# TARGET T0523 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0523.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5885 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.027 0.303 0.119 0.013 0.078 0.013 0.036 0.263 0.094 0.034 0.019 2 A 0.052 0.046 0.013 0.004 0.065 0.005 0.019 0.508 0.155 0.097 0.037 3 I 0.015 0.076 0.017 0.005 0.059 0.015 0.030 0.639 0.117 0.020 0.008 4 D 0.055 0.048 0.013 0.003 0.042 0.003 0.021 0.706 0.052 0.044 0.012 5 Y 0.007 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.772 0.177 0.024 0.004 6 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.894 0.085 0.003 0.001 7 T 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.917 0.048 0.011 0.001 8 A 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.913 0.052 0.012 0.001 9 F 0.005 0.008 0.003 0.002 0.008 0.006 0.011 0.737 0.205 0.011 0.003 10 H 0.005 0.008 0.003 0.004 0.009 0.008 0.071 0.671 0.181 0.037 0.003 11 L 0.029 0.022 0.018 0.007 0.037 0.011 0.088 0.337 0.124 0.311 0.016 12 A 0.094 0.288 0.078 0.016 0.218 0.014 0.050 0.090 0.064 0.050 0.038 13 P 0.168 0.116 0.061 0.031 0.184 0.033 0.065 0.140 0.098 0.055 0.050 14 I 0.117 0.087 0.038 0.030 0.141 0.071 0.155 0.108 0.082 0.123 0.047 15 G 0.190 0.139 0.025 0.012 0.493 0.015 0.018 0.021 0.014 0.030 0.042 16 L 0.248 0.079 0.003 0.001 0.623 0.002 0.006 0.011 0.005 0.005 0.016 17 V 0.193 0.084 0.009 0.001 0.680 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.025 18 L 0.380 0.080 0.012 0.002 0.413 0.004 0.004 0.005 0.003 0.008 0.088 19 S 0.186 0.142 0.082 0.056 0.234 0.064 0.031 0.031 0.023 0.047 0.104 20 R 0.053 0.075 0.079 0.201 0.071 0.163 0.096 0.086 0.063 0.080 0.033 21 D 0.042 0.101 0.081 0.120 0.065 0.066 0.097 0.127 0.106 0.159 0.036 22 R 0.068 0.087 0.068 0.063 0.079 0.037 0.025 0.074 0.086 0.309 0.105 23 V 0.077 0.353 0.071 0.010 0.265 0.014 0.025 0.080 0.036 0.030 0.037 24 I 0.221 0.097 0.021 0.008 0.278 0.010 0.017 0.152 0.079 0.061 0.056 25 E 0.088 0.145 0.034 0.016 0.229 0.034 0.065 0.230 0.090 0.032 0.038 26 D 0.171 0.134 0.048 0.009 0.234 0.013 0.039 0.165 0.033 0.075 0.078 27 C 0.047 0.181 0.076 0.015 0.071 0.023 0.026 0.117 0.061 0.342 0.040 28 N 0.118 0.283 0.032 0.007 0.374 0.004 0.005 0.123 0.018 0.014 0.020 29 D 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.558 0.420 0.013 0.001 30 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.927 0.055 0.007 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.839 0.123 0.033 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.907 0.082 0.001 0.001 33 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.016 0.771 0.152 0.049 0.001 34 I 0.012 0.003 0.004 0.003 0.006 0.004 0.119 0.677 0.100 0.069 0.003 35 F 0.022 0.478 0.122 0.016 0.089 0.018 0.073 0.097 0.044 0.029 0.013 36 R 0.054 0.017 0.012 0.009 0.025 0.012 0.022 0.058 0.050 0.551 0.189 37 C 0.048 0.394 0.153 0.011 0.203 0.015 0.027 0.038 0.023 0.066 0.022 38 A 0.120 0.404 0.125 0.003 0.294 0.002 0.003 0.018 0.005 0.006 0.020 39 R 