0.007 0.005 0.009 0.027 0.078 0.100 0.244 0.298 0.229 9 F 0.001 0.002 0.004 0.008 0.018 0.047 0.142 0.140 0.242 0.238 0.160 10 H 0.014 0.036 0.340 0.213 0.149 0.096 0.071 0.034 0.024 0.015 0.007 11 L 0.004 0.009 0.039 0.044 0.077 0.148 0.299 0.158 0.106 0.070 0.046 12 A 0.002 0.003 0.005 0.010 0.016 0.028 0.077 0.115 0.217 0.230 0.296 13 P 0.037 0.040 0.043 0.103 0.136 0.128 0.206 0.127 0.089 0.058 0.033 14 I 0.007 0.015 0.037 0.088 0.111 0.141 0.204 0.138 0.122 0.086 0.049 15 G 0.001 0.004 0.006 0.011 0.017 0.027 0.082 0.118 0.210 0.241 0.285 16 L 0.001 0.002 0.003 0.009 0.018 0.025 0.061 0.110 0.197 0.247 0.326 17 V 0.001 0.001 0.005 0.007 0.013 0.025 0.056 0.096 0.211 0.280 0.304 18 L 0.002 0.003 0.009 0.024 0.045 0.070 0.144 0.162 0.207 0.184 0.149 19 S 0.003 0.006 0.012 0.020 0.028 0.053 0.113 0.124 0.230 0.221 0.190 20 R 0.013 0.055 0.036 0.104 0.123 0.147 0.216 0.115 0.096 0.056 0.039 21 D 0.244 0.129 0.069 0.157 0.117 0.092 0.091 0.044 0.030 0.015 0.011 22 R 0.536 0.127 0.052 0.099 0.059 0.039 0.042 0.022 0.011 0.007 0.005 23 V 0.044 0.121 0.041 0.164 0.152 0.130 0.143 0.089 0.058 0.036 0.021 24 I 0.006 0.010 0.009 0.019 0.035 0.054 0.107 0.140 0.195 0.214 0.210 25 E 0.054 0.068 0.163 0.214 0.178 0.130 0.092 0.049 0.027 0.016 0.009 26 D 0.037 0.053 0.123 0.200 0.171 0.148 0.137 0.068 0.035 0.019 0.010 27 C 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.015 0.046 0.084 0.215 0.283 0.339 28 N 0.008 0.013 0.016 0.058 0.113 0.138 0.248 0.156 0.127 0.078 0.046 29 D 0.242 0.116 0.374 0.175 0.056 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 30 E 0.029 0.036 0.050 0.144 0.182 0.191 0.230 0.082 0.034 0.015 0.008 31 L 0.003 0.005 0.006 0.012 0.018 0.025 0.075 0.131 0.231 0.261 0.232 32 A 0.008 0.010 0.041 0.073 0.135 0.204 0.242 0.124 0.080 0.057 0.025 33 A 0.009 0.048 0.453 0.221 0.112 0.074 0.045 0.018 0.011 0.007 0.003 34 I 0.002 0.003 0.010 0.013 0.023 0.069 0.161 0.138 0.219 0.223 0.140 35 F 0.017 0.013 0.014 0.030 0.044 0.076 0.177 0.162 0.209 0.160 0.099 36 R 0.127 0.181 0.253 0.231 0.102 0.049 0.032 0.012 0.008 0.004 0.002 37 C 0.022 0.015 0.027 0.037 0.068 0.096 0.198 0.173 0.136 0.121 0.108 38 A 0.161 0.455 0.065 0.127 0.066 0.044 0.038 0.021 0.013 0.008 0.003 39 R 0.198 0.106 0.044 0.166 0.147 0.115 0.104 0.059 0.033 0.017 0.010 40 A 0.545 0.130 0.086 0.099 0.052 0.031 0.027 0.016 0.007 0.004 0.002 41 D 0.030 0.060 0.053 0.204 0.174 0.169 0.170 0.071 0.041 0.019 0.010 42 L 0.005 0.006 0.009 0.007 0.012 0.026 0.059 0.088 0.196 0.277 0.314 43 I 0.021 0.054 0.068 0.194 0.210 0.139 0.137 0.082 0.051 0.028 0.014 44 G 0.145 0.107 0.168 0.151 0.096 0.088 0.095 0.057 0.045 0.034 0.015 45 R 0.085 0.083 0.071 0.196 0.164 0.136 0.117 0.068 0.042 0.024 0.014 