# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5880 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.460 0.008 0.473 0.017 0.006 0.017 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 2 A 0.878 0.011 0.065 0.031 0.001 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 3 I 0.938 0.016 0.018 0.023 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 D 0.859 0.017 0.040 0.037 0.011 0.020 0.006 0.004 0.004 0.002 0.001 5 Y 0.949 0.003 0.006 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 K 0.986 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 T 0.990 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 A 0.983 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.952 0.007 0.007 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 H 0.913 0.012 0.010 0.043 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.493 0.023 0.043 0.400 0.008 0.010 0.013 0.004 0.006 0.001 0.001 12 A 0.113 0.144 0.388 0.021 0.032 0.015 0.040 0.002 0.240 0.005 0.001 13 P 0.493 0.004 0.455 0.014 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 14 I 0.287 0.167 0.113 0.384 0.018 0.007 0.013 0.001 0.010 0.001 0.001 15 G 0.040 0.223 0.149 0.035 0.492 0.008 0.015 0.022 0.012 0.004 0.001 16 L 0.014 0.827 0.094 0.004 0.037 0.010 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 17 V 0.006 0.799 0.126 0.002 0.029 0.020 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 18 L 0.017 0.702 0.160 0.011 0.021 0.059 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 19 S 0.054 0.488 0.196 0.062 0.117 0.034 0.012 0.001 0.029 0.005 0.001 20 R 0.158 0.188 0.273 0.068 0.084 0.051 0.093 0.012 0.040 0.028 0.004 21 D 0.233 0.064 0.091 0.379 0.045 0.016 0.139 0.017 0.009 0.005 0.002 22 R 0.097 0.153 0.168 0.114 0.079 0.035 0.271 0.060 0.016 0.007 0.001 23 V 0.103 0.359 0.410 0.035 0.015 0.058 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 24 I 0.220 0.319 0.321 0.046 0.006 0.075 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 25 E 0.402 0.330 0.101 0.090 0.020 0.042 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 26 D 0.231 0.180 0.150 0.066 0.186 0.072 0.071 0.015 0.019 0.007 0.002 27 C 0.187 0.307 0.211 0.084 0.141 0.037 0.003 0.001 0.028 0.002 0.001 28 N 0.303 0.039 0.427 0.030 0.014 0.108 0.006 0.001 0.064 0.007 0.002 29 D 0.990 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.906 0.001 0.001 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.989 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.966 0.003 0.007 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.107 0.004 0.008 0.868 0.003 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 36 R 0.071 0.011 0.022 0.081 0.016 0.011 0.688 0.077 0.005 0.017 0.001 37 C 0.253 0.142 0.303 0.197 0.031 0.032 0.019 0.006 0.014 0.003 0.001 38 A 0.183 0.096 0.528 0.041 0.016 0.062 0.011 0.001 0.056 0.004 0.001 39 R 0.891 0.008 0.073 0.016 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 A 0.956 0.012 0.013 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.708 0.025 0.029 0.217 0.005 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 42 L 0.653 0.083 0.098 0.116 0.006 0.020 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 43 I 0.397 0.151 0.142 0.237 0.007 0.012 0.039 0.001 0.014 0.001 0.001 44 G 0.050 0.012 0.054 0.034 0.086 0.022 0.132 0.451 0.003 0.154 0.001 45 R 0.168 0.282 0.319 0.090 0.079 0.028 0.011 0.005 0.015 0.003 0.001 46 S 0.147 0.136 0.435 0.058 0.033 0.127 0.016 0.003 0.036 0.004 0.002 47 F 0.631 0.079 0.143 0.084 0.024 0.020 0.005 0.001 0.009 0.002 0.001 48 E 0.623 0.177 0.092 0.059 0.018 0.012 0.008 0.002 0.008 0.001 0.001 49 V 0.504 0.238 0.100 0.096 0.027 0.013 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 50 L 0.287 0.250 0.195 0.178 0.021 0.031 0.016 0.001 0.020 0.001 0.001 51 Y 0.044 0.331 0.363 0.016 0.057 0.030 0.020 0.001 0.136 0.003 0.001 52 P 0.141 0.012 0.735 0.020 0.009 0.041 0.004 0.001 0.005 0.014 0.019 53 S 0.192 0.078 0.495 0.071 0.028 0.072 0.012 0.006 0.035 0.008 0.002 54 S 0.766 0.014 0.131 0.064 0.005 0.008 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 55 D 0.767 0.024 0.048 0.135 0.006 0.008 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 56 E 0.653 0.039 0.053 0.214 0.011 0.015 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 57 F 0.907 0.011 0.033 0.037 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 58 E 0.950 0.013 0.023 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.937 0.013 0.014 0.025 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 60 I 0.933 0.006 0.018 0.038 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 G 0.957 0.005 0.018 0.009 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 62 E 0.976 0.004 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.927 