# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5880 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 A 0.005 0.001 0.005 0.004 0.017 0.027 0.001 0.941 3 I 0.180 0.018 0.022 0.048 0.057 0.103 0.004 0.568 4 D 0.132 0.099 0.025 0.024 0.045 0.091 0.005 0.580 5 Y 0.078 0.214 0.045 0.025 0.060 0.050 0.006 0.522 6 K 0.053 0.304 0.047 0.034 0.058 0.116 0.007 0.381 7 T 0.054 0.340 0.030 0.024 0.034 0.145 0.006 0.367 8 A 0.043 0.711 0.052 0.015 0.031 0.023 0.006 0.119 9 F 0.027 0.833 0.044 0.014 0.026 0.010 0.005 0.041 10 H 0.079 0.710 0.023 0.018 0.031 0.020 0.016 0.103 11 L 0.210 0.557 0.026 0.010 0.032 0.010 0.050 0.105 12 A 0.289 0.210 0.057 0.026 0.039 0.033 0.107 0.239 13 P 0.006 0.004 0.006 0.004 0.004 0.006 0.003 0.966 14 I 0.028 0.013 0.215 0.081 0.080 0.077 0.013 0.492 15 G 0.113 0.012 0.326 0.180 0.130 0.041 0.009 0.188 16 L 0.029 0.015 0.306 0.265 0.214 0.026 0.004 0.142 17 V 0.014 0.008 0.392 0.257 0.224 0.015 0.001 0.088 18 L 0.005 0.004 0.248 0.247 0.307 0.015 0.001 0.173 19 S 0.003 0.002 0.133 0.318 0.398 0.037 0.001 0.108 20 R 0.005 0.002 0.131 0.172 0.258 0.141 0.004 0.286 21 D 0.009 0.001 0.025 0.014 0.028 0.162 0.006 0.756 22 R 0.155 0.002 0.026 0.017 0.025 0.260 0.056 0.459 23 V 0.294 0.004 0.042 0.022 0.023 0.377 0.022 0.216 24 I 0.009 0.004 0.068 0.055 0.095 0.070 0.001 0.698 25 E 0.008 0.008 0.132 0.142 0.384 0.144 0.001 0.180 26 D 0.024 0.010 0.057 0.071 0.135 0.092 0.001 0.609 27 C 0.046 0.062 0.088 0.074 0.165 0.251 0.006 0.309 28 N 0.071 0.117 0.026 0.068 0.093 0.283 0.006 0.336 29 D 0.021 0.192 0.013 0.009 0.019 0.048 0.005 0.693 30 E 0.006 0.157 0.004 0.001 0.004 0.345 0.003 0.482 31 L 0.014 0.138 0.001 0.001 0.001 0.738 0.004 0.105 32 A 0.032 0.932 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.025 33 A 0.006 0.975 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 34 I 0.014 0.963 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 35 F 0.036 0.919 0.002 0.001 0.002 0.002 0.019 0.018 36 R 0.195 0.550 0.015 0.007 0.008 0.006 0.110 0.109 37 C 0.124 0.211 0.353 0.029 0.018 0.027 0.054 0.183 38 A 0.036 0.103 0.156 0.049 0.017 0.143 0.019 0.477 39 R 0.018 0.048 0.032 0.009 0.017 0.057 0.004 0.814 40 A 0.031 0.064 0.033 0.007 0.013 0.154 0.007 0.692 41 D 0.158 0.108 0.020 0.013 0.015 0.194 0.025 0.468 42 L 0.323 0.316 0.030 0.015 0.026 0.037 0.020 0.233 43 I 0.067 0.574 0.059 0.031 0.061 0.041 0.011 0.156 44 G 0.156 0.245 0.031 0.034 0.082 0.030 0.030 0.392 45 R 0.273 0.192 0.057 0.054 0.067 0.051 0.024 0.280 46 S 0.047 0.078 0.038 0.034 0.040 0.079 0.014 0.670 47 F 0.040 0.067 0.078 0.068 0.091 0.053 0.010 0.592 48 E 0.040 0.065 0.084 0.075 0.067 0.266 0.008 0.394 49 V 0.143 0.063 0.036 0.057 0.063 0.239 0.016 0.383 50 L 0.199 0.164 0.147 0.058 0.123 0.034 0.018 0.256 51 Y 0.070 0.084 0.158 0.084 0.102 0.085 0.011 0.407 52 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.991 53 S 0.012 0.005 0.013 0.007 0.031 0.079 0.003 0.850 54 S 0.103 0.007 0.011 0.010 0.013 0.145 0.008 0.704 55 D 0.069 0.011 0.007 0.002 0.003 0.161 0.007 0.739 56 E 0.110 0.023 0.004 0.001 0.002 0.520 0.009 0.331 57 F 0.195 0.196 0.013 0.003 0.006 0.179 0.012 0.397 58 E 0.054 0.348 0.012 0.003 0.006 0.159 0.007 0.412 59 R 0.069 0.476 0.009 0.002 0.005 0.126 0.008 0.304 60 I 