46 S 0.166 0.184 0.054 0.151 0.106 0.084 0.096 0.075 0.043 0.028 0.013 47 F 0.015 0.013 0.012 0.034 0.052 0.077 0.132 0.153 0.191 0.175 0.145 48 E 0.113 0.103 0.101 0.178 0.149 0.108 0.112 0.063 0.038 0.024 0.011 49 V 0.029 0.044 0.070 0.153 0.135 0.159 0.167 0.092 0.075 0.053 0.024 50 L 0.007 0.007 0.009 0.014 0.021 0.054 0.111 0.117 0.227 0.228 0.205 51 Y 0.027 0.033 0.024 0.081 0.096 0.105 0.187 0.150 0.135 0.101 0.061 52 P 0.074 0.087 0.084 0.131 0.121 0.118 0.128 0.088 0.079 0.056 0.034 53 S 0.235 0.208 0.060 0.146 0.104 0.072 0.081 0.043 0.026 0.015 0.010 54 S 0.335 0.138 0.033 0.105 0.084 0.072 0.092 0.058 0.040 0.025 0.016 55 D 0.600 0.148 0.035 0.085 0.055 0.027 0.023 0.014 0.007 0.004 0.002 56 E 0.159 0.250 0.066 0.168 0.110 0.079 0.077 0.043 0.025 0.016 0.007 57 F 0.020 0.026 0.019 0.056 0.089 0.140 0.233 0.152 0.129 0.086 0.050 58 E 0.341 0.140 0.208 0.169 0.075 0.031 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 59 R 0.040 0.076 0.180 0.245 0.163 0.135 0.094 0.037 0.017 0.009 0.004 60 I 0.006 0.012 0.018 0.027 0.041 0.063 0.149 0.172 0.205 0.195 0.112 61 G 0.040 0.039 0.071 0.133 0.159 0.173 0.205 0.095 0.049 0.028 0.008 62 E 0.035 0.062 0.625 0.174 0.060 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 63 R 0.028 0.039 0.080 0.142 0.170 0.173 0.202 0.100 0.038 0.019 0.009 64 I 0.004 0.007 0.009 0.010 0.016 0.030 0.093 0.139 0.239 0.255 0.198 65 S 0.037 0.061 0.157 0.207 0.213 0.132 0.105 0.048 0.023 0.011 0.006 66 P 0.150 0.094 0.378 0.202 0.091 0.039 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 67 V 0.016 0.013 0.025 0.036 0.056 0.122 0.240 0.153 0.161 0.108 0.069 68 M 0.018 0.019 0.023 0.046 0.059 0.076 0.170 0.167 0.181 0.151 0.090 69 I 0.022 0.056 0.154 0.154 0.138 0.154 0.147 0.070 0.052 0.038 0.015 70 A 0.077 0.167 0.234 0.205 0.121 0.081 0.061 0.026 0.015 0.009 0.004 71 H 0.375 0.144 0.058 0.122 0.081 0.062 0.070 0.044 0.023 0.013 0.007 72 G 0.370 0.149 0.051 0.111 0.084 0.063 0.068 0.047 0.028 0.017 0.011 73 S 0.170 0.158 0.084 0.145 0.112 0.091 0.094 0.061 0.041 0.028 0.016 74 Y 0.051 0.057 0.045 0.088 0.101 0.147 0.195 0.118 0.094 0.066 0.037 75 A 0.220 0.178 0.124 0.175 0.111 0.067 0.060 0.032 0.019 0.009 0.005 76 D 0.101 0.097 0.082 0.157 0.134 0.112 0.139 0.083 0.050 0.029 0.015 77 D 0.031 0.028 0.038 0.088 0.114 0.122 0.176 0.145 0.121 0.084 0.056 78 R 0.088 0.076 0.108 0.151 0.133 0.119 0.147 0.085 0.049 0.030 0.013 79 I 0.025 0.043 0.106 0.186 0.164 0.144 0.151 0.084 0.052 0.031 0.014 80 M 0.021 0.014 0.033 0.039 0.053 0.069 0.160 0.168 0.175 0.168 0.099 81 K 0.028 0.061 0.122 0.219 0.178 0.118 0.117 0.069 0.047 0.029 0.013 82 R 0.027 0.061 0.132 0.107 0.109 0.133 0.157 0.096 0.077 0.067 0.033 83 A 0.104 0.141 0.110 