0.005 0.016 0.045 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.941 0.005 0.009 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 S 0.932 0.012 0.034 0.004 0.001 0.004 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 66 P 0.993 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.960 0.004 0.006 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 M 0.950 0.007 0.016 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 I 0.841 0.023 0.028 0.088 0.003 0.004 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 70 A 0.651 0.026 0.042 0.217 0.010 0.007 0.030 0.007 0.007 0.002 0.001 71 H 0.167 0.042 0.105 0.374 0.028 0.013 0.199 0.038 0.022 0.010 0.002 72 G 0.117 0.030 0.180 0.046 0.087 0.016 0.112 0.228 0.009 0.172 0.003 73 S 0.277 0.155 0.369 0.117 0.023 0.026 0.013 0.004 0.009 0.004 0.004 74 Y 0.134 0.322 0.301 0.117 0.054 0.039 0.007 0.002 0.021 0.001 0.001 75 A 0.272 0.293 0.225 0.095 0.042 0.026 0.020 0.003 0.019 0.002 0.002 76 D 0.246 0.213 0.249 0.092 0.097 0.033 0.033 0.014 0.014 0.007 0.001 77 D 0.293 0.264 0.164 0.161 0.059 0.023 0.019 0.003 0.011 0.001 0.001 78 R 0.070 0.591 0.177 0.043 0.084 0.013 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 79 I 0.134 0.611 0.165 0.025 0.019 0.027 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 80 M 0.080 0.618 0.156 0.034 0.062 0.023 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 81 K 0.141 0.494 0.222 0.031 0.031 0.045 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 82 R 0.084 0.345 0.379 0.026 0.042 0.033 0.011 0.001 0.075 0.003 0.001 83 A 0.459 0.087 0.291 0.061 0.017 0.014 0.020 0.003 0.021 0.014 0.012 84 G 0.039 0.023 0.072 0.268 0.036 0.007 0.447 0.079 0.008 0.018 0.002 85 G 0.001 0.002 0.009 0.003 0.031 0.001 0.087 0.793 0.001 0.071 0.001 86 E 0.013 0.413 0.487 0.024 0.025 0.027 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 87 L 0.012 0.516 0.364 0.025 0.013 0.061 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 88 F 0.011 0.766 0.080 0.008 0.109 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 89 W 0.005 0.676 0.149 0.005 0.117 0.033 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 90 C 0.006 0.827 0.049 0.003 0.093 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 91 H 0.015 0.704 0.160 0.005 0.058 0.029 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 92 V 0.019 0.779 0.088 0.011 0.059 0.016 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 93 T 0.037 0.614 0.176 0.042 0.057 0.013 0.020 0.001 0.039 0.001 0.001 94 G 0.033 0.128 0.274 0.035 0.177 0.069 0.139 0.082 0.016 0.043 0.005 95 R 0.030 0.548 0.260 0.012 0.090 0.019 0.006 0.001 0.033 0.002 0.001 96 A 0.069 0.070 0.676 0.012 0.017 0.120 0.007 0.001 0.010 0.004 0.014 97 L 0.176 0.323 0.248 0.098 0.055 0.066 0.004 0.002 0.023 0.002 0.002 98 D 0.132 0.159 0.345 0.080 0.058 0.090 0.028 0.006 0.084 0.014 0.004 99 R 0.800 0.028 0.074 0.066 0.009 0.007 0.005 0.001 0.004 0.003 0.003 100 T 0.113 0.017 0.020 0.826 0.004 0.005 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 101 A 0.035 0.087 0.245 0.019 0.094 0.013 0.210 0.022 0.249 0.024 0.001 102 P 0.342 0.007 0.605 0.014 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 103 L 0.439 0.162 0.276 0.084 0.007 0.017 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 104 A 0.340 0.214 0.256 0.097 0.038 0.023 0.010 0.003 0.016 0.002 0.001 105 A 0.158 0.315 0.152 0.095 0.212 0.013 0.023 0.007 0.020 0.004 0.001 106 G 0.095 0.271 0.205 0.035 0.321 0.028 0.014 0.012 0.011 0.006 0.001 107 V 0.061 0.790 0.075 0.014 0.030 0.009 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 108 W 0.041 0.564 0.182 0.007 0.164 0.019 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 109 T 0.091 0.703 0.101 0.018 0.032 0.028 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 110 F 0.222 0.449 0.184 0.029 0.036 0.048 0.015 0.001 0.016 0.001 0.001 111 E 0.426 0.314 0.107 0.062 0.043 0.023 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 112 D 0.254 0.140 0.248 0.067 0.070 0.133 0.054 0.005 0.023 0.004 0.001 113 L 0.799 0.072 0.053 0.042 0.003 0.020 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 114 S 0.849 0.043 0.045 0.032 0.008 0.009 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 115 A 0.915 0.020 0.017 0.036 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 116 T 0.856 0.012 0.011 0.111 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 117 R 0.878 0.031 0.025 0.045 0.005 0.003 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 118 R 0.729 0.048 0.046 0.135 0.008 0.008 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 119 V 0.328 0.179 0.134 0.267 0.032 0.014 0.023 0.002 0.019 0.001 0.001 120 A 0.166 0.230 0.352 0.059 0.065 0.035 0.034 0.008 0.043 0.008 0.001