0.009 0.009 0.002 0.001 0.010 0.002 0.003 0.309 0.630 0.020 0.005 40 A 0.002 0.006 0.003 0.002 0.005 0.009 0.020 0.665 0.271 0.016 0.002 41 D 0.016 0.011 0.006 0.002 0.024 0.005 0.031 0.534 0.184 0.179 0.009 42 L 0.049 0.016 0.013 0.008 0.042 0.018 0.060 0.384 0.177 0.207 0.028 43 I 0.014 0.231 0.109 0.050 0.048 0.074 0.190 0.142 0.073 0.056 0.015 44 G 0.086 0.040 0.032 0.025 0.063 0.013 0.018 0.053 0.043 0.465 0.162 45 R 0.064 0.345 0.075 0.013 0.302 0.021 0.028 0.042 0.030 0.058 0.022 46 S 0.212 0.212 0.049 0.003 0.446 0.003 0.005 0.021 0.008 0.011 0.029 47 F 0.057 0.021 0.005 0.004 0.051 0.005 0.007 0.201 0.553 0.073 0.024 48 E 0.024 0.043 0.015 0.016 0.049 0.059 0.072 0.371 0.291 0.049 0.012 49 V 0.102 0.055 0.014 0.006 0.180 0.014 0.051 0.240 0.142 0.171 0.026 50 L 0.138 0.065 0.026 0.008 0.223 0.015 0.066 0.120 0.079 0.205 0.056 51 Y 0.073 0.326 0.172 0.017 0.189 0.012 0.024 0.038 0.026 0.047 0.077 52 P 0.028 0.382 0.390 0.027 0.084 0.006 0.009 0.025 0.015 0.015 0.018 53 S 0.058 0.357 0.148 0.013 0.128 0.011 0.033 0.120 0.072 0.040 0.020 54 S 0.020 0.042 0.014 0.004 0.033 0.008 0.026 0.415 0.358 0.064 0.015 55 D 0.006 0.023 0.017 0.006 0.013 0.017 0.052 0.594 0.192 0.072 0.008 56 E 0.030 0.065 0.026 0.004 0.037 0.006 0.022 0.417 0.097 0.276 0.020 57 F 0.019 0.044 0.011 0.003 0.031 0.003 0.004 0.670 0.163 0.041 0.011 58 E 0.002 0.007 0.003 0.002 0.003 0.005 0.007 0.861 0.100 0.007 0.002 59 R 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.017 0.886 0.057 0.024 0.002 60 I 0.005 0.012 0.006 0.001 0.006 0.002 0.006 0.841 0.058 0.061 0.003 61 G 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.891 0.080 0.008 0.002 62 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.012 0.899 0.073 0.005 0.001 63 R 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.015 0.892 0.044 0.031 0.001 64 I 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.836 0.089 0.054 0.002 65 S 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.902 0.074 0.004 0.001 66 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.936 0.047 0.003 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.910 0.068 0.009 0.001 68 M 0.005 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.018 0.730 0.177 0.050 0.004 69 I 0.003 0.005 0.004 0.003 0.006 0.022 0.068 0.670 0.124 0.091 0.004 70 A 0.010 0.309 0.184 0.023 0.041 0.036 0.150 0.147 0.050 0.043 0.008 71 H 0.045 0.151 0.168 0.099 0.050 0.027 0.028 0.028 0.036 0.243 0.125 72 G 0.100 0.101 0.173 0.078 0.068 0.020 0.021 0.034 0.041 0.239 0.126 73 S 0.151 0.195 0.072 0.011 0.234 0.015 0.044 0.074 0.065 0.071 0.066 74 Y 0.082 0.235 0.081 0.036 0.159 0.057 0.075 0.088 0.068 0.072 0.046 75 A 0.113 0.238 0.119 0.050 0.240 0.031 0.034 0.073 0.040 0.034 0.028 76 D 0.132 0.089 0.062 0.044 0.164 0.055 0.052 0.158 0.100 0.094 0.049 77 D 0.163 0.099 0.029 0.015 0.287 0.030 0.058 0.123 0.076 0.074 0.046 78 R 0.262 0.118 0.013 0.005 0.471 0.006 0.010 0.035 0.021 0.024 0.034 79 I 0.232 0.154 0.031 0.005 