0.168 0.140 0.116 0.103 0.054 0.035 0.020 0.011 84 G 0.472 0.282 0.049 0.088 0.038 0.022 0.023 0.012 0.007 0.004 0.002 85 G 0.252 0.080 0.031 0.072 0.073 0.070 0.111 0.087 0.095 0.075 0.056 86 E 0.323 0.263 0.068 0.162 0.082 0.042 0.029 0.015 0.009 0.005 0.002 87 L 0.020 0.026 0.031 0.079 0.097 0.171 0.178 0.129 0.121 0.097 0.052 88 F 0.013 0.027 0.022 0.061 0.085 0.155 0.226 0.163 0.124 0.080 0.045 89 W 0.006 0.012 0.020 0.061 0.075 0.086 0.147 0.162 0.180 0.150 0.102 90 C 0.004 0.004 0.011 0.016 0.027 0.061 0.132 0.135 0.220 0.217 0.174 91 H 0.025 0.045 0.066 0.202 0.185 0.126 0.137 0.082 0.063 0.042 0.026 92 V 0.003 0.004 0.007 0.010 0.017 0.044 0.095 0.124 0.232 0.252 0.213 93 T 0.038 0.078 0.044 0.180 0.179 0.106 0.127 0.099 0.071 0.045 0.033 94 G 0.026 0.016 0.017 0.032 0.040 0.064 0.133 0.142 0.199 0.192 0.138 95 R 0.087 0.125 0.082 0.238 0.180 0.115 0.081 0.042 0.026 0.015 0.010 96 A 0.047 0.043 0.034 0.069 0.075 0.092 0.147 0.143 0.144 0.119 0.089 97 L 0.034 0.032 0.018 0.053 0.072 0.087 0.146 0.143 0.153 0.127 0.135 98 D 0.152 0.193 0.074 0.142 0.113 0.083 0.093 0.053 0.045 0.032 0.019 99 R 0.298 0.142 0.057 0.153 0.111 0.076 0.070 0.039 0.027 0.016 0.010 100 T 0.470 0.244 0.035 0.097 0.047 0.033 0.031 0.017 0.012 0.009 0.005 101 A 0.169 0.103 0.025 0.106 0.098 0.097 0.123 0.097 0.083 0.060 0.038 102 P 0.298 0.279 0.058 0.161 0.086 0.048 0.030 0.018 0.010 0.006 0.004 103 L 0.030 0.026 0.024 0.068 0.089 0.114 0.161 0.141 0.141 0.109 0.097 104 A 0.057 0.066 0.054 0.130 0.137 0.123 0.151 0.110 0.079 0.057 0.036 105 A 0.014 0.029 0.028 0.100 0.117 0.135 0.186 0.137 0.128 0.081 0.044 106 G 0.010 0.012 0.014 0.029 0.038 0.057 0.120 0.127 0.205 0.202 0.187 107 V 0.008 0.009 0.015 0.044 0.067 0.082 0.152 0.153 0.175 0.151 0.145 108 W 0.007 0.012 0.026 0.044 0.063 0.079 0.135 0.153 0.184 0.171 0.128 109 T 0.002 0.004 0.009 0.019 0.034 0.035 0.092 0.150 0.221 0.215 0.221 110 F 0.003 0.004 0.007 0.020 0.036 0.065 0.143 0.157 0.221 0.208 0.137 111 E 0.068 0.080 0.157 0.230 0.156 0.115 0.096 0.041 0.033 0.015 0.009 112 D 0.019 0.031 0.051 0.084 0.111 0.134 0.225 0.152 0.091 0.059 0.043 113 L 0.006 0.013 0.017 0.022 0.028 0.039 0.099 0.119 0.218 0.214 0.226 114 S 0.221 0.107 0.098 0.136 0.118 0.086 0.116 0.051 0.036 0.020 0.012 115 A 0.131 0.127 0.289 0.231 0.107 0.054 0.033 0.013 0.008 0.004 0.002 116 T 0.083 0.110 0.120 0.177 0.154 0.100 0.129 0.071 0.030 0.016 0.009 117 R 0.044 0.041 0.060 0.096 0.110 0.120 0.200 0.156 0.089 0.057 0.028 118 R 0.108 0.203 0.362 0.176 0.074 0.038 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 119 V 0.076 0.100 0.210 0.182 0.148 0.095 0.099 0.050 0.022 0.011 0.006 120 A 0.375 0.163 0.125 0.104 0.072 0.040 0.053 0.035 0.019 0.010 0.005