0.076 0.793 0.010 0.001 0.003 0.021 0.007 0.090 61 G 0.039 0.870 0.008 0.003 0.004 0.007 0.006 0.064 62 E 0.054 0.770 0.012 0.003 0.004 0.015 0.012 0.130 63 R 0.137 0.656 0.008 0.003 0.003 0.025 0.026 0.142 64 I 0.091 0.752 0.017 0.004 0.009 0.009 0.020 0.098 65 S 0.058 0.528 0.046 0.019 0.018 0.053 0.016 0.263 66 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 67 V 0.091 0.311 0.035 0.032 0.049 0.085 0.014 0.383 68 M 0.129 0.646 0.043 0.027 0.028 0.015 0.007 0.104 69 I 0.060 0.695 0.034 0.025 0.043 0.012 0.009 0.122 70 A 0.169 0.459 0.023 0.021 0.032 0.022 0.032 0.242 71 H 0.236 0.203 0.032 0.024 0.033 0.030 0.090 0.351 72 G 0.199 0.054 0.041 0.031 0.031 0.062 0.054 0.528 73 S 0.027 0.014 0.038 0.018 0.021 0.068 0.007 0.806 74 Y 0.046 0.021 0.045 0.096 0.131 0.101 0.006 0.553 75 A 0.061 0.034 0.034 0.069 0.106 0.178 0.006 0.510 76 D 0.047 0.040 0.030 0.079 0.127 0.080 0.005 0.592 77 D 0.057 0.080 0.036 0.134 0.243 0.116 0.013 0.322 78 R 0.045 0.054 0.012 0.315 0.319 0.118 0.008 0.130 79 I 0.037 0.090 0.011 0.326 0.353 0.076 0.007 0.099 80 M 0.011 0.065 0.010 0.402 0.478 0.005 0.002 0.028 81 K 0.006 0.054 0.012 0.277 0.546 0.008 0.003 0.093 82 R 0.011 0.044 0.006 0.324 0.502 0.012 0.004 0.097 83 A 0.028 0.058 0.017 0.179 0.327 0.098 0.014 0.279 84 G 0.017 0.008 0.007 0.026 0.036 0.062 0.022 0.823 85 G 0.295 0.008 0.019 0.021 0.030 0.071 0.307 0.251 86 E 0.296 0.004 0.035 0.050 0.024 0.458 0.018 0.115 87 L 0.004 0.002 0.016 0.037 0.095 0.026 0.001 0.820 88 F 0.003 0.001 0.011 0.352 0.598 0.017 0.001 0.018 89 W 0.006 0.002 0.033 0.241 0.395 0.021 0.001 0.302 90 C 0.001 0.001 0.016 0.404 0.564 0.003 0.001 0.010 91 H 0.002 0.003 0.038 0.353 0.561 0.009 0.001 0.034 92 V 0.004 0.003 0.038 0.401 0.507 0.006 0.001 0.040 93 T 0.003 0.003 0.036 0.267 0.643 0.008 0.001 0.040 94 G 0.006 0.003 0.034 0.238 0.590 0.014 0.003 0.111 95 R 0.020 0.005 0.048 0.290 0.384 0.068 0.005 0.180 96 A 0.008 0.002 0.011 0.054 0.128 0.012 0.002 0.784 97 L 0.031 0.007 0.047 0.135 0.332 0.121 0.005 0.322 98 D 0.060 0.011 0.027 0.197 0.180 0.104 0.008 0.413 99 R 0.026 0.007 0.013 0.015 0.028 0.057 0.004 0.849 100 T 0.027 0.007 0.007 0.007 0.012 0.722 0.010 0.208 101 A 0.637 0.010 0.008 0.008 0.011 0.064 0.057 0.205 102 P 0.013 0.005 0.007 0.004 0.006 0.050 0.001 0.914 103 L 0.013 0.010 0.029 0.046 0.097 0.134 0.002 0.669 104 A 0.082 0.041 0.078 0.131 0.291 0.071 0.004 0.302 105 A 0.045 0.097 0.090 0.147 0.244 0.064 0.005 0.308 106 G 0.052 0.125 0.180 0.141 0.269 0.046 0.008 0.179 107 V 0.033 0.167 0.230 0.174 0.250 0.026 0.007 0.113 108 W 0.017 0.087 0.254 0.242 0.269 0.027 0.004 0.101 109 T 0.014 0.122 0.284 0.122 0.205 0.047 0.006 0.200 110 F 0.021 0.124 0.237 0.131 0.287 0.040 0.007 0.153 111 E 0.033 0.139 0.138 0.075 0.152 0.110 0.010 0.344 112 D 0.104 0.164 0.079 0.039 0.082 0.066 0.027 0.440 113 L 0.187 0.241 0.093 0.018 0.040 0.076 0.023 0.322 114 S 0.031 0.220 0.015 0.015 0.016 0.349 0.012 0.342 115 A 0.056 0.248 0.023 0.006 0.012 0.147 0.013 0.495 116 T 0.050 0.386 0.029 0.005 0.010 0.152 0.010 0.359 117 R 0.069 0.616 0.021 0.009 0.009 0.089 0.012 0.173 118 R 0.066 0.783 0.013 0.004 0.007 0.014 0.009 0.104 119 V 0.074 0.768 0.019 0.004 0.009 0.008 0.014 0.104 120 A 0.104 0.544 0.026 0.013 0.020 0.013 0.027 0.253