0.445 0.008 0.014 0.030 0.016 0.015 0.050 80 M 0.273 0.139 0.033 0.002 0.415 0.004 0.011 0.018 0.011 0.020 0.075 81 K 0.162 0.221 0.058 0.033 0.280 0.026 0.034 0.041 0.023 0.070 0.051 82 R 0.017 0.169 0.633 0.109 0.036 0.006 0.005 0.011 0.006 0.003 0.006 83 A 0.010 0.023 0.022 0.058 0.014 0.114 0.241 0.363 0.126 0.021 0.007 84 G 0.005 0.205 0.228 0.180 0.015 0.056 0.170 0.051 0.036 0.045 0.010 85 G 0.022 0.009 0.018 0.028 0.008 0.008 0.004 0.007 0.014 0.625 0.256 86 E 0.035 0.561 0.035 0.002 0.329 0.004 0.008 0.007 0.005 0.005 0.008 87 L 0.482 0.041 0.003 0.001 0.395 0.003 0.004 0.006 0.004 0.016 0.044 88 F 0.128 0.224 0.018 0.005 0.584 0.009 0.008 0.004 0.003 0.002 0.013 89 W 0.391 0.037 0.009 0.005 0.485 0.006 0.005 0.007 0.004 0.010 0.041 90 C 0.195 0.128 0.010 0.004 0.601 0.005 0.007 0.008 0.006 0.007 0.029 91 H 0.275 0.087 0.021 0.003 0.534 0.003 0.006 0.005 0.003 0.006 0.057 92 V 0.337 0.116 0.024 0.013 0.301 0.021 0.022 0.024 0.017 0.035 0.091 93 T 0.120 0.156 0.075 0.066 0.263 0.071 0.075 0.042 0.040 0.043 0.049 94 G 0.162 0.104 0.060 0.079 0.155 0.040 0.047 0.058 0.079 0.148 0.067 95 R 0.058 0.368 0.216 0.020 0.225 0.009 0.013 0.022 0.018 0.016 0.034 96 A 0.165 0.249 0.054 0.005 0.285 0.006 0.023 0.065 0.039 0.045 0.064 97 L 0.070 0.274 0.065 0.032 0.234 0.034 0.059 0.084 0.051 0.062 0.036 98 D 0.083 0.167 0.424 0.058 0.145 0.009 0.012 0.046 0.022 0.012 0.022 99 R 0.014 0.015 0.012 0.008 0.018 0.023 0.071 0.514 0.276 0.040 0.011 100 T 0.013 0.457 0.135 0.052 0.042 0.036 0.078 0.063 0.051 0.061 0.013 101 A 0.058 0.058 0.061 0.083 0.048 0.015 0.010 0.033 0.037 0.357 0.241 102 P 0.063 0.375 0.130 0.024 0.193 0.015 0.025 0.065 0.045 0.034 0.032 103 L 0.237 0.113 0.031 0.013 0.249 0.017 0.029 0.093 0.082 0.073 0.063 104 A 0.165 0.161 0.043 0.033 0.264 0.050 0.062 0.082 0.057 0.042 0.041 105 A 0.187 0.104 0.045 0.032 0.281 0.042 0.041 0.103 0.045 0.062 0.057 106 G 0.199 0.119 0.017 0.010 0.475 0.012 0.019 0.054 0.025 0.033 0.036 107 V 0.282 0.080 0.007 0.003 0.564 0.003 0.006 0.016 0.005 0.008 0.027 108 W 0.189 0.135 0.020 0.003 0.576 0.005 0.008 0.017 0.006 0.004 0.036 109 T 0.254 0.158 0.027 0.006 0.401 0.008 0.026 0.042 0.012 0.011 0.055 110 F 0.295 0.081 0.013 0.008 0.266 0.010 0.018 0.073 0.059 0.090 0.087 111 E 0.056 0.271 0.105 0.017 0.220 0.052 0.070 0.076 0.048 0.041 0.044 112 D 0.187 0.259 0.053 0.002 0.369 0.002 0.004 0.036 0.010 0.025 0.053 113 L 0.018 0.030 0.007 0.002 0.024 0.004 0.005 0.372 0.467 0.059 0.012 114 S 0.006 0.027 0.013 0.004 0.009 0.010 0.017 0.714 0.179 0.018 0.004 115 A 0.006 0.010 0.003 0.001 0.009 0.002 0.012 0.801 0.121 0.033 0.003 116 T 0.010 0.012 0.006 0.002 0.016 0.007 0.014 0.742 0.132 0.053 0.005 117 R 0.009 0.015 0.004 0.003 0.013 0.007 0.042 0.732 0.146 0.024 0.005 118 R 0.022 0.025 0.013 0.006 0.028 0.009 0.050 0.646 0.118 0.074 0.009 119 V 0.040 0.042 0.023 0.013 0.040 0.017 0.053 0.444 0.137 0.168 0.023 120 A 0.056 0.145 0.067 0.022 0.096 0.020 0.044 0.337 0.121 0.062 0.029